SCOPe 2.04: Protein: Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain

Lineage for Protein: Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain

Root: SCOPe 2.04
Class f: Membrane and cell surface proteins and peptides [56835] (57 folds)
Fold f.21: Heme-binding four-helical bundle [81344] (3 superfamilies)
core: four transmembrane helices, up-and-down bundle, binds one or two heme groups in between the helices
Superfamily f.21.1: Transmembrane di-heme cytochromes [81342] (2 families)
Three of the four heme-ligands are conserved between the two families; both heme groups bind similarly but not identically

Family f.21.1.2: Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase) [81642] (3 proteins)
a part (domain) of a larger mitochondrial cytochrome b subunit, separate subunit in plants and cyanobacteria

Protein Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain [81641] (3 species)
also includes extra transmembrane (linker) helix absent in plants and cyanobacteria subunits

Species:

Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [81640] (5 PDB entries)

Domain for 1ezv:

Domain d1ezvc3: 1ezv C:1-261 [75834]
Other proteins in same PDB: d1ezva1, d1ezva2, d1ezvb1, d1ezvb2, d1ezvc2, d1ezvd1, d1ezvd2, d1ezve1, d1ezve2, d1ezvf_, d1ezvg_, d1ezvh_, d1ezvi_, d1ezvx_, d1ezvy_
complexed with fes, hem, sma, uq6

Domain for 1kb9:

Domain d1kb9c2: 1kb9 C:1-261 [77316]
Other proteins in same PDB: d1kb9a1, d1kb9a2, d1kb9b1, d1kb9b2, d1kb9c1, d1kb9d1, d1kb9d2, d1kb9e1, d1kb9e2, d1kb9f_, d1kb9g_, d1kb9h_, d1kb9i_, d1kb9j_, d1kb9k_
complexed with cdl, fes, hem, pcf, pef, pie, sma, umq, uq6

Domains for 1kyo:

Domain d1kyoc3: 1kyo C:1-261 [75905]
Other proteins in same PDB: d1kyoa1, d1kyoa2, d1kyob1, d1kyob2, d1kyoc2, d1kyod1, d1kyod2, d1kyoe1, d1kyoe2, d1kyof_, d1kyog_, d1kyoh_, d1kyoi_, d1kyoj_, d1kyok_, d1kyol1, d1kyol2, d1kyom1, d1kyom2, d1kyon2, d1kyoo1, d1kyoo2, d1kyop1, d1kyop2, d1kyoq_, d1kyor_, d1kyos_, d1kyot_, d1kyou_, d1kyov_, d1kyow_
complexed with fes, hem, sma

Domain d1kyon3: 1kyo N:1-261 [75907]
Other proteins in same PDB: d1kyoa1, d1kyoa2, d1kyob1, d1kyob2, d1kyoc2, d1kyod1, d1kyod2, d1kyoe1, d1kyoe2, d1kyof_, d1kyog_, d1kyoh_, d1kyoi_, d1kyoj_, d1kyok_, d1kyol1, d1kyol2, d1kyom1, d1kyom2, d1kyon2, d1kyoo1, d1kyoo2, d1kyop1, d1kyop2, d1kyoq_, d1kyor_, d1kyos_, d1kyot_, d1kyou_, d1kyov_, d1kyow_
complexed with fes, hem, sma

Domain for 1p84:

Domain d1p84c2: 1p84 C:1-261 [87855]
Other proteins in same PDB: d1p84a1, d1p84a2, d1p84b1, d1p84b2, d1p84c1, d1p84d1, d1p84d2, d1p84e1, d1p84e2, d1p84f_, d1p84g_, d1p84h_, d1p84i_, d1p84j_, d1p84k_
complexed with 3pe, 3ph, cdl, dbt, fes, hem, pc1, umq, uq6

Domain for 2ibz:

Domain d2ibzc2: 2ibz C:1-261 [137220]
Other proteins in same PDB: d2ibza1, d2ibza2, d2ibzb1, d2ibzb2, d2ibzc1, d2ibzd1, d2ibzd2, d2ibze1, d2ibze2, d2ibzf_, d2ibzg_, d2ibzh_, d2ibzi_, d2ibzx_, d2ibzy_
automated match to d1kb9c2
complexed with fes, hem, sma, uq6

Chicken (Gallus gallus) [TaxId:9031] [81639] (8 PDB entries)

Domain for 1bcc:

Domain d1bccc3: 1bcc C:2-261 [75804]
Other proteins in same PDB: d1bcca1, d1bcca2, d1bccb1, d1bccb2, d1bccc2, d1bccd2, d1bccd3, d1bcce1, d1bcce2, d1bccf_, d1bccg_, d1bcch_, d1bccj_
complexed with bog, fes, hem, pee, u10

Domain for 2bcc:

Domain d2bccc3: 2bcc C:2-261 [75988]
Other proteins in same PDB: d2bcca1, d2bcca2, d2bccb1, d2bccb2, d2bccc2, d2bccd2, d2bccd3, d2bcce1, d2bcce2, d2bccf_, d2bccg_, d2bcch_, d2bccj_
complexed with bog, fes, hem, pee, sig, u10

Domain for 3bcc:

Domain d3bccc3: 3bcc C:2-261 [75999]
Other proteins in same PDB: d3bcca1, d3bcca2, d3bccb1, d3bccb2, d3bccc2, d3bccd2, d3bccd3, d3bcce1, d3bcce2, d3bccf_, d3bccg_, d3bcch_, d3bccj_
complexed with amy, fes, hem, sig

Domains for 3cwb:
1. Domain d3cwbc2: 3cwb C:2-261 [157046]
  Other proteins in same PDB: d3cwbc1, d3cwbp1
  automatically matched to d1bccc3
  complexed with azi, bog, cdl, fes, hec, hem, icx, pee, unl, uq
2. Domain d3cwbp2: 3cwb P:2-261 [157048]
  Other proteins in same PDB: d3cwbc1, d3cwbp1
  automatically matched to d1bccc3
  complexed with azi, bog, cdl, fes, hec, hem, icx, pee, unl, uq

Domains for 3l70:

Domain d3l70c1: 3l70 C:1-261 [199701]
Other proteins in same PDB: d3l70a1, d3l70a2, d3l70b1, d3l70b2, d3l70c2, d3l70d1, d3l70d2, d3l70f_, d3l70g_, d3l70h_, d3l70j_, d3l70n1, d3l70o1, d3l70o2, d3l70p2, d3l70q1, d3l70q2, d3l70s_, d3l70t_, d3l70u_, d3l70w_
automated match to d1bccc3
complexed with bog, cdl, fes, gol, hec, hem, jzv, pee, uq

Domain d3l70p1: 3l70 P:2-261 [199703]
Other proteins in same PDB: d3l70a1, d3l70a2, d3l70b1, d3l70b2, d3l70c2, d3l70d1, d3l70d2, d3l70f_, d3l70g_, d3l70h_, d3l70j_, d3l70n1, d3l70o1, d3l70o2, d3l70p2, d3l70q1, d3l70q2, d3l70s_, d3l70t_, d3l70u_, d3l70w_
automated match to d1bccc3
complexed with bog, cdl, fes, gol, hec, hem, jzv, pee, uq

Domains for 3l71:

Domain d3l71c1: 3l71 C:1-261 [199705]
Other proteins in same PDB: d3l71a1, d3l71a2, d3l71b1, d3l71b2, d3l71c2, d3l71d1, d3l71f_, d3l71g_, d3l71h_, d3l71j_, d3l71n1, d3l71n2, d3l71o1, d3l71o2, d3l71p2, d3l71q1, d3l71q2, d3l71s_, d3l71t_, d3l71u_, d3l71w_
automated match to d1bccc3
complexed with azo, bog, cdl, fes, gol, hec, hem, pee, uq

Domain d3l71p1: 3l71 P:2-261 [199707]
Other proteins in same PDB: d3l71a1, d3l71a2, d3l71b1, d3l71b2, d3l71c2, d3l71d1, d3l71f_, d3l71g_, d3l71h_, d3l71j_, d3l71n1, d3l71n2, d3l71o1, d3l71o2, d3l71p2, d3l71q1, d3l71q2, d3l71s_, d3l71t_, d3l71u_, d3l71w_
automated match to d1bccc3
complexed with azo, bog, cdl, fes, gol, hec, hem, pee, uq

Domains for 3l74:

Domain d3l74c1: 3l74 C:1-261 [199709]
Other proteins in same PDB: d3l74a1, d3l74a2, d3l74b1, d3l74b2, d3l74c2, d3l74d1, d3l74d2, d3l74f_, d3l74g_, d3l74h_, d3l74j_, d3l74n1, d3l74n2, d3l74o1, d3l74o2, d3l74p2, d3l74q1, d3l74q2, d3l74s_, d3l74t_, d3l74u_, d3l74w_
automated match to d1bccc3
complexed with azi, bog, cdl, fes, fmx, hec, hem, pee, unl, uq

Domain d3l74p1: 3l74 P:2-261 [199711]
Other proteins in same PDB: d3l74a1, d3l74a2, d3l74b1, d3l74b2, d3l74c2, d3l74d1, d3l74d2, d3l74f_, d3l74g_, d3l74h_, d3l74j_, d3l74n1, d3l74n2, d3l74o1, d3l74o2, d3l74p2, d3l74q1, d3l74q2, d3l74s_, d3l74t_, d3l74u_, d3l74w_
automated match to d1bccc3
complexed with azi, bog, cdl, fes, fmx, hec, hem, pee, unl, uq

Domains for 3l75:

Domain d3l75c1: 3l75 C:1-261 [199713]
Other proteins in same PDB: d3l75a1, d3l75a2, d3l75b1, d3l75b2, d3l75c2, d3l75d1, d3l75d2, d3l75f_, d3l75g_, d3l75h_, d3l75j_, d3l75n1, d3l75n2, d3l75o1, d3l75o2, d3l75p2, d3l75q1, d3l75q2, d3l75s_, d3l75t_, d3l75u_, d3l75w_
automated match to d1bccc3
complexed with azi, bog, cdl, fes, fnm, hec, hem, pee, unl, uq

Domain d3l75p1: 3l75 P:2-261 [199715]
Other proteins in same PDB: d3l75a1, d3l75a2, d3l75b1, d3l75b2, d3l75c2, d3l75d1, d3l75d2, d3l75f_, d3l75g_, d3l75h_, d3l75j_, d3l75n1, d3l75n2, d3l75o1, d3l75o2, d3l75p2, d3l75q1, d3l75q2, d3l75s_, d3l75t_, d3l75u_, d3l75w_
automated match to d1bccc3
complexed with azi, bog, cdl, fes, fnm, hec, hem, pee, unl, uq

Cow (Bos taurus) [TaxId:9913] [81638] (17 PDB entries)
Uniprot P00157

Domain for 1be3:

Domain d1be3c3: 1be3 C:1-260 [75806]
Other proteins in same PDB: d1be3a1, d1be3a2, d1be3b1, d1be3b2, d1be3c2, d1be3d2, d1be3d3, d1be3e1, d1be3e2, d1be3f_, d1be3g_, d1be3h_, d1be3i_, d1be3j_, d1be3k_
complexed with fes, hec, hem

Domains for 1bgy:

Domain d1bgyc3: 1bgy C:1-260 [75808]
Other proteins in same PDB: d1bgya1, d1bgya2, d1bgyb1, d1bgyb2, d1bgyc2, d1bgyd2, d1bgyd3, d1bgye_, d1bgyf_, d1bgyg_, d1bgyh_, d1bgyi_, d1bgyj_, d1bgyk_, d1bgym1, d1bgym2, d1bgyn1, d1bgyn2, d1bgyo2, d1bgyp2, d1bgyp3, d1bgyq1, d1bgyq2, d1bgyr_, d1bgys_, d1bgyt_, d1bgyu_, d1bgyv_, d1bgyw_
complexed with fes, hec, hem

Domain d1bgyo3: 1bgy O:1-260 [75810]
Other proteins in same PDB: d1bgya1, d1bgya2, d1bgyb1, d1bgyb2, d1bgyc2, d1bgyd2, d1bgyd3, d1bgye_, d1bgyf_, d1bgyg_, d1bgyh_, d1bgyi_, d1bgyj_, d1bgyk_, d1bgym1, d1bgym2, d1bgyn1, d1bgyn2, d1bgyo2, d1bgyp2, d1bgyp3, d1bgyq1, d1bgyq2, d1bgyr_, d1bgys_, d1bgyt_, d1bgyu_, d1bgyv_, d1bgyw_
complexed with fes, hec, hem

Domain for 1l0l:

Domain d1l0lc2: 1l0l C:3-260 [84487]
Other proteins in same PDB: d1l0la1, d1l0la2, d1l0lb1, d1l0lb2, d1l0lc1, d1l0ld1, d1l0ld2, d1l0le1, d1l0le2, d1l0lf_, d1l0lg_, d1l0lh_, d1l0li_, d1l0lj_, d1l0lk_
complexed with fes, fmx, hem

Domain for 1l0n:

Domain d1l0nc2: 1l0n C:3-260 [84503]
Other proteins in same PDB: d1l0na1, d1l0na2, d1l0nb1, d1l0nb2, d1l0nc1, d1l0nd1, d1l0nd2, d1l0ne1, d1l0ne2, d1l0nf_, d1l0ng_, d1l0nh_, d1l0ni_, d1l0nj_, d1l0nk_
complexed with fes, hem

Domain for 1ntk:

Domain d1ntkc2: 1ntk C:2-260 [92110]
Other proteins in same PDB: d1ntka1, d1ntka2, d1ntkb1, d1ntkb2, d1ntkc1, d1ntkd1, d1ntkd2, d1ntke1, d1ntke2, d1ntkf_, d1ntkg_, d1ntkh_, d1ntki_, d1ntkj_, d1ntkk_
complexed with ay1, fes, hem

Domain for 1ntm:

Domain d1ntmc2: 1ntm C:2-260 [92126]
Other proteins in same PDB: d1ntma1, d1ntma2, d1ntmb1, d1ntmb2, d1ntmc1, d1ntmd1, d1ntmd2, d1ntme1, d1ntme2, d1ntmf_, d1ntmg_, d1ntmh_, d1ntmi_, d1ntmj_, d1ntmk_
complexed with fes, hem

Domain for 1ntz:

Domain d1ntzc2: 1ntz C:2-260 [92154]
Other proteins in same PDB: d1ntza1, d1ntza2, d1ntzb1, d1ntzb2, d1ntzc1, d1ntzd1, d1ntzd2, d1ntze1, d1ntze2, d1ntzf_, d1ntzg_, d1ntzh_, d1ntzi_, d1ntzj_, d1ntzk_
complexed with fes, hem, uq2

Domain for 1nu1:

Domain d1nu1c2: 1nu1 C:2-260 [92172]
Other proteins in same PDB: d1nu1a1, d1nu1a2, d1nu1b1, d1nu1b2, d1nu1c1, d1nu1d1, d1nu1d2, d1nu1e1, d1nu1e2, d1nu1f_, d1nu1g_, d1nu1h_, d1nu1i_, d1nu1j_, d1nu1k_
complexed with fes, hem, qno

Domains for 1pp9:

Domain d1pp9c2: 1pp9 C:15-260 [104227]
Other proteins in same PDB: d1pp9a1, d1pp9a2, d1pp9b1, d1pp9b2, d1pp9c1, d1pp9d1, d1pp9d2, d1pp9e1, d1pp9e2, d1pp9f_, d1pp9g_, d1pp9h_, d1pp9i_, d1pp9j_, d1pp9n1, d1pp9n2, d1pp9o1, d1pp9o2, d1pp9p1, d1pp9q1, d1pp9q2, d1pp9r1, d1pp9r2, d1pp9s_, d1pp9t_, d1pp9u_, d1pp9v_, d1pp9w_
complexed with azi, bhg, cdl, fes, gol, hec, hem, pee, po4, sma, uq

Domain d1pp9p2: 1pp9 P:15-260 [104242]
Other proteins in same PDB: d1pp9a1, d1pp9a2, d1pp9b1, d1pp9b2, d1pp9c1, d1pp9d1, d1pp9d2, d1pp9e1, d1pp9e2, d1pp9f_, d1pp9g_, d1pp9h_, d1pp9i_, d1pp9j_, d1pp9n1, d1pp9n2, d1pp9o1, d1pp9o2, d1pp9p1, d1pp9q1, d1pp9q2, d1pp9r1, d1pp9r2, d1pp9s_, d1pp9t_, d1pp9u_, d1pp9v_, d1pp9w_
complexed with azi, bhg, cdl, fes, gol, hec, hem, pee, po4, sma, uq

Domains for 1ppj:

Domain d1ppjc2: 1ppj C:15-260 [104257]
Other proteins in same PDB: d1ppja1, d1ppja2, d1ppjb1, d1ppjb2, d1ppjc1, d1ppjd1, d1ppjd2, d1ppje1, d1ppje2, d1ppjf_, d1ppjg_, d1ppjh_, d1ppji_, d1ppjj_, d1ppjn1, d1ppjn2, d1ppjo1, d1ppjo2, d1ppjp1, d1ppjq1, d1ppjq2, d1ppjr1, d1ppjr2, d1ppjs_, d1ppjt_, d1ppju_, d1ppjv_, d1ppjw_
complexed with any, azi, bhg, cdl, fes, gol, hec, hem, pee, po4, sma

Domain d1ppjp2: 1ppj P:15-260 [104272]
Other proteins in same PDB: d1ppja1, d1ppja2, d1ppjb1, d1ppjb2, d1ppjc1, d1ppjd1, d1ppjd2, d1ppje1, d1ppje2, d1ppjf_, d1ppjg_, d1ppjh_, d1ppji_, d1ppjj_, d1ppjn1, d1ppjn2, d1ppjo1, d1ppjo2, d1ppjp1, d1ppjq1, d1ppjq2, d1ppjr1, d1ppjr2, d1ppjs_, d1ppjt_, d1ppju_, d1ppjv_, d1ppjw_
complexed with any, azi, bhg, cdl, fes, gol, hec, hem, pee, po4, sma

Domain for 1qcr:
- Domain d1qcrc3: 1qcr C:2-260 [75932]
  Other proteins in same PDB: d1qcra1, d1qcra2, d1qcrb1, d1qcrb2, d1qcrc2, d1qcrd2, d1qcrd3, d1qcre1, d1qcre2, d1qcrf_, d1qcrg_, d1qcrh_, d1qcrj_, d1qcrk_
  complexed with hem

Domain for 1sqb:

Domain d1sqbc2: 1sqb C:2-260 [105895]
Other proteins in same PDB: d1sqba1, d1sqba2, d1sqbb1, d1sqbb2, d1sqbc1, d1sqbd1, d1sqbd2, d1sqbe1, d1sqbe2, d1sqbf_, d1sqbg_, d1sqbh_, d1sqbi_, d1sqbj_, d1sqbk_
complexed with azo, fes, hem

Domain for 1sqp:

Domain d1sqpc2: 1sqp C:2-260 [119000]
Other proteins in same PDB: d1sqpa1, d1sqpa2, d1sqpb1, d1sqpb2, d1sqpc1, d1sqpd1, d1sqpd2, d1sqpe1, d1sqpe2, d1sqpf1, d1sqpg_, d1sqph_, d1sqpi_, d1sqpj_, d1sqpk1
automated match to d1ntmc2
complexed with cdl, fes, hem, myx, pee, plx

Domain for 1sqv:

Domain d1sqvc2: 1sqv C:2-260 [119025]
Other proteins in same PDB: d1sqva1, d1sqva2, d1sqvb1, d1sqvb2, d1sqvc1, d1sqvd1, d1sqvd2, d1sqve1, d1sqve2, d1sqvf_, d1sqvg_, d1sqvh_, d1sqvi_, d1sqvj_, d1sqvk_
automated match to d1ntmc2
complexed with fes, hem, uhd, uq2

Domain for 1sqx:

Domain d1sqxc2: 1sqx C:2-260 [119040]
Other proteins in same PDB: d1sqxa1, d1sqxa2, d1sqxb1, d1sqxb2, d1sqxc1, d1sqxd1, d1sqxd2, d1sqxe1, d1sqxe2, d1sqxf_, d1sqxg_, d1sqxh_, d1sqxi_, d1sqxj_, d1sqxk_
automated match to d1ntmc2
complexed with fes, hem, sma, uq2

Domains for 2a06:

Domain d2a06c1: 2a06 C:15-260 [197713]
Other proteins in same PDB: d2a06a1, d2a06a2, d2a06b1, d2a06b2, d2a06c2, d2a06d1, d2a06d2, d2a06e1, d2a06e2, d2a06f_, d2a06g_, d2a06h_, d2a06i_, d2a06j_, d2a06n1, d2a06n2, d2a06o1, d2a06o2, d2a06p2, d2a06q1, d2a06q2, d2a06r1, d2a06r2, d2a06s_, d2a06t_, d2a06u_, d2a06v_, d2a06w_
automated match to d1ppjc2
complexed with azi, bhg, cdl, fes, gol, hec, hem, pee, po4, sma, unl, uq

Domain d2a06p1: 2a06 P:10-260 [197718]
Other proteins in same PDB: d2a06a1, d2a06a2, d2a06b1, d2a06b2, d2a06c2, d2a06d1, d2a06d2, d2a06e1, d2a06e2, d2a06f_, d2a06g_, d2a06h_, d2a06i_, d2a06j_, d2a06n1, d2a06n2, d2a06o1, d2a06o2, d2a06p2, d2a06q1, d2a06q2, d2a06r1, d2a06r2, d2a06s_, d2a06t_, d2a06u_, d2a06v_, d2a06w_
automated match to d1ntmc2
complexed with azi, bhg, cdl, fes, gol, hec, hem, pee, po4, sma, unl, uq

Domain for 2fyu:

Domain d2fyuc2: 2fyu C:2-260 [134397]
Other proteins in same PDB: d2fyua1, d2fyua2, d2fyub1, d2fyub2, d2fyuc1, d2fyud1, d2fyud2, d2fyue1, d2fyue2, d2fyuf_, d2fyug_, d2fyuh_, d2fyui_, d2fyuj_, d2fyuk_
automated match to d1ntmc2
complexed with fdn, fes, hem

More info for Protein Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain from f.21.1.2: Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

Timeline for Protein Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain from f.21.1.2: Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase):

Protein Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain from f.21.1.2: Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase) first appeared in SCOP 1.63
Protein Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain from f.21.1.2: Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase) appears in SCOPe 2.03
Protein Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain from f.21.1.2: Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase) appears in SCOPe 2.05
Protein Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain from f.21.1.2: Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase) appears in the current release, SCOPe 2.08