Lineage for Species: Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId: 9606]

  1. Root: SCOPe 2.06
  2. 2021373Class b: All beta proteins [48724] (177 folds)
  3. 2021374Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (33 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 2021375Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (5 families) (S)
  5. 2021376Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (33 proteins)
  6. 2022563Protein Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa [88519] (16 species)
    VL-kappa domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VL-kappa domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 2022723Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] [88523] (31 PDB entries)

PDB entries in Species: Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId: 9606]:

  1. Domain(s) for 1g9m:
  2. Domain(s) for 1g9n:
  3. Domain(s) for 1gc1:
  4. Domain(s) for 1rhh:
    1. 2022729Domain d1rhha1: 1rhh A:1-106A [97473]
      Other proteins in same PDB: d1rhha2, d1rhhb1, d1rhhb2, d1rhhc2, d1rhhd1, d1rhhd2
      part of HIV-1 neutralizing Fab x5
    2. 2022730Domain d1rhhc1: 1rhh C:1-106A [97477]
      Other proteins in same PDB: d1rhha2, d1rhhb1, d1rhhb2, d1rhhc2, d1rhhd1, d1rhhd2
      part of HIV-1 neutralizing Fab x5
  5. Domain(s) for 1rz8:
    1. 2022740Domain d1rz8a1: 1rz8 A:1-109 [98137]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a2, d1rz8b1, d1rz8b2, d1rz8c2, d1rz8d1, d1rz8d2
      part of anti HIV-1 gp120 Fab 17B
    2. 2022741Domain d1rz8c1: 1rz8 C:1-109 [98141]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a2, d1rz8b1, d1rz8b2, d1rz8c2, d1rz8d1, d1rz8d2
      part of anti HIV-1 gp120 Fab 17B
  6. Domain(s) for 1rzj:
  7. Domain(s) for 1rzk:
  8. Domain(s) for 1y0l:
    1. 2022742Domain d1y0la1: 1y0l A:1-107 [122486]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    2. 2022743Domain d1y0lc1: 1y0l C:1-107 [122490]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    3. 2022744Domain d1y0le1: 1y0l E:1-107 [122494]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    4. 2022745Domain d1y0ll1: 1y0l L:1-107 [122500]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
  9. Domain(s) for 1y18:
    1. 2022771Domain d1y18a1: 1y18 A:1-107 [122521]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    2. 2022772Domain d1y18c1: 1y18 C:1-107 [122525]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    3. 2022773Domain d1y18e1: 1y18 E:1-107 [122529]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    4. 2022774Domain d1y18l1: 1y18 L:1-107 [122535]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
  10. Domain(s) for 1yyl:
    1. 2022761Domain d1yyll1: 1yyl L:1-107 [124225]
      Other proteins in same PDB: d1yylg_, d1yylh1, d1yylh2, d1yyll2, d1yylm1, d1yylp_, d1yylq2, d1yylr1, d1yylr2, d1yyls1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
    2. 2022762Domain d1yylq1: 1yyl Q:1001-1107 [124228]
      Other proteins in same PDB: d1yylg_, d1yylh1, d1yylh2, d1yyll2, d1yylm1, d1yylp_, d1yylq2, d1yylr1, d1yylr2, d1yyls1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
  11. Domain(s) for 1yym:
    1. 2022736Domain d1yyml1: 1yym L:1-107 [124235]
      Other proteins in same PDB: d1yymg_, d1yymh1, d1yymh2, d1yyml2, d1yymm1, d1yymp_, d1yymq2, d1yymr1, d1yymr2, d1yyms1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with edo, ipa, nag, ndg
    2. 2022737Domain d1yymq1: 1yym Q:1001-1107 [124238]
      Other proteins in same PDB: d1yymg_, d1yymh1, d1yymh2, d1yyml2, d1yymm1, d1yymp_, d1yymq2, d1yymr1, d1yymr2, d1yyms1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with edo, ipa, nag, ndg
  12. Domain(s) for 2b4c:
  13. Domain(s) for 2fx7:
  14. Domain(s) for 2fx8:
    1. 2022763Domain d2fx8l1: 2fx8 L:1-107 [134288]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
    2. 2022764Domain d2fx8m1: 2fx8 M:1-107 [134290]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
    3. 2022765Domain d2fx8n1: 2fx8 N:1-107 [134292]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
    4. 2022766Domain d2fx8o1: 2fx8 O:1-107 [134294]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
  15. Domain(s) for 2fx9:
    1. 2022733Domain d2fx9l1: 2fx9 L:1-107 [134300]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h1, d2fx9h2, d2fx9i1, d2fx9i2, d2fx9l2, d2fx9m2
      automatically matched to d1rhha1
    2. 2022734Domain d2fx9m1: 2fx9 M:1-107 [134302]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h1, d2fx9h2, d2fx9i1, d2fx9i2, d2fx9l2, d2fx9m2
      automatically matched to d1rhha1
  16. Domain(s) for 2i5y:
    1. 2022738Domain d2i5yl1: 2i5y L:1-107 [137074]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg2, d2i5yg3, d2i5yh1, d2i5yh2, d2i5yl2, d2i5ym1, d2i5yp2, d2i5yp3, d2i5yq2, d2i5yr1, d2i5yr2, d2i5ys1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
    2. 2022739Domain d2i5yq1: 2i5y Q:1-107 [137077]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg2, d2i5yg3, d2i5yh1, d2i5yh2, d2i5yl2, d2i5ym1, d2i5yp2, d2i5yp3, d2i5yq2, d2i5yr1, d2i5yr2, d2i5ys1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
  17. Domain(s) for 2i60:
    1. 2022746Domain d2i60l1: 2i60 L:1-107 [137084]
      Other proteins in same PDB: d2i60g_, d2i60h1, d2i60h2, d2i60l2, d2i60m1, d2i60p2, d2i60p3, d2i60q2, d2i60r1, d2i60r2, d2i60s1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with ipa, nag, ndg
    2. 2022747Domain d2i60q1: 2i60 Q:1-107 [137087]
      Other proteins in same PDB: d2i60g_, d2i60h1, d2i60h2, d2i60l2, d2i60m1, d2i60p2, d2i60p3, d2i60q2, d2i60r1, d2i60r2, d2i60s1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with ipa, nag, ndg
  18. Domain(s) for 2nxy:
  19. Domain(s) for 2nxz:
  20. Domain(s) for 2ny0:
  21. Domain(s) for 2ny1:
  22. Domain(s) for 2ny2:
  23. Domain(s) for 2ny3:
  24. Domain(s) for 2ny4:
  25. Domain(s) for 2ny5:
  26. Domain(s) for 2ny6:
  27. Domain(s) for 2qr0:
    1. 2022777Domain d2qr0a1: 2qr0 A:1-107 [151234]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    2. 2022778Domain d2qr0e1: 2qr0 E:1-107 [151240]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    3. 2022779Domain d2qr0g1: 2qr0 G:1-107 [151244]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    4. 2022780Domain d2qr0k1: 2qr0 K:1-107 [151250]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    5. 2022781Domain d2qr0m1: 2qr0 M:1-107 [151254]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    6. 2022782Domain d2qr0q1: 2qr0 Q:1-107 [151260]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    7. 2022783Domain d2qr0s1: 2qr0 S:1-107 [151264]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    8. 2022784Domain d2qr0w1: 2qr0 W:1-107 [151270]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
  28. Domain(s) for 2qsc:
  29. Domain(s) for 3cfk:
    1. 2022750Domain d3cfka1: 3cfk A:1-107 [156581]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    2. 2022751Domain d3cfkc1: 3cfk C:1-107 [156585]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    3. 2022752Domain d3cfke1: 3cfk E:1-107 [156589]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    4. 2022753Domain d3cfkg1: 3cfk G:1-107 [156593]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    5. 2022754Domain d3cfkj1: 3cfk J:1-107 [156599]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    6. 2022755Domain d3cfkl1: 3cfk L:1-107 [156603]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    7. 2022756Domain d3cfkm1: 3cfk M:1-107 [156605]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    8. 2022757Domain d3cfko1: 3cfk O:1-107 [156609]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
  30. Domain(s) for 3dvg:
  31. Domain(s) for 3dvn:
    1. 2022767Domain d3dvna1: 3dvn A:5-109 [157894]
      Other proteins in same PDB: d3dvna2, d3dvnb1, d3dvnb2, d3dvnh1, d3dvnh2, d3dvnl2, d3dvnu2, d3dvnu3, d3dvnv_, d3dvnx2, d3dvnx3, d3dvny_
      automatically matched to d1g9ml1
    2. 2022768Domain d3dvnl1: 3dvn L:5-109 [157900]
      Other proteins in same PDB: d3dvna2, d3dvnb1, d3dvnb2, d3dvnh1, d3dvnh2, d3dvnl2, d3dvnu2, d3dvnu3, d3dvnv_, d3dvnx2, d3dvnx3, d3dvny_
      automatically matched to d1g9ml1

More info for Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa

Timeline for Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa: