Lineage for Species: Mouse (Mus musculus), cluster 2.2 [TaxId: 10090]

  1. Root: SCOPe 2.07
  2. 2344607Class b: All beta proteins [48724] (178 folds)
  3. 2344608Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (33 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 2344609Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (5 families) (S)
  5. 2344610Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (33 protein domains)
  6. 2344816Protein Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH [88543] (22 species)
    VH domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VH domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 2345192Species Mouse (Mus musculus), cluster 2.2 [TaxId:10090] [88550] (59 PDB entries)
    Uniprot P01811 # HV41_MOUSE (P01811) Ig heavy chain V region UPC10

PDB entries in Species: Mouse (Mus musculus), cluster 2.2 [TaxId: 10090]:

  1. Domain(s) for 1ar1:
  2. Domain(s) for 1bfv:
  3. Domain(s) for 1bln:
    1. 2345234Domain d1blnb1: 1bln B:1-113 [20331]
      Other proteins in same PDB: d1blna1, d1blna2, d1blnb2, d1blnc1, d1blnc2, d1blnd2
      part of anti-P-glycoprotein Fab MRK-16
    2. 2345235Domain d1blnd1: 1bln D:1-113 [20333]
      Other proteins in same PDB: d1blna1, d1blna2, d1blnb2, d1blnc1, d1blnc2, d1blnd2
      part of anti-P-glycoprotein Fab MRK-16
  4. Domain(s) for 1bm3:
  5. Domain(s) for 1bz7:
  6. Domain(s) for 1cfv:
  7. Domain(s) for 1cly:
  8. Domain(s) for 1clz:
  9. Domain(s) for 1dsf:
    • 2345197Domain d1dsfh_: 1dsf H: [20247]
      Other proteins in same PDB: d1dsfl_
      part of anticancer Fv B1; disulfide-stabilized
  10. Domain(s) for 1ejo:
  11. Domain(s) for 1f4w:
  12. Domain(s) for 1f4x:
  13. Domain(s) for 1f4y:
  14. Domain(s) for 1fh5:
  15. Domain(s) for 1frg:
  16. Domain(s) for 1gm3:
  17. Domain(s) for 1h0d:
  18. Domain(s) for 1h3p:
  19. Domain(s) for 1hil:
    1. 2345199Domain d1hilb1: 1hil B:1-112 [19787]
      Other proteins in same PDB: d1hila1, d1hila2, d1hilb2, d1hilc1, d1hilc2, d1hild2
      part of Fab 17/9
    2. 2345200Domain d1hild1: 1hil D:1-112 [19789]
      Other proteins in same PDB: d1hila1, d1hila2, d1hilb2, d1hilc1, d1hilc2, d1hild2
      part of Fab 17/9
  20. Domain(s) for 1him:
    1. 2345258Domain d1himl1: 1him L:1-112 [19792]
      Other proteins in same PDB: d1himh1, d1himh2, d1himj1, d1himj2, d1himl2, d1himm2
      part of Fab 17/9; chain identifiers are mixed up
    2. 2345259Domain d1himm1: 1him M:1-112 [19794]
      Other proteins in same PDB: d1himh1, d1himh2, d1himj1, d1himj2, d1himl2, d1himm2
      part of Fab 17/9; chain identifiers are mixed up
  21. Domain(s) for 1hin:
  22. Domain(s) for 1i8i:
    • 2345206Domain d1i8ib_: 1i8i B: [71129]
      Other proteins in same PDB: d1i8ia_
      part of dsFv MR1; complex with a EGFR-VIII peptide
      mutant
  23. Domain(s) for 1i8k:
    • 2345194Domain d1i8kb_: 1i8k B: [71131]
      Other proteins in same PDB: d1i8ka_
      part of dsFv MR1; complex with a EGFR-VIII peptide
      mutant
  24. Domain(s) for 1ifh:
  25. Domain(s) for 1igc:
  26. Domain(s) for 1igf:
    1. 2345232Domain d1igfh1: 1igf H:1-113 [19813]
      Other proteins in same PDB: d1igfh2, d1igfj2, d1igfl1, d1igfl2, d1igfm1, d1igfm2
      part of Fab B13I2
      complexed with nag
    2. 2345233Domain d1igfj1: 1igf J:1-113 [19815]
      Other proteins in same PDB: d1igfh2, d1igfj2, d1igfl1, d1igfl2, d1igfm1, d1igfm2
      part of Fab B13I2
      complexed with nag
  27. Domain(s) for 1igt:
    1. 2345236Domain d1igtb1: 1igt B:1-114 [19765]
      Other proteins in same PDB: d1igta1, d1igta2, d1igtb2, d1igtb3, d1igtb4, d1igtc1, d1igtc2, d1igtd2, d1igtd3, d1igtd4
      part of intact IgG2a antibody Mab231
    2. 2345237Domain d1igtd1: 1igt D:1-114 [19767]
      Other proteins in same PDB: d1igta1, d1igta2, d1igtb2, d1igtb3, d1igtb4, d1igtc1, d1igtc2, d1igtd2, d1igtd3, d1igtd4
      part of intact IgG2a antibody Mab231
  28. Domain(s) for 1ikf:
  29. Domain(s) for 1ind:
  30. Domain(s) for 1ine:
  31. Domain(s) for 1kno:
    1. 2345250Domain d1knob1: 1kno B:1-119 [20009]
      Other proteins in same PDB: d1knoa1, d1knoa2, d1knob2, d1knoc1, d1knoc2, d1knod2, d1knoe1, d1knoe2, d1knof2
      part of Fab CNJ206
      complexed with pnp, zn
    2. 2345251Domain d1knod1: 1kno D:1-119 [20011]
      Other proteins in same PDB: d1knoa1, d1knoa2, d1knob2, d1knoc1, d1knoc2, d1knod2, d1knoe1, d1knoe2, d1knof2
      part of Fab CNJ206
      complexed with pnp, zn
    3. 2345252Domain d1knof1: 1kno F:1-119 [20013]
      Other proteins in same PDB: d1knoa1, d1knoa2, d1knob2, d1knoc1, d1knoc2, d1knod2, d1knoe1, d1knoe2, d1knof2
      part of Fab CNJ206
      complexed with pnp, zn
  32. Domain(s) for 1mf2:
    1. 2345219Domain d1mf2h1: 1mf2 H:1-113 [20175]
      Other proteins in same PDB: d1mf2h2, d1mf2l1, d1mf2l2, d1mf2m1, d1mf2m2, d1mf2n2
      part of Fab F11.2.32 against HIV-1 protease
    2. 2345220Domain d1mf2n1: 1mf2 N:1-113 [20177]
      Other proteins in same PDB: d1mf2h2, d1mf2l1, d1mf2l2, d1mf2m1, d1mf2m2, d1mf2n2
      part of Fab F11.2.32 against HIV-1 protease
  33. Domain(s) for 1mqk:
    • 2345193Domain d1mqkh_: 1mqk H: [85053]
      Other proteins in same PDB: d1mqkl_
      part of Fv against Paracoccus denitrificans cytochrome c oxidase
  34. Domain(s) for 1opg:
  35. Domain(s) for 1ots:
    1. 2345242Domain d1otsc1: 1ots C:2-121 [87417]
      Other proteins in same PDB: d1otsa_, d1otsb_, d1otsc2, d1otsd1, d1otsd2, d1otse2, d1otsf1, d1otsf2
      part of anti-CLC chloride channel Fab
      complexed with cl
    2. 2345243Domain d1otse1: 1ots E:2-121 [87421]
      Other proteins in same PDB: d1otsa_, d1otsb_, d1otsc2, d1otsd1, d1otsd2, d1otse2, d1otsf1, d1otsf2
      part of anti-CLC chloride channel Fab
      complexed with cl
  36. Domain(s) for 1ott:
    1. 2345261Domain d1ottc1: 1ott C:2-121 [87427]
      Other proteins in same PDB: d1otta_, d1ottb_, d1ottc2, d1ottd1, d1ottd2, d1otte2, d1ottf1, d1ottf2
      part of anti-CLC chloride channel Fab
      complexed with cl; mutant
    2. 2345262Domain d1otte1: 1ott E:2-121 [87431]
      Other proteins in same PDB: d1otta_, d1ottb_, d1ottc2, d1ottd1, d1ottd2, d1otte2, d1ottf1, d1ottf2
      part of anti-CLC chloride channel Fab
      complexed with cl; mutant
  37. Domain(s) for 1otu:
    1. 2345266Domain d1otuc1: 1otu C:2-121 [87437]
      Other proteins in same PDB: d1otua_, d1otub_, d1otuc2, d1otud1, d1otud2, d1otue2, d1otuf1, d1otuf2
      part of anti-CLC chloride channel Fab
      complexed with cl; mutant
    2. 2345267Domain d1otue1: 1otu E:2-121 [87441]
      Other proteins in same PDB: d1otua_, d1otub_, d1otuc2, d1otud1, d1otud2, d1otue2, d1otuf1, d1otuf2
      part of anti-CLC chloride channel Fab
      complexed with cl; mutant
  38. Domain(s) for 1qfw:
  39. Domain(s) for 1qkz:
  40. Domain(s) for 1qle:
  41. Domain(s) for 1r24:
    1. 2345263Domain d1r24b1: 1r24 B:1-122 [20405]
      Other proteins in same PDB: d1r24a1, d1r24a2, d1r24b2, d1r24c1, d1r24c2, d1r24d2
      part of humanized Fab R24 from murine ascites
    2. 2345264Domain d1r24d1: 1r24 D:1-122 [20407]
      Other proteins in same PDB: d1r24a1, d1r24a2, d1r24b2, d1r24c1, d1r24c2, d1r24d2
      part of humanized Fab R24 from murine ascites
  42. Domain(s) for 1ucb:
  43. Domain(s) for 1uz6:
    1. 2345270Domain d1uz6f1: 1uz6 F:1-113 [108152]
      Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2
      MQ P01811 P22436 # ! natural chimera
      complexed with so4
    2. 2345271Domain d1uz6h1: 1uz6 H:1-113 [108154]
      Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2
      MQ P01811 P22436 # ! natural chimera
      complexed with so4
    3. 2345272Domain d1uz6p1: 1uz6 P:1-113 [108160]
      Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2
      MQ P01811 P22436 # ! natural chimera
      complexed with so4
    4. 2345273Domain d1uz6w1: 1uz6 W:1-113 [108164]
      Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2
      MQ P01811 P22436 # ! natural chimera
      complexed with so4
  44. Domain(s) for 1uz8:
    1. 2345268Domain d1uz8b1: 1uz8 B:1-113 [108168]
      Other proteins in same PDB: d1uz8a1, d1uz8a2, d1uz8b2, d1uz8h2, d1uz8l1, d1uz8l2
      MQ P01811 P22436 # ! natural chimera
    2. 2345269Domain d1uz8h1: 1uz8 H:1-113 [108170]
      Other proteins in same PDB: d1uz8a1, d1uz8a2, d1uz8b2, d1uz8h2, d1uz8l1, d1uz8l2
      MQ P01811 P22436 # ! natural chimera
  45. Domain(s) for 2bfv:
  46. Domain(s) for 2fbj:
  47. Domain(s) for 2gfb:
    1. 2345274Domain d2gfbb1: 2gfb B:1-119 [19993]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
    2. 2345275Domain d2gfbd1: 2gfb D:1-119 [19995]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
    3. 2345276Domain d2gfbf1: 2gfb F:1-119 [19997]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
    4. 2345277Domain d2gfbh1: 2gfb H:1-119 [19999]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
    5. 2345278Domain d2gfbj1: 2gfb J:1-119 [20001]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
    6. 2345279Domain d2gfbl1: 2gfb L:1-119 [20003]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
    7. 2345280Domain d2gfbn1: 2gfb N:1-119 [20005]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
    8. 2345281Domain d2gfbp1: 2gfb P:1-119 [20007]
      Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2
      part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region
  48. Domain(s) for 2h1p:
  49. Domain(s) for 2hff:
    1. 2345195Domain d2hffb1: 2hff B:1-113 [136379]
      Other proteins in same PDB: d2hffa1, d2hffa2, d2hffb2, d2hffh2, d2hffl1, d2hffl2
      automatically matched to d1mf2h1
    2. 2345196Domain d2hffh1: 2hff H:1-113 [136381]
      Other proteins in same PDB: d2hffa1, d2hffa2, d2hffb2, d2hffh2, d2hffl1, d2hffl2
      automatically matched to d1mf2h1
  50. Domain(s) for 2hfg:
  51. Domain(s) for 2hrp:
    1. 2345207Domain d2hrph1: 2hrp H:1-113 [20171]
      Other proteins in same PDB: d2hrph2, d2hrpl1, d2hrpl2, d2hrpm1, d2hrpm2, d2hrpn2
      part of Fab F11.2.32 against HIV-1 protease
    2. 2345208Domain d2hrpn1: 2hrp N:1-113 [20173]
      Other proteins in same PDB: d2hrph2, d2hrpl1, d2hrpl2, d2hrpm1, d2hrpm2, d2hrpn2
      part of Fab F11.2.32 against HIV-1 protease
  52. Domain(s) for 2igf:
  53. Domain(s) for 2j4w:
  54. Domain(s) for 2j5l:
  55. Domain(s) for 4ene:
    1. 2345221Domain d4enec1: 4ene C:1-121 [220681]
      Other proteins in same PDB: d4enea_, d4eneb_, d4enec2, d4ened1, d4ened2, d4enee2, d4enef1, d4enef2
      automated match to d1otsc1
      complexed with cl, dmu, mal
    2. 2345222Domain d4enee1: 4ene E:2-121 [220685]
      Other proteins in same PDB: d4enea_, d4eneb_, d4enec2, d4ened1, d4ened2, d4enee2, d4enef1, d4enef2
      automated match to d1otsc1
      complexed with cl, dmu, mal
  56. Domain(s) for 4kjq:
    1. 2345253Domain d4kjqc1: 4kjq C:2-121 [224312]
      Other proteins in same PDB: d4kjqa_, d4kjqb_, d4kjqc2, d4kjqd1, d4kjqd2, d4kjqe2, d4kjqf1, d4kjqf2
      automated match to d1otsc1
      complexed with f
    2. 2345254Domain d4kjqe1: 4kjq E:2-121 [224316]
      Other proteins in same PDB: d4kjqa_, d4kjqb_, d4kjqc2, d4kjqd1, d4kjqd2, d4kjqe2, d4kjqf1, d4kjqf2
      automated match to d1otsc1
      complexed with f
  57. Domain(s) for 4kk8:
    1. 2345248Domain d4kk8c1: 4kk8 C:2-121 [224326]
      Other proteins in same PDB: d4kk8a_, d4kk8b_, d4kk8c2, d4kk8d1, d4kk8d2, d4kk8e2, d4kk8f1, d4kk8f2
      automated match to d1otsc1
      complexed with f; mutant
    2. 2345249Domain d4kk8e1: 4kk8 E:2-121 [224330]
      Other proteins in same PDB: d4kk8a_, d4kk8b_, d4kk8c2, d4kk8d1, d4kk8d2, d4kk8e2, d4kk8f1, d4kk8f2
      automated match to d1otsc1
      complexed with f; mutant
  58. Domain(s) for 4kkl:
    1. 2345255Domain d4kklc1: 4kkl C:2-121 [224336]
      Other proteins in same PDB: d4kkla_, d4kklb_, d4kklc2, d4kkld1, d4kkld2, d4kkle2, d4kklf1, d4kklf2
      automated match to d1otsc1
      complexed with f; mutant
    2. 2345256Domain d4kkle1: 4kkl E:2-121 [224340]
      Other proteins in same PDB: d4kkla_, d4kklb_, d4kklc2, d4kkld1, d4kkld2, d4kkle2, d4kklf1, d4kklf2
      automated match to d1otsc1
      complexed with f; mutant
  59. Domain(s) for 4lou:
    1. 2345239Domain d4louc1: 4lou C:1-121 [224735]
      Other proteins in same PDB: d4loua_, d4loub_, d4louc2, d4loud1, d4loud2, d4loue2, d4louf1, d4louf2
      automated match to d1otsc1
      mutant
    2. 2345240Domain d4loue1: 4lou E:2-121 [224739]
      Other proteins in same PDB: d4loua_, d4loub_, d4louc2, d4loud1, d4loud2, d4loue2, d4louf1, d4louf2
      automated match to d1otsc1
      mutant

More info for Species Mouse (Mus musculus), cluster 2.2 [TaxId:10090] from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH

Timeline for Species Mouse (Mus musculus), cluster 2.2 [TaxId:10090] from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH: