SCOPe Funding Alert: SCOPe support from the NIH ended in April 2016. John-Marc Chandonia is the primary maintainer and has continued to develop SCOPe using vacation time. Three proposals to the NIH for continued funding have been unsuccessful. If our current NIH proposal is not funded, SCOPe will shut down permanently in Summer 2017 as Dr. Chandonia will need to seek a new position.

Lineage for Species: Mouse (Mus musculus), I-A group [TaxId: 10090]

  1. Root: SCOPe 2.06
  2. 2017114Class b: All beta proteins [48724] (177 folds)
  3. 2017115Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (33 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 2017116Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (5 families) (S)
  5. 2020524Family b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) [48942] (24 protein domains)
  6. 2021990Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain [88618] (6 species)
  7. 2022056Species Mouse (Mus musculus), I-A group [TaxId:10090] [88624] (25 PDB entries)
    probably orthologous to the human HLA-DQ group

PDB entries in Species: Mouse (Mus musculus), I-A group [TaxId: 10090]:

  1. Domain(s) for 1d9k:
    1. 2022092Domain d1d9kc1: 1d9k C:82-182 [21627]
      Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg2, d1d9kh1, d1d9kh2
      complexed with ndg
    2. 2022093Domain d1d9kg1: 1d9k G:82-182 [21629]
      Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg2, d1d9kh1, d1d9kh2
      complexed with ndg
  2. Domain(s) for 1es0:
  3. Domain(s) for 1f3j:
    1. 2022082Domain d1f3ja1: 1f3j A:83-181 [21645]
      Other proteins in same PDB: d1f3ja2, d1f3jb1, d1f3jb2, d1f3jd2, d1f3je1, d1f3je2
      complexed with nag
    2. 2022083Domain d1f3jd1: 1f3j D:83-181 [21647]
      Other proteins in same PDB: d1f3ja2, d1f3jb1, d1f3jb2, d1f3jd2, d1f3je1, d1f3je2
      complexed with nag
  4. Domain(s) for 1iak:
  5. Domain(s) for 1iao:
  6. Domain(s) for 1jl4:
  7. Domain(s) for 1k2d:
  8. Domain(s) for 1lnu:
    1. 2022069Domain d1lnua1: 1lnu A:84-182 [74097]
      Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
      complexed with nag, ndg
    2. 2022070Domain d1lnuc1: 1lnu C:84-182 [74101]
      Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
      complexed with nag, ndg
    3. 2022071Domain d1lnue1: 1lnu E:84-182 [74105]
      Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
      complexed with nag, ndg
    4. 2022072Domain d1lnug1: 1lnu G:84-182 [74109]
      Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
      complexed with nag, ndg
  9. Domain(s) for 1muj:
  10. Domain(s) for 1u3h:
    1. 2022065Domain d1u3hc1: 1u3h C:82-181 [119510]
      Other proteins in same PDB: d1u3ha1, d1u3hb1, d1u3hc2, d1u3hc3, d1u3hd1, d1u3hd2, d1u3he_, d1u3hf_, d1u3hg2, d1u3hg3, d1u3hh1, d1u3hh2
      automated match to d2p24a1
    2. 2022066Domain d1u3hg1: 1u3h G:82-181 [119514]
      Other proteins in same PDB: d1u3ha1, d1u3hb1, d1u3hc2, d1u3hc3, d1u3hd1, d1u3hd2, d1u3he_, d1u3hf_, d1u3hg2, d1u3hg3, d1u3hh1, d1u3hh2
      automated match to d2p24a1
  11. Domain(s) for 1ymm:
  12. Domain(s) for 1zgl:
    1. 2022086Domain d1zgla1: 1zgl A:83-179 [125031]
      Other proteins in same PDB: d1zgla2, d1zglb1, d1zglb2, d1zgld2, d1zgle1, d1zgle2, d1zglg2, d1zglh1, d1zglh2, d1zglj2, d1zglk1, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglp3, d1zglr1, d1zglr2, d1zglr3, d1zglt1, d1zglt2, d1zglt3, d1zglv1, d1zglv2, d1zglv3
      automatically matched to d1k2da1
    2. 2022087Domain d1zgld1: 1zgl D:83-179 [125035]
      Other proteins in same PDB: d1zgla2, d1zglb1, d1zglb2, d1zgld2, d1zgle1, d1zgle2, d1zglg2, d1zglh1, d1zglh2, d1zglj2, d1zglk1, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglp3, d1zglr1, d1zglr2, d1zglr3, d1zglt1, d1zglt2, d1zglt3, d1zglv1, d1zglv2, d1zglv3
      automatically matched to d1k2da1
    3. 2022088Domain d1zglg1: 1zgl G:83-179 [125039]
      Other proteins in same PDB: d1zgla2, d1zglb1, d1zglb2, d1zgld2, d1zgle1, d1zgle2, d1zglg2, d1zglh1, d1zglh2, d1zglj2, d1zglk1, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglp3, d1zglr1, d1zglr2, d1zglr3, d1zglt1, d1zglt2, d1zglt3, d1zglv1, d1zglv2, d1zglv3
      automatically matched to d1k2da1
    4. 2022089Domain d1zglj1: 1zgl J:83-179 [125043]
      Other proteins in same PDB: d1zgla2, d1zglb1, d1zglb2, d1zgld2, d1zgle1, d1zgle2, d1zglg2, d1zglh1, d1zglh2, d1zglj2, d1zglk1, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglp3, d1zglr1, d1zglr2, d1zglr3, d1zglt1, d1zglt2, d1zglt3, d1zglv1, d1zglv2, d1zglv3
      automatically matched to d1k2da1
  13. Domain(s) for 2g9h:
  14. Domain(s) for 2iad:
  15. Domain(s) for 2icw:
    1. 2022067Domain d2icwa1: 2icw A:83-179 [137243]
      Other proteins in same PDB: d2icwa2, d2icwb1, d2icwb2, d2icwd2, d2icwe1, d2icwe2, d2icwg_, d2icwh_, d2icwj1, d2icwj2, d2icwl2, d2icwl3
      automatically matched to d1k2da1
    2. 2022068Domain d2icwd1: 2icw D:83-179 [137247]
      Other proteins in same PDB: d2icwa2, d2icwb1, d2icwb2, d2icwd2, d2icwe1, d2icwe2, d2icwg_, d2icwh_, d2icwj1, d2icwj2, d2icwl2, d2icwl3
      automatically matched to d1k2da1
  16. Domain(s) for 2ipk:
  17. Domain(s) for 2oje:
    1. 2022076Domain d2ojea1: 2oje A:83-179 [139103]
      Other proteins in same PDB: d2ojea2, d2ojeb1, d2ojeb2, d2ojed1, d2ojee2, d2ojef1, d2ojef2, d2ojeh1
      automatically matched to d1k2da1
      complexed with po4
    2. 2022077Domain d2ojee1: 2oje E:83-179 [139108]
      Other proteins in same PDB: d2ojea2, d2ojeb1, d2ojeb2, d2ojed1, d2ojee2, d2ojef1, d2ojef2, d2ojeh1
      automatically matched to d1k2da1
      complexed with po4
  18. Domain(s) for 2p24:
  19. Domain(s) for 2pxy:
  20. Domain(s) for 2z31:
  21. Domain(s) for 3c5z:
    1. 2022073Domain d3c5zc1: 3c5z C:84-182 [155953]
      Other proteins in same PDB: d3c5za1, d3c5za2, d3c5zb1, d3c5zb2, d3c5zc2, d3c5zd1, d3c5zd2, d3c5ze1, d3c5ze2, d3c5zf1, d3c5zf2, d3c5zg2, d3c5zh1, d3c5zh2
      automated match to d1lnua1
    2. 2022074Domain d3c5zg1: 3c5z G:84-182 [155957]
      Other proteins in same PDB: d3c5za1, d3c5za2, d3c5zb1, d3c5zb2, d3c5zc2, d3c5zd1, d3c5zd2, d3c5ze1, d3c5ze2, d3c5zf1, d3c5zf2, d3c5zg2, d3c5zh1, d3c5zh2
      automated match to d1lnua1
  22. Domain(s) for 3c60:
    1. 2022084Domain d3c60c1: 3c60 C:83-182 [155961]
      Other proteins in same PDB: d3c60a1, d3c60a2, d3c60b1, d3c60b2, d3c60c2, d3c60d1, d3c60d2, d3c60e1, d3c60e2, d3c60f1, d3c60f2, d3c60g2, d3c60h1, d3c60h2
      automated match to d1k2da1
    2. 2022085Domain d3c60g1: 3c60 G:83-182 [155965]
      Other proteins in same PDB: d3c60a1, d3c60a2, d3c60b1, d3c60b2, d3c60c2, d3c60d1, d3c60d2, d3c60e1, d3c60e2, d3c60f1, d3c60f2, d3c60g2, d3c60h1, d3c60h2
      automated match to d1k2da1
  23. Domain(s) for 3c6l:
    1. 2022090Domain d3c6lc1: 3c6l C:83-182 [155979]
      Other proteins in same PDB: d3c6la1, d3c6la2, d3c6lc2, d3c6ld1, d3c6ld2, d3c6le1, d3c6le2, d3c6lg2, d3c6lh1, d3c6lh2
      automatically matched to d1k2da1
      complexed with ca
    2. 2022091Domain d3c6lg1: 3c6l G:83-182 [155985]
      Other proteins in same PDB: d3c6la1, d3c6la2, d3c6lc2, d3c6ld1, d3c6ld2, d3c6le1, d3c6le2, d3c6lg2, d3c6lh1, d3c6lh2
      automatically matched to d1k2da1
      complexed with ca
  24. Domain(s) for 3cup:
  25. Domain(s) for 4p46:

More info for Species Mouse (Mus musculus), I-A group [TaxId:10090] from b.1.1.2 Class II MHC alpha chain, C-terminal domain

Timeline for Species Mouse (Mus musculus), I-A group [TaxId:10090] from b.1.1.2 Class II MHC alpha chain, C-terminal domain: