Lineage for Protein: Cytochrome bc1 core subunit 2

  1. Root: SCOP 1.71
  2. 595667Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (286 folds)
  3. 615413Fold d.185: LuxS/MPP-like metallohydrolase [63410] (1 superfamily)
    core: beta-alpha-beta(2)-alpha(2); 2 layers: alpha/beta
  4. 615414Superfamily d.185.1: LuxS/MPP-like metallohydrolase [63411] (2 families) (S)
    Share the same "active site motif" HxxEH located in the first core helix, but differ in one of the zinc-binding residues
  5. 615415Family d.185.1.1: MPP-like [63412] (4 proteins)
    Common fold elaborated with many additional structures; duplication: each family member consists of two similar domains of beta(2)-alpha(2)-beta(2)-alpha(5)-beta structure, but only the N-terminal domain of MPP beta chain binds the catalytic metal
  6. 615466Protein Cytochrome bc1 core subunit 2 [63409] (3 species)

Species:

  1. 615467Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [64305] (4 PDB entries)
    1. Domains for 1ezv:
      1. 615470Domain d1ezvb1: 1ezv B:17-218 [59543]
        Other proteins in same PDB: d1ezva1, d1ezva2, d1ezvc2, d1ezvc3, d1ezvd1, d1ezvd2, d1ezve1, d1ezve2, d1ezvf_, d1ezvg_, d1ezvh_, d1ezvi_, d1ezvx_, d1ezvy_
      2. 615471Domain d1ezvb2: 1ezv B:219-368 [59544]
        Other proteins in same PDB: d1ezva1, d1ezva2, d1ezvc2, d1ezvc3, d1ezvd1, d1ezvd2, d1ezve1, d1ezve2, d1ezvf_, d1ezvg_, d1ezvh_, d1ezvi_, d1ezvx_, d1ezvy_
        complexed with fes, hem, sma, uq6
    2. Domains for 1kb9:
      1. 615468Domain d1kb9b1: 1kb9 B:17-218 [77313]
        Other proteins in same PDB: d1kb9a1, d1kb9a2, d1kb9c1, d1kb9c2, d1kb9d1, d1kb9d2, d1kb9e1, d1kb9e2, d1kb9f_, d1kb9g_, d1kb9h_, d1kb9i_, d1kb9j_, d1kb9k_
      2. 615469Domain d1kb9b2: 1kb9 B:219-368 [77314]
        Other proteins in same PDB: d1kb9a1, d1kb9a2, d1kb9c1, d1kb9c2, d1kb9d1, d1kb9d2, d1kb9e1, d1kb9e2, d1kb9f_, d1kb9g_, d1kb9h_, d1kb9i_, d1kb9j_, d1kb9k_
        complexed with cdl, fes, hem, pcf, pef, pie, sma, umq, uq6
    3. Domains for 1kyo:
      1. 615474Domain d1kyob1: 1kyo B:17-218 [73251]
        Other proteins in same PDB: d1kyoa1, d1kyoa2, d1kyoc2, d1kyoc3, d1kyod1, d1kyod2, d1kyoe1, d1kyoe2, d1kyof_, d1kyog_, d1kyoh_, d1kyoi_, d1kyoj_, d1kyok_, d1kyol1, d1kyol2, d1kyon2, d1kyon3, d1kyoo1, d1kyoo2, d1kyop1, d1kyop2, d1kyoq_, d1kyor_, d1kyos_, d1kyot_, d1kyou_, d1kyov_, d1kyow_
      2. 615475Domain d1kyob2: 1kyo B:219-368 [73252]
        Other proteins in same PDB: d1kyoa1, d1kyoa2, d1kyoc2, d1kyoc3, d1kyod1, d1kyod2, d1kyoe1, d1kyoe2, d1kyof_, d1kyog_, d1kyoh_, d1kyoi_, d1kyoj_, d1kyok_, d1kyol1, d1kyol2, d1kyon2, d1kyon3, d1kyoo1, d1kyoo2, d1kyop1, d1kyop2, d1kyoq_, d1kyor_, d1kyos_, d1kyot_, d1kyou_, d1kyov_, d1kyow_
      3. 615476Domain d1kyom1: 1kyo M:17-218 [73266]
        Other proteins in same PDB: d1kyoa1, d1kyoa2, d1kyoc2, d1kyoc3, d1kyod1, d1kyod2, d1kyoe1, d1kyoe2, d1kyof_, d1kyog_, d1kyoh_, d1kyoi_, d1kyoj_, d1kyok_, d1kyol1, d1kyol2, d1kyon2, d1kyon3, d1kyoo1, d1kyoo2, d1kyop1, d1kyop2, d1kyoq_, d1kyor_, d1kyos_, d1kyot_, d1kyou_, d1kyov_, d1kyow_
      4. 615477Domain d1kyom2: 1kyo M:219-368 [73267]
        Other proteins in same PDB: d1kyoa1, d1kyoa2, d1kyoc2, d1kyoc3, d1kyod1, d1kyod2, d1kyoe1, d1kyoe2, d1kyof_, d1kyog_, d1kyoh_, d1kyoi_, d1kyoj_, d1kyok_, d1kyol1, d1kyol2, d1kyon2, d1kyon3, d1kyoo1, d1kyoo2, d1kyop1, d1kyop2, d1kyoq_, d1kyor_, d1kyos_, d1kyot_, d1kyou_, d1kyov_, d1kyow_
        complexed with fes, hem, m3l, sma
    4. Domains for 1p84:
      1. 615472Domain d1p84b1: 1p84 B:17-218 [87852]
        Other proteins in same PDB: d1p84a1, d1p84a2, d1p84c1, d1p84c2, d1p84d1, d1p84d2, d1p84e1, d1p84e2, d1p84f_, d1p84g_, d1p84h_, d1p84i_, d1p84j_, d1p84k_
      2. 615473Domain d1p84b2: 1p84 B:219-368 [87853]
        Other proteins in same PDB: d1p84a1, d1p84a2, d1p84c1, d1p84c2, d1p84d1, d1p84d2, d1p84e1, d1p84e2, d1p84f_, d1p84g_, d1p84h_, d1p84i_, d1p84j_, d1p84k_
        complexed with 3pe, 3ph, cdl, dbt, fes, hem, pc1, umq, uq6
  2. 615478Chicken (Gallus gallus) [TaxId:9031] [56001] (3 PDB entries)
    1. Domains for 1bcc:
      1. 615479Domain d1bccb1: 1bcc B:18-235 [58948]
        Other proteins in same PDB: d1bcca1, d1bcca2, d1bccc2, d1bccc3, d1bccd2, d1bccd3, d1bcce1, d1bcce2, d1bccf_, d1bccg_, d1bcch_, d1bccj_
      2. 615480Domain d1bccb2: 1bcc B:236-439 [58949]
        Other proteins in same PDB: d1bcca1, d1bcca2, d1bccc2, d1bccc3, d1bccd2, d1bccd3, d1bcce1, d1bcce2, d1bccf_, d1bccg_, d1bcch_, d1bccj_
        complexed with bog, fes, hem, pee, u10
    2. Domains for 2bcc:
      1. 615481Domain d2bccb1: 2bcc B:18-235 [59051]
        Other proteins in same PDB: d2bcca1, d2bcca2, d2bccc2, d2bccc3, d2bccd2, d2bccd3, d2bcce1, d2bcce2, d2bccf_, d2bccg_, d2bcch_, d2bccj_
      2. 615482Domain d2bccb2: 2bcc B:236-439 [59052]
        Other proteins in same PDB: d2bcca1, d2bcca2, d2bccc2, d2bccc3, d2bccd2, d2bccd3, d2bcce1, d2bcce2, d2bccf_, d2bccg_, d2bcch_, d2bccj_
        complexed with bog, fes, hem, pee, sig, u10
    3. Domains for 3bcc:
      1. 615483Domain d3bccb1: 3bcc B:18-235 [59058]
        Other proteins in same PDB: d3bcca1, d3bcca2, d3bccc2, d3bccc3, d3bccd2, d3bccd3, d3bcce1, d3bcce2, d3bccf_, d3bccg_, d3bcch_, d3bccj_
      2. 615484Domain d3bccb2: 3bcc B:236-439 [59059]
        Other proteins in same PDB: d3bcca1, d3bcca2, d3bccc2, d3bccc3, d3bccd2, d3bccd3, d3bcce1, d3bcce2, d3bccf_, d3bccg_, d3bcch_, d3bccj_
        complexed with amy, fes, hem, sig
  3. 615485Cow (Bos taurus) [TaxId:9913] [56000] (12 PDB entries)
    1. Domains for 1be3:
      1. 615508Domain d1be3b1: 1be3 B:21-235 [58952]
        Other proteins in same PDB: d1be3a1, d1be3a2, d1be3c2, d1be3c3, d1be3d2, d1be3d3, d1be3e1, d1be3e2, d1be3f_, d1be3g_, d1be3h_, d1be3j_, d1be3k_
      2. 615509Domain d1be3b2: 1be3 B:236-439 [58953]
        Other proteins in same PDB: d1be3a1, d1be3a2, d1be3c2, d1be3c3, d1be3d2, d1be3d3, d1be3e1, d1be3e2, d1be3f_, d1be3g_, d1be3h_, d1be3j_, d1be3k_
        complexed with fes, hec, hem
    2. Domains for 1bgy:
      1. 615510Domain d1bgyb1: 1bgy B:21-235 [58956]
        Other proteins in same PDB: d1bgya1, d1bgya2, d1bgyc2, d1bgyc3, d1bgyd2, d1bgyd3, d1bgye_, d1bgyf_, d1bgyg_, d1bgyh_, d1bgyj_, d1bgyk_, d1bgym1, d1bgym2, d1bgyo2, d1bgyo3, d1bgyp2, d1bgyp3, d1bgyq1, d1bgyq2, d1bgyr_, d1bgys_, d1bgyt_, d1bgyv_, d1bgyw_
      2. 615511Domain d1bgyb2: 1bgy B:236-439 [58957]
        Other proteins in same PDB: d1bgya1, d1bgya2, d1bgyc2, d1bgyc3, d1bgyd2, d1bgyd3, d1bgye_, d1bgyf_, d1bgyg_, d1bgyh_, d1bgyj_, d1bgyk_, d1bgym1, d1bgym2, d1bgyo2, d1bgyo3, d1bgyp2, d1bgyp3, d1bgyq1, d1bgyq2, d1bgyr_, d1bgys_, d1bgyt_, d1bgyv_, d1bgyw_
      3. 615512Domain d1bgyn1: 1bgy N:21-235 [58960]
        Other proteins in same PDB: d1bgya1, d1bgya2, d1bgyc2, d1bgyc3, d1bgyd2, d1bgyd3, d1bgye_, d1bgyf_, d1bgyg_, d1bgyh_, d1bgyj_, d1bgyk_, d1bgym1, d1bgym2, d1bgyo2, d1bgyo3, d1bgyp2, d1bgyp3, d1bgyq1, d1bgyq2, d1bgyr_, d1bgys_, d1bgyt_, d1bgyv_, d1bgyw_
      4. 615513Domain d1bgyn2: 1bgy N:236-439 [58961]
        Other proteins in same PDB: d1bgya1, d1bgya2, d1bgyc2, d1bgyc3, d1bgyd2, d1bgyd3, d1bgye_, d1bgyf_, d1bgyg_, d1bgyh_, d1bgyj_, d1bgyk_, d1bgym1, d1bgym2, d1bgyo2, d1bgyo3, d1bgyp2, d1bgyp3, d1bgyq1, d1bgyq2, d1bgyr_, d1bgys_, d1bgyt_, d1bgyv_, d1bgyw_
        complexed with fes, hec, hem
    3. Domains for 1l0l:
      1. 615496Domain d1l0lb1: 1l0l B:17-235 [84484]
        Other proteins in same PDB: d1l0la1, d1l0la2, d1l0lc1, d1l0lc2, d1l0ld1, d1l0ld2, d1l0le1, d1l0le2, d1l0lf_, d1l0lg_, d1l0lh_, d1l0li_, d1l0lj_, d1l0lk_
      2. 615497Domain d1l0lb2: 1l0l B:236-439 [84485]
        Other proteins in same PDB: d1l0la1, d1l0la2, d1l0lc1, d1l0lc2, d1l0ld1, d1l0ld2, d1l0le1, d1l0le2, d1l0lf_, d1l0lg_, d1l0lh_, d1l0li_, d1l0lj_, d1l0lk_
        complexed with fes, fmx, hem
    4. Domains for 1l0n:
      1. 615502Domain d1l0nb1: 1l0n B:17-235 [84500]
        Other proteins in same PDB: d1l0na1, d1l0na2, d1l0nc1, d1l0nc2, d1l0nd1, d1l0nd2, d1l0ne1, d1l0ne2, d1l0nf_, d1l0ng_, d1l0nh_, d1l0ni_, d1l0nj_, d1l0nk_
      2. 615503Domain d1l0nb2: 1l0n B:236-439 [84501]
        Other proteins in same PDB: d1l0na1, d1l0na2, d1l0nc1, d1l0nc2, d1l0nd1, d1l0nd2, d1l0ne1, d1l0ne2, d1l0nf_, d1l0ng_, d1l0nh_, d1l0ni_, d1l0nj_, d1l0nk_
        complexed with fes, hem
    5. Domains for 1ntk:
      1. 615500Domain d1ntkb1: 1ntk B:17-235 [92107]
        Other proteins in same PDB: d1ntka1, d1ntka2, d1ntkc1, d1ntkc2, d1ntkd1, d1ntkd2, d1ntke1, d1ntke2, d1ntkf_, d1ntkg_, d1ntkh_, d1ntki_, d1ntkj_, d1ntkk_
      2. 615501Domain d1ntkb2: 1ntk B:236-439 [92108]
        Other proteins in same PDB: d1ntka1, d1ntka2, d1ntkc1, d1ntkc2, d1ntkd1, d1ntkd2, d1ntke1, d1ntke2, d1ntkf_, d1ntkg_, d1ntkh_, d1ntki_, d1ntkj_, d1ntkk_
        complexed with ay1, fes, hem
    6. Domains for 1ntm:
      1. 615494Domain d1ntmb1: 1ntm B:17-235 [92123]
        Other proteins in same PDB: d1ntma1, d1ntma2, d1ntmc1, d1ntmc2, d1ntmd1, d1ntmd2, d1ntme1, d1ntme2, d1ntmf_, d1ntmg_, d1ntmh_, d1ntmi_, d1ntmj_, d1ntmk_
      2. 615495Domain d1ntmb2: 1ntm B:236-439 [92124]
        Other proteins in same PDB: d1ntma1, d1ntma2, d1ntmc1, d1ntmc2, d1ntmd1, d1ntmd2, d1ntme1, d1ntme2, d1ntmf_, d1ntmg_, d1ntmh_, d1ntmi_, d1ntmj_, d1ntmk_
        complexed with fes, hem
    7. Domains for 1ntz:
      1. 615498Domain d1ntzb1: 1ntz B:17-235 [92151]
        Other proteins in same PDB: d1ntza1, d1ntza2, d1ntzc1, d1ntzc2, d1ntzd1, d1ntzd2, d1ntze1, d1ntze2, d1ntzf_, d1ntzg_, d1ntzh_, d1ntzi_, d1ntzj_, d1ntzk_
      2. 615499Domain d1ntzb2: 1ntz B:236-439 [92152]
        Other proteins in same PDB: d1ntza1, d1ntza2, d1ntzc1, d1ntzc2, d1ntzd1, d1ntzd2, d1ntze1, d1ntze2, d1ntzf_, d1ntzg_, d1ntzh_, d1ntzi_, d1ntzj_, d1ntzk_
        complexed with fes, hem, uq2
    8. Domains for 1nu1:
      1. 615506Domain d1nu1b1: 1nu1 B:17-235 [92169]
        Other proteins in same PDB: d1nu1a1, d1nu1a2, d1nu1c1, d1nu1c2, d1nu1d1, d1nu1d2, d1nu1e1, d1nu1e2, d1nu1f_, d1nu1g_, d1nu1h_, d1nu1i_, d1nu1j_, d1nu1k_
      2. 615507Domain d1nu1b2: 1nu1 B:236-439 [92170]
        Other proteins in same PDB: d1nu1a1, d1nu1a2, d1nu1c1, d1nu1c2, d1nu1d1, d1nu1d2, d1nu1e1, d1nu1e2, d1nu1f_, d1nu1g_, d1nu1h_, d1nu1i_, d1nu1j_, d1nu1k_
        complexed with fes, hem, qno
    9. Domains for 1pp9:
      1. 615490Domain d1pp9b1: 1pp9 B:17-235 [104224]
        Other proteins in same PDB: d1pp9a1, d1pp9a2, d1pp9c1, d1pp9c2, d1pp9d1, d1pp9d2, d1pp9e1, d1pp9e2, d1pp9f_, d1pp9g_, d1pp9h_, d1pp9i_, d1pp9j_, d1pp9n1, d1pp9n2, d1pp9p1, d1pp9p2, d1pp9q1, d1pp9q2, d1pp9r1, d1pp9r2, d1pp9s_, d1pp9t_, d1pp9u_, d1pp9v_, d1pp9w_
      2. 615491Domain d1pp9b2: 1pp9 B:236-439 [104225]
        Other proteins in same PDB: d1pp9a1, d1pp9a2, d1pp9c1, d1pp9c2, d1pp9d1, d1pp9d2, d1pp9e1, d1pp9e2, d1pp9f_, d1pp9g_, d1pp9h_, d1pp9i_, d1pp9j_, d1pp9n1, d1pp9n2, d1pp9p1, d1pp9p2, d1pp9q1, d1pp9q2, d1pp9r1, d1pp9r2, d1pp9s_, d1pp9t_, d1pp9u_, d1pp9v_, d1pp9w_
      3. 615492Domain d1pp9o1: 1pp9 O:17-235 [104239]
        Other proteins in same PDB: d1pp9a1, d1pp9a2, d1pp9c1, d1pp9c2, d1pp9d1, d1pp9d2, d1pp9e1, d1pp9e2, d1pp9f_, d1pp9g_, d1pp9h_, d1pp9i_, d1pp9j_, d1pp9n1, d1pp9n2, d1pp9p1, d1pp9p2, d1pp9q1, d1pp9q2, d1pp9r1, d1pp9r2, d1pp9s_, d1pp9t_, d1pp9u_, d1pp9v_, d1pp9w_
      4. 615493Domain d1pp9o2: 1pp9 O:236-439 [104240]
        Other proteins in same PDB: d1pp9a1, d1pp9a2, d1pp9c1, d1pp9c2, d1pp9d1, d1pp9d2, d1pp9e1, d1pp9e2, d1pp9f_, d1pp9g_, d1pp9h_, d1pp9i_, d1pp9j_, d1pp9n1, d1pp9n2, d1pp9p1, d1pp9p2, d1pp9q1, d1pp9q2, d1pp9r1, d1pp9r2, d1pp9s_, d1pp9t_, d1pp9u_, d1pp9v_, d1pp9w_
        complexed with azi, bhg, cdl, fes, gol, hec, hem, pee, po4, sma, uq
    10. Domains for 1ppj:
      1. 615486Domain d1ppjb1: 1ppj B:17-235 [104254]
        Other proteins in same PDB: d1ppja1, d1ppja2, d1ppjc1, d1ppjc2, d1ppjd1, d1ppjd2, d1ppje1, d1ppje2, d1ppjf_, d1ppjg_, d1ppjh_, d1ppji_, d1ppjj_, d1ppjn1, d1ppjn2, d1ppjp1, d1ppjp2, d1ppjq1, d1ppjq2, d1ppjr1, d1ppjr2, d1ppjs_, d1ppjt_, d1ppju_, d1ppjv_, d1ppjw_
      2. 615487Domain d1ppjb2: 1ppj B:236-439 [104255]
        Other proteins in same PDB: d1ppja1, d1ppja2, d1ppjc1, d1ppjc2, d1ppjd1, d1ppjd2, d1ppje1, d1ppje2, d1ppjf_, d1ppjg_, d1ppjh_, d1ppji_, d1ppjj_, d1ppjn1, d1ppjn2, d1ppjp1, d1ppjp2, d1ppjq1, d1ppjq2, d1ppjr1, d1ppjr2, d1ppjs_, d1ppjt_, d1ppju_, d1ppjv_, d1ppjw_
      3. 615488Domain d1ppjo1: 1ppj O:17-235 [104269]
        Other proteins in same PDB: d1ppja1, d1ppja2, d1ppjc1, d1ppjc2, d1ppjd1, d1ppjd2, d1ppje1, d1ppje2, d1ppjf_, d1ppjg_, d1ppjh_, d1ppji_, d1ppjj_, d1ppjn1, d1ppjn2, d1ppjp1, d1ppjp2, d1ppjq1, d1ppjq2, d1ppjr1, d1ppjr2, d1ppjs_, d1ppjt_, d1ppju_, d1ppjv_, d1ppjw_
      4. 615489Domain d1ppjo2: 1ppj O:236-439 [104270]
        Other proteins in same PDB: d1ppja1, d1ppja2, d1ppjc1, d1ppjc2, d1ppjd1, d1ppjd2, d1ppje1, d1ppje2, d1ppjf_, d1ppjg_, d1ppjh_, d1ppji_, d1ppjj_, d1ppjn1, d1ppjn2, d1ppjp1, d1ppjp2, d1ppjq1, d1ppjq2, d1ppjr1, d1ppjr2, d1ppjs_, d1ppjt_, d1ppju_, d1ppjv_, d1ppjw_
        complexed with any, azi, bhg, cdl, fes, gol, hec, hem, pee, po4, sma
    11. Domains for 1qcr:
      1. 615514Domain d1qcrb1: 1qcr B:17-235 [59027]
        Other proteins in same PDB: d1qcra1, d1qcra2, d1qcrc2, d1qcrc3, d1qcrd2, d1qcrd3, d1qcre1, d1qcre2, d1qcrf_, d1qcrg_, d1qcrh_, d1qcrj_, d1qcrk_
      2. 615515Domain d1qcrb2: 1qcr B:236-439 [59028]
        Other proteins in same PDB: d1qcra1, d1qcra2, d1qcrc2, d1qcrc3, d1qcrd2, d1qcrd3, d1qcre1, d1qcre2, d1qcrf_, d1qcrg_, d1qcrh_, d1qcrj_, d1qcrk_
        complexed with hem
    12. Domains for 1sqb:
      1. 615504Domain d1sqbb1: 1sqb B:17-235 [105892]
        Other proteins in same PDB: d1sqba1, d1sqba2, d1sqbc1, d1sqbc2, d1sqbd1, d1sqbd2, d1sqbe1, d1sqbe2, d1sqbf_, d1sqbg_, d1sqbh_, d1sqbi_, d1sqbj_, d1sqbk_
      2. 615505Domain d1sqbb2: 1sqb B:236-439 [105893]
        Other proteins in same PDB: d1sqba1, d1sqba2, d1sqbc1, d1sqbc2, d1sqbd1, d1sqbd2, d1sqbe1, d1sqbe2, d1sqbf_, d1sqbg_, d1sqbh_, d1sqbi_, d1sqbj_, d1sqbk_
        complexed with azo, fes, hem

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Timeline for Protein Cytochrome bc1 core subunit 2 from d.185.1.1: MPP-like: