Lineage for Protein: RBP9 subunit of RNA polymerase II

  1. Root: SCOPe 2.06
  2. 2256768Class g: Small proteins [56992] (94 folds)
  3. 2262912Fold g.41: Rubredoxin-like [57769] (17 superfamilies)
    metal(zinc or iron)-bound fold; sequence contains two CX(n)C motifs, in most cases n = 2
  4. 2262985Superfamily g.41.3: Zinc beta-ribbon [57783] (5 families) (S)
  5. 2262986Family g.41.3.1: Transcriptional factor domain [57784] (5 proteins)
  6. 2262987Protein RBP9 subunit of RNA polymerase II [57787] (3 species)
    contains two differently decorated domains of this fold

Species:

  1. 2262988Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [64575] (24 PDB entries)
    Uniprot P27999; part of multichain biological unit
    1. Domains for 1i3q:
      1. 2262995Domain d1i3qi1: 1i3q I:1-49 [61615]
        Other proteins in same PDB: d1i3qa_, d1i3qb_, d1i3qc1, d1i3qc2, d1i3qe1, d1i3qe2, d1i3qf_, d1i3qh_, d1i3qj_, d1i3qk_, d1i3ql_
        protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      2. 2262996Domain d1i3qi2: 1i3q I:50-122 [61616]
        Other proteins in same PDB: d1i3qa_, d1i3qb_, d1i3qc1, d1i3qc2, d1i3qe1, d1i3qe2, d1i3qf_, d1i3qh_, d1i3qj_, d1i3qk_, d1i3ql_
        protein/RNA complex; complexed with mg, zn
    2. Domains for 1i50:
      1. 2262991Domain d1i50i1: 1i50 I:1-49 [61762]
        Other proteins in same PDB: d1i50a_, d1i50b_, d1i50c1, d1i50c2, d1i50e1, d1i50e2, d1i50f_, d1i50h_, d1i50j_, d1i50k_, d1i50l_
        protein/RNA complex; complexed with mn, zn
      2. 2262992Domain d1i50i2: 1i50 I:50-122 [61763]
        Other proteins in same PDB: d1i50a_, d1i50b_, d1i50c1, d1i50c2, d1i50e1, d1i50e2, d1i50f_, d1i50h_, d1i50j_, d1i50k_, d1i50l_
        protein/RNA complex; complexed with mn, zn
    3. Domains for 1i6h:
      1. 2263003Domain d1i6hi1: 1i6h I:2-49 [61839]
        Other proteins in same PDB: d1i6ha_, d1i6hb_, d1i6hc1, d1i6hc2, d1i6he1, d1i6he2, d1i6hf_, d1i6hh_, d1i6hj_, d1i6hk_, d1i6hl_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      2. 2263004Domain d1i6hi2: 1i6h I:50-120 [61840]
        Other proteins in same PDB: d1i6ha_, d1i6hb_, d1i6hc1, d1i6hc2, d1i6he1, d1i6he2, d1i6hf_, d1i6hh_, d1i6hj_, d1i6hk_, d1i6hl_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
    4. Domains for 1k83:
      1. 2262993Domain d1k83i1: 1k83 I:1-49 [68283]
        Other proteins in same PDB: d1k83a_, d1k83b_, d1k83c1, d1k83c2, d1k83e1, d1k83e2, d1k83f_, d1k83h_, d1k83j_, d1k83k_, d1k83l_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mn, zn
      2. 2262994Domain d1k83i2: 1k83 I:50-122 [68284]
        Other proteins in same PDB: d1k83a_, d1k83b_, d1k83c1, d1k83c2, d1k83e1, d1k83e2, d1k83f_, d1k83h_, d1k83j_, d1k83k_, d1k83l_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mn, zn
    5. Domains for 1twa:
      1. 2262999Domain d1twai1: 1twa I:1-49 [112704]
        Other proteins in same PDB: d1twaa_, d1twab_, d1twac1, d1twac2, d1twae1, d1twae2, d1twaf_, d1twah_, d1twaj_, d1twak_, d1twal_
        protein/RNA complex; complexed with atp, mn, zn
      2. 2263000Domain d1twai2: 1twa I:50-121 [112705]
        Other proteins in same PDB: d1twaa_, d1twab_, d1twac1, d1twac2, d1twae1, d1twae2, d1twaf_, d1twah_, d1twaj_, d1twak_, d1twal_
        protein/RNA complex; complexed with atp, mn, zn
    6. Domains for 1twc:
      1. 2262997Domain d1twci1: 1twc I:1-49 [112719]
        Other proteins in same PDB: d1twca_, d1twcb_, d1twcc1, d1twcc2, d1twce1, d1twce2, d1twcf_, d1twch_, d1twcj_, d1twck_, d1twcl_
        protein/RNA complex; complexed with gtp, mn, zn
      2. 2262998Domain d1twci2: 1twc I:50-121 [112720]
        Other proteins in same PDB: d1twca_, d1twcb_, d1twcc1, d1twcc2, d1twce1, d1twce2, d1twcf_, d1twch_, d1twcj_, d1twck_, d1twcl_
        protein/RNA complex; complexed with gtp, mn, zn
    7. Domains for 1twf:
      1. 2262989Domain d1twfi1: 1twf I:1-49 [112733]
        Other proteins in same PDB: d1twfa_, d1twfb_, d1twfc1, d1twfc2, d1twfe1, d1twfe2, d1twff_, d1twfh_, d1twfj_, d1twfk_, d1twfl_
        protein/RNA complex; complexed with mn, utp, zn
      2. 2262990Domain d1twfi2: 1twf I:50-121 [112734]
        Other proteins in same PDB: d1twfa_, d1twfb_, d1twfc1, d1twfc2, d1twfe1, d1twfe2, d1twff_, d1twfh_, d1twfj_, d1twfk_, d1twfl_
        protein/RNA complex; complexed with mn, utp, zn
    8. Domains for 1twg:
      1. 2263007Domain d1twgi1: 1twg I:1-49 [112746]
        Other proteins in same PDB: d1twga_, d1twgb_, d1twgc1, d1twgc2, d1twge1, d1twge2, d1twgf_, d1twgh_, d1twgj_, d1twgk_, d1twgl_
        protein/RNA complex; complexed with ctp, mn, zn
      2. 2263008Domain d1twgi2: 1twg I:50-121 [112747]
        Other proteins in same PDB: d1twga_, d1twgb_, d1twgc1, d1twgc2, d1twge1, d1twge2, d1twgf_, d1twgh_, d1twgj_, d1twgk_, d1twgl_
        protein/RNA complex; complexed with ctp, mn, zn
    9. Domains for 1twh:
      1. 2263001Domain d1twhi1: 1twh I:1-49 [112759]
        Other proteins in same PDB: d1twha_, d1twhb_, d1twhc1, d1twhc2, d1twhe1, d1twhe2, d1twhf_, d1twhh_, d1twhj_, d1twhk_, d1twhl_
        protein/RNA complex; complexed with atp, mn, zn
      2. 2263002Domain d1twhi2: 1twh I:50-121 [112760]
        Other proteins in same PDB: d1twha_, d1twhb_, d1twhc1, d1twhc2, d1twhe1, d1twhe2, d1twhf_, d1twhh_, d1twhj_, d1twhk_, d1twhl_
        protein/RNA complex; complexed with atp, mn, zn
    10. Domains for 2b63:
      1. 2263019Domain d2b63i1: 2b63 I:2-49 [127927]
        Other proteins in same PDB: d2b63a1, d2b63b1, d2b63c1, d2b63c2, d2b63d1, d2b63e1, d2b63e2, d2b63f1, d2b63g1, d2b63h1, d2b63j1, d2b63k1, d2b63l1
        automatically matched to d1i3qi1
        protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      2. 2263020Domain d2b63i2: 2b63 I:50-120 [127928]
        Other proteins in same PDB: d2b63a1, d2b63b1, d2b63c1, d2b63c2, d2b63d1, d2b63e1, d2b63e2, d2b63f1, d2b63g1, d2b63h1, d2b63j1, d2b63k1, d2b63l1
        automatically matched to d1i3qi2
        protein/RNA complex; complexed with mg, zn
    11. Domains for 2b8k:
      1. 2263037Domain d2b8ki1: 2b8k I:2-49 [128087]
        Other proteins in same PDB: d2b8ka1, d2b8kb1, d2b8kc1, d2b8kc2, d2b8kd1, d2b8ke1, d2b8ke2, d2b8kf1, d2b8kg1, d2b8kg2, d2b8kh1, d2b8kj1, d2b8kk1, d2b8kl1
        automatically matched to d1i3qi1
        complexed with zn
      2. 2263038Domain d2b8ki2: 2b8k I:50-120 [128088]
        Other proteins in same PDB: d2b8ka1, d2b8kb1, d2b8kc1, d2b8kc2, d2b8kd1, d2b8ke1, d2b8ke2, d2b8kf1, d2b8kg1, d2b8kg2, d2b8kh1, d2b8kj1, d2b8kk1, d2b8kl1
        automatically matched to d1i3qi2
        complexed with zn
    12. Domains for 2e2h:
      1. 2263033Domain d2e2hi1: 2e2h I:2-49 [131989]
        Other proteins in same PDB: d2e2ha1, d2e2hb1, d2e2hc1, d2e2hc2, d2e2he1, d2e2he2, d2e2hf1, d2e2hh1, d2e2hj1, d2e2hk1, d2e2hl1
        automatically matched to d1i3qi1
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with gtp, mg, zn
      2. 2263034Domain d2e2hi2: 2e2h I:50-120 [131990]
        Other proteins in same PDB: d2e2ha1, d2e2hb1, d2e2hc1, d2e2hc2, d2e2he1, d2e2he2, d2e2hf1, d2e2hh1, d2e2hj1, d2e2hk1, d2e2hl1
        automatically matched to d1i3qi2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with gtp, mg, zn
    13. Domains for 2e2i:
      1. 2263011Domain d2e2ii1: 2e2i I:2-49 [132002]
        Other proteins in same PDB: d2e2ia1, d2e2ib1, d2e2ic1, d2e2ic2, d2e2ie1, d2e2ie2, d2e2if1, d2e2ih1, d2e2ij1, d2e2ik1, d2e2il1
        automatically matched to d1i3qi1
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with dgt, mg, zn
      2. 2263012Domain d2e2ii2: 2e2i I:50-120 [132003]
        Other proteins in same PDB: d2e2ia1, d2e2ib1, d2e2ic1, d2e2ic2, d2e2ie1, d2e2ie2, d2e2if1, d2e2ih1, d2e2ij1, d2e2ik1, d2e2il1
        automatically matched to d1i3qi2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with dgt, mg, zn
    14. Domains for 2e2j:
      1. 2263015Domain d2e2ji1: 2e2j I:2-49 [132015]
        Other proteins in same PDB: d2e2ja1, d2e2jb1, d2e2jc1, d2e2jc2, d2e2je1, d2e2je2, d2e2jf1, d2e2jh1, d2e2jj1, d2e2jk1, d2e2jl1
        automatically matched to d1i3qi1
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with g2p, mg, zn
      2. 2263016Domain d2e2ji2: 2e2j I:50-120 [132016]
        Other proteins in same PDB: d2e2ja1, d2e2jb1, d2e2jc1, d2e2jc2, d2e2je1, d2e2je2, d2e2jf1, d2e2jh1, d2e2jj1, d2e2jk1, d2e2jl1
        automatically matched to d1i3qi2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with g2p, mg, zn
    15. Domains for 2ja5:
      1. 2263023Domain d2ja5i1: 2ja5 I:2-49 [138169]
        Other proteins in same PDB: d2ja5a1, d2ja5b1, d2ja5c1, d2ja5c2, d2ja5d1, d2ja5e1, d2ja5e2, d2ja5f1, d2ja5g1, d2ja5g2, d2ja5h1, d2ja5j1, d2ja5k1, d2ja5l1
        automatically matched to d1i3qi1
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      2. 2263024Domain d2ja5i2: 2ja5 I:50-117 [138170]
        Other proteins in same PDB: d2ja5a1, d2ja5b1, d2ja5c1, d2ja5c2, d2ja5d1, d2ja5e1, d2ja5e2, d2ja5f1, d2ja5g1, d2ja5g2, d2ja5h1, d2ja5j1, d2ja5k1, d2ja5l1
        automatically matched to d1i3qi2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
    16. Domains for 2ja6:
      1. 2263031Domain d2ja6i1: 2ja6 I:2-49 [138185]
        Other proteins in same PDB: d2ja6a1, d2ja6b1, d2ja6c1, d2ja6c2, d2ja6d1, d2ja6e1, d2ja6e2, d2ja6f1, d2ja6g1, d2ja6g2, d2ja6h1, d2ja6j1, d2ja6k1, d2ja6l1
        automatically matched to d1i3qi1
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      2. 2263032Domain d2ja6i2: 2ja6 I:50-117 [138186]
        Other proteins in same PDB: d2ja6a1, d2ja6b1, d2ja6c1, d2ja6c2, d2ja6d1, d2ja6e1, d2ja6e2, d2ja6f1, d2ja6g1, d2ja6g2, d2ja6h1, d2ja6j1, d2ja6k1, d2ja6l1
        automatically matched to d1i3qi2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
    17. Domains for 2ja7:
      1. 2263025Domain d2ja7i1: 2ja7 I:2-49 [138201]
        Other proteins in same PDB: d2ja7a1, d2ja7b1, d2ja7c1, d2ja7c2, d2ja7d1, d2ja7e1, d2ja7e2, d2ja7f1, d2ja7g1, d2ja7g2, d2ja7h1, d2ja7j1, d2ja7k1, d2ja7l1, d2ja7m1, d2ja7n1, d2ja7o1, d2ja7o2, d2ja7p1, d2ja7q1, d2ja7q2, d2ja7r1, d2ja7s1, d2ja7s2, d2ja7t1, d2ja7v1, d2ja7w1, d2ja7x1
        automatically matched to d1i3qi1
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      2. 2263026Domain d2ja7i2: 2ja7 I:50-117 [138202]
        Other proteins in same PDB: d2ja7a1, d2ja7b1, d2ja7c1, d2ja7c2, d2ja7d1, d2ja7e1, d2ja7e2, d2ja7f1, d2ja7g1, d2ja7g2, d2ja7h1, d2ja7j1, d2ja7k1, d2ja7l1, d2ja7m1, d2ja7n1, d2ja7o1, d2ja7o2, d2ja7p1, d2ja7q1, d2ja7q2, d2ja7r1, d2ja7s1, d2ja7s2, d2ja7t1, d2ja7v1, d2ja7w1, d2ja7x1
        automatically matched to d1i3qi2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      3. 2263027Domain d2ja7u1: 2ja7 U:2-49 [138217]
        Other proteins in same PDB: d2ja7a1, d2ja7b1, d2ja7c1, d2ja7c2, d2ja7d1, d2ja7e1, d2ja7e2, d2ja7f1, d2ja7g1, d2ja7g2, d2ja7h1, d2ja7j1, d2ja7k1, d2ja7l1, d2ja7m1, d2ja7n1, d2ja7o1, d2ja7o2, d2ja7p1, d2ja7q1, d2ja7q2, d2ja7r1, d2ja7s1, d2ja7s2, d2ja7t1, d2ja7v1, d2ja7w1, d2ja7x1
        automatically matched to d1i3qi1
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      4. 2263028Domain d2ja7u2: 2ja7 U:50-117 [138218]
        Other proteins in same PDB: d2ja7a1, d2ja7b1, d2ja7c1, d2ja7c2, d2ja7d1, d2ja7e1, d2ja7e2, d2ja7f1, d2ja7g1, d2ja7g2, d2ja7h1, d2ja7j1, d2ja7k1, d2ja7l1, d2ja7m1, d2ja7n1, d2ja7o1, d2ja7o2, d2ja7p1, d2ja7q1, d2ja7q2, d2ja7r1, d2ja7s1, d2ja7s2, d2ja7t1, d2ja7v1, d2ja7w1, d2ja7x1
        automatically matched to d1i3qi2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
    18. Domains for 2ja8:
      1. 2263029Domain d2ja8i1: 2ja8 I:2-49 [138233]
        Other proteins in same PDB: d2ja8a1, d2ja8b1, d2ja8c1, d2ja8c2, d2ja8d1, d2ja8e1, d2ja8e2, d2ja8f1, d2ja8g1, d2ja8g2, d2ja8h1, d2ja8j1, d2ja8k1, d2ja8l1
        automatically matched to d1i3qi1
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      2. 2263030Domain d2ja8i2: 2ja8 I:50-117 [138234]
        Other proteins in same PDB: d2ja8a1, d2ja8b1, d2ja8c1, d2ja8c2, d2ja8d1, d2ja8e1, d2ja8e2, d2ja8f1, d2ja8g1, d2ja8g2, d2ja8h1, d2ja8j1, d2ja8k1, d2ja8l1
        automatically matched to d1i3qi2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
    19. Domains for 2nvq:
      1. 2263005Domain d2nvqi1: 2nvq I:2-49 [138642]
        Other proteins in same PDB: d2nvqa_, d2nvqb_, d2nvqc1, d2nvqc2, d2nvqe1, d2nvqe2, d2nvqf_, d2nvqh_, d2nvqj_, d2nvqk_, d2nvql_
        automated match to d1twfi1
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with dut, mg, zn
      2. 2263006Domain d2nvqi2: 2nvq I:50-120 [138643]
        Other proteins in same PDB: d2nvqa_, d2nvqb_, d2nvqc1, d2nvqc2, d2nvqe1, d2nvqe2, d2nvqf_, d2nvqh_, d2nvqj_, d2nvqk_, d2nvql_
        automated match to d1twfi2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with dut, mg, zn
    20. Domains for 2nvt:
      1. 2263013Domain d2nvti1: 2nvt I:2-49 [138655]
        Other proteins in same PDB: d2nvta1, d2nvtb1, d2nvtc1, d2nvtc2, d2nvte1, d2nvte2, d2nvtf1, d2nvth1, d2nvtj1, d2nvtk1, d2nvtl1
        automatically matched to d1i3qi1
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with g2p, mg, zn
      2. 2263014Domain d2nvti2: 2nvt I:50-120 [138656]
        Other proteins in same PDB: d2nvta1, d2nvtb1, d2nvtc1, d2nvtc2, d2nvte1, d2nvte2, d2nvtf1, d2nvth1, d2nvtj1, d2nvtk1, d2nvtl1
        automatically matched to d1i3qi2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with g2p, mg, zn
    21. Domains for 2nvx:
      1. 2263017Domain d2nvxi1: 2nvx I:2-49 [138675]
        Other proteins in same PDB: d2nvxa1, d2nvxb1, d2nvxc1, d2nvxc2, d2nvxe1, d2nvxe2, d2nvxf1, d2nvxh1, d2nvxj1, d2nvxk1, d2nvxl1
        automatically matched to d1i3qi1
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with dut, mg, zn
      2. 2263018Domain d2nvxi2: 2nvx I:50-120 [138676]
        Other proteins in same PDB: d2nvxa1, d2nvxb1, d2nvxc1, d2nvxc2, d2nvxe1, d2nvxe2, d2nvxf1, d2nvxh1, d2nvxj1, d2nvxk1, d2nvxl1
        automatically matched to d1i3qi2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with dut, mg, zn
    22. Domains for 2nvy:
      1. 2263009Domain d2nvyi1: 2nvy I:2-49 [138688]
        Other proteins in same PDB: d2nvya1, d2nvyb1, d2nvyc1, d2nvyc2, d2nvye1, d2nvye2, d2nvyf1, d2nvyh1, d2nvyj1, d2nvyk1, d2nvyl1
        automatically matched to d1i3qi1
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mn, zn
      2. 2263010Domain d2nvyi2: 2nvy I:50-120 [138689]
        Other proteins in same PDB: d2nvya1, d2nvyb1, d2nvyc1, d2nvyc2, d2nvye1, d2nvye2, d2nvyf1, d2nvyh1, d2nvyj1, d2nvyk1, d2nvyl1
        automatically matched to d1i3qi2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mn, zn
    23. Domains for 2nvz:
      1. 2263035Domain d2nvzi1: 2nvz I:2-49 [138701]
        Other proteins in same PDB: d2nvza1, d2nvzb1, d2nvzc1, d2nvzc2, d2nvze1, d2nvze2, d2nvzf1, d2nvzh1, d2nvzj1, d2nvzk1, d2nvzl1
        automatically matched to d1i3qi1
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, utp, zn
      2. 2263036Domain d2nvzi2: 2nvz I:50-120 [138702]
        Other proteins in same PDB: d2nvza1, d2nvzb1, d2nvzc1, d2nvzc2, d2nvze1, d2nvze2, d2nvzf1, d2nvzh1, d2nvzj1, d2nvzk1, d2nvzl1
        automatically matched to d1i3qi2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, utp, zn
    24. Domains for 2yu9:
      1. 2263021Domain d2yu9i1: 2yu9 I:2-49 [140072]
        Other proteins in same PDB: d2yu9a1, d2yu9b1, d2yu9c1, d2yu9c2, d2yu9e1, d2yu9e2, d2yu9f1, d2yu9h1, d2yu9j1, d2yu9k1, d2yu9l1
        automatically matched to d1i3qi1
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, utp, zn
      2. 2263022Domain d2yu9i2: 2yu9 I:50-120 [140073]
        Other proteins in same PDB: d2yu9a1, d2yu9b1, d2yu9c1, d2yu9c2, d2yu9e1, d2yu9e2, d2yu9f1, d2yu9h1, d2yu9j1, d2yu9k1, d2yu9l1
        automatically matched to d1i3qi2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, utp, zn
  2. 2263039Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:559292] [224953] (1 PDB entry)
  3. 2263042Thermococcus celer [TaxId:2264] [57788] (1 PDB entry)

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