Lineage for Protein: RNA-polymerase beta-prime

  1. Root: SCOPe 2.01
  2. 1054197Class e: Multi-domain proteins (alpha and beta) [56572] (66 folds)
  3. 1057387Fold e.29: beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase [64483] (1 superfamily)
    Multidomain subunits of complex domain organization
  4. 1057388Superfamily e.29.1: beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase [64484] (2 families) (S)
    The catalytic site is formed by the association of two double-psi beta-barrel domains, one from each subunit
  5. 1057461Family e.29.1.2: RNA-polymerase beta-prime [64490] (2 proteins)
  6. 1057489Protein RNA-polymerase beta-prime [64493] (2 species)

Species:

  1. 1057490Thermus aquaticus [TaxId:271] [64494] (4 PDB entries)
    1. Domain for 1i6v:
    2. Domain for 1ynj:
    3. Domain for 1ynn:
    4. Domain for 2gho:
  2. 1057495Thermus thermophilus [TaxId:274] [75610] (13 PDB entries)
    Uniprot Q8RQE8; part of multichain biological unit
    1. Domains for 1iw7:
      1. 1057508Domain d1iw7d_: 1iw7 D: [71475]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7a2, d1iw7b1, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7k2, d1iw7l1, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
        complexed with mg, pb
      2. 1057509Domain d1iw7n_: 1iw7 N: [71483]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7a2, d1iw7b1, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7k2, d1iw7l1, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
        complexed with mg, pb
    2. Domains for 1smy:
      1. 1057496Domain d1smyd_: 1smy D: [105779]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smya2, d1smyb1, d1smyb2, d1smyc_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyk2, d1smyl1, d1smyl2, d1smym_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
        complexed with g4p, mg, zn
      2. 1057497Domain d1smyn_: 1smy N: [105789]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smya2, d1smyb1, d1smyb2, d1smyc_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyk2, d1smyl1, d1smyl2, d1smym_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
        complexed with g4p, mg, zn
    3. Domains for 1zyr:
      1. 1057518Domain d1zyrd1: 1zyr D:2-1505 [125854]
        Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyra2, d1zyrb1, d1zyrb2, d1zyrc1, d1zyre1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrk2, d1zyrl1, d1zyrl2, d1zyrm1, d1zyro1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
      2. 1057519Domain d1zyrn1: 1zyr N:2-1505 [125864]
        Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyra2, d1zyrb1, d1zyrb2, d1zyrc1, d1zyre1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrk2, d1zyrl1, d1zyrl2, d1zyrm1, d1zyro1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
    4. Domains for 2a68:
      1. 1057502Domain d2a68d1: 2a68 D:2-1505 [126196]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68c_, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68m_, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
      2. 1057503Domain d2a68n1: 2a68 N:2-1505 [126206]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68c_, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68m_, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
    5. Domains for 2a69:
      1. 1057506Domain d2a69d1: 2a69 D:2-1505 [126216]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69c_, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69m_, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
      2. 1057507Domain d2a69n1: 2a69 N:2-1505 [126226]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69c_, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69m_, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
    6. Domains for 2a6e:
      1. 1057510Domain d2a6ed1: 2a6e D:2-1505 [126245]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ec_, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6em_, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
        automatically matched to d1iw7d_
        complexed with mg, zn
      2. 1057511Domain d2a6en1: 2a6e N:2-1505 [126255]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ec_, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6em_, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
        automatically matched to d1iw7d_
        complexed with mg, zn
    7. Domains for 2a6h:
      1. 1057498Domain d2a6hd1: 2a6h D:2-1505 [126265]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hc_, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hm_, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
      2. 1057499Domain d2a6hn1: 2a6h N:2-1505 [126275]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hc_, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hm_, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
    8. Domains for 2be5:
      1. 1057500Domain d2be5d1: 2be5 D:2-1505 [128356]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5c_, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5m_, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
      2. 1057501Domain d2be5n1: 2be5 N:2-1505 [128366]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5c_, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5m_, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
    9. Domains for 2cw0:
      1. 1057520Domain d2cw0d1: 2cw0 D:2-1505 [130903]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0a2, d2cw0b1, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0k2, d2cw0l1, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
        automatically matched to d1iw7d_
        complexed with mg, zn
      2. 1057521Domain d2cw0n1: 2cw0 N:2-1505 [130913]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0a2, d2cw0b1, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0k2, d2cw0l1, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
        automatically matched to d1iw7d_
        complexed with mg, zn
    10. Domains for 2o5i:
      1. 1057504Domain d2o5id1: 2o5i D:2-1505 [148601]
        Other proteins in same PDB: d2o5ic_, d2o5ie_, d2o5im_, d2o5io_
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      2. 1057505Domain d2o5in1: 2o5i N:2-1505 [148604]
        Other proteins in same PDB: d2o5ic_, d2o5ie_, d2o5im_, d2o5io_
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
    11. Domains for 2o5j:
      1. 1057512Domain d2o5jd1: 2o5j D:2-1505 [148606]
        Other proteins in same PDB: d2o5jc1, d2o5jm1
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, zn
      2. 1057513Domain d2o5jn1: 2o5j N:2-1505 [148608]
        Other proteins in same PDB: d2o5jc1, d2o5jm1
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, zn
    12. Domains for 2ppb:
      1. 1057514Domain d2ppbd1: 2ppb D:2-1505 [149754]
        Other proteins in same PDB: d2ppbc1, d2ppbm1
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, std, zn
      2. 1057515Domain d2ppbn1: 2ppb N:2-1505 [149756]
        Other proteins in same PDB: d2ppbc1, d2ppbm1
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, std, zn
    13. Domains for 3dxj:
      1. 1057516Domain d3dxjd1: 3dxj D:2-1505 [157928]
        Other proteins in same PDB: d3dxjc1, d3dxje1, d3dxjm1, d3dxjo1
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mpd, ne6, po4, zn
      2. 1057517Domain d3dxjn1: 3dxj N:2-1505 [157931]
        Other proteins in same PDB: d3dxjc1, d3dxje1, d3dxjm1, d3dxjo1
        automatically matched to d1iw7d_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mpd, ne6, po4, zn

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