Lineage for Protein: HslV (ClpQ) protease

  1. Root: SCOPe 2.06
  2. 2170735Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (385 folds)
  3. 2224590Fold d.153: Ntn hydrolase-like [56234] (2 superfamilies)
    4 layers: alpha/beta/beta/alpha; has an unusual sheet-to-sheet packing
  4. 2224591Superfamily d.153.1: N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases) [56235] (8 families) (S)
    N-terminal residue provides two catalytic groups, nucleophile and proton donor
  5. 2224775Family d.153.1.4: Proteasome subunits [56251] (4 proteins)
  6. 2224776Protein HslV (ClpQ) protease [56258] (4 species)
    dodecameric prokaryotic homologue of proteasome

Species:

  1. 2224777Bacillus subtilis [TaxId:1423] [160845] (2 PDB entries)
    Uniprot P39070 2-181
    1. Domains for 1yyf:
      1. 2224790Domain d1yyfc1: 1yyf C:2-181 [144719]
        Other proteins in same PDB: d1yyfa1, d1yyfb1
        complexed with adp
      2. 2224791Domain d1yyfd1: 1yyf D:2-181 [144720]
        Other proteins in same PDB: d1yyfa1, d1yyfb1
        automatically matched to 1YYF C:2-181
        complexed with adp
    2. Domains for 2z3a:
      1. 2224778Domain d2z3aa_: 2z3a A: [153959]
        automated match to d2z3aa1
      2. 2224779Domain d2z3ab_: 2z3a B: [153960]
        automated match to d2z3ab1
      3. 2224780Domain d2z3ac_: 2z3a C: [153961]
        automated match to d2z3aa1
      4. 2224781Domain d2z3ad_: 2z3a D: [153962]
        automated match to d2z3ad1
      5. 2224782Domain d2z3ae_: 2z3a E: [153963]
        automated match to d2z3ad1
      6. 2224783Domain d2z3af_: 2z3a F: [153964]
        automated match to d2z3af1
      7. 2224784Domain d2z3ag_: 2z3a G: [153965]
        automated match to d2z3af1
      8. 2224785Domain d2z3ah_: 2z3a H: [153966]
        automated match to d2z3ad1
      9. 2224786Domain d2z3ai_: 2z3a I: [153967]
        automated match to d2z3af1
      10. 2224787Domain d2z3aj_: 2z3a J: [153968]
        automated match to d2z3aj1
      11. 2224788Domain d2z3ak_: 2z3a K: [153969]
        automated match to d2z3aj1
      12. 2224789Domain d2z3al_: 2z3a L: [153970]
        automated match to d2z3aj1
  2. 2224792Escherichia coli [TaxId:562] [56259] (8 PDB entries)
    1. Domains for 1e94:
      1. 2224793Domain d1e94a_: 1e94 A: [41977]
        Other proteins in same PDB: d1e94e1, d1e94e2, d1e94f1, d1e94f2
        complexed with anp
      2. 2224794Domain d1e94b_: 1e94 B: [41978]
        Other proteins in same PDB: d1e94e1, d1e94e2, d1e94f1, d1e94f2
        complexed with anp
      3. 2224795Domain d1e94c_: 1e94 C: [41979]
        Other proteins in same PDB: d1e94e1, d1e94e2, d1e94f1, d1e94f2
        complexed with anp
      4. 2224796Domain d1e94d_: 1e94 D: [41980]
        Other proteins in same PDB: d1e94e1, d1e94e2, d1e94f1, d1e94f2
        complexed with anp
    2. Domains for 1g4a:
      1. 2224829Domain d1g4aa_: 1g4a A: [41981]
        Other proteins in same PDB: d1g4ae_, d1g4af_
        complexed with dat
      2. 2224830Domain d1g4ab_: 1g4a B: [41982]
        Other proteins in same PDB: d1g4ae_, d1g4af_
        complexed with dat
      3. 2224831Domain d1g4ac_: 1g4a C: [41983]
        Other proteins in same PDB: d1g4ae_, d1g4af_
        complexed with dat
      4. 2224832Domain d1g4ad_: 1g4a D: [41984]
        Other proteins in same PDB: d1g4ae_, d1g4af_
        complexed with dat
    3. Domains for 1g4b:
      1. 2224836Domain d1g4bm_: 1g4b M: [41985]
        Other proteins in same PDB: d1g4be_, d1g4bf_, d1g4bk_, d1g4bl_
      2. 2224837Domain d1g4bn_: 1g4b N: [41986]
        Other proteins in same PDB: d1g4be_, d1g4bf_, d1g4bk_, d1g4bl_
      3. 2224838Domain d1g4bo_: 1g4b O: [41987]
        Other proteins in same PDB: d1g4be_, d1g4bf_, d1g4bk_, d1g4bl_
      4. 2224839Domain d1g4bp_: 1g4b P: [41988]
        Other proteins in same PDB: d1g4be_, d1g4bf_, d1g4bk_, d1g4bl_
    4. Domains for 1hqy:
      1. 2224825Domain d1hqya_: 1hqy A: [65909]
        Other proteins in same PDB: d1hqye1, d1hqye2, d1hqyf1, d1hqyf2
        complexed with adp
      2. 2224826Domain d1hqyb_: 1hqy B: [65910]
        Other proteins in same PDB: d1hqye1, d1hqye2, d1hqyf1, d1hqyf2
        complexed with adp
      3. 2224827Domain d1hqyc_: 1hqy C: [65911]
        Other proteins in same PDB: d1hqye1, d1hqye2, d1hqyf1, d1hqyf2
        complexed with adp
      4. 2224828Domain d1hqyd_: 1hqy D: [65912]
        Other proteins in same PDB: d1hqye1, d1hqye2, d1hqyf1, d1hqyf2
        complexed with adp
    5. Domains for 1ht1:
      1. 2224809Domain d1ht1a_: 1ht1 A: [65924]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e1, d1ht1e2, d1ht1f1, d1ht1f2, d1ht1g1, d1ht1g2, d1ht1i1, d1ht1i2
        complexed with adp
      2. 2224810Domain d1ht1b_: 1ht1 B: [65925]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e1, d1ht1e2, d1ht1f1, d1ht1f2, d1ht1g1, d1ht1g2, d1ht1i1, d1ht1i2
        complexed with adp
      3. 2224811Domain d1ht1c_: 1ht1 C: [65926]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e1, d1ht1e2, d1ht1f1, d1ht1f2, d1ht1g1, d1ht1g2, d1ht1i1, d1ht1i2
        complexed with adp
      4. 2224812Domain d1ht1d_: 1ht1 D: [65927]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e1, d1ht1e2, d1ht1f1, d1ht1f2, d1ht1g1, d1ht1g2, d1ht1i1, d1ht1i2
        complexed with adp
      5. 2224813Domain d1ht1v_: 1ht1 V: [65932]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e1, d1ht1e2, d1ht1f1, d1ht1f2, d1ht1g1, d1ht1g2, d1ht1i1, d1ht1i2
        complexed with adp
      6. 2224814Domain d1ht1x_: 1ht1 X: [65933]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e1, d1ht1e2, d1ht1f1, d1ht1f2, d1ht1g1, d1ht1g2, d1ht1i1, d1ht1i2
        complexed with adp
      7. 2224815Domain d1ht1y_: 1ht1 Y: [65934]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e1, d1ht1e2, d1ht1f1, d1ht1f2, d1ht1g1, d1ht1g2, d1ht1i1, d1ht1i2
        complexed with adp
      8. 2224816Domain d1ht1z_: 1ht1 Z: [65935]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e1, d1ht1e2, d1ht1f1, d1ht1f2, d1ht1g1, d1ht1g2, d1ht1i1, d1ht1i2
        complexed with adp
    6. Domains for 1ht2:
      1. 2224817Domain d1ht2a_: 1ht2 A: [65936]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e1, d1ht2e2, d1ht2f1, d1ht2f2, d1ht2g1, d1ht2g2, d1ht2h1, d1ht2h2
        complexed with adp
      2. 2224818Domain d1ht2b_: 1ht2 B: [65937]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e1, d1ht2e2, d1ht2f1, d1ht2f2, d1ht2g1, d1ht2g2, d1ht2h1, d1ht2h2
        complexed with adp
      3. 2224819Domain d1ht2c_: 1ht2 C: [65938]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e1, d1ht2e2, d1ht2f1, d1ht2f2, d1ht2g1, d1ht2g2, d1ht2h1, d1ht2h2
        complexed with adp
      4. 2224820Domain d1ht2d_: 1ht2 D: [65939]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e1, d1ht2e2, d1ht2f1, d1ht2f2, d1ht2g1, d1ht2g2, d1ht2h1, d1ht2h2
        complexed with adp
      5. 2224821Domain d1ht2i_: 1ht2 I: [65944]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e1, d1ht2e2, d1ht2f1, d1ht2f2, d1ht2g1, d1ht2g2, d1ht2h1, d1ht2h2
        complexed with adp
      6. 2224822Domain d1ht2j_: 1ht2 J: [65945]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e1, d1ht2e2, d1ht2f1, d1ht2f2, d1ht2g1, d1ht2g2, d1ht2h1, d1ht2h2
        complexed with adp
      7. 2224823Domain d1ht2k_: 1ht2 K: [65946]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e1, d1ht2e2, d1ht2f1, d1ht2f2, d1ht2g1, d1ht2g2, d1ht2h1, d1ht2h2
        complexed with adp
      8. 2224824Domain d1ht2l_: 1ht2 L: [65947]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e1, d1ht2e2, d1ht2f1, d1ht2f2, d1ht2g1, d1ht2g2, d1ht2h1, d1ht2h2
        complexed with adp
    7. Domains for 1ned:
      1. 2224833Domain d1neda1: 1ned A:1-184 [41974]
        Other proteins in same PDB: d1neda2, d1nedb2, d1nedc2
      2. 2224834Domain d1nedb1: 1ned B:1-184 [41975]
        Other proteins in same PDB: d1neda2, d1nedb2, d1nedc2
      3. 2224835Domain d1nedc1: 1ned C:1-184 [41976]
        Other proteins in same PDB: d1neda2, d1nedb2, d1nedc2
    8. Domains for 4g4e:
      1. 2224797Domain d4g4ea_: 4g4e A: [202173]
        automated match to d4g4ee_
        mutant
      2. 2224798Domain d4g4eb_: 4g4e B: [202174]
        automated match to d4g4ee_
        mutant
      3. 2224799Domain d4g4ec_: 4g4e C: [197309]
        automated match to d1e94a_
        mutant
      4. 2224800Domain d4g4ed_: 4g4e D: [202175]
        automated match to d4g4ee_
        mutant
      5. 2224801Domain d4g4ee_: 4g4e E: [197308]
        automated match to d1e94a_
        mutant
      6. 2224802Domain d4g4ef_: 4g4e F: [202176]
        automated match to d4g4ee_
        mutant
      7. 2224803Domain d4g4eg_: 4g4e G: [202177]
        automated match to d4g4ee_
        mutant
      8. 2224804Domain d4g4eh_: 4g4e H: [202178]
        automated match to d4g4ee_
        mutant
      9. 2224805Domain d4g4ei_: 4g4e I: [202179]
        automated match to d4g4ee_
        mutant
      10. 2224806Domain d4g4ej_: 4g4e J: [202180]
        automated match to d4g4ee_
        mutant
      11. 2224807Domain d4g4ek_: 4g4e K: [202181]
        automated match to d4g4ee_
        mutant
      12. 2224808Domain d4g4el_: 4g4e L: [202182]
        automated match to d4g4ee_
        mutant
  3. 2224840Haemophilus influenzae [TaxId:727] [56260] (6 PDB entries)
    1. Domains for 1g3i:
      1. 2224871Domain d1g3ig_: 1g3i G: [41992]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      2. 2224872Domain d1g3ih_: 1g3i H: [41993]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      3. 2224873Domain d1g3ii_: 1g3i I: [41994]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      4. 2224874Domain d1g3ij_: 1g3i J: [41995]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      5. 2224875Domain d1g3ik_: 1g3i K: [41996]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      6. 2224876Domain d1g3il_: 1g3i L: [41997]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      7. 2224877Domain d1g3im_: 1g3i M: [41998]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      8. 2224878Domain d1g3in_: 1g3i N: [41999]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      9. 2224879Domain d1g3io_: 1g3i O: [42000]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      10. 2224880Domain d1g3ip_: 1g3i P: [42001]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      11. 2224881Domain d1g3iq_: 1g3i Q: [42002]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      12. 2224882Domain d1g3ir_: 1g3i R: [42003]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
    2. Domains for 1g3k:
      1. 2224841Domain d1g3ka_: 1g3k A: [41989]
        complexed with na
      2. 2224842Domain d1g3kb_: 1g3k B: [41990]
        complexed with na
      3. 2224843Domain d1g3kc_: 1g3k C: [41991]
        complexed with na
    3. Domains for 1jjw:
      1. 2224844Domain d1jjwa_: 1jjw A: [66781]
        complexed with k
      2. 2224845Domain d1jjwb_: 1jjw B: [66782]
        complexed with k
      3. 2224846Domain d1jjwc_: 1jjw C: [66783]
        complexed with k
    4. Domains for 1kyi:
      1. 2224853Domain d1kyig_: 1kyi G: [73229]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      2. 2224854Domain d1kyih_: 1kyi H: [73230]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      3. 2224855Domain d1kyii_: 1kyi I: [73231]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      4. 2224856Domain d1kyij_: 1kyi J: [73232]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      5. 2224857Domain d1kyik_: 1kyi K: [73233]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      6. 2224858Domain d1kyil_: 1kyi L: [73234]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      7. 2224859Domain d1kyim_: 1kyi M: [73235]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      8. 2224860Domain d1kyin_: 1kyi N: [73236]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      9. 2224861Domain d1kyio_: 1kyi O: [73237]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      10. 2224862Domain d1kyip_: 1kyi P: [73238]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      11. 2224863Domain d1kyiq_: 1kyi Q: [73239]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      12. 2224864Domain d1kyir_: 1kyi R: [73240]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
    5. Domains for 1ofh:
      1. 2224847Domain d1ofhg_: 1ofh G: [86951]
        Other proteins in same PDB: d1ofha_, d1ofhb_, d1ofhc_
        complexed with adp, mg, po4
      2. 2224848Domain d1ofhh_: 1ofh H: [86952]
        Other proteins in same PDB: d1ofha_, d1ofhb_, d1ofhc_
        complexed with adp, mg, po4
      3. 2224849Domain d1ofhi_: 1ofh I: [86953]
        Other proteins in same PDB: d1ofha_, d1ofhb_, d1ofhc_
        complexed with adp, mg, po4
      4. 2224850Domain d1ofhl_: 1ofh L: [86954]
        Other proteins in same PDB: d1ofha_, d1ofhb_, d1ofhc_
        complexed with adp, mg, po4
      5. 2224851Domain d1ofhm_: 1ofh M: [86955]
        Other proteins in same PDB: d1ofha_, d1ofhb_, d1ofhc_
        complexed with adp, mg, po4
      6. 2224852Domain d1ofhn_: 1ofh N: [86956]
        Other proteins in same PDB: d1ofha_, d1ofhb_, d1ofhc_
        complexed with adp, mg, po4
    6. Domains for 1ofi:
      1. 2224865Domain d1ofig_: 1ofi G: [86960]
        Other proteins in same PDB: d1ofia_, d1ofib_, d1ofic_
        complexed with adp, lvs, mg, po4
      2. 2224866Domain d1ofih_: 1ofi H: [86961]
        Other proteins in same PDB: d1ofia_, d1ofib_, d1ofic_
        complexed with adp, lvs, mg, po4
      3. 2224867Domain d1ofii_: 1ofi I: [86962]
        Other proteins in same PDB: d1ofia_, d1ofib_, d1ofic_
        complexed with adp, lvs, mg, po4
      4. 2224868Domain d1ofil_: 1ofi L: [86963]
        Other proteins in same PDB: d1ofia_, d1ofib_, d1ofic_
        complexed with adp, lvs, mg, po4
      5. 2224869Domain d1ofim_: 1ofi M: [86964]
        Other proteins in same PDB: d1ofia_, d1ofib_, d1ofic_
        complexed with adp, lvs, mg, po4
      6. 2224870Domain d1ofin_: 1ofi N: [86965]
        Other proteins in same PDB: d1ofia_, d1ofib_, d1ofic_
        complexed with adp, lvs, mg, po4
  4. 2224883Thermotoga maritima [TaxId:2336] [90045] (1 PDB entry)

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