Lineage for Protein: Vascular endothelial growth factor, VEGF

  1. Root: SCOPe 2.07
  2. 2581248Class g: Small proteins [56992] (98 folds)
  3. 2584898Fold g.17: Cystine-knot cytokines [57500] (1 superfamily)
    disulfide-rich fold; common core is all-beta
  4. 2584899Superfamily g.17.1: Cystine-knot cytokines [57501] (8 families) (S)
  5. 2584900Family g.17.1.1: Platelet-derived growth factor-like [57502] (4 proteins)
  6. 2584912Protein Vascular endothelial growth factor, VEGF [57505] (3 species)

Species:

  1. 2584913Aspic viper (Vipera aspis aspis) [TaxId:8706] [118255] (1 PDB entry)
    Uniprot P67863 1-100 # svVEGF (toxin); vammin
  2. 2584915Human (Homo sapiens) [TaxId:9606] [57506] (21 PDB entries)
    Uniprot P15692 40-133
    1. Domains for 1bj1:
      1. 2584931Domain d1bj1v_: 1bj1 V: [44763]
        Other proteins in same PDB: d1bj1h1, d1bj1h2, d1bj1j1, d1bj1j2, d1bj1k1, d1bj1k2, d1bj1l1, d1bj1l2
        complexed with so4
      2. 2584932Domain d1bj1w_: 1bj1 W: [44764]
        Other proteins in same PDB: d1bj1h1, d1bj1h2, d1bj1j1, d1bj1j2, d1bj1k1, d1bj1k2, d1bj1l1, d1bj1l2
        complexed with so4
    2. Domains for 1cz8:
      1. 2584943Domain d1cz8v_: 1cz8 V: [44765]
        Other proteins in same PDB: d1cz8h1, d1cz8h2, d1cz8l1, d1cz8l2, d1cz8x1, d1cz8x2, d1cz8y1, d1cz8y2
        complexed with so4
      2. 2584944Domain d1cz8w_: 1cz8 W: [44766]
        Other proteins in same PDB: d1cz8h1, d1cz8h2, d1cz8l1, d1cz8l2, d1cz8x1, d1cz8x2, d1cz8y1, d1cz8y2
        complexed with so4
    3. Domains for 1flt:
      1. 2584916Domain d1fltv_: 1flt V: [44751]
        Other proteins in same PDB: d1fltx_, d1flty_
      2. 2584917Domain d1fltw_: 1flt W: [44752]
        Other proteins in same PDB: d1fltx_, d1flty_
    4. Domains for 1kat:
      1. 2584960Domain d1katv_: 1kat V: [77309]
        complexed with a phage-derived peptide antagonist, chains X and Y
      2. 2584961Domain d1katw_: 1kat W: [77310]
        complexed with a phage-derived peptide antagonist, chains X and Y
    5. Domains for 1mjv:
      1. 2584964Domain d1mjva1: 1mjv A:14-108 [79214]
        Other proteins in same PDB: d1mjva2, d1mjvb2
        disulfide deficient mutant
        mutant
      2. 2584965Domain d1mjvb1: 1mjv B:14-108 [79215]
        Other proteins in same PDB: d1mjva2, d1mjvb2
        disulfide deficient mutant
        mutant
    6. Domains for 1mkg:
      1. 2584966Domain d1mkga_: 1mkg A: [79234]
        disulfide deficient mutant
        mutant
      2. 2584967Domain d1mkgb_: 1mkg B: [79235]
        disulfide deficient mutant
        mutant
      3. 2584968Domain d1mkgc_: 1mkg C: [79236]
        disulfide deficient mutant
        mutant
      4. 2584969Domain d1mkgd_: 1mkg D: [79237]
        disulfide deficient mutant
        mutant
    7. Domains for 1mkk:
      1. 2584962Domain d1mkka_: 1mkk A: [79240]
        Other proteins in same PDB: d1mkkb2
        disulfide deficient mutant
        mutant
      2. 2584963Domain d1mkkb1: 1mkk B:14-106 [79241]
        Other proteins in same PDB: d1mkkb2
        disulfide deficient mutant
        mutant
    8. Domains for 1qty:
      1. 2584945Domain d1qtyr_: 1qty R: [44773]
        Other proteins in same PDB: d1qtyt_, d1qtyu_, d1qtyx_, d1qtyy_
      2. 2584946Domain d1qtys_: 1qty S: [44774]
        Other proteins in same PDB: d1qtyt_, d1qtyu_, d1qtyx_, d1qtyy_
      3. 2584947Domain d1qtyv_: 1qty V: [44771]
        Other proteins in same PDB: d1qtyt_, d1qtyu_, d1qtyx_, d1qtyy_
      4. 2584948Domain d1qtyw_: 1qty W: [44772]
        Other proteins in same PDB: d1qtyt_, d1qtyu_, d1qtyx_, d1qtyy_
    9. Domains for 1tzh:
      1. 2584937Domain d1tzhv_: 1tzh V: [107485]
        Other proteins in same PDB: d1tzha1, d1tzha2, d1tzhb1, d1tzhb2, d1tzhh1, d1tzhh2, d1tzhl1, d1tzhl2
      2. 2584938Domain d1tzhw_: 1tzh W: [107486]
        Other proteins in same PDB: d1tzha1, d1tzha2, d1tzhb1, d1tzhb2, d1tzhh1, d1tzhh2, d1tzhl1, d1tzhl2
    10. Domain for 1tzi:
    11. Domains for 1vpf:
      1. 2584933Domain d1vpfa_: 1vpf A: [44767]
      2. 2584934Domain d1vpfb_: 1vpf B: [44768]
      3. 2584935Domain d1vpfc_: 1vpf C: [44769]
      4. 2584936Domain d1vpfd_: 1vpf D: [44770]
    12. Domains for 1vpp:
      1. 2584918Domain d1vppv_: 1vpp V: [44753]
      2. 2584919Domain d1vppw_: 1vpp W: [44754]
    13. Domains for 2qr0:
      1. 2584952Domain d2qr0c1: 2qr0 C:13-107 [151238]
        Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
        automatically matched to d1katv_
      2. 2584953Domain d2qr0d1: 2qr0 D:13-107 [151239]
        Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
        automatically matched to d1katv_
      3. 2584954Domain d2qr0i1: 2qr0 I:13-107 [151248]
        Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
        automatically matched to d1katv_
      4. 2584955Domain d2qr0j1: 2qr0 J:13-107 [151249]
        Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
        automatically matched to d1katv_
      5. 2584956Domain d2qr0o1: 2qr0 O:13-107 [151258]
        Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
        automatically matched to d1katv_
      6. 2584957Domain d2qr0p1: 2qr0 P:13-107 [151259]
        Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
        automatically matched to d1katv_
      7. 2584958Domain d2qr0u1: 2qr0 U:13-107 [151268]
        Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
        automatically matched to d1katv_
      8. 2584959Domain d2qr0v1: 2qr0 V:13-107 [151269]
        Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
        automatically matched to d1katv_
    14. Domains for 2vpf:
      1. 2584920Domain d2vpfa_: 2vpf A: [44755]
      2. 2584921Domain d2vpfb_: 2vpf B: [44756]
      3. 2584922Domain d2vpfc_: 2vpf C: [44757]
      4. 2584923Domain d2vpfd_: 2vpf D: [44758]
      5. 2584924Domain d2vpfe_: 2vpf E: [44759]
      6. 2584925Domain d2vpff_: 2vpf F: [44760]
      7. 2584926Domain d2vpfg_: 2vpf G: [44761]
      8. 2584927Domain d2vpfh_: 2vpf H: [44762]
    15. Domain for 3bdy:
    16. Domain for 3s1b:
    17. Domain for 4kzn:
    18. Domains for 4qaf:
      1. 2584929Domain d4qafc_: 4qaf C: [272367]
        automated match to d1katv_
        complexed with act, oma, so4
      2. 2584930Domain d4qafd_: 4qaf D: [272368]
        automated match to d1katv_
        complexed with act, oma, so4
    19. Domains for 4zff:
      1. 2584950Domain d4zffc_: 4zff C: [274613]
        Other proteins in same PDB: d4zffb1, d4zffb2, d4zffl1, d4zffl2
        automated match to d1katv_
        complexed with so4
      2. 2584951Domain d4zffd_: 4zff D: [274614]
        Other proteins in same PDB: d4zffb1, d4zffb2, d4zffl1, d4zffl2
        automated match to d1katv_
        complexed with so4
    20. Domains for 5o4e:
      1. 2584939Domain d5o4ee_: 5o4e E: [338614]
        Other proteins in same PDB: d5o4ea1, d5o4ea2, d5o4eb1, d5o4eb2, d5o4ec1, d5o4ec2, d5o4ed1, d5o4ed2
        automated match to d4zffd_
        complexed with bma, cac, fuc, man, mpd, mrd, nag, trs
      2. 2584940Domain d5o4ef_: 5o4e F: [338638]
        Other proteins in same PDB: d5o4ea1, d5o4ea2, d5o4eb1, d5o4eb2, d5o4ec1, d5o4ec2, d5o4ed1, d5o4ed2
        automated match to d4zffd_
        complexed with bma, cac, fuc, man, mpd, mrd, nag, trs
    21. Domains for 6bft:
      1. 3059427Domain d6bftg_: 6bft G: [359489]
        Other proteins in same PDB: d6bftb1, d6bftb2, d6bftl1, d6bftl2
        automated match to d4zffd_
        complexed with mes, so4; mutant
      2. 3059449Domain d6bftc_: 6bft C: [359511]
        Other proteins in same PDB: d6bftb1, d6bftb2, d6bftl1, d6bftl2
        automated match to d4zffd_
        complexed with mes, so4; mutant
  3. 2584970Russell's viper (Daboia russelli russelli) [TaxId:8707] [118256] (1 PDB entry)
    Uniprot P67861 2-95 # svVEGF (toxin); VR-1

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