Lineage for Species: Mouse (Mus musculus), cluster 2.2

  1. Root: SCOP 1.71
  2. 546417Class b: All beta proteins [48724] (149 folds)
  3. 546418Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (25 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 546419Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) (S)
  5. 546420Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (28 proteins)
  6. 546556Protein Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH [88543] (20 species)
    VH domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VH domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 546768Species Mouse (Mus musculus), cluster 2.2 [TaxId:10090] [88550] (49 PDB entries)

PDB entries in Species: Mouse (Mus musculus), cluster 2.2:

  1. Domain(s) for 1ar1:
  2. Domain(s) for 1bfv:
  3. Domain(s) for 1bln:
    1. 546799Domain d1blnb1: 1bln B:1-113 [20331]
      Other proteins in same PDB: d1blna1, d1blna2, d1blnb2, d1blnc1, d1blnc2, d1blnd2
    2. 546800Domain d1blnd1: 1bln D:1-113 [20333]
      Other proteins in same PDB: d1blna1, d1blna2, d1blnb2, d1blnc1, d1blnc2, d1blnd2
      part of anti-P-glycoprotein Fab MRK-16
  4. Domain(s) for 1bm3:
  5. Domain(s) for 1bz7:
  6. Domain(s) for 1cfv:
  7. Domain(s) for 1cly:
  8. Domain(s) for 1clz:
  9. Domain(s) for 1dsf:
    • 546780Domain d1dsfh_: 1dsf H: [20247]
      Other proteins in same PDB: d1dsfl_
      part of anticancer Fv B1; disulfide-stabilized
      mutant
  10. Domain(s) for 1ejo:
  11. Domain(s) for 1f4w:
  12. Domain(s) for 1f4x:
  13. Domain(s) for 1f4y:
  14. Domain(s) for 1fh5:
  15. Domain(s) for 1frg:
  16. Domain(s) for 1h0d:
  17. Domain(s) for 1h3p:
  18. Domain(s) for 1hil:
    1. 546773Domain d1hilb1: 1hil B:1-112 [19787]
      Other proteins in same PDB: d1hila1, d1hila2, d1hilb2, d1hilc1, d1hilc2, d1hild2
    2. 546774Domain d1hild1: 1hil D:1-112 [19789]
      Other proteins in same PDB: d1hila1, d1hila2, d1hilb2, d1hilc1, d1hilc2, d1hild2
      part of Fab 17/9
  19. Domain(s) for 1him:
    1. 546810Domain d1himl1: 1him L:1-112 [19792]
      Other proteins in same PDB: d1himh1, d1himh2, d1himj1, d1himj2, d1himl2, d1himm2
    2. 546811Domain d1himm1: 1him M:1-112 [19794]
      Other proteins in same PDB: d1himh1, d1himh2, d1himj1, d1himj2, d1himl2, d1himm2
      part of Fab 17/9; chain identifiers are mixed up
      complexed with nh2
  20. Domain(s) for 1hin:
  21. Domain(s) for 1i8i:
    • 546781Domain d1i8ib_: 1i8i B: [71129]
      Other proteins in same PDB: d1i8ia_
      part of dsFv MR1; complex with a EGFR-VIII peptide
      mutant
  22. Domain(s) for 1i8k:
    • 546770Domain d1i8kb_: 1i8k B: [71131]
      Other proteins in same PDB: d1i8ka_
      part of dsFv MR1; complex with a EGFR-VIII peptide
      mutant
  23. Domain(s) for 1ifh:
  24. Domain(s) for 1igc:
  25. Domain(s) for 1igf:
    1. 546803Domain d1igfh1: 1igf H:1-113 [19813]
      Other proteins in same PDB: d1igfh2, d1igfj2, d1igfl1, d1igfl2, d1igfm1, d1igfm2
    2. 546804Domain d1igfj1: 1igf J:1-113 [19815]
      Other proteins in same PDB: d1igfh2, d1igfj2, d1igfl1, d1igfl2, d1igfm1, d1igfm2
      part of Fab B13I2
      complexed with nag
  26. Domain(s) for 1igt:
    1. 546807Domain d1igtb1: 1igt B:1-114 [19765]
      Other proteins in same PDB: d1igta1, d1igta2, d1igtb2, d1igtb3, d1igtb4, d1igtc1, d1igtc2, d1igtd2, d1igtd3, d1igtd4
    2. 546808Domain d1igtd1: 1igt D:1-114 [19767]
      Other proteins in same PDB: d1igta1, d1igta2, d1igtb2, d1igtb3, d1igtb4, d1igtc1, d1igtc2, d1igtd2, d1igtd3, d1igtd4
      part of intact IgG2a antibody Mab231
      complexed with fuc, gal, man, nag
  27. Domain(s) for 1ikf:
  28. Domain(s) for 1ind:
  29. Domain(s) for 1ine:
  30. Domain(s) for 1kno:
    1. 546818Domain d1knob1: 1kno B:1-119 [20009]
      Other proteins in same PDB: d1knoa1, d1knoa2, d1knob2, d1knoc1, d1knoc2, d1knod2, d1knoe1, d1knoe2, d1knof2
    2. 546819Domain d1knod1: 1kno D:1-119 [20011]
      Other proteins in same PDB: d1knoa1, d1knoa2, d1knob2, d1knoc1, d1knoc2, d1knod2, d1knoe1, d1knoe2, d1knof2
    3. 546820Domain d1knof1: 1kno F:1-119 [20013]
      Other proteins in same PDB: d1knoa1, d1knoa2, d1knob2, d1knoc1, d1knoc2, d1knod2, d1knoe1, d1knoe2, d1knof2
      part of Fab CNJ206
      complexed with pnp, zn
  31. Domain(s) for 1mf2:
    1. 546793Domain d1mf2h1: 1mf2 H:1-113 [20175]
      Other proteins in same PDB: d1mf2h2, d1mf2l1, d1mf2l2, d1mf2m1, d1mf2m2, d1mf2n2
    2. 546794Domain d1mf2n1: 1mf2 N:1-113 [20177]
      Other proteins in same PDB: d1mf2h2, d1mf2l1, d1mf2l2, d1mf2m1, d1mf2m2, d1mf2n2
      part of Fab F11.2.32 against HIV-1 protease
  32. Domain(s) for 1mqk:
    • 546769Domain d1mqkh_: 1mqk H: [85053]
      Other proteins in same PDB: d1mqkl_
      part of Fv against Paracoccus denitrificans cytochrome c oxidase
  33. Domain(s) for 1opg:
  34. Domain(s) for 1ots:
    1. 546812Domain d1otsc1: 1ots C:2-121 [87417]
      Other proteins in same PDB: d1otsa_, d1otsb_, d1otsc2, d1otsd1, d1otsd2, d1otse2, d1otsf1, d1otsf2
    2. 546813Domain d1otse1: 1ots E:2-121 [87421]
      Other proteins in same PDB: d1otsa_, d1otsb_, d1otsc2, d1otsd1, d1otsd2, d1otse2, d1otsf1, d1otsf2
      part of anti-CLC chloride channel Fab
      complexed with cl
  35. Domain(s) for 1ott:
    1. 546821Domain d1ottc1: 1ott C:2-121 [87427]
      Other proteins in same PDB: d1otta_, d1ottb_, d1ottc2, d1ottd1, d1ottd2, d1otte2, d1ottf1, d1ottf2
    2. 546822Domain d1otte1: 1ott E:2-121 [87431]
      Other proteins in same PDB: d1otta_, d1ottb_, d1ottc2, d1ottd1, d1ottd2, d1otte2, d1ottf1, d1ottf2
      part of anti-CLC chloride channel Fab
      complexed with cl; mutant
  36. Domain(s) for 1otu:
    1. 546826Domain d1otuc1: 1otu C:2-121 [87437]
      Other proteins in same PDB: d1otua_, d1otub_, d1otuc2, d1otud1, d1otud2, d1otue2, d1otuf1, d1otuf2
    2. 546827Domain d1otue1: 1otu E:2-121 [87441]
      Other proteins in same PDB: d1otua_, d1otub_, d1otuc2, d1otud1, d1otud2, d1otue2, d1otuf1, d1otuf2
      part of anti-CLC chloride channel Fab
      complexed with cl; mutant
  37. Domain(s) for 1qfw:
  38. Domain(s) for 1qkz:
  39. Domain(s) for 1qle:
  40. Domain(s) for 1r24:
    1. 546824Domain d1r24b1: 1r24 B:1-122 [20405]
      Other proteins in same PDB: d1r24a1, d1r24a2, d1r24b2, d1r24c1, d1r24c2, d1r24d2
    2. 546825Domain d1r24d1: 1r24 D:1-122 [20407]
      Other proteins in same PDB: d1r24a1, d1r24a2, d1r24b2, d1r24c1, d1r24c2, d1r24d2
      part of humanized Fab R24 from murine ascites
  41. Domain(s) for 1ucb:
  42. Domain(s) for 1uz6:
    1. 546830Domain d1uz6f1: 1uz6 F:1-113 [108152]
      Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2
    2. 546831Domain d1uz6h1: 1uz6 H:1-113 [108154]
      Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2
    3. 546832Domain d1uz6p1: 1uz6 P:1-113 [108160]
      Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2
    4. 546833Domain d1uz6w1: 1uz6 W:1-113 [108164]
      Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2
      MQ P01811 P22436 #
      natural chimera
      complexed with so4
  43. Domain(s) for 1uz8:
    1. 546828Domain d1uz8b1: 1uz8 B:1-113 [108168]
      Other proteins in same PDB: d1uz8a1, d1uz8a2, d1uz8b2, d1uz8h2, d1uz8l1, d1uz8l2
    2. 546829Domain d1uz8h1: 1uz8 H:1-113 [108170]
      Other proteins in same PDB: d1uz8a1, d1uz8a2, d1uz8b2, d1uz8h2, d1uz8l1, d1uz8l2
      MQ P01811 P22436 #
      natural chimera
      complexed with fuc, gal, mag
  44. Domain(s) for 2bfv:
  45. Domain(s) for 2fbj:
  46. Domain(s) for 2gfb:
    1. 546834Domain d2gfbb1: 2gfb B:1-119 [19993]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
    2. 546835Domain d2gfbd1: 2gfb D:1-119 [19995]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
    3. 546836Domain d2gfbf1: 2gfb F:1-119 [19997]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
    4. 546837Domain d2gfbh1: 2gfb H:1-119 [19999]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
    5. 546838Domain d2gfbj1: 2gfb J:1-119 [20001]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
    6. 546839Domain d2gfbl1: 2gfb L:1-119 [20003]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
    7. 546840Domain d2gfbn1: 2gfb N:1-119 [20005]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
    8. 546841Domain d2gfbp1: 2gfb P:1-119 [20007]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
  47. Domain(s) for 2h1p:
  48. Domain(s) for 2hrp:
    1. 546782Domain d2hrph1: 2hrp H:1-113 [20171]
      Other proteins in same PDB: d2hrph2, d2hrpl1, d2hrpl2, d2hrpm1, d2hrpm2, d2hrpn2
    2. 546783Domain d2hrpn1: 2hrp N:1-113 [20173]
      Other proteins in same PDB: d2hrph2, d2hrpl1, d2hrpl2, d2hrpm1, d2hrpm2, d2hrpn2
      part of Fab F11.2.32 against HIV-1 protease
  49. Domain(s) for 2igf:

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