Lineage for Species: Engineered (including hybrid species)

  1. Root: SCOPe 2.02
  2. 1103260Class b: All beta proteins [48724] (174 folds)
  3. 1103261Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (28 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 1103262Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (5 families) (S)
  5. 1103263Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (33 proteins)
  6. 1103461Protein Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH [88543] (21 species)
    VH domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VH domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 1103465Species Engineered (including hybrid species) [88562] (67 PDB entries)
    SQ NA # humanized antidoby; bactericidal Fab-h6831 ! SQ NA # humanized antibody ! SQ NA # Humanized antibody ! SQ NA # engineered antibody

PDB entries in Species: Engineered (including hybrid species):

  1. Domain(s) for 1ad0:
    1. 1103504Domain d1ad0b1: 1ad0 B:1-113 [20125]
      Other proteins in same PDB: d1ad0a1, d1ad0a2, d1ad0b2, d1ad0c1, d1ad0c2, d1ad0d2
      part of humanized Fab A5B7
    2. 1103505Domain d1ad0d1: 1ad0 D:1-113 [20127]
      Other proteins in same PDB: d1ad0a1, d1ad0a2, d1ad0b2, d1ad0c1, d1ad0c2, d1ad0d2
      part of humanized Fab A5B7
  2. Domain(s) for 1ad9:
    1. 1103543Domain d1ad9b1: 1ad9 B:1-113 [20215]
      Other proteins in same PDB: d1ad9a1, d1ad9a2, d1ad9b2, d1ad9h2, d1ad9l1, d1ad9l2
      part of humanized Fab CTM01
      complexed with so4
    2. 1103544Domain d1ad9h1: 1ad9 H:1-113 [20213]
      Other proteins in same PDB: d1ad9a1, d1ad9a2, d1ad9b2, d1ad9h2, d1ad9l1, d1ad9l2
      part of humanized Fab CTM01
      complexed with so4
  3. Domain(s) for 1b2w:
  4. Domain(s) for 1bvk:
    1. 1103546Domain d1bvkb_: 1bvk B: [20279]
      Other proteins in same PDB: d1bvka_, d1bvkc_, d1bvkd_, d1bvkf_
      part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11
    2. 1103547Domain d1bvke_: 1bvk E: [20281]
      Other proteins in same PDB: d1bvka_, d1bvkc_, d1bvkd_, d1bvkf_
      part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11
  5. Domain(s) for 1bvl:
    1. 1103553Domain d1bvla_: 1bvl A: [20282]
      Other proteins in same PDB: d1bvlb_, d1bvld_
      part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11
    2. 1103554Domain d1bvlc_: 1bvl C: [20284]
      Other proteins in same PDB: d1bvlb_, d1bvld_
      part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11
  6. Domain(s) for 1fgv:
  7. Domain(s) for 1fvc:
    1. 1103488Domain d1fvcb_: 1fvc B: [19863]
      Other proteins in same PDB: d1fvca_, d1fvcc_
      part of humanized Fv 4D5, herceptin
    2. 1103489Domain d1fvcd_: 1fvc D: [19865]
      Other proteins in same PDB: d1fvca_, d1fvcc_
      part of humanized Fv 4D5, herceptin
  8. Domain(s) for 1fvd:
    1. 1103502Domain d1fvdb1: 1fvd B:1-120 [19867]
      Other proteins in same PDB: d1fvda1, d1fvda2, d1fvdb2, d1fvdc1, d1fvdc2, d1fvdd2
      part of humanized Fab 4D5, herceptin
    2. 1103503Domain d1fvdd1: 1fvd D:1-120 [19869]
      Other proteins in same PDB: d1fvda1, d1fvda2, d1fvdb2, d1fvdc1, d1fvdc2, d1fvdd2
      part of humanized Fab 4D5, herceptin
  9. Domain(s) for 1fve:
    1. 1103515Domain d1fveb1: 1fve B:1-120 [19871]
      Other proteins in same PDB: d1fvea1, d1fvea2, d1fveb2, d1fvec1, d1fvec2, d1fved2
      part of humanized Fab 4D5, herceptin
    2. 1103516Domain d1fved1: 1fve D:1-120 [19873]
      Other proteins in same PDB: d1fvea1, d1fvea2, d1fveb2, d1fvec1, d1fvec2, d1fved2
      part of humanized Fab 4D5, herceptin
  10. Domain(s) for 1gpo:
    1. 1103480Domain d1gpoh1: 1gpo H:1-113 [20225]
      Other proteins in same PDB: d1gpoh2, d1gpoi2, d1gpol1, d1gpol2, d1gpom1, d1gpom2
      part of Fab M41 (artificial design)
      complexed with so4
    2. 1103481Domain d1gpoi1: 1gpo I:1-113 [20227]
      Other proteins in same PDB: d1gpoh2, d1gpoi2, d1gpol1, d1gpol2, d1gpom1, d1gpom2
      part of Fab M41 (artificial design)
      complexed with so4
  11. Domain(s) for 1i9r:
    1. 1103555Domain d1i9rh1: 1i9r H:1-118 [71151]
      Other proteins in same PDB: d1i9ra_, d1i9rb_, d1i9rc_, d1i9rh2, d1i9rk2, d1i9rl1, d1i9rl2, d1i9rm1, d1i9rm2, d1i9rx2, d1i9ry1, d1i9ry2
      complexed with zn
    2. 1103556Domain d1i9rk1: 1i9r K:1-118 [71153]
      Other proteins in same PDB: d1i9ra_, d1i9rb_, d1i9rc_, d1i9rh2, d1i9rk2, d1i9rl1, d1i9rl2, d1i9rm1, d1i9rm2, d1i9rx2, d1i9ry1, d1i9ry2
      complexed with zn
    3. 1103557Domain d1i9rx1: 1i9r X:1-118 [71159]
      Other proteins in same PDB: d1i9ra_, d1i9rb_, d1i9rc_, d1i9rh2, d1i9rk2, d1i9rl1, d1i9rl2, d1i9rm1, d1i9rm2, d1i9rx2, d1i9ry1, d1i9ry2
      complexed with zn
  12. Domain(s) for 1it9:
  13. Domain(s) for 1jps:
  14. Domain(s) for 1jpt:
  15. Domain(s) for 1jv5:
  16. Domain(s) for 1l7i:
  17. Domain(s) for 1mhp:
    1. 1103539Domain d1mhph1: 1mhp H:1-118 [84967]
      Other proteins in same PDB: d1mhpa_, d1mhpb_, d1mhph2, d1mhpl1, d1mhpl2, d1mhpy_
      part of humanized anti-alpha1 integrin I-domain Fab
      complexed with mn
    2. 1103540Domain d1mhpx_: 1mhp X: [84971]
      Other proteins in same PDB: d1mhpa_, d1mhpb_, d1mhph2, d1mhpl1, d1mhpl2, d1mhpy_
      part of humanized anti-alpha1 integrin I-domain Fab; only V domain is ordered
      complexed with mn
  18. Domain(s) for 1n8z:
  19. Domain(s) for 1ohq:
    1. 1103476Domain d1ohqa_: 1ohq A: [93027]
      soluble VH Hel4, resistant to aggregation
    2. 1103477Domain d1ohqb_: 1ohq B: [93028]
      soluble VH Hel4, resistant to aggregation
  20. Domain(s) for 1ol0:
    1. 1103466Domain d1ol0a_: 1ol0 A: [93296]
      camelized human VH
      complexed with gol, so4
    2. 1103467Domain d1ol0b_: 1ol0 B: [93297]
      camelized human VH
      complexed with gol, so4
  21. Domain(s) for 1om3:
    1. 1103495Domain d1om3h1: 1om3 H:1-115 [87059]
      Other proteins in same PDB: d1om3h2, d1om3k2, d1om3l1, d1om3l2, d1om3m1, d1om3m2
      part of engineered Fab 2G12
    2. 1103496Domain d1om3k1: 1om3 K:1-115 [87061]
      Other proteins in same PDB: d1om3h2, d1om3k2, d1om3l1, d1om3l2, d1om3m1, d1om3m2
      part of engineered Fab 2G12
  22. Domain(s) for 1op3:
    1. 1103473Domain d1op3h1: 1op3 H:1-115 [87208]
      Other proteins in same PDB: d1op3h2, d1op3k1, d1op3k2, d1op3l1, d1op3l2, d1op3m2
      part of engineered Fab 2G12
      complexed with bez, man
    2. 1103474Domain d1op3m1: 1op3 M:1-115 [87214]
      Other proteins in same PDB: d1op3h2, d1op3k1, d1op3k2, d1op3l1, d1op3l2, d1op3m2
      part of engineered Fab 2G12
      complexed with bez, man
  23. Domain(s) for 1op5:
    1. 1103560Domain d1op5h1: 1op5 H:1-115 [87216]
      Other proteins in same PDB: d1op5h2, d1op5k1, d1op5k2, d1op5l1, d1op5l2, d1op5m2
      part of engineered Fab 2G12
      complexed with man
    2. 1103561Domain d1op5m1: 1op5 M:1-115 [87222]
      Other proteins in same PDB: d1op5h2, d1op5k1, d1op5k2, d1op5l1, d1op5l2, d1op5m2
      part of engineered Fab 2G12
      complexed with man
  24. Domain(s) for 1pg7:
    1. 1103511Domain d1pg7h1: 1pg7 H:1-117 [94674]
      Other proteins in same PDB: d1pg7h2, d1pg7i2, d1pg7l1, d1pg7l2, d1pg7m1, d1pg7m2, d1pg7w1, d1pg7w2, d1pg7x2, d1pg7y1, d1pg7y2, d1pg7z2
      part of humanized Fab D3H44 against human tissue factor
    2. 1103512Domain d1pg7i1: 1pg7 I:1-117 [94676]
      Other proteins in same PDB: d1pg7h2, d1pg7i2, d1pg7l1, d1pg7l2, d1pg7m1, d1pg7m2, d1pg7w1, d1pg7w2, d1pg7x2, d1pg7y1, d1pg7y2, d1pg7z2
      part of humanized Fab D3H44 against human tissue factor
  25. Domain(s) for 1rjl:
  26. Domain(s) for 1s78:
    1. 1103563Domain d1s78d1: 1s78 D:1-113 [98626]
      Other proteins in same PDB: d1s78a1, d1s78a2, d1s78a3, d1s78a4, d1s78b1, d1s78b2, d1s78b3, d1s78b4, d1s78c1, d1s78c2, d1s78d2, d1s78e1, d1s78e2, d1s78f2
      part of anti-ERBb2 Fab Pertuzumab
      complexed with nag
    2. 1103564Domain d1s78f1: 1s78 F:1-113 [98630]
      Other proteins in same PDB: d1s78a1, d1s78a2, d1s78a3, d1s78a4, d1s78b1, d1s78b2, d1s78b3, d1s78b4, d1s78c1, d1s78c2, d1s78d2, d1s78e1, d1s78e2, d1s78f2
      part of anti-ERBb2 Fab Pertuzumab
      complexed with nag
  27. Domain(s) for 1t04:
    1. 1103551Domain d1t04b1: 1t04 B:1-118 [112184]
      Other proteins in same PDB: d1t04a1, d1t04a2, d1t04b2, d1t04c1, d1t04c2, d1t04d2
    2. 1103552Domain d1t04d1: 1t04 D:1-118 [112188]
      Other proteins in same PDB: d1t04a1, d1t04a2, d1t04b2, d1t04c1, d1t04c2, d1t04d2
  28. Domain(s) for 1t3f:
  29. Domain(s) for 1tjg:
  30. Domain(s) for 1tjh:
  31. Domain(s) for 1tji:
  32. Domain(s) for 1tzh:
    1. 1103518Domain d1tzhb1: 1tzh B:1-113 [107479]
      Other proteins in same PDB: d1tzha1, d1tzha2, d1tzhb2, d1tzhh2, d1tzhl1, d1tzhl2, d1tzhv_, d1tzhw_
    2. 1103519Domain d1tzhh1: 1tzh H:1-113 [107481]
      Other proteins in same PDB: d1tzha1, d1tzha2, d1tzhb2, d1tzhh2, d1tzhl1, d1tzhl2, d1tzhv_, d1tzhw_
  33. Domain(s) for 1tzi:
  34. Domain(s) for 1u8h:
  35. Domain(s) for 1u8i:
  36. Domain(s) for 1u8j:
  37. Domain(s) for 1u8k:
  38. Domain(s) for 1u8l:
  39. Domain(s) for 1u8m:
  40. Domain(s) for 1u8n:
  41. Domain(s) for 1u8o:
  42. Domain(s) for 1u8p:
  43. Domain(s) for 1u8q:
  44. Domain(s) for 1u91:
  45. Domain(s) for 1u92:
  46. Domain(s) for 1u93:
  47. Domain(s) for 1u95:
  48. Domain(s) for 1uj3:
  49. Domain(s) for 1vhp:
  50. Domain(s) for 2agj:
  51. Domain(s) for 2b0s:
  52. Domain(s) for 2b1a:
  53. Domain(s) for 2b1h:
  54. Domain(s) for 2f5a:
  55. Domain(s) for 2f5b:
  56. Domain(s) for 2fgw:
  57. Domain(s) for 2fjf:
    1. 1103521Domain d2fjfb1: 2fjf B:1-120 [133579]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    2. 1103522Domain d2fjfd1: 2fjf D:1-120 [133581]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    3. 1103523Domain d2fjff1: 2fjf F:1-120 [133583]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    4. 1103524Domain d2fjfh1: 2fjf H:1-120 [133585]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    5. 1103525Domain d2fjfi1: 2fjf I:1-120 [133587]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    6. 1103526Domain d2fjfk1: 2fjf K:1-120 [133589]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    7. 1103527Domain d2fjfn1: 2fjf N:1-120 [133591]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    8. 1103528Domain d2fjfp1: 2fjf P:1-120 [133593]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    9. 1103529Domain d2fjfr1: 2fjf R:1-120 [133595]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    10. 1103530Domain d2fjft1: 2fjf T:1-120 [133597]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    11. 1103531Domain d2fjfv1: 2fjf V:1-120 [133599]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    12. 1103532Domain d2fjfx1: 2fjf X:1-120 [133601]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
  58. Domain(s) for 2fjg:
    1. 1103536Domain d2fjgb1: 2fjg B:1-120 [133603]
      Other proteins in same PDB: d2fjgb2, d2fjgh2, d2fjgv_, d2fjgw_
      automatically matched to d1fvcb_
      complexed with so4
    2. 1103537Domain d2fjgh1: 2fjg H:1-120 [133605]
      Other proteins in same PDB: d2fjgb2, d2fjgh2, d2fjgv_, d2fjgw_
      automatically matched to d1fvcb_
      complexed with so4
  59. Domain(s) for 2h9g:
    1. 1103508Domain d2h9gb1: 2h9g B:1-113 [136257]
      Other proteins in same PDB: d2h9gb2, d2h9gh2, d2h9gr1, d2h9gr2, d2h9gr3
      automatically matched to d1fvcb_
    2. 1103509Domain d2h9gh1: 2h9g H:1-113 [136259]
      Other proteins in same PDB: d2h9gb2, d2h9gh2, d2h9gr1, d2h9gr2, d2h9gr3
      automatically matched to d1fvcb_
  60. Domain(s) for 2nyy:
  61. Domain(s) for 2nz9:
    1. 1103558Domain d2nz9d1: 2nz9 D:2-118 [138842]
      Other proteins in same PDB: d2nz9c1, d2nz9c2, d2nz9d2, d2nz9e1, d2nz9e2, d2nz9f2
      automatically matched to d1mhph1
      complexed with ca, zn
    2. 1103559Domain d2nz9f1: 2nz9 F:2-118 [138846]
      Other proteins in same PDB: d2nz9c1, d2nz9c2, d2nz9d2, d2nz9e1, d2nz9e2, d2nz9f2
      automatically matched to d1mhph1
      complexed with ca, zn
  62. Domain(s) for 2p8l:
  63. Domain(s) for 2p8m:
  64. Domain(s) for 2p8p:
  65. Domain(s) for 2pr4:
  66. Domain(s) for 2pw1:
  67. Domain(s) for 2pw2:

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