Lineage for Species: Engineered (including hybrid species)

  1. Root: SCOP 1.75
  2. 781541Class b: All beta proteins [48724] (174 folds)
  3. 781542Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (28 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 781543Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) (S)
  5. 781544Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (32 proteins)
  6. 781740Protein Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH [88543] (22 species)
    VH domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VH domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 781741Species Engineered (including hybrid species) [88562] (67 PDB entries)
    SQ NA # humanized antidoby; bactericidal Fab-h6831
    SQ NA # humanized antibody
    SQ NA # Humanized antibody
    SQ NA # engineered antibody
    SQ NA # humanized antidoby; bactericidal Fab-h6831 ! SQ NA # humanized antibody ! SQ NA # Humanized antibody ! SQ NA # engineered antibody

PDB entries in Species: Engineered (including hybrid species):

  1. Domain(s) for 1ad0:
    1. 781771Domain d1ad0b1: 1ad0 B:1-113 [20125]
      Other proteins in same PDB: d1ad0a1, d1ad0a2, d1ad0b2, d1ad0c1, d1ad0c2, d1ad0d2
      part of humanized Fab A5B7
    2. 781772Domain d1ad0d1: 1ad0 D:1-113 [20127]
      Other proteins in same PDB: d1ad0a1, d1ad0a2, d1ad0b2, d1ad0c1, d1ad0c2, d1ad0d2
      part of humanized Fab A5B7
  2. Domain(s) for 1ad9:
    1. 781793Domain d1ad9b1: 1ad9 B:1-113 [20215]
      Other proteins in same PDB: d1ad9a1, d1ad9a2, d1ad9b2, d1ad9h2, d1ad9l1, d1ad9l2
      part of humanized Fab CTM01
      complexed with so4
    2. 781794Domain d1ad9h1: 1ad9 H:1-113 [20213]
      Other proteins in same PDB: d1ad9a1, d1ad9a2, d1ad9b2, d1ad9h2, d1ad9l1, d1ad9l2
      part of humanized Fab CTM01
  3. Domain(s) for 1b2w:
  4. Domain(s) for 1bvk:
    1. 781825Domain d1bvkb_: 1bvk B: [20279]
      Other proteins in same PDB: d1bvka_, d1bvkc_, d1bvkd_, d1bvkf_
      part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11
    2. 781826Domain d1bvke_: 1bvk E: [20281]
      Other proteins in same PDB: d1bvka_, d1bvkc_, d1bvkd_, d1bvkf_
      part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11
  5. Domain(s) for 1bvl:
    1. 781829Domain d1bvla_: 1bvl A: [20282]
      Other proteins in same PDB: d1bvlb_, d1bvld_
      part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11
    2. 781830Domain d1bvlc_: 1bvl C: [20284]
      Other proteins in same PDB: d1bvlb_, d1bvld_
      part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11
  6. Domain(s) for 1fgv:
  7. Domain(s) for 1fvc:
    1. 781766Domain d1fvcb_: 1fvc B: [19863]
      Other proteins in same PDB: d1fvca_, d1fvcc_
      part of humanized Fv 4D5, herceptin
    2. 781767Domain d1fvcd_: 1fvc D: [19865]
      Other proteins in same PDB: d1fvca_, d1fvcc_
      part of humanized Fv 4D5, herceptin
  8. Domain(s) for 1fvd:
    1. 781786Domain d1fvdb1: 1fvd B:1-120 [19867]
      Other proteins in same PDB: d1fvda1, d1fvda2, d1fvdb2, d1fvdc1, d1fvdc2, d1fvdd2
      part of humanized Fab 4D5, herceptin
    2. 781787Domain d1fvdd1: 1fvd D:1-120 [19869]
      Other proteins in same PDB: d1fvda1, d1fvda2, d1fvdb2, d1fvdc1, d1fvdc2, d1fvdd2
      part of humanized Fab 4D5, herceptin
  9. Domain(s) for 1fve:
    1. 781795Domain d1fveb1: 1fve B:1-120 [19871]
      Other proteins in same PDB: d1fvea1, d1fvea2, d1fveb2, d1fvec1, d1fvec2, d1fved2
      part of humanized Fab 4D5, herceptin
    2. 781796Domain d1fved1: 1fve D:1-120 [19873]
      Other proteins in same PDB: d1fvea1, d1fvea2, d1fveb2, d1fvec1, d1fvec2, d1fved2
      part of humanized Fab 4D5, herceptin
  10. Domain(s) for 1gpo:
    1. 781758Domain d1gpoh1: 1gpo H:1-113 [20225]
      Other proteins in same PDB: d1gpoh2, d1gpoi2, d1gpol1, d1gpol2, d1gpom1, d1gpom2
      part of Fab M41 (artificial design)
    2. 781759Domain d1gpoi1: 1gpo I:1-113 [20227]
      Other proteins in same PDB: d1gpoh2, d1gpoi2, d1gpol1, d1gpol2, d1gpom1, d1gpom2
      part of Fab M41 (artificial design)
      complexed with so4
  11. Domain(s) for 1i9r:
    1. 781833Domain d1i9rh1: 1i9r H:1-118 [71151]
      Other proteins in same PDB: d1i9ra_, d1i9rb_, d1i9rc_, d1i9rh2, d1i9rk2, d1i9rl1, d1i9rl2, d1i9rm1, d1i9rm2, d1i9rx2, d1i9ry1, d1i9ry2
    2. 781834Domain d1i9rk1: 1i9r K:1-118 [71153]
      Other proteins in same PDB: d1i9ra_, d1i9rb_, d1i9rc_, d1i9rh2, d1i9rk2, d1i9rl1, d1i9rl2, d1i9rm1, d1i9rm2, d1i9rx2, d1i9ry1, d1i9ry2
    3. 781835Domain d1i9rx1: 1i9r X:1-118 [71159]
      Other proteins in same PDB: d1i9ra_, d1i9rb_, d1i9rc_, d1i9rh2, d1i9rk2, d1i9rl1, d1i9rl2, d1i9rm1, d1i9rm2, d1i9rx2, d1i9ry1, d1i9ry2
      complexed with zn
  12. Domain(s) for 1it9:
  13. Domain(s) for 1jps:
  14. Domain(s) for 1jpt:
  15. Domain(s) for 1jv5:
  16. Domain(s) for 1l7i:
  17. Domain(s) for 1mhp:
    1. 781801Domain d1mhph1: 1mhp H:1-118 [84967]
      Other proteins in same PDB: d1mhpa_, d1mhpb_, d1mhph2, d1mhpl1, d1mhpl2, d1mhpy_
      part of humanized anti-alpha1 integrin I-domain Fab
      complexed with mn; mutant
    2. 781802Domain d1mhpx_: 1mhp X: [84971]
      Other proteins in same PDB: d1mhpa_, d1mhpb_, d1mhph2, d1mhpl1, d1mhpl2, d1mhpy_
      part of humanized anti-alpha1 integrin I-domain Fab; only V domain is ordered
      complexed with mn; mutant
  18. Domain(s) for 1n8z:
  19. Domain(s) for 1ohq:
    1. 781755Domain d1ohqa_: 1ohq A: [93027]
      soluble VH Hel4, resistant to aggregation
    2. 781756Domain d1ohqb_: 1ohq B: [93028]
      soluble VH Hel4, resistant to aggregation
  20. Domain(s) for 1ol0:
    1. 781742Domain d1ol0a_: 1ol0 A: [93296]
      camelized human VH
    2. 781743Domain d1ol0b_: 1ol0 B: [93297]
      camelized human VH
      complexed with gol, so4
  21. Domain(s) for 1om3:
    1. 781773Domain d1om3h1: 1om3 H:1-115 [87059]
      Other proteins in same PDB: d1om3h2, d1om3k2, d1om3l1, d1om3l2, d1om3m1, d1om3m2
      part of engineered Fab 2G12
    2. 781774Domain d1om3k1: 1om3 K:1-115 [87061]
      Other proteins in same PDB: d1om3h2, d1om3k2, d1om3l1, d1om3l2, d1om3m1, d1om3m2
      part of engineered Fab 2G12
  22. Domain(s) for 1op3:
    1. 781749Domain d1op3h1: 1op3 H:1-115 [87208]
      Other proteins in same PDB: d1op3h2, d1op3k1, d1op3k2, d1op3l1, d1op3l2, d1op3m2
      part of engineered Fab 2G12
    2. 781750Domain d1op3m1: 1op3 M:1-115 [87214]
      Other proteins in same PDB: d1op3h2, d1op3k1, d1op3k2, d1op3l1, d1op3l2, d1op3m2
      part of engineered Fab 2G12
      complexed with box, man
  23. Domain(s) for 1op5:
    1. 781836Domain d1op5h1: 1op5 H:1-115 [87216]
      Other proteins in same PDB: d1op5h2, d1op5k1, d1op5k2, d1op5l1, d1op5l2, d1op5m2
      part of engineered Fab 2G12
    2. 781837Domain d1op5m1: 1op5 M:1-115 [87222]
      Other proteins in same PDB: d1op5h2, d1op5k1, d1op5k2, d1op5l1, d1op5l2, d1op5m2
      part of engineered Fab 2G12
      complexed with man, nag
  24. Domain(s) for 1pg7:
    1. 781784Domain d1pg7h1: 1pg7 H:1-117 [94674]
      Other proteins in same PDB: d1pg7h2, d1pg7i2, d1pg7l1, d1pg7l2, d1pg7m1, d1pg7m2, d1pg7w1, d1pg7w2, d1pg7x2, d1pg7y1, d1pg7y2, d1pg7z2
      part of humanized Fab D3H44 against human tissue factor
    2. 781785Domain d1pg7i1: 1pg7 I:1-117 [94676]
      Other proteins in same PDB: d1pg7h2, d1pg7i2, d1pg7l1, d1pg7l2, d1pg7m1, d1pg7m2, d1pg7w1, d1pg7w2, d1pg7x2, d1pg7y1, d1pg7y2, d1pg7z2
      part of humanized Fab D3H44 against human tissue factor
  25. Domain(s) for 1rjl:
  26. Domain(s) for 1s78:
    1. 781839Domain d1s78d1: 1s78 D:1-113 [98626]
      Other proteins in same PDB: d1s78a1, d1s78a2, d1s78a3, d1s78a4, d1s78b1, d1s78b2, d1s78b3, d1s78b4, d1s78c1, d1s78c2, d1s78d2, d1s78e1, d1s78e2, d1s78f2
      part of anti-ERBb2 Fab Pertuzumab
    2. 781840Domain d1s78f1: 1s78 F:1-113 [98630]
      Other proteins in same PDB: d1s78a1, d1s78a2, d1s78a3, d1s78a4, d1s78b1, d1s78b2, d1s78b3, d1s78b4, d1s78c1, d1s78c2, d1s78d2, d1s78e1, d1s78e2, d1s78f2
      part of anti-ERBb2 Fab Pertuzumab
      complexed with man, nag
  27. Domain(s) for 1t04:
    1. 781818Domain d1t04b1: 1t04 B:1-118 [112184]
      Other proteins in same PDB: d1t04a1, d1t04a2, d1t04b2, d1t04c1, d1t04c2, d1t04d2
    2. 781819Domain d1t04d1: 1t04 D:1-118 [112188]
      Other proteins in same PDB: d1t04a1, d1t04a2, d1t04b2, d1t04c1, d1t04c2, d1t04d2
  28. Domain(s) for 1t3f:
  29. Domain(s) for 1tjg:
  30. Domain(s) for 1tjh:
  31. Domain(s) for 1tji:
  32. Domain(s) for 1tzh:
    1. 781797Domain d1tzhb1: 1tzh B:1-113 [107479]
      Other proteins in same PDB: d1tzha1, d1tzha2, d1tzhb2, d1tzhh2, d1tzhl1, d1tzhl2, d1tzhv_, d1tzhw_
    2. 781798Domain d1tzhh1: 1tzh H:1-113 [107481]
      Other proteins in same PDB: d1tzha1, d1tzha2, d1tzhb2, d1tzhh2, d1tzhl1, d1tzhl2, d1tzhv_, d1tzhw_
  33. Domain(s) for 1tzi:
  34. Domain(s) for 1u8h:
  35. Domain(s) for 1u8i:
  36. Domain(s) for 1u8j:
  37. Domain(s) for 1u8k:
  38. Domain(s) for 1u8l:
  39. Domain(s) for 1u8m:
  40. Domain(s) for 1u8n:
  41. Domain(s) for 1u8o:
  42. Domain(s) for 1u8p:
  43. Domain(s) for 1u8q:
  44. Domain(s) for 1u91:
  45. Domain(s) for 1u92:
  46. Domain(s) for 1u93:
  47. Domain(s) for 1u95:
  48. Domain(s) for 1uj3:
  49. Domain(s) for 1vhp:
  50. Domain(s) for 2agj:
  51. Domain(s) for 2b0s:
  52. Domain(s) for 2b1a:
  53. Domain(s) for 2b1h:
  54. Domain(s) for 2f5a:
  55. Domain(s) for 2f5b:
  56. Domain(s) for 2fgw:
  57. Domain(s) for 2fjf:
    1. 781805Domain d2fjfb1: 2fjf B:1-120 [133579]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    2. 781806Domain d2fjfd1: 2fjf D:1-120 [133581]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    3. 781807Domain d2fjff1: 2fjf F:1-120 [133583]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    4. 781808Domain d2fjfh1: 2fjf H:1-120 [133585]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    5. 781809Domain d2fjfi1: 2fjf I:1-120 [133587]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    6. 781810Domain d2fjfk1: 2fjf K:1-120 [133589]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    7. 781811Domain d2fjfn1: 2fjf N:1-120 [133591]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    8. 781812Domain d2fjfp1: 2fjf P:1-120 [133593]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    9. 781813Domain d2fjfr1: 2fjf R:1-120 [133595]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    10. 781814Domain d2fjft1: 2fjf T:1-120 [133597]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    11. 781815Domain d2fjfv1: 2fjf V:1-120 [133599]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    12. 781816Domain d2fjfx1: 2fjf X:1-120 [133601]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
  58. Domain(s) for 2fjg:
    1. 781821Domain d2fjgb1: 2fjg B:1-120 [133603]
      Other proteins in same PDB: d2fjgb2, d2fjgh2, d2fjgv1, d2fjgw1
      automatically matched to d1fvcb_
      complexed with so4
    2. 781822Domain d2fjgh1: 2fjg H:1-120 [133605]
      Other proteins in same PDB: d2fjgb2, d2fjgh2, d2fjgv1, d2fjgw1
      automatically matched to d1fvcb_
      complexed with so4
  59. Domain(s) for 2h9g:
    1. 781781Domain d2h9gb1: 2h9g B:1-113 [136257]
      Other proteins in same PDB: d2h9gb2, d2h9gh2, d2h9gr1, d2h9gr2, d2h9gr3
      automatically matched to d1fvcb_
    2. 781782Domain d2h9gh1: 2h9g H:1-113 [136259]
      Other proteins in same PDB: d2h9gb2, d2h9gh2, d2h9gr1, d2h9gr2, d2h9gr3
      automatically matched to d1fvcb_
  60. Domain(s) for 2nyy:
  61. Domain(s) for 2nz9:
    1. 781831Domain d2nz9d1: 2nz9 D:2-118 [138842]
      Other proteins in same PDB: d2nz9c1, d2nz9c2, d2nz9d2, d2nz9e1, d2nz9e2, d2nz9f2
      automatically matched to d1mhph1
      complexed with ca, zn
    2. 781832Domain d2nz9f1: 2nz9 F:2-118 [138846]
      Other proteins in same PDB: d2nz9c1, d2nz9c2, d2nz9d2, d2nz9e1, d2nz9e2, d2nz9f2
      automatically matched to d1mhph1
      complexed with ca, zn
  62. Domain(s) for 2p8l:
  63. Domain(s) for 2p8m:
  64. Domain(s) for 2p8p:
  65. Domain(s) for 2pr4:
  66. Domain(s) for 2pw1:
  67. Domain(s) for 2pw2:

More info for Species Engineered (including hybrid species) from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH

Timeline for Species Engineered (including hybrid species) from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH: