Lineage for Species: Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId: 9606]

  1. Root: SCOP 1.73
  2. 651986Class b: All beta proteins [48724] (165 folds)
  3. 651987Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (27 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 651988Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) (S)
  5. 651989Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (29 proteins)
  6. 652160Protein Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH [88543] (20 species)
    VH domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VH domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 652265Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] [88544] (33 PDB entries)

PDB entries in Species: Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId: 9606]:

  1. Domain(s) for 1g9m:
  2. Domain(s) for 1g9n:
  3. Domain(s) for 1gc1:
  4. Domain(s) for 1hzh:
    1. 652308Domain d1hzhh1: 1hzh H:1-113 [61437]
      Other proteins in same PDB: d1hzhh2, d1hzhh3, d1hzhh4, d1hzhk2, d1hzhk3, d1hzhk4, d1hzhl1, d1hzhl2, d1hzhm1, d1hzhm2
    2. 652309Domain d1hzhk1: 1hzh K:1-113 [61441]
      Other proteins in same PDB: d1hzhh2, d1hzhh3, d1hzhh4, d1hzhk2, d1hzhk3, d1hzhk4, d1hzhl1, d1hzhl2, d1hzhm1, d1hzhm2
      part of intact IgG B12 antibody
      complexed with fuc, gal, man, nag
  5. Domain(s) for 1iqd:
  6. Domain(s) for 1n0x:
    1. 652268Domain d1n0xh1: 1n0x H:1-113 [91528]
      Other proteins in same PDB: d1n0xh2, d1n0xk2, d1n0xl1, d1n0xl2, d1n0xm1, d1n0xm2
    2. 652269Domain d1n0xk1: 1n0x K:1-113 [91530]
      Other proteins in same PDB: d1n0xh2, d1n0xk2, d1n0xl1, d1n0xl2, d1n0xm1, d1n0xm2
      part of an anti HIV-1 Fab
      complexed with cxs, gol, k, orn, so4
  7. Domain(s) for 1rhh:
    1. 652279Domain d1rhhb1: 1rhh B:3-113 [97475]
      Other proteins in same PDB: d1rhha1, d1rhha2, d1rhhb2, d1rhhc1, d1rhhc2, d1rhhd2
    2. 652280Domain d1rhhd1: 1rhh D:4-113 [97479]
      Other proteins in same PDB: d1rhha1, d1rhha2, d1rhhb2, d1rhhc1, d1rhhc2, d1rhhd2
      part of HIV-1 neutralizing Fab x5
  8. Domain(s) for 1rz7:
  9. Domain(s) for 1rz8:
    1. 652295Domain d1rz8b1: 1rz8 B:1-113 [98139]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a1, d1rz8a2, d1rz8b2, d1rz8c1, d1rz8c2, d1rz8d2
    2. 652296Domain d1rz8d1: 1rz8 D:1-113 [98143]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a1, d1rz8a2, d1rz8b2, d1rz8c1, d1rz8c2, d1rz8d2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 17B
  10. Domain(s) for 1rzf:
  11. Domain(s) for 1rzg:
    1. 652272Domain d1rzga1: 1rzg A:1-113 [98154]
      Other proteins in same PDB: d1rzga2, d1rzgb1, d1rzgb2, d1rzgc2, d1rzgd1, d1rzgd2
    2. 652273Domain d1rzgc1: 1rzg C:2-113 [98158]
      Other proteins in same PDB: d1rzga2, d1rzgb1, d1rzgb2, d1rzgc2, d1rzgd1, d1rzgd2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 412D
      complexed with suc
  12. Domain(s) for 1rzi:
    1. 652312Domain d1rzib1: 1rzi B:1-113 [98168]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
    2. 652313Domain d1rzid1: 1rzi D:1-113 [98172]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
    3. 652314Domain d1rzif1: 1rzi F:1-113 [98176]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
    4. 652315Domain d1rzih1: 1rzi H:1-113 [98180]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
    5. 652316Domain d1rzij1: 1rzi J:1-113 [98184]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
    6. 652317Domain d1rzil1: 1rzi L:1-113 [98188]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
    7. 652318Domain d1rzin1: 1rzi N:1-113 [98192]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
    8. 652319Domain d1rzip1: 1rzi P:1-113 [98196]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
  13. Domain(s) for 1rzj:
  14. Domain(s) for 1rzk:
  15. Domain(s) for 1tzg:
    1. 652285Domain d1tzgh1: 1tzg H:1-113 [119396]
      Other proteins in same PDB: d1tzgh2, d1tzgi2, d1tzgl1, d1tzgl2, d1tzgm1, d1tzgm2
      automatically matched to d1hzhh1
      complexed with gol
    2. 652286Domain d1tzgi1: 1tzg I:1-113 [119398]
      Other proteins in same PDB: d1tzgh2, d1tzgi2, d1tzgl1, d1tzgl2, d1tzgm1, d1tzgm2
      automatically matched to d1hzhh1
      complexed with gol
  16. Domain(s) for 1vge:
  17. Domain(s) for 1yyl:
    1. 652303Domain d1yylh1: 1yyl H:1-113 [124223]
      Other proteins in same PDB: d1yylg1, d1yylh2, d1yyll1, d1yyll2, d1yylp1, d1yylq1, d1yylq2, d1yylr2
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with bif, mpt, nag, ndg, vlm; mutant
    2. 652304Domain d1yylr1: 1yyl R:1001-1113 [124230]
      Other proteins in same PDB: d1yylg1, d1yylh2, d1yyll1, d1yyll2, d1yylp1, d1yylq1, d1yylq2, d1yylr2
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with bif, mpt, nag, ndg, vlm; mutant
  18. Domain(s) for 1yym:
    1. 652288Domain d1yymh1: 1yym H:1-113 [124233]
      Other proteins in same PDB: d1yymg1, d1yymh2, d1yyml1, d1yyml2, d1yymp1, d1yymq1, d1yymq2, d1yymr2
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with edo, ipa, mpt, nag, ndg, vlm; mutant
    2. 652289Domain d1yymr1: 1yym R:1001-1113 [124240]
      Other proteins in same PDB: d1yymg1, d1yymh2, d1yyml1, d1yyml2, d1yymp1, d1yymq1, d1yymq2, d1yymr2
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with edo, ipa, mpt, nag, ndg, vlm; mutant
  19. Domain(s) for 2fx7:
  20. Domain(s) for 2fx8:
    1. 652290Domain d2fx8h1: 2fx8 H:1-113 [134280]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h2, d2fx8i2, d2fx8j2, d2fx8k2, d2fx8l1, d2fx8l2, d2fx8m1, d2fx8m2, d2fx8n1, d2fx8n2, d2fx8o1, d2fx8o2
      automatically matched to d1hzhh1
      mutant
    2. 652291Domain d2fx8i1: 2fx8 I:1-113 [134282]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h2, d2fx8i2, d2fx8j2, d2fx8k2, d2fx8l1, d2fx8l2, d2fx8m1, d2fx8m2, d2fx8n1, d2fx8n2, d2fx8o1, d2fx8o2
      automatically matched to d1hzhh1
      mutant
    3. 652292Domain d2fx8j1: 2fx8 J:1-113 [134284]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h2, d2fx8i2, d2fx8j2, d2fx8k2, d2fx8l1, d2fx8l2, d2fx8m1, d2fx8m2, d2fx8n1, d2fx8n2, d2fx8o1, d2fx8o2
      automatically matched to d1hzhh1
      mutant
    4. 652293Domain d2fx8k1: 2fx8 K:1-113 [134286]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h2, d2fx8i2, d2fx8j2, d2fx8k2, d2fx8l1, d2fx8l2, d2fx8m1, d2fx8m2, d2fx8n1, d2fx8n2, d2fx8o1, d2fx8o2
      automatically matched to d1hzhh1
      mutant
  21. Domain(s) for 2fx9:
    1. 652283Domain d2fx9h1: 2fx9 H:1-113 [134296]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h2, d2fx9i2, d2fx9l1, d2fx9l2, d2fx9m1, d2fx9m2
      automatically matched to d1hzhh1
      complexed with orq
    2. 652284Domain d2fx9i1: 2fx9 I:1-113 [134298]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h2, d2fx9i2, d2fx9l1, d2fx9l2, d2fx9m1, d2fx9m2
      automatically matched to d1hzhh1
      complexed with orq
  22. Domain(s) for 2i5y:
    1. 652306Domain d2i5yh1: 2i5y H:1-113 [137072]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg1, d2i5yh2, d2i5yl1, d2i5yl2, d2i5yp1, d2i5yq1, d2i5yq2, d2i5yr2
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with bif, mpt, nag, ndg, vlm
    2. 652307Domain d2i5yr1: 2i5y R:1-113 [137079]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg1, d2i5yh2, d2i5yl1, d2i5yl2, d2i5yp1, d2i5yq1, d2i5yq2, d2i5yr2
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with bif, mpt, nag, ndg, vlm
  23. Domain(s) for 2i60:
    1. 652297Domain d2i60h1: 2i60 H:2-113 [137082]
      Other proteins in same PDB: d2i60g1, d2i60h2, d2i60l1, d2i60l2, d2i60p1, d2i60q1, d2i60q2, d2i60r2
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with ipa, mpt, nag, ndg, vlm
    2. 652298Domain d2i60r1: 2i60 R:1-113 [137089]
      Other proteins in same PDB: d2i60g1, d2i60h2, d2i60l1, d2i60l2, d2i60p1, d2i60q1, d2i60q2, d2i60r2
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with ipa, mpt, nag, ndg, vlm
  24. Domain(s) for 2nxy:
  25. Domain(s) for 2nxz:
  26. Domain(s) for 2ny0:
  27. Domain(s) for 2ny1:
  28. Domain(s) for 2ny2:
  29. Domain(s) for 2ny3:
  30. Domain(s) for 2ny4:
  31. Domain(s) for 2ny5:
  32. Domain(s) for 2ny6:
  33. Domain(s) for 2ny7:

More info for Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH

Timeline for Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH: