Lineage for Protein: RNA polymerase alpha subunit

  1. Root: SCOPe 2.02
  2. 1190016Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (376 folds)
  3. 1227977Fold d.181: Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit [56552] (1 superfamily)
    unusual fold; contains a left-handed beta-alpha-beta unit
  4. 1227978Superfamily d.181.1: Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit [56553] (1 family) (S)
  5. 1227979Family d.181.1.1: Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit [56554] (2 proteins)
  6. 1227980Protein RNA polymerase alpha subunit [56555] (3 species)

Species:

  1. 1227981Escherichia coli [TaxId:562] [56556] (1 PDB entry)
  2. 1227986Thermus aquaticus [TaxId:271] [64461] (4 PDB entries)
    1. Domains for 1i6v:
      1. 1227991Domain d1i6va2: 1i6v A:50-172 [61853]
        Other proteins in same PDB: d1i6va1, d1i6vb1, d1i6vc_, d1i6vd_, d1i6ve_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, rfp, zn
      2. 1227992Domain d1i6vb2: 1i6v B:50-172 [61855]
        Other proteins in same PDB: d1i6va1, d1i6vb1, d1i6vc_, d1i6vd_, d1i6ve_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, rfp, zn
    2. Domains for 1ynj:
      1. 1227987Domain d1ynja2: 1ynj A:50-172 [123738]
        Other proteins in same PDB: d1ynja1, d1ynjb1, d1ynjc1, d1ynjd1, d1ynjk1
        automatically matched to d1i6va2
        protein/RNA complex; complexed with srn, zn
      2. 1227988Domain d1ynjb2: 1ynj B:50-172 [123740]
        Other proteins in same PDB: d1ynja1, d1ynjb1, d1ynjc1, d1ynjd1, d1ynjk1
        automatically matched to d1i6va2
        protein/RNA complex; complexed with srn, zn
    3. Domains for 1ynn:
      1. 1227989Domain d1ynna2: 1ynn A:50-172 [123743]
        Other proteins in same PDB: d1ynna1, d1ynnb1, d1ynnc1, d1ynnd1, d1ynnk1
        automatically matched to d1i6va2
        protein/RNA complex; complexed with rfp, zn
      2. 1227990Domain d1ynnb2: 1ynn B:50-172 [123745]
        Other proteins in same PDB: d1ynna1, d1ynnb1, d1ynnc1, d1ynnd1, d1ynnk1
        automatically matched to d1i6va2
        protein/RNA complex; complexed with rfp, zn
    4. Domains for 2gho:
      1. 1227993Domain d2ghoa2: 2gho A:50-172 [135181]
        Other proteins in same PDB: d2ghoa1, d2ghob1, d2ghoc1, d2ghod1
        automatically matched to d1i6va2
        protein/RNA complex
      2. 1227994Domain d2ghob2: 2gho B:50-172 [135183]
        Other proteins in same PDB: d2ghoa1, d2ghob1, d2ghoc1, d2ghod1
        automatically matched to d1i6va2
        protein/RNA complex
  3. 1227995Thermus thermophilus [TaxId:274] [75595] (9 PDB entries)
    Uniprot Q9Z9H6; part of multichain biological unit
    1. Domains for 1iw7:
      1. 1228016Domain d1iw7a2: 1iw7 A:50-172 [71471]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7b1, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7l1, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
        complexed with mg, pb
      2. 1228017Domain d1iw7b2: 1iw7 B:50-172 [71473]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7b1, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7l1, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
        complexed with mg, pb
      3. 1228018Domain d1iw7k2: 1iw7 K:50-172 [71479]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7b1, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7l1, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
        complexed with mg, pb
      4. 1228019Domain d1iw7l2: 1iw7 L:50-172 [71481]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7b1, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7l1, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
        complexed with mg, pb
    2. Domains for 1smy:
      1. 1227996Domain d1smya2: 1smy A:50-172 [105775]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smyb1, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyl1, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
        complexed with g4p, mg, zn
      2. 1227997Domain d1smyb2: 1smy B:50-172 [105777]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smyb1, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyl1, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
        complexed with g4p, mg, zn
      3. 1227998Domain d1smyk2: 1smy K:50-172 [105785]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smyb1, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyl1, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
        complexed with g4p, mg, zn
      4. 1227999Domain d1smyl2: 1smy L:50-172 [105787]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smyb1, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyl1, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
        complexed with g4p, mg, zn
    3. Domains for 1zyr:
      1. 1228024Domain d1zyra2: 1zyr A:50-172 [125850]
        Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyrb1, d1zyrc1, d1zyrd1, d1zyre1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrl1, d1zyrm1, d1zyrn1, d1zyro1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
      2. 1228025Domain d1zyrb2: 1zyr B:50-172 [125852]
        Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyrb1, d1zyrc1, d1zyrd1, d1zyre1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrl1, d1zyrm1, d1zyrn1, d1zyro1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
      3. 1228026Domain d1zyrk2: 1zyr K:50-172 [125860]
        Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyrb1, d1zyrc1, d1zyrd1, d1zyre1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrl1, d1zyrm1, d1zyrn1, d1zyro1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
      4. 1228027Domain d1zyrl2: 1zyr L:50-172 [125862]
        Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyrb1, d1zyrc1, d1zyrd1, d1zyre1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrl1, d1zyrm1, d1zyrn1, d1zyro1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
    4. Domains for 2a68:
      1. 1228008Domain d2a68a2: 2a68 A:50-172 [126192]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68b1, d2a68c_, d2a68d1, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68l1, d2a68m_, d2a68n1, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
      2. 1228009Domain d2a68b2: 2a68 B:50-172 [126194]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68b1, d2a68c_, d2a68d1, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68l1, d2a68m_, d2a68n1, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
      3. 1228010Domain d2a68k2: 2a68 K:50-172 [126202]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68b1, d2a68c_, d2a68d1, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68l1, d2a68m_, d2a68n1, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
      4. 1228011Domain d2a68l2: 2a68 L:50-172 [126204]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68b1, d2a68c_, d2a68d1, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68l1, d2a68m_, d2a68n1, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
    5. Domains for 2a69:
      1. 1228012Domain d2a69a2: 2a69 A:50-172 [126212]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69b1, d2a69c_, d2a69d1, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69l1, d2a69m_, d2a69n1, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
      2. 1228013Domain d2a69b2: 2a69 B:50-172 [126214]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69b1, d2a69c_, d2a69d1, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69l1, d2a69m_, d2a69n1, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
      3. 1228014Domain d2a69k2: 2a69 K:50-172 [126222]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69b1, d2a69c_, d2a69d1, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69l1, d2a69m_, d2a69n1, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
      4. 1228015Domain d2a69l2: 2a69 L:50-172 [126224]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69b1, d2a69c_, d2a69d1, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69l1, d2a69m_, d2a69n1, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
    6. Domains for 2a6e:
      1. 1228020Domain d2a6ea2: 2a6e A:50-172 [126241]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6eb1, d2a6ec_, d2a6ed1, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6el1, d2a6em_, d2a6en1, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
        automatically matched to d1iw7a2
        complexed with mg, zn
      2. 1228021Domain d2a6eb2: 2a6e B:50-172 [126243]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6eb1, d2a6ec_, d2a6ed1, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6el1, d2a6em_, d2a6en1, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
        automatically matched to d1iw7a2
        complexed with mg, zn
      3. 1228022Domain d2a6ek2: 2a6e K:50-172 [126251]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6eb1, d2a6ec_, d2a6ed1, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6el1, d2a6em_, d2a6en1, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
        automatically matched to d1iw7a2
        complexed with mg, zn
      4. 1228023Domain d2a6el2: 2a6e L:50-172 [126253]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6eb1, d2a6ec_, d2a6ed1, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6el1, d2a6em_, d2a6en1, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
        automatically matched to d1iw7a2
        complexed with mg, zn
    7. Domains for 2a6h:
      1. 1228000Domain d2a6ha2: 2a6h A:50-172 [126261]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6hb1, d2a6hc_, d2a6hd1, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hl1, d2a6hm_, d2a6hn1, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
      2. 1228001Domain d2a6hb2: 2a6h B:50-172 [126263]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6hb1, d2a6hc_, d2a6hd1, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hl1, d2a6hm_, d2a6hn1, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
      3. 1228002Domain d2a6hk2: 2a6h K:50-172 [126271]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6hb1, d2a6hc_, d2a6hd1, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hl1, d2a6hm_, d2a6hn1, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
      4. 1228003Domain d2a6hl2: 2a6h L:50-172 [126273]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6hb1, d2a6hc_, d2a6hd1, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hl1, d2a6hm_, d2a6hn1, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
    8. Domains for 2be5:
      1. 1228004Domain d2be5a2: 2be5 A:50-172 [128352]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5b1, d2be5c_, d2be5d1, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5l1, d2be5m_, d2be5n1, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
      2. 1228005Domain d2be5b2: 2be5 B:50-172 [128354]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5b1, d2be5c_, d2be5d1, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5l1, d2be5m_, d2be5n1, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
      3. 1228006Domain d2be5k2: 2be5 K:50-172 [128362]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5b1, d2be5c_, d2be5d1, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5l1, d2be5m_, d2be5n1, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
      4. 1228007Domain d2be5l2: 2be5 L:50-172 [128364]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5b1, d2be5c_, d2be5d1, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5l1, d2be5m_, d2be5n1, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
        automatically matched to d1iw7a2
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
    9. Domains for 2cw0:
      1. 1228028Domain d2cw0a2: 2cw0 A:50-172 [130899]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0b1, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0l1, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
        automatically matched to d1iw7a2
        complexed with mg, zn
      2. 1228029Domain d2cw0b2: 2cw0 B:50-172 [130901]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0b1, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0l1, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
        automatically matched to d1iw7a2
        complexed with mg, zn
      3. 1228030Domain d2cw0k2: 2cw0 K:50-172 [130909]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0b1, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0l1, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
        automatically matched to d1iw7a2
        complexed with mg, zn
      4. 1228031Domain d2cw0l2: 2cw0 L:50-172 [130911]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0b1, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0l1, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
        automatically matched to d1iw7a2
        complexed with mg, zn

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