Lineage for Species: Engineered (including hybrid species)

  1. Root: SCOP 1.73
  2. 651986Class b: All beta proteins [48724] (165 folds)
  3. 651987Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (27 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 651988Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) (S)
  5. 651989Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (29 proteins)
  6. 652160Protein Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH [88543] (20 species)
    VH domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VH domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 652161Species Engineered (including hybrid species) [88562] (66 PDB entries)

PDB entries in Species: Engineered (including hybrid species):

  1. Domain(s) for 1ad0:
    1. 652201Domain d1ad0b1: 1ad0 B:1-113 [20125]
      Other proteins in same PDB: d1ad0a1, d1ad0a2, d1ad0b2, d1ad0c1, d1ad0c2, d1ad0d2
    2. 652202Domain d1ad0d1: 1ad0 D:1-113 [20127]
      Other proteins in same PDB: d1ad0a1, d1ad0a2, d1ad0b2, d1ad0c1, d1ad0c2, d1ad0d2
      part of humanized Fab A5B7
  2. Domain(s) for 1ad9:
    1. 652236Domain d1ad9b1: 1ad9 B:1-113 [20215]
      Other proteins in same PDB: d1ad9a1, d1ad9a2, d1ad9b2, d1ad9h2, d1ad9l1, d1ad9l2
      part of humanized Fab CTM01
      complexed with so4
    2. 652237Domain d1ad9h1: 1ad9 H:1-113 [20213]
      Other proteins in same PDB: d1ad9a1, d1ad9a2, d1ad9b2, d1ad9h2, d1ad9l1, d1ad9l2
  3. Domain(s) for 1b2w:
  4. Domain(s) for 1bvk:
    1. 652241Domain d1bvkb_: 1bvk B: [20279]
      Other proteins in same PDB: d1bvka_, d1bvkc_, d1bvkd_, d1bvkf_
    2. 652242Domain d1bvke_: 1bvk E: [20281]
      Other proteins in same PDB: d1bvka_, d1bvkc_, d1bvkd_, d1bvkf_
      part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11
  5. Domain(s) for 1bvl:
    1. 652248Domain d1bvla_: 1bvl A: [20282]
      Other proteins in same PDB: d1bvlb_, d1bvld_
    2. 652249Domain d1bvlc_: 1bvl C: [20284]
      Other proteins in same PDB: d1bvlb_, d1bvld_
      part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11
  6. Domain(s) for 1fgv:
  7. Domain(s) for 1fvc:
    1. 652182Domain d1fvcb_: 1fvc B: [19863]
      Other proteins in same PDB: d1fvca_, d1fvcc_
    2. 652183Domain d1fvcd_: 1fvc D: [19865]
      Other proteins in same PDB: d1fvca_, d1fvcc_
      part of humanized Fv 4D5, herceptin
  8. Domain(s) for 1fvd:
    1. 652196Domain d1fvdb1: 1fvd B:1-120 [19867]
      Other proteins in same PDB: d1fvda1, d1fvda2, d1fvdb2, d1fvdc1, d1fvdc2, d1fvdd2
    2. 652197Domain d1fvdd1: 1fvd D:1-120 [19869]
      Other proteins in same PDB: d1fvda1, d1fvda2, d1fvdb2, d1fvdc1, d1fvdc2, d1fvdd2
      part of humanized Fab 4D5, herceptin
  9. Domain(s) for 1fve:
    1. 652211Domain d1fveb1: 1fve B:1-120 [19871]
      Other proteins in same PDB: d1fvea1, d1fvea2, d1fveb2, d1fvec1, d1fvec2, d1fved2
    2. 652212Domain d1fved1: 1fve D:1-120 [19873]
      Other proteins in same PDB: d1fvea1, d1fvea2, d1fveb2, d1fvec1, d1fvec2, d1fved2
      part of humanized Fab 4D5, herceptin
  10. Domain(s) for 1gpo:
    1. 652176Domain d1gpoh1: 1gpo H:1-113 [20225]
      Other proteins in same PDB: d1gpoh2, d1gpoi2, d1gpol1, d1gpol2, d1gpom1, d1gpom2
    2. 652177Domain d1gpoi1: 1gpo I:1-113 [20227]
      Other proteins in same PDB: d1gpoh2, d1gpoi2, d1gpol1, d1gpol2, d1gpom1, d1gpom2
      part of Fab M41 (artificial design)
      complexed with so4
  11. Domain(s) for 1i9r:
    1. 652250Domain d1i9rh1: 1i9r H:1-118 [71151]
      Other proteins in same PDB: d1i9ra_, d1i9rb_, d1i9rc_, d1i9rh2, d1i9rk2, d1i9rl1, d1i9rl2, d1i9rm1, d1i9rm2, d1i9rx2, d1i9ry1, d1i9ry2
    2. 652251Domain d1i9rk1: 1i9r K:1-118 [71153]
      Other proteins in same PDB: d1i9ra_, d1i9rb_, d1i9rc_, d1i9rh2, d1i9rk2, d1i9rl1, d1i9rl2, d1i9rm1, d1i9rm2, d1i9rx2, d1i9ry1, d1i9ry2
    3. 652252Domain d1i9rx1: 1i9r X:1-118 [71159]
      Other proteins in same PDB: d1i9ra_, d1i9rb_, d1i9rc_, d1i9rh2, d1i9rk2, d1i9rl1, d1i9rl2, d1i9rm1, d1i9rm2, d1i9rx2, d1i9ry1, d1i9ry2
      complexed with zn
  12. Domain(s) for 1it9:
  13. Domain(s) for 1jps:
  14. Domain(s) for 1jpt:
  15. Domain(s) for 1jv5:
  16. Domain(s) for 1l7i:
  17. Domain(s) for 1mhp:
    1. 652231Domain d1mhph1: 1mhp H:1-118 [84967]
      Other proteins in same PDB: d1mhpa_, d1mhpb_, d1mhph2, d1mhpl1, d1mhpl2, d1mhpy_
      part of humanized anti-alpha1 integrin I-domain Fab
      complexed with mn; mutant
    2. 652232Domain d1mhpx_: 1mhp X: [84971]
      Other proteins in same PDB: d1mhpa_, d1mhpb_, d1mhph2, d1mhpl1, d1mhpl2, d1mhpy_
      part of humanized anti-alpha1 integrin I-domain Fab; only V domain is ordered
      complexed with mn; mutant
  18. Domain(s) for 1n8z:
  19. Domain(s) for 1ohq:
    1. 652172Domain d1ohqa_: 1ohq A: [93027]
    2. 652173Domain d1ohqb_: 1ohq B: [93028]
      soluble VH Hel4, resistant to aggregation
  20. Domain(s) for 1ol0:
    1. 652162Domain d1ol0a_: 1ol0 A: [93296]
    2. 652163Domain d1ol0b_: 1ol0 B: [93297]
      camelized human VH
      complexed with gol, so4
  21. Domain(s) for 1om3:
    1. 652191Domain d1om3h1: 1om3 H:1-115 [87059]
      Other proteins in same PDB: d1om3h2, d1om3k2, d1om3l1, d1om3l2, d1om3m1, d1om3m2
    2. 652192Domain d1om3k1: 1om3 K:1-115 [87061]
      Other proteins in same PDB: d1om3h2, d1om3k2, d1om3l1, d1om3l2, d1om3m1, d1om3m2
      part of engineered Fab 2G12
  22. Domain(s) for 1op3:
    1. 652168Domain d1op3h1: 1op3 H:1-115 [87208]
      Other proteins in same PDB: d1op3h2, d1op3k1, d1op3k2, d1op3l1, d1op3l2, d1op3m2
    2. 652169Domain d1op3m1: 1op3 M:1-115 [87214]
      Other proteins in same PDB: d1op3h2, d1op3k1, d1op3k2, d1op3l1, d1op3l2, d1op3m2
      part of engineered Fab 2G12
      complexed with box, man
  23. Domain(s) for 1op5:
    1. 652257Domain d1op5h1: 1op5 H:1-115 [87216]
      Other proteins in same PDB: d1op5h2, d1op5k1, d1op5k2, d1op5l1, d1op5l2, d1op5m2
    2. 652258Domain d1op5m1: 1op5 M:1-115 [87222]
      Other proteins in same PDB: d1op5h2, d1op5k1, d1op5k2, d1op5l1, d1op5l2, d1op5m2
      part of engineered Fab 2G12
      complexed with man, nag
  24. Domain(s) for 1pg7:
    1. 652206Domain d1pg7h1: 1pg7 H:1-117 [94674]
      Other proteins in same PDB: d1pg7h2, d1pg7i2, d1pg7l1, d1pg7l2, d1pg7m1, d1pg7m2, d1pg7w1, d1pg7w2, d1pg7x2, d1pg7y1, d1pg7y2, d1pg7z2
    2. 652207Domain d1pg7i1: 1pg7 I:1-117 [94676]
      Other proteins in same PDB: d1pg7h2, d1pg7i2, d1pg7l1, d1pg7l2, d1pg7m1, d1pg7m2, d1pg7w1, d1pg7w2, d1pg7x2, d1pg7y1, d1pg7y2, d1pg7z2
      part of humanized Fab D3H44 against human tissue factor
  25. Domain(s) for 1rjl:
  26. Domain(s) for 1s78:
    1. 652253Domain d1s78d1: 1s78 D:1-113 [98626]
      Other proteins in same PDB: d1s78a1, d1s78a2, d1s78a3, d1s78a4, d1s78b1, d1s78b2, d1s78b3, d1s78b4, d1s78c1, d1s78c2, d1s78d2, d1s78e1, d1s78e2, d1s78f2
    2. 652254Domain d1s78f1: 1s78 F:1-113 [98630]
      Other proteins in same PDB: d1s78a1, d1s78a2, d1s78a3, d1s78a4, d1s78b1, d1s78b2, d1s78b3, d1s78b4, d1s78c1, d1s78c2, d1s78d2, d1s78e1, d1s78e2, d1s78f2
      part of anti-ERBb2 Fab Pertuzumab
      complexed with man, nag
  27. Domain(s) for 1t04:
    1. 652245Domain d1t04b1: 1t04 B:1-118 [112184]
      Other proteins in same PDB: d1t04a1, d1t04a2, d1t04b2, d1t04c1, d1t04c2, d1t04d2
    2. 652246Domain d1t04d1: 1t04 D:1-118 [112188]
      Other proteins in same PDB: d1t04a1, d1t04a2, d1t04b2, d1t04c1, d1t04c2, d1t04d2
  28. Domain(s) for 1t3f:
  29. Domain(s) for 1tjg:
  30. Domain(s) for 1tjh:
  31. Domain(s) for 1tji:
  32. Domain(s) for 1tzh:
    1. 652213Domain d1tzhb1: 1tzh B:1-113 [107479]
      Other proteins in same PDB: d1tzha1, d1tzha2, d1tzhb2, d1tzhh2, d1tzhl1, d1tzhl2, d1tzhv_, d1tzhw_
    2. 652214Domain d1tzhh1: 1tzh H:1-113 [107481]
      Other proteins in same PDB: d1tzha1, d1tzha2, d1tzhb2, d1tzhh2, d1tzhl1, d1tzhl2, d1tzhv_, d1tzhw_
  33. Domain(s) for 1tzi:
  34. Domain(s) for 1u8h:
  35. Domain(s) for 1u8i:
  36. Domain(s) for 1u8j:
  37. Domain(s) for 1u8k:
  38. Domain(s) for 1u8l:
  39. Domain(s) for 1u8m:
  40. Domain(s) for 1u8n:
  41. Domain(s) for 1u8o:
  42. Domain(s) for 1u8p:
  43. Domain(s) for 1u8q:
  44. Domain(s) for 1u91:
  45. Domain(s) for 1u92:
  46. Domain(s) for 1u93:
  47. Domain(s) for 1u95:
  48. Domain(s) for 1uj3:
  49. Domain(s) for 1vhp:
  50. Domain(s) for 2b0s:
  51. Domain(s) for 2b1a:
  52. Domain(s) for 2b1h:
  53. Domain(s) for 2f5a:
  54. Domain(s) for 2f5b:
  55. Domain(s) for 2fgw:
  56. Domain(s) for 2fjf:
    1. 652216Domain d2fjfb1: 2fjf B:1-120 [133579]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    2. 652217Domain d2fjfd1: 2fjf D:1-120 [133581]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    3. 652218Domain d2fjff1: 2fjf F:1-120 [133583]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    4. 652219Domain d2fjfh1: 2fjf H:1-120 [133585]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    5. 652220Domain d2fjfi1: 2fjf I:1-120 [133587]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    6. 652221Domain d2fjfk1: 2fjf K:1-120 [133589]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    7. 652222Domain d2fjfn1: 2fjf N:1-120 [133591]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    8. 652223Domain d2fjfp1: 2fjf P:1-120 [133593]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    9. 652224Domain d2fjfr1: 2fjf R:1-120 [133595]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    10. 652225Domain d2fjft1: 2fjf T:1-120 [133597]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    11. 652226Domain d2fjfv1: 2fjf V:1-120 [133599]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    12. 652227Domain d2fjfx1: 2fjf X:1-120 [133601]
      Other proteins in same PDB: d2fjfb2, d2fjfd2, d2fjff2, d2fjfh2, d2fjfi2, d2fjfk2, d2fjfn2, d2fjfp2, d2fjfr2, d2fjft2, d2fjfv2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
  57. Domain(s) for 2fjg:
    1. 652233Domain d2fjgb1: 2fjg B:1-120 [133603]
      Other proteins in same PDB: d2fjgb2, d2fjgh2, d2fjgv1, d2fjgw1
      automatically matched to d1fvcb_
      complexed with so4
    2. 652234Domain d2fjgh1: 2fjg H:1-120 [133605]
      Other proteins in same PDB: d2fjgb2, d2fjgh2, d2fjgv1, d2fjgw1
      automatically matched to d1fvcb_
      complexed with so4
  58. Domain(s) for 2h9g:
    1. 652204Domain d2h9gb1: 2h9g B:1-113 [136257]
      Other proteins in same PDB: d2h9gb2, d2h9gh2, d2h9gr1, d2h9gr2, d2h9gr3
      automatically matched to d1fvcb_
    2. 652205Domain d2h9gh1: 2h9g H:1-113 [136259]
      Other proteins in same PDB: d2h9gb2, d2h9gh2, d2h9gr1, d2h9gr2, d2h9gr3
      automatically matched to d1fvcb_
  59. Domain(s) for 2nyy:
  60. Domain(s) for 2nz9:
    1. 652255Domain d2nz9d1: 2nz9 D:2-118 [138842]
      Other proteins in same PDB: d2nz9c1, d2nz9c2, d2nz9d2, d2nz9e1, d2nz9e2, d2nz9f2
      automatically matched to d1mhph1
      complexed with ca, zn
    2. 652256Domain d2nz9f1: 2nz9 F:2-118 [138846]
      Other proteins in same PDB: d2nz9c1, d2nz9c2, d2nz9d2, d2nz9e1, d2nz9e2, d2nz9f2
      automatically matched to d1mhph1
      complexed with ca, zn
  61. Domain(s) for 2p8l:
  62. Domain(s) for 2p8m:
  63. Domain(s) for 2p8p:
  64. Domain(s) for 2pr4:
  65. Domain(s) for 2pw1:
  66. Domain(s) for 2pw2:

More info for Species Engineered (including hybrid species) from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH

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