Lineage for Species: Mouse (Mus musculus), cluster 2.2 [TaxId: 10090]

  1. Root: SCOPe 2.06
  2. 2017114Class b: All beta proteins [48724] (177 folds)
  3. 2017115Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (33 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 2017116Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (5 families) (S)
  5. 2017117Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (33 protein domains)
  6. 2017323Protein Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH [88543] (21 species)
    VH domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VH domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 2017693Species Mouse (Mus musculus), cluster 2.2 [TaxId:10090] [88550] (59 PDB entries)
    Uniprot P01811 # HV41_MOUSE (P01811) Ig heavy chain V region UPC10

PDB entries in Species: Mouse (Mus musculus), cluster 2.2 [TaxId: 10090]:

  1. Domain(s) for 1ar1:
  2. Domain(s) for 1bfv:
  3. Domain(s) for 1bln:
    1. 2017736Domain d1blnb1: 1bln B:1-113 [20331]
      Other proteins in same PDB: d1blna1, d1blna2, d1blnb2, d1blnc1, d1blnc2, d1blnd2
      part of anti-P-glycoprotein Fab MRK-16
    2. 2017737Domain d1blnd1: 1bln D:1-113 [20333]
      Other proteins in same PDB: d1blna1, d1blna2, d1blnb2, d1blnc1, d1blnc2, d1blnd2
      part of anti-P-glycoprotein Fab MRK-16
  4. Domain(s) for 1bm3:
  5. Domain(s) for 1bz7:
  6. Domain(s) for 1cfv:
  7. Domain(s) for 1cly:
  8. Domain(s) for 1clz:
  9. Domain(s) for 1dsf:
    • 2017698Domain d1dsfh_: 1dsf H: [20247]
      Other proteins in same PDB: d1dsfl_
      part of anticancer Fv B1; disulfide-stabilized
  10. Domain(s) for 1ejo:
  11. Domain(s) for 1f4w:
  12. Domain(s) for 1f4x:
  13. Domain(s) for 1f4y:
  14. Domain(s) for 1fh5:
  15. Domain(s) for 1frg:
  16. Domain(s) for 1gm3:
  17. Domain(s) for 1h0d:
  18. Domain(s) for 1h3p:
  19. Domain(s) for 1hil:
    1. 2017700Domain d1hilb1: 1hil B:1-112 [19787]
      Other proteins in same PDB: d1hila1, d1hila2, d1hilb2, d1hilc1, d1hilc2, d1hild2
      part of Fab 17/9
    2. 2017701Domain d1hild1: 1hil D:1-112 [19789]
      Other proteins in same PDB: d1hila1, d1hila2, d1hilb2, d1hilc1, d1hilc2, d1hild2
      part of Fab 17/9
  20. Domain(s) for 1him:
    1. 2017760Domain d1himl1: 1him L:1-112 [19792]
      Other proteins in same PDB: d1himh1, d1himh2, d1himj1, d1himj2, d1himl2, d1himm2
      part of Fab 17/9; chain identifiers are mixed up
    2. 2017761Domain d1himm1: 1him M:1-112 [19794]
      Other proteins in same PDB: d1himh1, d1himh2, d1himj1, d1himj2, d1himl2, d1himm2
      part of Fab 17/9; chain identifiers are mixed up
  21. Domain(s) for 1hin:
  22. Domain(s) for 1i8i:
    • 2017708Domain d1i8ib_: 1i8i B: [71129]
      Other proteins in same PDB: d1i8ia_
      part of dsFv MR1; complex with a EGFR-VIII peptide
      mutant
  23. Domain(s) for 1i8k:
    • 2017695Domain d1i8kb_: 1i8k B: [71131]
      Other proteins in same PDB: d1i8ka_
      part of dsFv MR1; complex with a EGFR-VIII peptide
      mutant
  24. Domain(s) for 1ifh:
  25. Domain(s) for 1igc:
  26. Domain(s) for 1igf:
    1. 2017734Domain d1igfh1: 1igf H:1-113 [19813]
      Other proteins in same PDB: d1igfh2, d1igfj2, d1igfl1, d1igfl2, d1igfm1, d1igfm2
      part of Fab B13I2
      complexed with nag
    2. 2017735Domain d1igfj1: 1igf J:1-113 [19815]
      Other proteins in same PDB: d1igfh2, d1igfj2, d1igfl1, d1igfl2, d1igfm1, d1igfm2
      part of Fab B13I2
      complexed with nag
  27. Domain(s) for 1igt:
    1. 2017738Domain d1igtb1: 1igt B:1-114 [19765]
      Other proteins in same PDB: d1igta1, d1igta2, d1igtb2, d1igtb3, d1igtb4, d1igtc1, d1igtc2, d1igtd2, d1igtd3, d1igtd4
      part of intact IgG2a antibody Mab231
    2. 2017739Domain d1igtd1: 1igt D:1-114 [19767]
      Other proteins in same PDB: d1igta1, d1igta2, d1igtb2, d1igtb3, d1igtb4, d1igtc1, d1igtc2, d1igtd2, d1igtd3, d1igtd4
      part of intact IgG2a antibody Mab231
  28. Domain(s) for 1ikf:
  29. Domain(s) for 1ind:
  30. Domain(s) for 1ine:
  31. Domain(s) for 1kno:
    1. 2017753Domain d1knob1: 1kno B:1-119 [20009]
      Other proteins in same PDB: d1knoa1, d1knoa2, d1knob2, d1knoc1, d1knoc2, d1knod2, d1knoe1, d1knoe2, d1knof2
      part of Fab CNJ206
      complexed with pnp, zn
    2. 2017754Domain d1knod1: 1kno D:1-119 [20011]
      Other proteins in same PDB: d1knoa1, d1knoa2, d1knob2, d1knoc1, d1knoc2, d1knod2, d1knoe1, d1knoe2, d1knof2
      part of Fab CNJ206
      complexed with pnp, zn
    3. 2017755Domain d1knof1: 1kno F:1-119 [20013]
      Other proteins in same PDB: d1knoa1, d1knoa2, d1knob2, d1knoc1, d1knoc2, d1knod2, d1knoe1, d1knoe2, d1knof2
      part of Fab CNJ206
      complexed with pnp, zn
  32. Domain(s) for 1mf2:
    1. 2017722Domain d1mf2h1: 1mf2 H:1-113 [20175]
      Other proteins in same PDB: d1mf2h2, d1mf2l1, d1mf2l2, d1mf2m1, d1mf2m2, d1mf2n2
      part of Fab F11.2.32 against HIV-1 protease
    2. 2017723Domain d1mf2n1: 1mf2 N:1-113 [20177]
      Other proteins in same PDB: d1mf2h2, d1mf2l1, d1mf2l2, d1mf2m1, d1mf2m2, d1mf2n2
      part of Fab F11.2.32 against HIV-1 protease
  33. Domain(s) for 1mqk:
    • 2017694Domain d1mqkh_: 1mqk H: [85053]
      Other proteins in same PDB: d1mqkl_
      part of Fv against Paracoccus denitrificans cytochrome c oxidase
  34. Domain(s) for 1opg:
  35. Domain(s) for 1ots:
    1. 2017743Domain d1otsc1: 1ots C:2-121 [87417]
      Other proteins in same PDB: d1otsa_, d1otsb_, d1otsc2, d1otsd1, d1otsd2, d1otse2, d1otsf1, d1otsf2
      part of anti-CLC chloride channel Fab
      complexed with cl
    2. 2017744Domain d1otse1: 1ots E:2-121 [87421]
      Other proteins in same PDB: d1otsa_, d1otsb_, d1otsc2, d1otsd1, d1otsd2, d1otse2, d1otsf1, d1otsf2
      part of anti-CLC chloride channel Fab
      complexed with cl
  36. Domain(s) for 1ott:
    1. 2017762Domain d1ottc1: 1ott C:2-121 [87427]
      Other proteins in same PDB: d1otta_, d1ottb_, d1ottc2, d1ottd1, d1ottd2, d1otte2, d1ottf1, d1ottf2
      part of anti-CLC chloride channel Fab
      complexed with cl; mutant
    2. 2017763Domain d1otte1: 1ott E:2-121 [87431]
      Other proteins in same PDB: d1otta_, d1ottb_, d1ottc2, d1ottd1, d1ottd2, d1otte2, d1ottf1, d1ottf2
      part of anti-CLC chloride channel Fab
      complexed with cl; mutant
  37. Domain(s) for 1otu:
    1. 2017767Domain d1otuc1: 1otu C:2-121 [87437]
      Other proteins in same PDB: d1otua_, d1otub_, d1otuc2, d1otud1, d1otud2, d1otue2, d1otuf1, d1otuf2
      part of anti-CLC chloride channel Fab
      complexed with cl; mutant
    2. 2017768Domain d1otue1: 1otu E:2-121 [87441]
      Other proteins in same PDB: d1otua_, d1otub_, d1otuc2, d1otud1, d1otud2, d1otue2, d1otuf1, d1otuf2
      part of anti-CLC chloride channel Fab
      complexed with cl; mutant
  38. Domain(s) for 1qfw:
  39. Domain(s) for 1qkz:
  40. Domain(s) for 1qle:
  41. Domain(s) for 1r24:
    1. 2017764Domain d1r24b1: 1r24 B:1-122 [20405]
      Other proteins in same PDB: d1r24a1, d1r24a2, d1r24b2, d1r24c1, d1r24c2, d1r24d2
      part of humanized Fab R24 from murine ascites
    2. 2017765Domain d1r24d1: 1r24 D:1-122 [20407]
      Other proteins in same PDB: d1r24a1, d1r24a2, d1r24b2, d1r24c1, d1r24c2, d1r24d2
      part of humanized Fab R24 from murine ascites
  42. Domain(s) for 1ucb:
  43. Domain(s) for 1uz6:
    1. 2017771Domain d1uz6f1: 1uz6 F:1-113 [108152]
      Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2
      MQ P01811 P22436 # ! natural chimera
      complexed with so4
    2. 2017772Domain d1uz6h1: 1uz6 H:1-113 [108154]
      Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2
      MQ P01811 P22436 # ! natural chimera
      complexed with so4
    3. 2017773Domain d1uz6p1: 1uz6 P:1-113 [108160]
      Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2
      MQ P01811 P22436 # ! natural chimera
      complexed with so4
    4. 2017774Domain d1uz6w1: 1uz6 W:1-113 [108164]
      Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2
      MQ P01811 P22436 # ! natural chimera
      complexed with so4
  44. Domain(s) for 1uz8:
    1. 2017769Domain d1uz8b1: 1uz8 B:1-113 [108168]
      Other proteins in same PDB: d1uz8a1, d1uz8a2, d1uz8b2, d1uz8h2, d1uz8l1, d1uz8l2
      MQ P01811 P22436 # ! natural chimera
    2. 2017770Domain d1uz8h1: 1uz8 H:1-113 [108170]
      Other proteins in same PDB: d1uz8a1, d1uz8a2, d1uz8b2, d1uz8h2, d1uz8l1, d1uz8l2
      MQ P01811 P22436 # ! natural chimera
  45. Domain(s) for 2bfv:
  46. Domain(s) for 2fbj:
  47. Domain(s) for 2gfb:
    1. 2017775Domain d2gfbb1: 2gfb B:1-119 [19993]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
    2. 2017776Domain d2gfbd1: 2gfb D:1-119 [19995]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
    3. 2017777Domain d2gfbf1: 2gfb F:1-119 [19997]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
    4. 2017778Domain d2gfbh1: 2gfb H:1-119 [19999]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
    5. 2017779Domain d2gfbj1: 2gfb J:1-119 [20001]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
    6. 2017780Domain d2gfbl1: 2gfb L:1-119 [20003]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
    7. 2017781Domain d2gfbn1: 2gfb N:1-119 [20005]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
    8. 2017782Domain d2gfbp1: 2gfb P:1-119 [20007]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
  48. Domain(s) for 2h1p:
  49. Domain(s) for 2hff:
    1. 2017696Domain d2hffb1: 2hff B:1-113 [136379]
      Other proteins in same PDB: d2hffa1, d2hffa2, d2hffb2, d2hffh2, d2hffl1, d2hffl2
      automatically matched to d1mf2h1
    2. 2017697Domain d2hffh1: 2hff H:1-113 [136381]
      Other proteins in same PDB: d2hffa1, d2hffa2, d2hffb2, d2hffh2, d2hffl1, d2hffl2
      automatically matched to d1mf2h1
  50. Domain(s) for 2hfg:
  51. Domain(s) for 2hrp:
    1. 2017709Domain d2hrph1: 2hrp H:1-113 [20171]
      Other proteins in same PDB: d2hrph2, d2hrpl1, d2hrpl2, d2hrpm1, d2hrpm2, d2hrpn2
      part of Fab F11.2.32 against HIV-1 protease
    2. 2017710Domain d2hrpn1: 2hrp N:1-113 [20173]
      Other proteins in same PDB: d2hrph2, d2hrpl1, d2hrpl2, d2hrpm1, d2hrpm2, d2hrpn2
      part of Fab F11.2.32 against HIV-1 protease
  52. Domain(s) for 2igf:
  53. Domain(s) for 2j4w:
  54. Domain(s) for 2j5l:
  55. Domain(s) for 4ene:
    1. 2017724Domain d4enec1: 4ene C:1-121 [220681]
      Other proteins in same PDB: d4enea_, d4eneb_, d4enec2, d4ened1, d4ened2, d4enee2, d4enef1, d4enef2
      automated match to d1otsc1
      complexed with cl, dmu, mal
    2. 2017725Domain d4enee1: 4ene E:2-121 [220685]
      Other proteins in same PDB: d4enea_, d4eneb_, d4enec2, d4ened1, d4ened2, d4enee2, d4enef1, d4enef2
      automated match to d1otsc1
      complexed with cl, dmu, mal
  56. Domain(s) for 4kjq:
    1. 2017756Domain d4kjqc1: 4kjq C:2-121 [224312]
      Other proteins in same PDB: d4kjqa_, d4kjqb_, d4kjqc2, d4kjqd1, d4kjqd2, d4kjqe2, d4kjqf1, d4kjqf2
      automated match to d1otsc1
      complexed with f
    2. 2017757Domain d4kjqe1: 4kjq E:2-121 [224316]
      Other proteins in same PDB: d4kjqa_, d4kjqb_, d4kjqc2, d4kjqd1, d4kjqd2, d4kjqe2, d4kjqf1, d4kjqf2
      automated match to d1otsc1
      complexed with f
  57. Domain(s) for 4kk8:
    1. 2017751Domain d4kk8c1: 4kk8 C:2-121 [224326]
      Other proteins in same PDB: d4kk8a_, d4kk8b_, d4kk8c2, d4kk8d1, d4kk8d2, d4kk8e2, d4kk8f1, d4kk8f2
      automated match to d1otsc1
      complexed with f; mutant
    2. 2017752Domain d4kk8e1: 4kk8 E:2-121 [224330]
      Other proteins in same PDB: d4kk8a_, d4kk8b_, d4kk8c2, d4kk8d1, d4kk8d2, d4kk8e2, d4kk8f1, d4kk8f2
      automated match to d1otsc1
      complexed with f; mutant
  58. Domain(s) for 4kkl:
    1. 2017758Domain d4kklc1: 4kkl C:2-121 [224336]
      Other proteins in same PDB: d4kkla_, d4kklb_, d4kklc2, d4kkld1, d4kkld2, d4kkle2, d4kklf1, d4kklf2
      automated match to d1otsc1
      complexed with f; mutant
    2. 2017759Domain d4kkle1: 4kkl E:2-121 [224340]
      Other proteins in same PDB: d4kkla_, d4kklb_, d4kklc2, d4kkld1, d4kkld2, d4kkle2, d4kklf1, d4kklf2
      automated match to d1otsc1
      complexed with f; mutant
  59. Domain(s) for 4lou:
    1. 2017741Domain d4louc1: 4lou C:1-121 [224735]
      Other proteins in same PDB: d4loua_, d4loub_, d4louc2, d4loud1, d4loud2, d4loue2, d4louf1, d4louf2
      automated match to d1otsc1
      mutant
    2. 2017742Domain d4loue1: 4lou E:2-121 [224739]
      Other proteins in same PDB: d4loua_, d4loub_, d4louc2, d4loud1, d4loud2, d4loue2, d4louf1, d4louf2
      automated match to d1otsc1
      mutant

More info for Species Mouse (Mus musculus), cluster 2.2 [TaxId:10090] from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH

Timeline for Species Mouse (Mus musculus), cluster 2.2 [TaxId:10090] from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH: