Lineage for Protein: Class II MHC alpha chain, C-terminal domain

  1. Root: SCOP 1.75
  2. 781541Class b: All beta proteins [48724] (174 folds)
  3. 781542Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (28 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 781543Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) (S)
  5. 783929Family b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) [48942] (23 proteins)
  6. 784786Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain [88618] (6 species)

Species:

  1. 784787Human (Homo sapiens), HLA-DM [TaxId:9606] [88619] (1 PDB entry)
    probably orthologous to the mouse H2-DM
  2. 784789Human (Homo sapiens), HLA-DQ group [TaxId:9606] [88623] (3 PDB entries)
    probably orthologous to the mouse I-A group
    1. Domain for 1jk8:
    2. Domains for 1s9v:
      1. 784791Domain d1s9va1: 1s9v A:85-180 [98760]
        Other proteins in same PDB: d1s9va2, d1s9vb1, d1s9vb2, d1s9vd2, d1s9ve1, d1s9ve2
        complexed with deamidated gliadin peptide
      2. 784792Domain d1s9vd1: 1s9v D:85-178 [98764]
        Other proteins in same PDB: d1s9va2, d1s9vb1, d1s9vb2, d1s9vd2, d1s9ve1, d1s9ve2
        complexed with deamidated gliadin peptide
        complexed with edo
    3. Domain for 1uvq:
  3. 784794Human (Homo sapiens), HLA-DR group [TaxId:9606] [88621] (29 PDB entries)
    Uniprot P01903 28-207
    probably orthologous to the mouse I-E group
    1. Domain for 1a6a:
    2. Domains for 1aqd:
      1. 784809Domain d1aqda1: 1aqd A:82-181 [21585]
        Other proteins in same PDB: d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj2, d1aqdk1, d1aqdk2
      2. 784810Domain d1aqdd1: 1aqd D:82-179 [21587]
        Other proteins in same PDB: d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj2, d1aqdk1, d1aqdk2
      3. 784811Domain d1aqdg1: 1aqd G:82-179 [21589]
        Other proteins in same PDB: d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj2, d1aqdk1, d1aqdk2
      4. 784812Domain d1aqdj1: 1aqd J:82-179 [21591]
        Other proteins in same PDB: d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj2, d1aqdk1, d1aqdk2
    3. Domains for 1bx2:
      1. 784826Domain d1bx2a1: 1bx2 A:82-181 [21609]
        Other proteins in same PDB: d1bx2a2, d1bx2b1, d1bx2b2, d1bx2d2, d1bx2e1, d1bx2e2
      2. 784827Domain d1bx2d1: 1bx2 D:82-181 [21611]
        Other proteins in same PDB: d1bx2a2, d1bx2b1, d1bx2b2, d1bx2d2, d1bx2e1, d1bx2e2
        complexed with nag
    4. Domain for 1d5m:
    5. Domain for 1d5x:
    6. Domain for 1d5z:
    7. Domain for 1d6e:
    8. Domains for 1dlh:
      1. 784823Domain d1dlha1: 1dlh A:82-182 [21597]
        Other proteins in same PDB: d1dlha2, d1dlhb1, d1dlhb2, d1dlhd2, d1dlhe1, d1dlhe2
      2. 784824Domain d1dlhd1: 1dlh D:82-182 [21599]
        Other proteins in same PDB: d1dlha2, d1dlhb1, d1dlhb2, d1dlhd2, d1dlhe1, d1dlhe2
        complexed with nag
    9. Domains for 1fv1:
      1. 784798Domain d1fv1a1: 1fv1 A:82-181 [21605]
        Other proteins in same PDB: d1fv1a2, d1fv1b1, d1fv1b2, d1fv1d2, d1fv1e1, d1fv1e2
      2. 784799Domain d1fv1d1: 1fv1 D:82-181 [21607]
        Other proteins in same PDB: d1fv1a2, d1fv1b1, d1fv1b2, d1fv1d2, d1fv1e1, d1fv1e2
        complexed with cry, so4
    10. Domain for 1fyt:
    11. Domains for 1h15:
      1. 784830Domain d1h15a1: 1h15 A:82-182 [76454]
        Other proteins in same PDB: d1h15a2, d1h15b1, d1h15b2, d1h15d2, d1h15e1, d1h15e2
      2. 784831Domain d1h15d1: 1h15 D:82-182 [76458]
        Other proteins in same PDB: d1h15a2, d1h15b1, d1h15b2, d1h15d2, d1h15e1, d1h15e2
        complexed with nag, ndg
    12. Domain for 1hqr:
    13. Domain for 1hxy:
    14. Domain for 1j8h:
    15. Domain for 1jwm:
    16. Domain for 1jws:
    17. Domain for 1jwu:
    18. Domain for 1kg0:
    19. Domain for 1klg:
    20. Domain for 1klu:
    21. Domain for 1lo5:
    22. Domain for 1pyw:
    23. Domains for 1r5i:
      1. 784821Domain d1r5ia1: 1r5i A:82-181 [97087]
        Other proteins in same PDB: d1r5ia2, d1r5ib1, d1r5ib2, d1r5id_, d1r5ie2, d1r5if1, d1r5if2, d1r5ih_
      2. 784822Domain d1r5ie1: 1r5i E:82-181 [97092]
        Other proteins in same PDB: d1r5ia2, d1r5ib1, d1r5ib2, d1r5id_, d1r5ie2, d1r5if1, d1r5if2, d1r5ih_
        complexed with po4
    24. Domains for 1seb:
      1. 784828Domain d1seba1: 1seb A:82-181 [21601]
        Other proteins in same PDB: d1seba2, d1sebb1, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe2, d1sebf1, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
      2. 784829Domain d1sebe1: 1seb E:82-181 [21603]
        Other proteins in same PDB: d1seba2, d1sebb1, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe2, d1sebf1, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
    25. Domain for 1sje:
    26. Domain for 1sjh:
    27. Domains for 1t5w:
      1. 784806Domain d1t5wa1: 1t5w A:82-181 [106481]
        Other proteins in same PDB: d1t5wa2, d1t5wb1, d1t5wb2, d1t5wd2, d1t5we1, d1t5we2
      2. 784807Domain d1t5wd1: 1t5w D:82-181 [106485]
        Other proteins in same PDB: d1t5wa2, d1t5wb1, d1t5wb2, d1t5wd2, d1t5we1, d1t5we2
    28. Domain for 1t5x:
    29. Domain for 2seb:
  4. 784834Mouse (Mus musculus), H2-DM [TaxId:10090] [88620] (1 PDB entry)
    probably orthologous to the human HLA-DM
  5. 784836Mouse (Mus musculus), I-A group [TaxId:10090] [88624] (26 PDB entries)
    probably orthologous to the human HLA-DQ group
    1. Domains for 1d9k:
      1. 784878Domain d1d9kc1: 1d9k C:82-182 [21627]
        Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg2, d1d9kh1, d1d9kh2
      2. 784879Domain d1d9kg1: 1d9k G:82-182 [21629]
        Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg2, d1d9kh1, d1d9kh2
    2. Domain for 1es0:
    3. Domains for 1f3j:
      1. 784863Domain d1f3ja1: 1f3j A:83-181 [21645]
        Other proteins in same PDB: d1f3ja2, d1f3jb1, d1f3jb2, d1f3jd2, d1f3je1, d1f3je2
      2. 784864Domain d1f3jd1: 1f3j D:83-181 [21647]
        Other proteins in same PDB: d1f3ja2, d1f3jb1, d1f3jb2, d1f3jd2, d1f3je1, d1f3je2
        complexed with nag
    4. Domain for 1iak:
    5. Domain for 1iao:
    6. Domain for 1jl4:
    7. Domain for 1k2d:
    8. Domains for 1lnu:
      1. 784851Domain d1lnua1: 1lnu A:84-182 [74097]
        Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
      2. 784852Domain d1lnuc1: 1lnu C:84-182 [74101]
        Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
      3. 784853Domain d1lnue1: 1lnu E:84-182 [74105]
        Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
      4. 784854Domain d1lnug1: 1lnu G:84-182 [74109]
        Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
        complexed with nag
    9. Domain for 1muj:
    10. Domains for 1u3h:
      1. 784845Domain d1u3hc1: 1u3h C:82-181 [119510]
        Other proteins in same PDB: d1u3ha1, d1u3hb1, d1u3hc2, d1u3hd1, d1u3hd2, d1u3he1, d1u3hf1, d1u3hg2, d1u3hh1, d1u3hh2
        automatically matched to d1k2da1
        mutant
      2. 784846Domain d1u3hg1: 1u3h G:82-181 [119514]
        Other proteins in same PDB: d1u3ha1, d1u3hb1, d1u3hc2, d1u3hd1, d1u3hd2, d1u3he1, d1u3hf1, d1u3hg2, d1u3hh1, d1u3hh2
        automatically matched to d1k2da1
        mutant
    11. Domain for 1ymm:
    12. Domains for 1zgl:
      1. 784871Domain d1zgla1: 1zgl A:83-179 [125031]
        Other proteins in same PDB: d1zgla2, d1zglb1, d1zglb2, d1zgld2, d1zgle1, d1zgle2, d1zglg2, d1zglh1, d1zglh2, d1zglj2, d1zglk1, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1k2da1
      2. 784872Domain d1zgld1: 1zgl D:83-179 [125035]
        Other proteins in same PDB: d1zgla2, d1zglb1, d1zglb2, d1zgld2, d1zgle1, d1zgle2, d1zglg2, d1zglh1, d1zglh2, d1zglj2, d1zglk1, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1k2da1
      3. 784873Domain d1zglg1: 1zgl G:83-179 [125039]
        Other proteins in same PDB: d1zgla2, d1zglb1, d1zglb2, d1zgld2, d1zgle1, d1zgle2, d1zglg2, d1zglh1, d1zglh2, d1zglj2, d1zglk1, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1k2da1
      4. 784874Domain d1zglj1: 1zgl J:83-179 [125043]
        Other proteins in same PDB: d1zgla2, d1zglb1, d1zglb2, d1zgld2, d1zgle1, d1zgle2, d1zglg2, d1zglh1, d1zglh2, d1zglj2, d1zglk1, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1k2da1
    13. Domains for 2fse:
      1. 784865Domain d2fsea1: 2fse A:83-181 [134017]
        Other proteins in same PDB: d2fsea2, d2fseb1, d2fseb2, d2fsec2, d2fsed1, d2fsed2
        automatically matched to d1k2da1
      2. 784866Domain d2fsec1: 2fse C:83-180 [134021]
        Other proteins in same PDB: d2fsea2, d2fseb1, d2fseb2, d2fsec2, d2fsed1, d2fsed2
        automatically matched to d1k2da1
    14. Domain for 2g9h:
    15. Domain for 2iad:
    16. Domain for 2iam:
    17. Domains for 2ian:
      1. 784859Domain d2iana1: 2ian A:83-179 [137162]
        Other proteins in same PDB: d2iana2, d2ianb1, d2ianb2, d2ianf2, d2iang1, d2iang2, d2iank2, d2ianl1, d2ianl2, d2ianp2, d2ianq1, d2ianq2
        automatically matched to d1k2da1
        mutant
      2. 784860Domain d2ianf1: 2ian F:83-179 [137166]
        Other proteins in same PDB: d2iana2, d2ianb1, d2ianb2, d2ianf2, d2iang1, d2iang2, d2iank2, d2ianl1, d2ianl2, d2ianp2, d2ianq1, d2ianq2
        automatically matched to d1k2da1
        mutant
      3. 784861Domain d2iank1: 2ian K:83-179 [137170]
        Other proteins in same PDB: d2iana2, d2ianb1, d2ianb2, d2ianf2, d2iang1, d2iang2, d2iank2, d2ianl1, d2ianl2, d2ianp2, d2ianq1, d2ianq2
        automatically matched to d1k2da1
        mutant
      4. 784862Domain d2ianp1: 2ian P:83-179 [137174]
        Other proteins in same PDB: d2iana2, d2ianb1, d2ianb2, d2ianf2, d2iang1, d2iang2, d2iank2, d2ianl1, d2ianl2, d2ianp2, d2ianq1, d2ianq2
        automatically matched to d1k2da1
        mutant
    18. Domains for 2icw:
      1. 784847Domain d2icwa1: 2icw A:83-179 [137243]
        Other proteins in same PDB: d2icwa2, d2icwb1, d2icwb2, d2icwd2, d2icwe1, d2icwe2, d2icwg1, d2icwh1, d2icwj1, d2icwl1
        automatically matched to d1k2da1
        mutant
      2. 784848Domain d2icwd1: 2icw D:83-179 [137247]
        Other proteins in same PDB: d2icwa2, d2icwb1, d2icwb2, d2icwd2, d2icwe1, d2icwe2, d2icwg1, d2icwh1, d2icwj1, d2icwl1
        automatically matched to d1k2da1
        mutant
    19. Domain for 2ipk:
    20. Domains for 2oje:
      1. 784856Domain d2ojea1: 2oje A:83-179 [139103]
        Other proteins in same PDB: d2ojea2, d2ojeb1, d2ojeb2, d2ojed1, d2ojee2, d2ojef1, d2ojef2, d2ojeh1
        automatically matched to d1k2da1
        complexed with po4
      2. 784857Domain d2ojee1: 2oje E:83-179 [139108]
        Other proteins in same PDB: d2ojea2, d2ojeb1, d2ojeb2, d2ojed1, d2ojee2, d2ojef1, d2ojef2, d2ojeh1
        automatically matched to d1k2da1
        complexed with po4
    21. Domain for 2p24:
    22. Domain for 2pxy:
    23. Domain for 2z31:
    24. Domains for 3c5z:
      1. 784849Domain d3c5zc1: 3c5z C:83-182 [155953]
        Other proteins in same PDB: d3c5zc2, d3c5zd1, d3c5zd2, d3c5zg2, d3c5zh1, d3c5zh2
        automatically matched to d1k2da1
      2. 784850Domain d3c5zg1: 3c5z G:83-182 [155957]
        Other proteins in same PDB: d3c5zc2, d3c5zd1, d3c5zd2, d3c5zg2, d3c5zh1, d3c5zh2
        automatically matched to d1k2da1
    25. Domains for 3c60:
      1. 784869Domain d3c60c1: 3c60 C:83-182 [155961]
        Other proteins in same PDB: d3c60c2, d3c60d1, d3c60d2, d3c60g2, d3c60h1, d3c60h2
        automatically matched to d1k2da1
      2. 784870Domain d3c60g1: 3c60 G:83-182 [155965]
        Other proteins in same PDB: d3c60c2, d3c60d1, d3c60d2, d3c60g2, d3c60h1, d3c60h2
        automatically matched to d1k2da1
    26. Domains for 3c6l:
      1. 784875Domain d3c6lc1: 3c6l C:83-182 [155979]
        Other proteins in same PDB: d3c6la1, d3c6la2, d3c6lc2, d3c6ld1, d3c6ld2, d3c6le1, d3c6le2, d3c6lg2, d3c6lh1, d3c6lh2
        automatically matched to d1k2da1
        complexed with ca
      2. 784876Domain d3c6lg1: 3c6l G:83-182 [155985]
        Other proteins in same PDB: d3c6la1, d3c6la2, d3c6lc2, d3c6ld1, d3c6ld2, d3c6le1, d3c6le2, d3c6lg2, d3c6lh1, d3c6lh2
        automatically matched to d1k2da1
        complexed with ca
  6. 784881Mouse (Mus musculus), I-E group [TaxId:10090] [88622] (9 PDB entries)
    probably orthologous to the human HLA-DR group
    1. Domains for 1fne:
      1. 784884Domain d1fnea1: 1fne A:82-182 [59896]
        Other proteins in same PDB: d1fnea2, d1fneb1, d1fneb2, d1fnec2, d1fned1, d1fned2
      2. 784885Domain d1fnec1: 1fne C:82-182 [59900]
        Other proteins in same PDB: d1fnea2, d1fneb1, d1fneb2, d1fnec2, d1fned1, d1fned2
        complexed with nag; mutant
    2. Domains for 1fng:
      1. 784882Domain d1fnga1: 1fng A:82-182 [59904]
        Other proteins in same PDB: d1fnga2, d1fngb1, d1fngb2, d1fngc2, d1fngd1, d1fngd2
      2. 784883Domain d1fngc1: 1fng C:82-182 [59908]
        Other proteins in same PDB: d1fnga2, d1fngb1, d1fngb2, d1fngc2, d1fngd1, d1fngd2
        complexed with nag
    3. Domains for 1i3r:
      1. 784888Domain d1i3ra1: 1i3r A:82-182 [61620]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg2, d1i3rh1, d1i3rh2
      2. 784889Domain d1i3rc1: 1i3r C:82-182 [61624]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg2, d1i3rh1, d1i3rh2
      3. 784890Domain d1i3re1: 1i3r E:82-182 [61628]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg2, d1i3rh1, d1i3rh2
      4. 784891Domain d1i3rg1: 1i3r G:82-182 [61632]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg2, d1i3rh1, d1i3rh2
        complexed with nag; mutant
    4. Domains for 1iea:
      1. 784886Domain d1ieaa1: 1iea A:82-182 [21631]
        Other proteins in same PDB: d1ieaa2, d1ieab1, d1ieab2, d1ieac2, d1iead1, d1iead2
      2. 784887Domain d1ieac1: 1iea C:82-182 [21633]
        Other proteins in same PDB: d1ieaa2, d1ieab1, d1ieab2, d1ieac2, d1iead1, d1iead2
        complexed with nag
    5. Domains for 1ieb:
      1. 784898Domain d1ieba1: 1ieb A:82-182 [21635]
        Other proteins in same PDB: d1ieba2, d1iebb1, d1iebb2, d1iebc2, d1iebd1, d1iebd2
      2. 784899Domain d1iebc1: 1ieb C:82-182 [21637]
        Other proteins in same PDB: d1ieba2, d1iebb1, d1iebb2, d1iebc2, d1iebd1, d1iebd2
        complexed with nag, so4
    6. Domains for 1kt2:
      1. 784896Domain d1kt2a1: 1kt2 A:82-182 [72951]
        Other proteins in same PDB: d1kt2a2, d1kt2b1, d1kt2b2, d1kt2c2, d1kt2d1, d1kt2d2
      2. 784897Domain d1kt2c1: 1kt2 C:82-182 [72955]
        Other proteins in same PDB: d1kt2a2, d1kt2b1, d1kt2b2, d1kt2c2, d1kt2d1, d1kt2d2
        complexed with nag
    7. Domains for 1ktd:
      1. 784892Domain d1ktda1: 1ktd A:82-182 [72964]
        Other proteins in same PDB: d1ktda2, d1ktdb1, d1ktdb2, d1ktdc2, d1ktdd1, d1ktdd2
      2. 784893Domain d1ktdc1: 1ktd C:82-182 [72968]
        Other proteins in same PDB: d1ktda2, d1ktdb1, d1ktdb2, d1ktdc2, d1ktdd1, d1ktdd2
        complexed with nag, so4; mutant
    8. Domains for 1r5v:
      1. 784894Domain d1r5va1: 1r5v A:82-182 [97116]
        Other proteins in same PDB: d1r5va2, d1r5vb1, d1r5vb2, d1r5vc2, d1r5vd1, d1r5vd2
      2. 784895Domain d1r5vc1: 1r5v C:82-182 [97120]
        Other proteins in same PDB: d1r5va2, d1r5vb1, d1r5vb2, d1r5vc2, d1r5vd1, d1r5vd2
    9. Domains for 1r5w:
      1. 784900Domain d1r5wa1: 1r5w A:82-182 [97124]
        Other proteins in same PDB: d1r5wa2, d1r5wb1, d1r5wb2, d1r5wc2, d1r5wd1, d1r5wd2
      2. 784901Domain d1r5wc1: 1r5w C:82-182 [97128]
        Other proteins in same PDB: d1r5wa2, d1r5wb1, d1r5wb2, d1r5wc2, d1r5wd1, d1r5wd2
        mutant

More info for Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like)

Timeline for Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like):

  • Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) first appeared in SCOP 1.65
  • Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) appears in SCOP 1.73
  • Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) appears in SCOPe 2.01
  • Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) appears in the current release, SCOPe 2.07