Lineage for Species: Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId: 9606]

  1. Root: SCOP 1.73
  2. 651986Class b: All beta proteins [48724] (165 folds)
  3. 651987Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (27 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 651988Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) (S)
  5. 651989Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (29 proteins)
  6. 652980Protein Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa [88519] (14 species)
    VL-kappa domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VL-kappa domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 653125Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] [88523] (29 PDB entries)

PDB entries in Species: Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId: 9606]:

  1. Domain(s) for 1g9m:
  2. Domain(s) for 1g9n:
  3. Domain(s) for 1gc1:
  4. Domain(s) for 1rhh:
    1. 653131Domain d1rhha1: 1rhh A:1-106A [97473]
      Other proteins in same PDB: d1rhha2, d1rhhb1, d1rhhb2, d1rhhc2, d1rhhd1, d1rhhd2
    2. 653132Domain d1rhhc1: 1rhh C:1-106A [97477]
      Other proteins in same PDB: d1rhha2, d1rhhb1, d1rhhb2, d1rhhc2, d1rhhd1, d1rhhd2
      part of HIV-1 neutralizing Fab x5
  5. Domain(s) for 1rz8:
    1. 653146Domain d1rz8a1: 1rz8 A:1-109 [98137]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a2, d1rz8b1, d1rz8b2, d1rz8c2, d1rz8d1, d1rz8d2
    2. 653147Domain d1rz8c1: 1rz8 C:1-109 [98141]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a2, d1rz8b1, d1rz8b2, d1rz8c2, d1rz8d1, d1rz8d2
      part of anti HIV-1 gp120 Fab 17B
  6. Domain(s) for 1rzj:
  7. Domain(s) for 1rzk:
  8. Domain(s) for 1tzg:
    1. 653137Domain d1tzgl1: 1tzg L:1-107 [119400]
      Other proteins in same PDB: d1tzgh1, d1tzgh2, d1tzgi1, d1tzgi2, d1tzgl2, d1tzgm2
      automatically matched to d1rhha1
      complexed with gol
    2. 653138Domain d1tzgm1: 1tzg M:1-107 [119402]
      Other proteins in same PDB: d1tzgh1, d1tzgh2, d1tzgi1, d1tzgi2, d1tzgl2, d1tzgm2
      automatically matched to d1rhha1
      complexed with gol
  9. Domain(s) for 1u6a:
  10. Domain(s) for 1y0l:
    1. 653148Domain d1y0la1: 1y0l A:1-107 [122486]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    2. 653149Domain d1y0lc1: 1y0l C:1-107 [122490]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    3. 653150Domain d1y0le1: 1y0l E:1-107 [122494]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    4. 653151Domain d1y0ll1: 1y0l L:1-107 [122500]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
  11. Domain(s) for 1y18:
    1. 653163Domain d1y18a1: 1y18 A:1-107 [122521]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    2. 653164Domain d1y18c1: 1y18 C:1-107 [122525]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    3. 653165Domain d1y18e1: 1y18 E:1-107 [122529]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    4. 653166Domain d1y18l1: 1y18 L:1-107 [122535]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
  12. Domain(s) for 1yyl:
    1. 653158Domain d1yyll1: 1yyl L:1-107 [124225]
      Other proteins in same PDB: d1yylg1, d1yylh1, d1yylh2, d1yyll2, d1yylp1, d1yylq2, d1yylr1, d1yylr2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with bif, mpt, nag, ndg, vlm; mutant
    2. 653159Domain d1yylq1: 1yyl Q:1001-1107 [124228]
      Other proteins in same PDB: d1yylg1, d1yylh1, d1yylh2, d1yyll2, d1yylp1, d1yylq2, d1yylr1, d1yylr2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with bif, mpt, nag, ndg, vlm; mutant
  13. Domain(s) for 1yym:
    1. 653140Domain d1yyml1: 1yym L:1-107 [124235]
      Other proteins in same PDB: d1yymg1, d1yymh1, d1yymh2, d1yyml2, d1yymp1, d1yymq2, d1yymr1, d1yymr2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with edo, ipa, mpt, nag, ndg, vlm; mutant
    2. 653141Domain d1yymq1: 1yym Q:1001-1107 [124238]
      Other proteins in same PDB: d1yymg1, d1yymh1, d1yymh2, d1yyml2, d1yymp1, d1yymq2, d1yymr1, d1yymr2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with edo, ipa, mpt, nag, ndg, vlm; mutant
  14. Domain(s) for 2agj:
  15. Domain(s) for 2b4c:
  16. Domain(s) for 2fx7:
  17. Domain(s) for 2fx8:
    1. 653142Domain d2fx8l1: 2fx8 L:1-107 [134288]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
      mutant
    2. 653143Domain d2fx8m1: 2fx8 M:1-107 [134290]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
      mutant
    3. 653144Domain d2fx8n1: 2fx8 N:1-107 [134292]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
      mutant
    4. 653145Domain d2fx8o1: 2fx8 O:1-107 [134294]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
      mutant
  18. Domain(s) for 2fx9:
    1. 653135Domain d2fx9l1: 2fx9 L:1-107 [134300]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h1, d2fx9h2, d2fx9i1, d2fx9i2, d2fx9l2, d2fx9m2
      automatically matched to d1rhha1
      complexed with orq
    2. 653136Domain d2fx9m1: 2fx9 M:1-107 [134302]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h1, d2fx9h2, d2fx9i1, d2fx9i2, d2fx9l2, d2fx9m2
      automatically matched to d1rhha1
      complexed with orq
  19. Domain(s) for 2i5y:
    1. 653167Domain d2i5yl1: 2i5y L:1-107 [137074]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg1, d2i5yh1, d2i5yh2, d2i5yl2, d2i5yp1, d2i5yq2, d2i5yr1, d2i5yr2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with bif, mpt, nag, ndg, vlm
    2. 653168Domain d2i5yq1: 2i5y Q:1-107 [137077]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg1, d2i5yh1, d2i5yh2, d2i5yl2, d2i5yp1, d2i5yq2, d2i5yr1, d2i5yr2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with bif, mpt, nag, ndg, vlm
  20. Domain(s) for 2i60:
    1. 653152Domain d2i60l1: 2i60 L:1-107 [137084]
      Other proteins in same PDB: d2i60g1, d2i60h1, d2i60h2, d2i60l2, d2i60p1, d2i60q2, d2i60r1, d2i60r2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with ipa, mpt, nag, ndg, vlm
    2. 653153Domain d2i60q1: 2i60 Q:1-107 [137087]
      Other proteins in same PDB: d2i60g1, d2i60h1, d2i60h2, d2i60l2, d2i60p1, d2i60q2, d2i60r1, d2i60r2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with ipa, mpt, nag, ndg, vlm
  21. Domain(s) for 2nxy:
  22. Domain(s) for 2nxz:
  23. Domain(s) for 2ny0:
  24. Domain(s) for 2ny1:
  25. Domain(s) for 2ny2:
  26. Domain(s) for 2ny3:
  27. Domain(s) for 2ny4:
  28. Domain(s) for 2ny5:
  29. Domain(s) for 2ny6:

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