Lineage for Species: Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId: 9606]

  1. Root: SCOP 1.73
  2. 651986Class b: All beta proteins [48724] (165 folds)
  3. 651987Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (27 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 651988Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) (S)
  5. 651989Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (29 proteins)
  6. 652980Protein Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa [88519] (14 species)
    VL-kappa domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VL-kappa domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 653053Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] [88520] (18 PDB entries)

PDB entries in Species: Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId: 9606]:

  1. Domain(s) for 1ar2:
    • 653095Domain d1ar2a_: 1ar2 A: [20522]
      VL of Bence-Jones protein REI; disulfide-free mutant
  2. Domain(s) for 1b0w:
    1. 653058Domain d1b0wa_: 1b0w A: [20532]
    2. 653059Domain d1b0wb_: 1b0w B: [20533]
    3. 653060Domain d1b0wc_: 1b0w C: [20534]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
  3. Domain(s) for 1b6d:
    1. 653079Domain d1b6da1: 1b6d A:1-107 [20603]
      Other proteins in same PDB: d1b6da2, d1b6db2
    2. 653080Domain d1b6db1: 1b6d B:1-107 [20604]
      Other proteins in same PDB: d1b6da2, d1b6db2
      part of Bence-Jones protein DEL
  4. Domain(s) for 1bre:
    1. 653068Domain d1brea_: 1bre A: [20538]
    2. 653069Domain d1breb_: 1bre B: [20539]
    3. 653070Domain d1brec_: 1bre C: [20540]
    4. 653071Domain d1bred_: 1bre D: [20541]
    5. 653072Domain d1bree_: 1bre E: [20542]
    6. 653073Domain d1bref_: 1bre F: [20543]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
  5. Domain(s) for 1bww:
    1. 653054Domain d1bwwa_: 1bww A: [20518]
    2. 653055Domain d1bwwb_: 1bww B: [20519]
      VL dimer of Bence-Jones protein REI
      mutant
  6. Domain(s) for 1dee:
    1. 653081Domain d1deea1: 1dee A:1-107 [20442]
      Other proteins in same PDB: d1deea2, d1deeb1, d1deeb2, d1deec2, d1deed1, d1deed2, d1deee2, d1deef1, d1deef2, d1deeg_, d1deeh_
    2. 653082Domain d1deec1: 1dee C:1001-1107 [20444]
      Other proteins in same PDB: d1deea2, d1deeb1, d1deeb2, d1deec2, d1deed1, d1deed2, d1deee2, d1deef1, d1deef2, d1deeg_, d1deeh_
    3. 653083Domain d1deee1: 1dee E:2001-2107 [20446]
      Other proteins in same PDB: d1deea2, d1deeb1, d1deeb2, d1deec2, d1deed1, d1deed2, d1deee2, d1deef1, d1deef2, d1deeg_, d1deeh_
      part of IgM RF 2A2
  7. Domain(s) for 1dfb:
  8. Domain(s) for 1dql:
  9. Domain(s) for 1f6l:
  10. Domain(s) for 1hez:
    1. 653085Domain d1heza1: 1hez A:1-107 [60983]
      Other proteins in same PDB: d1heza2, d1hezb1, d1hezb2, d1hezc2, d1hezd1, d1hezd2, d1heze_
    2. 653086Domain d1hezc1: 1hez C:1-107 [60987]
      Other proteins in same PDB: d1heza2, d1hezb1, d1hezb2, d1hezc2, d1hezd1, d1hezd2, d1heze_
      part of IgM RF 2A2
      complexed with imd
  11. Domain(s) for 1igm:
  12. Domain(s) for 1qp1:
    1. 653065Domain d1qp1a_: 1qp1 A: [20535]
    2. 653066Domain d1qp1b_: 1qp1 B: [20536]
    3. 653067Domain d1qp1c_: 1qp1 C: [20537]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
  13. Domain(s) for 1rei:
    1. 653074Domain d1reia_: 1rei A: [20520]
    2. 653075Domain d1reib_: 1rei B: [20521]
      VL dimer of Bence-Jones protein REI
  14. Domain(s) for 1rz7:
  15. Domain(s) for 1rzg:
    1. 653062Domain d1rzgb1: 1rzg B:1-107 [98156]
      Other proteins in same PDB: d1rzga1, d1rzga2, d1rzgb2, d1rzgc1, d1rzgc2, d1rzgd2
    2. 653063Domain d1rzgd1: 1rzg D:1-107 [98160]
      Other proteins in same PDB: d1rzga1, d1rzga2, d1rzgb2, d1rzgc1, d1rzgc2, d1rzgd2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 412D
      complexed with suc
  16. Domain(s) for 1rzi:
    1. 653087Domain d1rzia1: 1rzi A:2-107 [98166]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
    2. 653088Domain d1rzic1: 1rzi C:1-107 [98170]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
    3. 653089Domain d1rzie1: 1rzi E:2-107 [98174]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
    4. 653090Domain d1rzig1: 1rzi G:2-107 [98178]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
    5. 653091Domain d1rzii1: 1rzi I:2-107 [98182]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
    6. 653092Domain d1rzik1: 1rzi K:2-107 [98186]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
    7. 653093Domain d1rzim1: 1rzi M:2-107 [98190]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
    8. 653094Domain d1rzio1: 1rzi O:2-107 [98194]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
  17. Domain(s) for 1vge:
  18. Domain(s) for 1wtl:
    1. 653056Domain d1wtla_: 1wtl A: [20530]
    2. 653057Domain d1wtlb_: 1wtl B: [20531]
      VL dimer of Bence-Jones protein WAT

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Timeline for Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa: