SCOPe 2.05: Species: Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId: 4932]

Lineage for Species: Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId: 4932]

Root: SCOPe 2.05
Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (381 folds)
Fold d.185: LuxS/MPP-like metallohydrolase [63410] (1 superfamily)
core: beta-alpha-beta(2)-alpha(2); 2 layers: alpha/beta
Superfamily d.185.1: LuxS/MPP-like metallohydrolase [63411] (3 families)
Share the same "active site motif" HxxEH located in the first core helix, but differ in one of the zinc-binding residues

Family d.185.1.1: MPP-like [63412] (7 proteins)
Common fold elaborated with many additional structures; duplication: each family member consists of two similar domains of beta(2)-alpha(2)-beta(2)-alpha(5)-beta structure, but only the N-terminal domain of MPP beta chain binds the catalytic metal

Protein Mitochondrial processing peptidase (MPP) alpha chain [64302] (1 species)
Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [64303] (4 PDB entries)

PDB entries in Species: Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId: 4932]:

Domain(s) for 1hr6:
1. Domain d1hr6a1: 1hr6 A:14-233 [61164]
  Other proteins in same PDB: d1hr6b1, d1hr6b2, d1hr6d1, d1hr6d2, d1hr6f1, d1hr6f2, d1hr6h1, d1hr6h2
  complexed with epe, zn
2. Domain d1hr6a2: 1hr6 A:234-470 [61165]
  Other proteins in same PDB: d1hr6b1, d1hr6b2, d1hr6d1, d1hr6d2, d1hr6f1, d1hr6f2, d1hr6h1, d1hr6h2
  complexed with epe, zn
3. Domain d1hr6c1: 1hr6 C:16-233 [61168]
  Other proteins in same PDB: d1hr6b1, d1hr6b2, d1hr6d1, d1hr6d2, d1hr6f1, d1hr6f2, d1hr6h1, d1hr6h2
  complexed with epe, zn
4. Domain d1hr6c2: 1hr6 C:234-468 [61169]
  Other proteins in same PDB: d1hr6b1, d1hr6b2, d1hr6d1, d1hr6d2, d1hr6f1, d1hr6f2, d1hr6h1, d1hr6h2
  complexed with epe, zn
5. Domain d1hr6e1: 1hr6 E:14-233 [61172]
  Other proteins in same PDB: d1hr6b1, d1hr6b2, d1hr6d1, d1hr6d2, d1hr6f1, d1hr6f2, d1hr6h1, d1hr6h2
  complexed with epe, zn
6. Domain d1hr6e2: 1hr6 E:234-468 [61173]
  Other proteins in same PDB: d1hr6b1, d1hr6b2, d1hr6d1, d1hr6d2, d1hr6f1, d1hr6f2, d1hr6h1, d1hr6h2
  complexed with epe, zn
7. Domain d1hr6g1: 1hr6 G:14-233 [61176]
  Other proteins in same PDB: d1hr6b1, d1hr6b2, d1hr6d1, d1hr6d2, d1hr6f1, d1hr6f2, d1hr6h1, d1hr6h2
  complexed with epe, zn
8. Domain d1hr6g2: 1hr6 G:234-470 [61177]
  Other proteins in same PDB: d1hr6b1, d1hr6b2, d1hr6d1, d1hr6d2, d1hr6f1, d1hr6f2, d1hr6h1, d1hr6h2
  complexed with epe, zn
Domain(s) for 1hr7:
1. Domain d1hr7a1: 1hr7 A:14-233 [61180]
  Other proteins in same PDB: d1hr7b1, d1hr7b2, d1hr7d1, d1hr7d2, d1hr7f1, d1hr7f2, d1hr7h1, d1hr7h2
  complexed with zn; mutant
2. Domain d1hr7a2: 1hr7 A:234-470 [61181]
  Other proteins in same PDB: d1hr7b1, d1hr7b2, d1hr7d1, d1hr7d2, d1hr7f1, d1hr7f2, d1hr7h1, d1hr7h2
  complexed with zn; mutant
3. Domain d1hr7c1: 1hr7 C:16-233 [61184]
  Other proteins in same PDB: d1hr7b1, d1hr7b2, d1hr7d1, d1hr7d2, d1hr7f1, d1hr7f2, d1hr7h1, d1hr7h2
  complexed with zn; mutant
4. Domain d1hr7c2: 1hr7 C:234-468 [61185]
  Other proteins in same PDB: d1hr7b1, d1hr7b2, d1hr7d1, d1hr7d2, d1hr7f1, d1hr7f2, d1hr7h1, d1hr7h2
  complexed with zn; mutant
5. Domain d1hr7e1: 1hr7 E:14-233 [61188]
  Other proteins in same PDB: d1hr7b1, d1hr7b2, d1hr7d1, d1hr7d2, d1hr7f1, d1hr7f2, d1hr7h1, d1hr7h2
  complexed with zn; mutant
6. Domain d1hr7e2: 1hr7 E:234-468 [61189]
  Other proteins in same PDB: d1hr7b1, d1hr7b2, d1hr7d1, d1hr7d2, d1hr7f1, d1hr7f2, d1hr7h1, d1hr7h2
  complexed with zn; mutant
7. Domain d1hr7g1: 1hr7 G:14-233 [61192]
  Other proteins in same PDB: d1hr7b1, d1hr7b2, d1hr7d1, d1hr7d2, d1hr7f1, d1hr7f2, d1hr7h1, d1hr7h2
  complexed with zn; mutant
8. Domain d1hr7g2: 1hr7 G:234-467 [61193]
  Other proteins in same PDB: d1hr7b1, d1hr7b2, d1hr7d1, d1hr7d2, d1hr7f1, d1hr7f2, d1hr7h1, d1hr7h2
  complexed with zn; mutant
Domain(s) for 1hr8:
1. Domain d1hr8a1: 1hr8 A:14-233 [61196]
  Other proteins in same PDB: d1hr8b1, d1hr8b2, d1hr8d1, d1hr8d2, d1hr8f1, d1hr8f2, d1hr8h1, d1hr8h2
  complexed with epe, zn; mutant
2. Domain d1hr8a2: 1hr8 A:234-470 [61197]
  Other proteins in same PDB: d1hr8b1, d1hr8b2, d1hr8d1, d1hr8d2, d1hr8f1, d1hr8f2, d1hr8h1, d1hr8h2
  complexed with epe, zn; mutant
3. Domain d1hr8c1: 1hr8 C:16-233 [61200]
  Other proteins in same PDB: d1hr8b1, d1hr8b2, d1hr8d1, d1hr8d2, d1hr8f1, d1hr8f2, d1hr8h1, d1hr8h2
  complexed with epe, zn; mutant
4. Domain d1hr8c2: 1hr8 C:234-468 [61201]
  Other proteins in same PDB: d1hr8b1, d1hr8b2, d1hr8d1, d1hr8d2, d1hr8f1, d1hr8f2, d1hr8h1, d1hr8h2
  complexed with epe, zn; mutant
5. Domain d1hr8e1: 1hr8 E:14-233 [61204]
  Other proteins in same PDB: d1hr8b1, d1hr8b2, d1hr8d1, d1hr8d2, d1hr8f1, d1hr8f2, d1hr8h1, d1hr8h2
  complexed with epe, zn; mutant
6. Domain d1hr8e2: 1hr8 E:234-468 [61205]
  Other proteins in same PDB: d1hr8b1, d1hr8b2, d1hr8d1, d1hr8d2, d1hr8f1, d1hr8f2, d1hr8h1, d1hr8h2
  complexed with epe, zn; mutant
7. Domain d1hr8g1: 1hr8 G:14-233 [61208]
  Other proteins in same PDB: d1hr8b1, d1hr8b2, d1hr8d1, d1hr8d2, d1hr8f1, d1hr8f2, d1hr8h1, d1hr8h2
  complexed with epe, zn; mutant
8. Domain d1hr8g2: 1hr8 G:234-470 [61209]
  Other proteins in same PDB: d1hr8b1, d1hr8b2, d1hr8d1, d1hr8d2, d1hr8f1, d1hr8f2, d1hr8h1, d1hr8h2
  complexed with epe, zn; mutant
Domain(s) for 1hr9:
1. Domain d1hr9a1: 1hr9 A:14-233 [61212]
  Other proteins in same PDB: d1hr9b1, d1hr9b2, d1hr9d1, d1hr9d2, d1hr9f1, d1hr9f2, d1hr9h1, d1hr9h2
  complexed with epe, zn; mutant
2. Domain d1hr9a2: 1hr9 A:234-470 [61213]
  Other proteins in same PDB: d1hr9b1, d1hr9b2, d1hr9d1, d1hr9d2, d1hr9f1, d1hr9f2, d1hr9h1, d1hr9h2
  complexed with epe, zn; mutant
3. Domain d1hr9c1: 1hr9 C:16-233 [61216]
  Other proteins in same PDB: d1hr9b1, d1hr9b2, d1hr9d1, d1hr9d2, d1hr9f1, d1hr9f2, d1hr9h1, d1hr9h2
  complexed with epe, zn; mutant
4. Domain d1hr9c2: 1hr9 C:234-468 [61217]
  Other proteins in same PDB: d1hr9b1, d1hr9b2, d1hr9d1, d1hr9d2, d1hr9f1, d1hr9f2, d1hr9h1, d1hr9h2
  complexed with epe, zn; mutant
5. Domain d1hr9e1: 1hr9 E:14-233 [61220]
  Other proteins in same PDB: d1hr9b1, d1hr9b2, d1hr9d1, d1hr9d2, d1hr9f1, d1hr9f2, d1hr9h1, d1hr9h2
  complexed with epe, zn; mutant
6. Domain d1hr9e2: 1hr9 E:234-468 [61221]
  Other proteins in same PDB: d1hr9b1, d1hr9b2, d1hr9d1, d1hr9d2, d1hr9f1, d1hr9f2, d1hr9h1, d1hr9h2
  complexed with epe, zn; mutant
7. Domain d1hr9g1: 1hr9 G:14-233 [61224]
  Other proteins in same PDB: d1hr9b1, d1hr9b2, d1hr9d1, d1hr9d2, d1hr9f1, d1hr9f2, d1hr9h1, d1hr9h2
  complexed with epe, zn; mutant
8. Domain d1hr9g2: 1hr9 G:234-468 [61225]
  Other proteins in same PDB: d1hr9b1, d1hr9b2, d1hr9d1, d1hr9d2, d1hr9f1, d1hr9f2, d1hr9h1, d1hr9h2
  complexed with epe, zn; mutant

More info for Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] from d.185.1.1 Mitochondrial processing peptidase (MPP) alpha chain

Timeline for Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] from d.185.1.1 Mitochondrial processing peptidase (MPP) alpha chain:

Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] from d.185.1.1 Mitochondrial processing peptidase (MPP) alpha chain first appeared in SCOP 1.57
Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] from d.185.1.1 Mitochondrial processing peptidase (MPP) alpha chain appears in SCOPe 2.04
Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] from d.185.1.1 Mitochondrial processing peptidase (MPP) alpha chain appears in SCOPe 2.06
Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] from d.185.1.1 Mitochondrial processing peptidase (MPP) alpha chain appears in the current release, SCOPe 2.08