Lineage for Species: Engineered (including hybrid species)

  1. Root: SCOPe 2.08
  2. Class b: All beta proteins [48724] (180 folds)
  3. Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (33 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (5 families) (S)
  5. Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (33 proteins)
  6. Protein Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH [88543] (22 species)
    VH domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VH domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. Species Engineered (including hybrid species) [88562] (67 PDB entries)
    SQ NA # humanized antidoby; bactericidal Fab-h6831 ! SQ NA # humanized antibody ! SQ NA # Humanized antibody ! SQ NA # engineered antibody

PDB entries in Species: Engineered (including hybrid species):

  1. Domain(s) for 1ad0:
    1. Domain d1ad0b1: 1ad0 B:1-113 [20125]
      Other proteins in same PDB: d1ad0a1, d1ad0a2, d1ad0b2, d1ad0c1, d1ad0c2, d1ad0d2
      part of humanized Fab A5B7
    2. Domain d1ad0d1: 1ad0 D:1-113 [20127]
      Other proteins in same PDB: d1ad0a1, d1ad0a2, d1ad0b2, d1ad0c1, d1ad0c2, d1ad0d2
      part of humanized Fab A5B7
  2. Domain(s) for 1ad9:
    1. Domain d1ad9b1: 1ad9 B:1-113 [20215]
      Other proteins in same PDB: d1ad9a1, d1ad9a2, d1ad9b2, d1ad9h2, d1ad9l1, d1ad9l2
      part of humanized Fab CTM01
      complexed with so4
    2. Domain d1ad9h1: 1ad9 H:1-113 [20213]
      Other proteins in same PDB: d1ad9a1, d1ad9a2, d1ad9b2, d1ad9h2, d1ad9l1, d1ad9l2
      part of humanized Fab CTM01
      complexed with so4
  3. Domain(s) for 1b2w:
  4. Domain(s) for 1bvk:
    1. Domain d1bvkb1: 1bvk B:6-116 [20279]
      Other proteins in same PDB: d1bvka_, d1bvkb2, d1bvkc_, d1bvkd_, d1bvke2, d1bvkf_
      part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11
    2. Domain d1bvke1: 1bvk E:6-116 [20281]
      Other proteins in same PDB: d1bvka_, d1bvkb2, d1bvkc_, d1bvkd_, d1bvke2, d1bvkf_
      part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11
  5. Domain(s) for 1bvl:
    1. Domain d1bvla1: 1bvl A:6-116 [20282]
      Other proteins in same PDB: d1bvla2, d1bvlb_, d1bvlc2, d1bvld_
      part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11
    2. Domain d1bvlc1: 1bvl C:6-116 [20284]
      Other proteins in same PDB: d1bvla2, d1bvlb_, d1bvlc2, d1bvld_
      part of humanized anti-lysozyme Fv HuLys11
  6. Domain(s) for 1fgv:
  7. Domain(s) for 1fvc:
    1. Domain d1fvcb_: 1fvc B: [19863]
      Other proteins in same PDB: d1fvca_, d1fvcc_
      part of humanized Fv 4D5, herceptin
    2. Domain d1fvcd_: 1fvc D: [19865]
      Other proteins in same PDB: d1fvca_, d1fvcc_
      part of humanized Fv 4D5, herceptin
  8. Domain(s) for 1fvd:
    1. Domain d1fvdb1: 1fvd B:1-120 [19867]
      Other proteins in same PDB: d1fvda1, d1fvda2, d1fvdb2, d1fvdc1, d1fvdc2, d1fvdd2
      part of humanized Fab 4D5, herceptin
    2. Domain d1fvdd1: 1fvd D:1-120 [19869]
      Other proteins in same PDB: d1fvda1, d1fvda2, d1fvdb2, d1fvdc1, d1fvdc2, d1fvdd2
      part of humanized Fab 4D5, herceptin
  9. Domain(s) for 1fve:
    1. Domain d1fveb1: 1fve B:1-120 [19871]
      Other proteins in same PDB: d1fvea1, d1fvea2, d1fveb2, d1fvec1, d1fvec2, d1fved2
      part of humanized Fab 4D5, herceptin
    2. Domain d1fved1: 1fve D:1-120 [19873]
      Other proteins in same PDB: d1fvea1, d1fvea2, d1fveb2, d1fvec1, d1fvec2, d1fved2
      part of humanized Fab 4D5, herceptin
  10. Domain(s) for 1gpo:
    1. Domain d1gpoh1: 1gpo H:1-113 [20225]
      Other proteins in same PDB: d1gpoh2, d1gpoi2, d1gpol1, d1gpol2, d1gpom1, d1gpom2
      part of Fab M41 (artificial design)
      complexed with so4
    2. Domain d1gpoi1: 1gpo I:1-113 [20227]
      Other proteins in same PDB: d1gpoh2, d1gpoi2, d1gpol1, d1gpol2, d1gpom1, d1gpom2
      part of Fab M41 (artificial design)
      complexed with so4
  11. Domain(s) for 1i9r:
    1. Domain d1i9rh1: 1i9r H:1-118 [71151]
      Other proteins in same PDB: d1i9ra_, d1i9rb_, d1i9rc_, d1i9rh2, d1i9rk2, d1i9rl1, d1i9rl2, d1i9rm1, d1i9rm2, d1i9rx2, d1i9ry1, d1i9ry2
      complexed with zn
    2. Domain d1i9rk1: 1i9r K:1-118 [71153]
      Other proteins in same PDB: d1i9ra_, d1i9rb_, d1i9rc_, d1i9rh2, d1i9rk2, d1i9rl1, d1i9rl2, d1i9rm1, d1i9rm2, d1i9rx2, d1i9ry1, d1i9ry2
      complexed with zn
    3. Domain d1i9rx1: 1i9r X:1-118 [71159]
      Other proteins in same PDB: d1i9ra_, d1i9rb_, d1i9rc_, d1i9rh2, d1i9rk2, d1i9rl1, d1i9rl2, d1i9rm1, d1i9rm2, d1i9rx2, d1i9ry1, d1i9ry2
      complexed with zn
  12. Domain(s) for 1it9:
  13. Domain(s) for 1jps:
  14. Domain(s) for 1jpt:
  15. Domain(s) for 1jv5:
  16. Domain(s) for 1l7i:
  17. Domain(s) for 1mhp:
    1. Domain d1mhph1: 1mhp H:1-118 [84967]
      Other proteins in same PDB: d1mhpa_, d1mhpb_, d1mhph2, d1mhpl1, d1mhpl2, d1mhpy_
      part of humanized anti-alpha1 integrin I-domain Fab
      complexed with mn
    2. Domain d1mhpx_: 1mhp X: [84971]
      Other proteins in same PDB: d1mhpa_, d1mhpb_, d1mhph2, d1mhpl1, d1mhpl2, d1mhpy_
      part of humanized anti-alpha1 integrin I-domain Fab; only V domain is ordered
      complexed with mn
  18. Domain(s) for 1n8z:
  19. Domain(s) for 1ohq:
    1. Domain d1ohqa_: 1ohq A: [93027]
      soluble VH Hel4, resistant to aggregation
    2. Domain d1ohqb_: 1ohq B: [93028]
      soluble VH Hel4, resistant to aggregation
  20. Domain(s) for 1ol0:
    1. Domain d1ol0a_: 1ol0 A: [93296]
      camelized human VH
      complexed with gol, so4
    2. Domain d1ol0b_: 1ol0 B: [93297]
      camelized human VH
      complexed with gol, so4
  21. Domain(s) for 1pg7:
    1. Domain d1pg7h1: 1pg7 H:1-113 [94674]
      Other proteins in same PDB: d1pg7h2, d1pg7i2, d1pg7l1, d1pg7l2, d1pg7m1, d1pg7m2, d1pg7w1, d1pg7w2, d1pg7x2, d1pg7y1, d1pg7y2, d1pg7z2
      part of humanized Fab D3H44 against human tissue factor
    2. Domain d1pg7i1: 1pg7 I:1-113 [94676]
      Other proteins in same PDB: d1pg7h2, d1pg7i2, d1pg7l1, d1pg7l2, d1pg7m1, d1pg7m2, d1pg7w1, d1pg7w2, d1pg7x2, d1pg7y1, d1pg7y2, d1pg7z2
      part of humanized Fab D3H44 against human tissue factor
  22. Domain(s) for 1rjl:
  23. Domain(s) for 1s78:
    1. Domain d1s78d1: 1s78 D:1-113 [98626]
      Other proteins in same PDB: d1s78a1, d1s78a2, d1s78a3, d1s78a4, d1s78b1, d1s78b2, d1s78b3, d1s78b4, d1s78c1, d1s78c2, d1s78d2, d1s78e1, d1s78e2, d1s78f2
      part of anti-ERBb2 Fab Pertuzumab
      complexed with nag
    2. Domain d1s78f1: 1s78 F:1-113 [98630]
      Other proteins in same PDB: d1s78a1, d1s78a2, d1s78a3, d1s78a4, d1s78b1, d1s78b2, d1s78b3, d1s78b4, d1s78c1, d1s78c2, d1s78d2, d1s78e1, d1s78e2, d1s78f2
      part of anti-ERBb2 Fab Pertuzumab
      complexed with nag
  24. Domain(s) for 1t04:
    1. Domain d1t04b1: 1t04 B:1-118 [112184]
      Other proteins in same PDB: d1t04a1, d1t04a2, d1t04b2, d1t04c1, d1t04c2, d1t04d2
    2. Domain d1t04d1: 1t04 D:1-118 [112188]
      Other proteins in same PDB: d1t04a1, d1t04a2, d1t04b2, d1t04c1, d1t04c2, d1t04d2
  25. Domain(s) for 1t3f:
  26. Domain(s) for 1tjg:
  27. Domain(s) for 1tjh:
  28. Domain(s) for 1tji:
  29. Domain(s) for 1tzh:
    1. Domain d1tzhb1: 1tzh B:1-113 [107479]
      Other proteins in same PDB: d1tzha1, d1tzha2, d1tzhb2, d1tzhh2, d1tzhl1, d1tzhl2, d1tzhv_, d1tzhw_
    2. Domain d1tzhh1: 1tzh H:1-113 [107481]
      Other proteins in same PDB: d1tzha1, d1tzha2, d1tzhb2, d1tzhh2, d1tzhl1, d1tzhl2, d1tzhv_, d1tzhw_
  30. Domain(s) for 1tzi:
  31. Domain(s) for 1u8h:
  32. Domain(s) for 1u8i:
  33. Domain(s) for 1u8j:
  34. Domain(s) for 1u8k:
  35. Domain(s) for 1u8l:
  36. Domain(s) for 1u8m:
  37. Domain(s) for 1u8n:
  38. Domain(s) for 1u8o:
  39. Domain(s) for 1u8p:
  40. Domain(s) for 1u8q:
  41. Domain(s) for 1u91:
  42. Domain(s) for 1u92:
  43. Domain(s) for 1u93:
  44. Domain(s) for 1u95:
  45. Domain(s) for 1uj3:
  46. Domain(s) for 1vhp:
  47. Domain(s) for 2agj:
  48. Domain(s) for 2b0s:
  49. Domain(s) for 2b1a:
  50. Domain(s) for 2b1h:
  51. Domain(s) for 2f5a:
  52. Domain(s) for 2f5b:
  53. Domain(s) for 2fgw:
  54. Domain(s) for 2fjf:
    1. Domain d2fjfr1: 2fjf R:1-120 [133595]
      Other proteins in same PDB: d2fjfa1, d2fjfa2, d2fjfb_, d2fjfc1, d2fjfc2, d2fjfd_, d2fjfe1, d2fjfe2, d2fjff_, d2fjfg1, d2fjfg2, d2fjfh_, d2fjfi_, d2fjfj1, d2fjfj2, d2fjfk_, d2fjfl1, d2fjfl2, d2fjfm1, d2fjfm2, d2fjfn_, d2fjfo1, d2fjfo2, d2fjfp_, d2fjfq1, d2fjfq2, d2fjfr2, d2fjfs1, d2fjfs2, d2fjft2, d2fjfu1, d2fjfu2, d2fjfv2, d2fjfw1, d2fjfw2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    2. Domain d2fjft1: 2fjf T:1-120 [133597]
      Other proteins in same PDB: d2fjfa1, d2fjfa2, d2fjfb_, d2fjfc1, d2fjfc2, d2fjfd_, d2fjfe1, d2fjfe2, d2fjff_, d2fjfg1, d2fjfg2, d2fjfh_, d2fjfi_, d2fjfj1, d2fjfj2, d2fjfk_, d2fjfl1, d2fjfl2, d2fjfm1, d2fjfm2, d2fjfn_, d2fjfo1, d2fjfo2, d2fjfp_, d2fjfq1, d2fjfq2, d2fjfr2, d2fjfs1, d2fjfs2, d2fjft2, d2fjfu1, d2fjfu2, d2fjfv2, d2fjfw1, d2fjfw2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    3. Domain d2fjfv1: 2fjf V:1-120 [133599]
      Other proteins in same PDB: d2fjfa1, d2fjfa2, d2fjfb_, d2fjfc1, d2fjfc2, d2fjfd_, d2fjfe1, d2fjfe2, d2fjff_, d2fjfg1, d2fjfg2, d2fjfh_, d2fjfi_, d2fjfj1, d2fjfj2, d2fjfk_, d2fjfl1, d2fjfl2, d2fjfm1, d2fjfm2, d2fjfn_, d2fjfo1, d2fjfo2, d2fjfp_, d2fjfq1, d2fjfq2, d2fjfr2, d2fjfs1, d2fjfs2, d2fjft2, d2fjfu1, d2fjfu2, d2fjfv2, d2fjfw1, d2fjfw2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
    4. Domain d2fjfx1: 2fjf X:1-120 [133601]
      Other proteins in same PDB: d2fjfa1, d2fjfa2, d2fjfb_, d2fjfc1, d2fjfc2, d2fjfd_, d2fjfe1, d2fjfe2, d2fjff_, d2fjfg1, d2fjfg2, d2fjfh_, d2fjfi_, d2fjfj1, d2fjfj2, d2fjfk_, d2fjfl1, d2fjfl2, d2fjfm1, d2fjfm2, d2fjfn_, d2fjfo1, d2fjfo2, d2fjfp_, d2fjfq1, d2fjfq2, d2fjfr2, d2fjfs1, d2fjfs2, d2fjft2, d2fjfu1, d2fjfu2, d2fjfv2, d2fjfw1, d2fjfw2, d2fjfx2
      automatically matched to d1fvcb_
  55. Domain(s) for 2h9g:
    1. Domain d2h9gb1: 2h9g B:1-113 [136257]
      Other proteins in same PDB: d2h9ga1, d2h9ga2, d2h9gb2, d2h9gh2, d2h9gl1, d2h9gl2, d2h9gr1, d2h9gr2, d2h9gr3, d2h9gs1
      automatically matched to d1fvcb_
    2. Domain d2h9gh1: 2h9g H:1-113 [136259]
      Other proteins in same PDB: d2h9ga1, d2h9ga2, d2h9gb2, d2h9gh2, d2h9gl1, d2h9gl2, d2h9gr1, d2h9gr2, d2h9gr3, d2h9gs1
      automatically matched to d1fvcb_
  56. Domain(s) for 2nyy:
  57. Domain(s) for 2nz9:
    1. Domain d2nz9d1: 2nz9 D:6-118 [138842]
      Other proteins in same PDB: d2nz9c1, d2nz9c2, d2nz9d2, d2nz9d3, d2nz9e1, d2nz9e2, d2nz9f2, d2nz9f3
      automatically matched to d1mhph1
      complexed with ca, zn
    2. Domain d2nz9f1: 2nz9 F:6-118 [138846]
      Other proteins in same PDB: d2nz9c1, d2nz9c2, d2nz9d2, d2nz9d3, d2nz9e1, d2nz9e2, d2nz9f2, d2nz9f3
      automatically matched to d1mhph1
      complexed with ca, zn
  58. Domain(s) for 2p8l:
  59. Domain(s) for 2p8m:
  60. Domain(s) for 2p8p:
  61. Domain(s) for 2pr4:
  62. Domain(s) for 2pw1:
  63. Domain(s) for 2pw2:
  64. Domain(s) for 3lev:
  65. Domain(s) for 6msy:
  66. Domain(s) for 6mu3:
    1. Domain d6mu3h1: 6mu3 H:1-115 [359614]
      Other proteins in same PDB: d6mu3h2, d6mu3k1, d6mu3k2, d6mu3l1, d6mu3l2, d6mu3m2
      automated match to d1op3h1
      complexed with bma, man
    2. Domain d6mu3m1: 6mu3 M:1-115 [359665]
      Other proteins in same PDB: d6mu3h2, d6mu3k1, d6mu3k2, d6mu3l1, d6mu3l2, d6mu3m2
      automated match to d1op3h1
      complexed with bma, man
  67. Domain(s) for 6n32:
    1. Domain d6n32h1: 6n32 H:1-115 [360725]
      Other proteins in same PDB: d6n32h2, d6n32k2, d6n32l1, d6n32l2, d6n32m1, d6n32m2
      automated match to d1op3h1
      complexed with so4
    2. Domain d6n32k1: 6n32 K:1-115 [360728]
      Other proteins in same PDB: d6n32h2, d6n32k2, d6n32l1, d6n32l2, d6n32m1, d6n32m2
      automated match to d1om3k1
      complexed with so4

More info for Species Engineered (including hybrid species) from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH

Timeline for Species Engineered (including hybrid species) from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH:

  • Species Engineered (including hybrid species) from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH first appeared in SCOP 1.65
  • Species Engineered (including hybrid species) from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH appears in SCOPe 2.07