Class b: All beta proteins [48724] (174 folds) |
Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (28 superfamilies) sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key some members of the fold have additional strands |
Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) |
Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (32 proteins) |
Protein Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH [88543] (22 species) VH domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VH domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species |
Species Engineered (including hybrid species) [88562] (67 PDB entries) SQ NA # humanized antidoby; bactericidal Fab-h6831 SQ NA # humanized antibody SQ NA # Humanized antibody SQ NA # engineered antibody SQ NA # humanized antidoby; bactericidal Fab-h6831 ! SQ NA # humanized antibody ! SQ NA # Humanized antibody ! SQ NA # engineered antibody |
Domain d1ad9b1: 1ad9 B:1-113 [20215] Other proteins in same PDB: d1ad9a1, d1ad9a2, d1ad9b2, d1ad9h2, d1ad9l1, d1ad9l2 part of humanized Fab CTM01 complexed with so4 |
Domain d1ad9h1: 1ad9 H:1-113 [20213] Other proteins in same PDB: d1ad9a1, d1ad9a2, d1ad9b2, d1ad9h2, d1ad9l1, d1ad9l2 part of humanized Fab CTM01 |
Domain d1b2wh1: 1b2w H:1-117 [20307] Other proteins in same PDB: d1b2wh2, d1b2wl1, d1b2wl2 part of a humanized anti-gamma-interferon Fab |
Domain d1bvkb_: 1bvk B: [20279] Other proteins in same PDB: d1bvka_, d1bvkc_, d1bvkd_, d1bvkf_ part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11 |
Domain d1bvke_: 1bvk E: [20281] Other proteins in same PDB: d1bvka_, d1bvkc_, d1bvkd_, d1bvkf_ part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11 |
Domain d1bvla_: 1bvl A: [20282] Other proteins in same PDB: d1bvlb_, d1bvld_ part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11 |
Domain d1bvlc_: 1bvl C: [20284] Other proteins in same PDB: d1bvlb_, d1bvld_ part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11 |
Domain d1fgvh_: 1fgv H: [19853] Other proteins in same PDB: d1fgvl_ part of humanized Fv H52 |
Domain d1fvcb_: 1fvc B: [19863] Other proteins in same PDB: d1fvca_, d1fvcc_ part of humanized Fv 4D5, herceptin |
Domain d1fvcd_: 1fvc D: [19865] Other proteins in same PDB: d1fvca_, d1fvcc_ part of humanized Fv 4D5, herceptin |
Domain d1fvdb1: 1fvd B:1-120 [19867] Other proteins in same PDB: d1fvda1, d1fvda2, d1fvdb2, d1fvdc1, d1fvdc2, d1fvdd2 part of humanized Fab 4D5, herceptin |
Domain d1fvdd1: 1fvd D:1-120 [19869] Other proteins in same PDB: d1fvda1, d1fvda2, d1fvdb2, d1fvdc1, d1fvdc2, d1fvdd2 part of humanized Fab 4D5, herceptin |
Domain d1fveb1: 1fve B:1-120 [19871] Other proteins in same PDB: d1fvea1, d1fvea2, d1fveb2, d1fvec1, d1fvec2, d1fved2 part of humanized Fab 4D5, herceptin |
Domain d1fved1: 1fve D:1-120 [19873] Other proteins in same PDB: d1fvea1, d1fvea2, d1fveb2, d1fvec1, d1fvec2, d1fved2 part of humanized Fab 4D5, herceptin |
Domain d1gpoh1: 1gpo H:1-113 [20225] Other proteins in same PDB: d1gpoh2, d1gpoi2, d1gpol1, d1gpol2, d1gpom1, d1gpom2 part of Fab M41 (artificial design) |
Domain d1gpoi1: 1gpo I:1-113 [20227] Other proteins in same PDB: d1gpoh2, d1gpoi2, d1gpol1, d1gpol2, d1gpom1, d1gpom2 part of Fab M41 (artificial design) complexed with so4 |
Domain d1i9rh1: 1i9r H:1-118 [71151] Other proteins in same PDB: d1i9ra_, d1i9rb_, d1i9rc_, d1i9rh2, d1i9rk2, d1i9rl1, d1i9rl2, d1i9rm1, d1i9rm2, d1i9rx2, d1i9ry1, d1i9ry2 |
Domain d1i9rk1: 1i9r K:1-118 [71153] Other proteins in same PDB: d1i9ra_, d1i9rb_, d1i9rc_, d1i9rh2, d1i9rk2, d1i9rl1, d1i9rl2, d1i9rm1, d1i9rm2, d1i9rx2, d1i9ry1, d1i9ry2 |
Domain d1i9rx1: 1i9r X:1-118 [71159] Other proteins in same PDB: d1i9ra_, d1i9rb_, d1i9rc_, d1i9rh2, d1i9rk2, d1i9rl1, d1i9rl2, d1i9rm1, d1i9rm2, d1i9rx2, d1i9ry1, d1i9ry2 complexed with zn |
Domain d1it9h1: 1it9 H:1-121 [76783] Other proteins in same PDB: d1it9h2, d1it9l1, d1it9l2 part of humanized anti-human Fas Fab HFE7A |
Domain d1jpth1: 1jpt H:1-117 [67051] Other proteins in same PDB: d1jpth2, d1jptl1, d1jptl2 part of humanized Fab D3H44 against human tissue factor |
Domain d1jv5b_: 1jv5 B: [67345] Other proteins in same PDB: d1jv5a_ part of an anti-blood group A Fv |
Domain d1l7ih1: 1l7i H:1-113 [73656] Other proteins in same PDB: d1l7ih2, d1l7il1, d1l7il2 part of humanized anti-ERBb2 Fab 2C4 complexed with so4 |
Domain d1mhph1: 1mhp H:1-118 [84967] Other proteins in same PDB: d1mhpa_, d1mhpb_, d1mhph2, d1mhpl1, d1mhpl2, d1mhpy_ part of humanized anti-alpha1 integrin I-domain Fab complexed with mn; mutant |
Domain d1mhpx_: 1mhp X: [84971] Other proteins in same PDB: d1mhpa_, d1mhpb_, d1mhph2, d1mhpl1, d1mhpl2, d1mhpy_ part of humanized anti-alpha1 integrin I-domain Fab; only V domain is ordered complexed with mn; mutant |
Domain d1ohqa_: 1ohq A: [93027] soluble VH Hel4, resistant to aggregation |
Domain d1ohqb_: 1ohq B: [93028] soluble VH Hel4, resistant to aggregation |
Domain d1ol0a_: 1ol0 A: [93296] camelized human VH |
Domain d1ol0b_: 1ol0 B: [93297] camelized human VH complexed with gol, so4 |
Domain d1op3h1: 1op3 H:1-115 [87208] Other proteins in same PDB: d1op3h2, d1op3k1, d1op3k2, d1op3l1, d1op3l2, d1op3m2 part of engineered Fab 2G12 |
Domain d1op3m1: 1op3 M:1-115 [87214] Other proteins in same PDB: d1op3h2, d1op3k1, d1op3k2, d1op3l1, d1op3l2, d1op3m2 part of engineered Fab 2G12 complexed with box, man |
Domain d1op5h1: 1op5 H:1-115 [87216] Other proteins in same PDB: d1op5h2, d1op5k1, d1op5k2, d1op5l1, d1op5l2, d1op5m2 part of engineered Fab 2G12 |
Domain d1op5m1: 1op5 M:1-115 [87222] Other proteins in same PDB: d1op5h2, d1op5k1, d1op5k2, d1op5l1, d1op5l2, d1op5m2 part of engineered Fab 2G12 complexed with man, nag |
Domain d1pg7h1: 1pg7 H:1-117 [94674] Other proteins in same PDB: d1pg7h2, d1pg7i2, d1pg7l1, d1pg7l2, d1pg7m1, d1pg7m2, d1pg7w1, d1pg7w2, d1pg7x2, d1pg7y1, d1pg7y2, d1pg7z2 part of humanized Fab D3H44 against human tissue factor |
Domain d1pg7i1: 1pg7 I:1-117 [94676] Other proteins in same PDB: d1pg7h2, d1pg7i2, d1pg7l1, d1pg7l2, d1pg7m1, d1pg7m2, d1pg7w1, d1pg7w2, d1pg7x2, d1pg7y1, d1pg7y2, d1pg7z2 part of humanized Fab D3H44 against human tissue factor |
Domain d1rjlb1: 1rjl B:1-120 [111823] Other proteins in same PDB: d1rjla1, d1rjla2, d1rjlb2, d1rjlc_ MQ NA P01864 # artificial chimera |
Domain d1s78d1: 1s78 D:1-113 [98626] Other proteins in same PDB: d1s78a1, d1s78a2, d1s78a3, d1s78a4, d1s78b1, d1s78b2, d1s78b3, d1s78b4, d1s78c1, d1s78c2, d1s78d2, d1s78e1, d1s78e2, d1s78f2 part of anti-ERBb2 Fab Pertuzumab |
Domain d1s78f1: 1s78 F:1-113 [98630] Other proteins in same PDB: d1s78a1, d1s78a2, d1s78a3, d1s78a4, d1s78b1, d1s78b2, d1s78b3, d1s78b4, d1s78c1, d1s78c2, d1s78d2, d1s78e1, d1s78e2, d1s78f2 part of anti-ERBb2 Fab Pertuzumab complexed with man, nag |
Domain d1t3fb1: 1t3f B:1-118 [112230] Other proteins in same PDB: d1t3fa1, d1t3fa2, d1t3fb2 |
Domain d1tjgh1: 1tjg H:1-113 [112446] Other proteins in same PDB: d1tjgh2, d1tjgl1, d1tjgl2 complexed with egl, ioh, ycm |
Domain d1tjhh1: 1tjh H:1-113 [112450] Other proteins in same PDB: d1tjhh2, d1tjhl1, d1tjhl2 complexed with ace, egl, ioh, nh2, ycm |
Domain d1tjih1: 1tji H:1-113 [112454] Other proteins in same PDB: d1tjih2, d1tjil1, d1tjil2 complexed with egl, ioh, nh2, ycm |
Domain d1tzib1: 1tzi B:1-113 [107489] Other proteins in same PDB: d1tzia1, d1tzia2, d1tzib2, d1tziv_ |
Domain d1u8hb1: 1u8h B:1-113 [113130] Other proteins in same PDB: d1u8ha1, d1u8ha2, d1u8hb2 |
Domain d1u8ib1: 1u8i B:1-113 [113134] Other proteins in same PDB: d1u8ia1, d1u8ia2, d1u8ib2 |
Domain d1u8jb1: 1u8j B:1-113 [113138] Other proteins in same PDB: d1u8ja1, d1u8ja2, d1u8jb2 |
Domain d1u8kb1: 1u8k B:1-113 [113142] Other proteins in same PDB: d1u8ka1, d1u8ka2, d1u8kb2 |
Domain d1u8lb1: 1u8l B:1-113 [113146] Other proteins in same PDB: d1u8la1, d1u8la2, d1u8lb2 |
Domain d1u8mb1: 1u8m B:1-113 [113150] Other proteins in same PDB: d1u8ma1, d1u8ma2, d1u8mb2 |
Domain d1u8nb1: 1u8n B:1-113 [113154] Other proteins in same PDB: d1u8na1, d1u8na2, d1u8nb2 |
Domain d1u8ob1: 1u8o B:1-113 [113158] Other proteins in same PDB: d1u8oa1, d1u8oa2, d1u8ob2 |
Domain d1u8pb1: 1u8p B:1-113 [113162] Other proteins in same PDB: d1u8pa1, d1u8pa2, d1u8pb2 |
Domain d1u8qb1: 1u8q B:1-113 [113166] Other proteins in same PDB: d1u8qa1, d1u8qa2, d1u8qb2 |
Domain d1u91b1: 1u91 B:1-113 [113218] Other proteins in same PDB: d1u91a1, d1u91a2, d1u91b2 |
Domain d1u92b1: 1u92 B:1-113 [113222] Other proteins in same PDB: d1u92a1, d1u92a2, d1u92b2 |
Domain d1u93b1: 1u93 B:1-113 [113226] Other proteins in same PDB: d1u93a1, d1u93a2, d1u93b2 |
Domain d1u95b1: 1u95 B:1-113 [113230] Other proteins in same PDB: d1u95a1, d1u95a2, d1u95b2 |
Domain d1vhpa_: 1vhp A: [20504] camelized monomeric VH |
Domain d2agjh1: 2agj H:1-120 [144806] Other proteins in same PDB: d2agjh2, d2agjl1, d2agjl2 annotated as human, this domain has greater sequence similarity to mouse VH domains complexed with nag |
Domain d2b0sh1: 2b0s H:1-113 [127646] Other proteins in same PDB: d2b0sh2 automatically matched to d1fgvh_ complexed with acy, edo |
Domain d2b1ah1: 2b1a H:1-113 [127662] Other proteins in same PDB: d2b1ah2 automatically matched to d1fgvh_ |
Domain d2b1hh1: 2b1h H:1-113 [127668] Other proteins in same PDB: d2b1hh2 automatically matched to d1fgvh_ |
Domain d2f5ah1: 2f5a H:1-132 [88502] Other proteins in same PDB: d2f5ah2, d2f5al1, d2f5al2 part of humanized HIV-1 neutralizing Fab 2F5 |
Domain d2f5bh1: 2f5b H:1-132 [88506] Other proteins in same PDB: d2f5bh2, d2f5bl1, d2f5bl2 part of humanized HIV-1 neutralizing Fab 2F5 |
Domain d2fgwh1: 2fgw H:1-124 [19855] Other proteins in same PDB: d2fgwh2, d2fgwl1, d2fgwl2 part of humanized Fab H52 |
Domain d2fjfb1: 2fjf B:1-120 [133579] Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2 automatically matched to d1fvcb_ |
Domain d2fjfd1: 2fjf D:1-120 [133581] Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2 automatically matched to d1fvcb_ |
Domain d2fjff1: 2fjf F:1-120 [133583] Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2 automatically matched to d1fvcb_ |
Domain d2fjfh1: 2fjf H:1-120 [133585] Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2 automatically matched to d1fvcb_ |
Domain d2fjfi1: 2fjf I:1-120 [133587] Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2 automatically matched to d1fvcb_ |
Domain d2fjfk1: 2fjf K:1-120 [133589] Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2 automatically matched to d1fvcb_ |
Domain d2fjfn1: 2fjf N:1-120 [133591] Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2 automatically matched to d1fvcb_ |
Domain d2fjfp1: 2fjf P:1-120 [133593] Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2 automatically matched to d1fvcb_ |
Domain d2fjfr1: 2fjf R:1-120 [133595] Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2 automatically matched to d1fvcb_ |
Domain d2fjft1: 2fjf T:1-120 [133597] Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2 automatically matched to d1fvcb_ |
Domain d2fjfv1: 2fjf V:1-120 [133599] Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2 automatically matched to d1fvcb_ |
Domain d2fjfx1: 2fjf X:1-120 [133601] Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2 automatically matched to d1fvcb_ |
Domain d2fjgb1: 2fjg B:1-120 [133603] Other proteins in same PDB: d2fjgb2, d2fjgh2, d2fjgv1, d2fjgw1 automatically matched to d1fvcb_ complexed with so4 |
Domain d2fjgh1: 2fjg H:1-120 [133605] Other proteins in same PDB: d2fjgb2, d2fjgh2, d2fjgv1, d2fjgw1 automatically matched to d1fvcb_ complexed with so4 |
Domain d2nyyd1: 2nyy D:2-118 [138831] Other proteins in same PDB: d2nyyc1, d2nyyc2, d2nyyd2 automatically matched to d1mhph1 complexed with ca, zn |
Domain d2nz9d1: 2nz9 D:2-118 [138842] Other proteins in same PDB: d2nz9c1, d2nz9c2, d2nz9d2, d2nz9e1, d2nz9e2, d2nz9f2 automatically matched to d1mhph1 complexed with ca, zn |
Domain d2nz9f1: 2nz9 F:2-118 [138846] Other proteins in same PDB: d2nz9c1, d2nz9c2, d2nz9d2, d2nz9e1, d2nz9e2, d2nz9f2 automatically matched to d1mhph1 complexed with ca, zn |
Domain d2p8lb1: 2p8l B:1-113 [139526] Other proteins in same PDB: d2p8lb2 automatically matched to d2f5ah1 |
Domain d2p8mb1: 2p8m B:1-113 [139528] Other proteins in same PDB: d2p8mb2 automatically matched to d2f5ah1 |
Domain d2p8pb1: 2p8p B:1-113 [139530] Other proteins in same PDB: d2p8pb2 automatically matched to d2f5ah1 complexed with nh2 |
Domain d2pr4h1: 2pr4 H:1-132 [139748] Other proteins in same PDB: d2pr4h2 automatically matched to d2f5ah1 |
Domain d2pw1b1: 2pw1 B:1-113 [139758] Other proteins in same PDB: d2pw1b2 automatically matched to d2f5ah1 |
Domain d2pw2b1: 2pw2 B:1-113 [139760] Other proteins in same PDB: d2pw2b2 automatically matched to d2f5ah1 |
Timeline for Species Engineered (including hybrid species) from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH: