Class b: All beta proteins [48724] (165 folds) |
Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (27 superfamilies) sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key some members of the fold have additional strands |
Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) |
Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (29 proteins) |
Protein Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH [88543] (20 species) VH domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VH domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species |
Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] [88544] (33 PDB entries) |
Domain d1hzhh1: 1hzh H:1-113 [61437] Other proteins in same PDB: d1hzhh2, d1hzhh3, d1hzhh4, d1hzhk2, d1hzhk3, d1hzhk4, d1hzhl1, d1hzhl2, d1hzhm1, d1hzhm2 |
Domain d1hzhk1: 1hzh K:1-113 [61441] Other proteins in same PDB: d1hzhh2, d1hzhh3, d1hzhh4, d1hzhk2, d1hzhk3, d1hzhk4, d1hzhl1, d1hzhl2, d1hzhm1, d1hzhm2 part of intact IgG B12 antibody complexed with fuc, gal, man, nag |
Domain d1iqdb1: 1iqd B:1-114 [62646] Other proteins in same PDB: d1iqda1, d1iqda2, d1iqdb2, d1iqdc_ part of intact IgG B12 antibody mutant |
Domain d1rz7h1: 1rz7 H:1-113 [98133] Other proteins in same PDB: d1rz7h2, d1rz7l1, d1rz7l2 part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 48D complexed with gol |
Domain d1rzfh1: 1rzf H:2-113 [98150] Other proteins in same PDB: d1rzfh2, d1rzfl1, d1rzfl2 part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab E51 complexed with gol, ioh |
Domain d1rzib1: 1rzi B:1-113 [98168] Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2 |
Domain d1rzid1: 1rzi D:1-113 [98172] Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2 |
Domain d1rzif1: 1rzi F:1-113 [98176] Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2 |
Domain d1rzih1: 1rzi H:1-113 [98180] Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2 |
Domain d1rzij1: 1rzi J:1-113 [98184] Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2 |
Domain d1rzil1: 1rzi L:1-113 [98188] Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2 |
Domain d1rzin1: 1rzi N:1-113 [98192] Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2 |
Domain d1rzip1: 1rzi P:1-113 [98196] Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2 part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E |
Domain d1tzgh1: 1tzg H:1-113 [119396] Other proteins in same PDB: d1tzgh2, d1tzgi2, d1tzgl1, d1tzgl2, d1tzgm1, d1tzgm2 automatically matched to d1hzhh1 complexed with gol |
Domain d1tzgi1: 1tzg I:1-113 [119398] Other proteins in same PDB: d1tzgh2, d1tzgi2, d1tzgl1, d1tzgl2, d1tzgm1, d1tzgm2 automatically matched to d1hzhh1 complexed with gol |
Domain d1vgeh1: 1vge H:1-122 [20095] Other proteins in same PDB: d1vgeh2, d1vgel1, d1vgel2 part of humanized Fab TR1.9 |
Domain d1yylh1: 1yyl H:1-113 [124223] Other proteins in same PDB: d1yylg1, d1yylh2, d1yyll1, d1yyll2, d1yylp1, d1yylq1, d1yylq2, d1yylr2 automatically matched to d1rz8b1 complexed with bif, mpt, nag, ndg, vlm; mutant |
Domain d1yylr1: 1yyl R:1001-1113 [124230] Other proteins in same PDB: d1yylg1, d1yylh2, d1yyll1, d1yyll2, d1yylp1, d1yylq1, d1yylq2, d1yylr2 automatically matched to d1rz8b1 complexed with bif, mpt, nag, ndg, vlm; mutant |
Domain d1yymh1: 1yym H:1-113 [124233] Other proteins in same PDB: d1yymg1, d1yymh2, d1yyml1, d1yyml2, d1yymp1, d1yymq1, d1yymq2, d1yymr2 automatically matched to d1rz8b1 complexed with edo, ipa, mpt, nag, ndg, vlm; mutant |
Domain d1yymr1: 1yym R:1001-1113 [124240] Other proteins in same PDB: d1yymg1, d1yymh2, d1yyml1, d1yyml2, d1yymp1, d1yymq1, d1yymq2, d1yymr2 automatically matched to d1rz8b1 complexed with edo, ipa, mpt, nag, ndg, vlm; mutant |
Domain d2fx7h1: 2fx7 H:1-113 [134276] Other proteins in same PDB: d2fx7h2, d2fx7l1, d2fx7l2 automatically matched to d1hzhh1 complexed with gol; mutant |
Domain d2fx8h1: 2fx8 H:1-113 [134280] Other proteins in same PDB: d2fx8h2, d2fx8i2, d2fx8j2, d2fx8k2, d2fx8l1, d2fx8l2, d2fx8m1, d2fx8m2, d2fx8n1, d2fx8n2, d2fx8o1, d2fx8o2 automatically matched to d1hzhh1 mutant |
Domain d2fx8i1: 2fx8 I:1-113 [134282] Other proteins in same PDB: d2fx8h2, d2fx8i2, d2fx8j2, d2fx8k2, d2fx8l1, d2fx8l2, d2fx8m1, d2fx8m2, d2fx8n1, d2fx8n2, d2fx8o1, d2fx8o2 automatically matched to d1hzhh1 mutant |
Domain d2fx8j1: 2fx8 J:1-113 [134284] Other proteins in same PDB: d2fx8h2, d2fx8i2, d2fx8j2, d2fx8k2, d2fx8l1, d2fx8l2, d2fx8m1, d2fx8m2, d2fx8n1, d2fx8n2, d2fx8o1, d2fx8o2 automatically matched to d1hzhh1 mutant |
Domain d2fx8k1: 2fx8 K:1-113 [134286] Other proteins in same PDB: d2fx8h2, d2fx8i2, d2fx8j2, d2fx8k2, d2fx8l1, d2fx8l2, d2fx8m1, d2fx8m2, d2fx8n1, d2fx8n2, d2fx8o1, d2fx8o2 automatically matched to d1hzhh1 mutant |
Domain d2fx9h1: 2fx9 H:1-113 [134296] Other proteins in same PDB: d2fx9h2, d2fx9i2, d2fx9l1, d2fx9l2, d2fx9m1, d2fx9m2 automatically matched to d1hzhh1 complexed with orq |
Domain d2fx9i1: 2fx9 I:1-113 [134298] Other proteins in same PDB: d2fx9h2, d2fx9i2, d2fx9l1, d2fx9l2, d2fx9m1, d2fx9m2 automatically matched to d1hzhh1 complexed with orq |
Domain d2i5yh1: 2i5y H:1-113 [137072] Other proteins in same PDB: d2i5yg1, d2i5yh2, d2i5yl1, d2i5yl2, d2i5yp1, d2i5yq1, d2i5yq2, d2i5yr2 automatically matched to d1rz8b1 complexed with bif, mpt, nag, ndg, vlm |
Domain d2i5yr1: 2i5y R:1-113 [137079] Other proteins in same PDB: d2i5yg1, d2i5yh2, d2i5yl1, d2i5yl2, d2i5yp1, d2i5yq1, d2i5yq2, d2i5yr2 automatically matched to d1rz8b1 complexed with bif, mpt, nag, ndg, vlm |
Domain d2i60h1: 2i60 H:2-113 [137082] Other proteins in same PDB: d2i60g1, d2i60h2, d2i60l1, d2i60l2, d2i60p1, d2i60q1, d2i60q2, d2i60r2 automatically matched to d1rz8b1 complexed with ipa, mpt, nag, ndg, vlm |
Domain d2i60r1: 2i60 R:1-113 [137089] Other proteins in same PDB: d2i60g1, d2i60h2, d2i60l1, d2i60l2, d2i60p1, d2i60q1, d2i60q2, d2i60r2 automatically matched to d1rz8b1 complexed with ipa, mpt, nag, ndg, vlm |
Domain d2ny7h1: 2ny7 H:1-113 [138800] Other proteins in same PDB: d2ny7h2, d2ny7l1, d2ny7l2 automatically matched to d1hzhh1 complexed with nag; mutant |
Timeline for Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH: