Lineage for Species: Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId: 9606]

  1. Root: SCOPe 2.07
  2. 2344607Class b: All beta proteins [48724] (178 folds)
  3. 2344608Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (33 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 2344609Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (5 families) (S)
  5. 2344610Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (33 protein domains)
  6. 2344816Protein Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH [88543] (22 species)
    VH domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VH domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 2344926Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] [88544] (37 PDB entries)

PDB entries in Species: Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId: 9606]:

  1. Domain(s) for 1g9m:
  2. Domain(s) for 1g9n:
  3. Domain(s) for 1gc1:
  4. Domain(s) for 1hzh:
    1. 2344971Domain d1hzhh1: 1hzh H:1-113 [61437]
      Other proteins in same PDB: d1hzhh2, d1hzhh3, d1hzhh4, d1hzhk2, d1hzhk3, d1hzhk4, d1hzhl1, d1hzhl2, d1hzhm1, d1hzhm2
      part of intact IgG B12 antibody
      complexed with bma, fuc, gal, man, nag
    2. 2344972Domain d1hzhk1: 1hzh K:1-113 [61441]
      Other proteins in same PDB: d1hzhh2, d1hzhh3, d1hzhh4, d1hzhk2, d1hzhk3, d1hzhk4, d1hzhl1, d1hzhl2, d1hzhm1, d1hzhm2
      part of intact IgG B12 antibody
      complexed with bma, fuc, gal, man, nag
  5. Domain(s) for 1iqd:
  6. Domain(s) for 1n0x:
    1. 2344940Domain d1n0xh1: 1n0x H:1-113 [91528]
      Other proteins in same PDB: d1n0xh2, d1n0xk2, d1n0xl1, d1n0xl2, d1n0xm1, d1n0xm2
      part of an anti HIV-1 Fab
      complexed with cxs, gol, k, so4
    2. 2344941Domain d1n0xk1: 1n0x K:1-113 [91530]
      Other proteins in same PDB: d1n0xh2, d1n0xk2, d1n0xl1, d1n0xl2, d1n0xm1, d1n0xm2
      part of an anti HIV-1 Fab
      complexed with cxs, gol, k, so4
  7. Domain(s) for 1rhh:
    1. 2344934Domain d1rhhb1: 1rhh B:3-113 [97475]
      Other proteins in same PDB: d1rhha1, d1rhha2, d1rhhb2, d1rhhc1, d1rhhc2, d1rhhd2
      part of HIV-1 neutralizing Fab x5
    2. 2344935Domain d1rhhd1: 1rhh D:4-113 [97479]
      Other proteins in same PDB: d1rhha1, d1rhha2, d1rhhb2, d1rhhc1, d1rhhc2, d1rhhd2
      part of HIV-1 neutralizing Fab x5
  8. Domain(s) for 1rz7:
  9. Domain(s) for 1rz8:
    1. 2344963Domain d1rz8b1: 1rz8 B:1-113 [98139]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a1, d1rz8a2, d1rz8b2, d1rz8c1, d1rz8c2, d1rz8d2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 17B
    2. 2344964Domain d1rz8d1: 1rz8 D:1-113 [98143]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a1, d1rz8a2, d1rz8b2, d1rz8c1, d1rz8c2, d1rz8d2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 17B
  10. Domain(s) for 1rzf:
  11. Domain(s) for 1rzg:
    1. 2344930Domain d1rzga1: 1rzg A:1-113 [98154]
      Other proteins in same PDB: d1rzga2, d1rzgb1, d1rzgb2, d1rzgc2, d1rzgd1, d1rzgd2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 412D
      complexed with cys, suc
    2. 2344931Domain d1rzgc1: 1rzg C:2-113 [98158]
      Other proteins in same PDB: d1rzga2, d1rzgb1, d1rzgb2, d1rzgc2, d1rzgd1, d1rzgd2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 412D
      complexed with cys, suc
  12. Domain(s) for 1rzi:
    1. 2344975Domain d1rzib1: 1rzi B:1-113 [98168]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    2. 2344976Domain d1rzid1: 1rzi D:1-113 [98172]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    3. 2344977Domain d1rzif1: 1rzi F:1-113 [98176]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    4. 2344978Domain d1rzih1: 1rzi H:1-113 [98180]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    5. 2344979Domain d1rzij1: 1rzi J:1-113 [98184]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    6. 2344980Domain d1rzil1: 1rzi L:1-113 [98188]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    7. 2344981Domain d1rzin1: 1rzi N:1-113 [98192]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    8. 2344982Domain d1rzip1: 1rzi P:1-113 [98196]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
  13. Domain(s) for 1rzj:
  14. Domain(s) for 1rzk:
  15. Domain(s) for 1tzg:
    1. 2344938Domain d1tzgh1: 1tzg H:1-113 [119396]
      Other proteins in same PDB: d1tzgh2, d1tzgi2, d1tzgl1, d1tzgl2, d1tzgm1, d1tzgm2
      automatically matched to d1hzhh1
      complexed with gol
    2. 2344939Domain d1tzgi1: 1tzg I:1-113 [119398]
      Other proteins in same PDB: d1tzgh2, d1tzgi2, d1tzgl1, d1tzgl2, d1tzgm1, d1tzgm2
      automatically matched to d1hzhh1
      complexed with gol
  16. Domain(s) for 1vge:
  17. Domain(s) for 1yyl:
    1. 2344973Domain d1yylh1: 1yyl H:1-113 [124223]
      Other proteins in same PDB: d1yylg_, d1yylh2, d1yyll1, d1yyll2, d1yylm1, d1yylp_, d1yylq1, d1yylq2, d1yylr2, d1yyls1
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with nag, ndg
    2. 2344974Domain d1yylr1: 1yyl R:1001-1113 [124230]
      Other proteins in same PDB: d1yylg_, d1yylh2, d1yyll1, d1yyll2, d1yylm1, d1yylp_, d1yylq1, d1yylq2, d1yylr2, d1yyls1
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with nag, ndg
  18. Domain(s) for 1yym:
    1. 2344957Domain d1yymh1: 1yym H:1-113 [124233]
      Other proteins in same PDB: d1yymg_, d1yymh2, d1yyml1, d1yyml2, d1yymm1, d1yymp_, d1yymq1, d1yymq2, d1yymr2, d1yyms1
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with edo, ipa, nag, ndg
    2. 2344958Domain d1yymr1: 1yym R:1001-1113 [124240]
      Other proteins in same PDB: d1yymg_, d1yymh2, d1yyml1, d1yyml2, d1yymm1, d1yymp_, d1yymq1, d1yymq2, d1yymr2, d1yyms1
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with edo, ipa, nag, ndg
  19. Domain(s) for 2dd8:
  20. Domain(s) for 2fx7:
  21. Domain(s) for 2fx8:
    1. 2344952Domain d2fx8h1: 2fx8 H:1-113 [134280]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h2, d2fx8i2, d2fx8j2, d2fx8k2, d2fx8l1, d2fx8l2, d2fx8m1, d2fx8m2, d2fx8n1, d2fx8n2, d2fx8o1, d2fx8o2
      automatically matched to d1hzhh1
    2. 2344953Domain d2fx8i1: 2fx8 I:1-113 [134282]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h2, d2fx8i2, d2fx8j2, d2fx8k2, d2fx8l1, d2fx8l2, d2fx8m1, d2fx8m2, d2fx8n1, d2fx8n2, d2fx8o1, d2fx8o2
      automatically matched to d1hzhh1
    3. 2344954Domain d2fx8j1: 2fx8 J:1-113 [134284]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h2, d2fx8i2, d2fx8j2, d2fx8k2, d2fx8l1, d2fx8l2, d2fx8m1, d2fx8m2, d2fx8n1, d2fx8n2, d2fx8o1, d2fx8o2
      automatically matched to d1hzhh1
    4. 2344955Domain d2fx8k1: 2fx8 K:1-113 [134286]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h2, d2fx8i2, d2fx8j2, d2fx8k2, d2fx8l1, d2fx8l2, d2fx8m1, d2fx8m2, d2fx8n1, d2fx8n2, d2fx8o1, d2fx8o2
      automatically matched to d1hzhh1
  22. Domain(s) for 2fx9:
    1. 2344936Domain d2fx9h1: 2fx9 H:1-113 [134296]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h2, d2fx9i2, d2fx9l1, d2fx9l2, d2fx9m1, d2fx9m2
      automatically matched to d1hzhh1
    2. 2344937Domain d2fx9i1: 2fx9 I:1-113 [134298]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h2, d2fx9i2, d2fx9l1, d2fx9l2, d2fx9m1, d2fx9m2
      automatically matched to d1hzhh1
  23. Domain(s) for 2g75:
    1. 2344943Domain d2g75a1: 2g75 A:9-113 [147086]
      Other proteins in same PDB: d2g75a2, d2g75a3, d2g75b1, d2g75b2, d2g75c2, d2g75c3, d2g75d1, d2g75d2
      automated match to d2dd8h1
    2. 2344944Domain d2g75c1: 2g75 C:9-113 [147090]
      Other proteins in same PDB: d2g75a2, d2g75a3, d2g75b1, d2g75b2, d2g75c2, d2g75c3, d2g75d1, d2g75d2
      automated match to d2dd8h1
  24. Domain(s) for 2i5y:
    1. 2344959Domain d2i5yh1: 2i5y H:1-113 [137072]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg2, d2i5yg3, d2i5yh2, d2i5yl1, d2i5yl2, d2i5ym1, d2i5yp2, d2i5yp3, d2i5yq1, d2i5yq2, d2i5yr2, d2i5ys1
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with nag, ndg
    2. 2344960Domain d2i5yr1: 2i5y R:1-113 [137079]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg2, d2i5yg3, d2i5yh2, d2i5yl1, d2i5yl2, d2i5ym1, d2i5yp2, d2i5yp3, d2i5yq1, d2i5yq2, d2i5yr2, d2i5ys1
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with nag, ndg
  25. Domain(s) for 2i60:
    1. 2344965Domain d2i60h1: 2i60 H:2-113 [137082]
      Other proteins in same PDB: d2i60g_, d2i60h2, d2i60l1, d2i60l2, d2i60m1, d2i60p2, d2i60p3, d2i60q1, d2i60q2, d2i60r2, d2i60s1
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with ipa, nag, ndg
    2. 2344966Domain d2i60r1: 2i60 R:1-113 [137089]
      Other proteins in same PDB: d2i60g_, d2i60h2, d2i60l1, d2i60l2, d2i60m1, d2i60p2, d2i60p3, d2i60q1, d2i60q2, d2i60r2, d2i60s1
      automatically matched to d1rz8b1
      complexed with ipa, nag, ndg
  26. Domain(s) for 2nxy:
  27. Domain(s) for 2nxz:
  28. Domain(s) for 2ny0:
  29. Domain(s) for 2ny1:
  30. Domain(s) for 2ny2:
  31. Domain(s) for 2ny3:
  32. Domain(s) for 2ny4:
  33. Domain(s) for 2ny5:
  34. Domain(s) for 2ny6:
  35. Domain(s) for 2ny7:
  36. Domain(s) for 2qad:
    1. 2344985Domain d2qadd1: 2qad D:1-113 [150205]
      Other proteins in same PDB: d2qadb1, d2qadb2, d2qadd2, d2qadf1, d2qadf2, d2qadh2
      automatically matched to d1rzga1
      complexed with edo, mla, nag
    2. 2344986Domain d2qadh1: 2qad H:1-113 [150209]
      Other proteins in same PDB: d2qadb1, d2qadb2, d2qadd2, d2qadf1, d2qadf2, d2qadh2
      automatically matched to d1rzga1
      complexed with edo, mla, nag
  37. Domain(s) for 4dvr:

More info for Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH

Timeline for Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH: