Lineage for Protein: HslV (ClpQ) protease

  1. Root: SCOPe 2.02
  2. 1190016Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (376 folds)
  3. 1222614Fold d.153: Ntn hydrolase-like [56234] (2 superfamilies)
    4 layers: alpha/beta/beta/alpha; has an unusual sheet-to-sheet packing
  4. 1222615Superfamily d.153.1: N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases) [56235] (8 families) (S)
    N-terminal residue provides two catalytic groups, nucleophile and proton donor
  5. 1222781Family d.153.1.4: Proteasome subunits [56251] (4 proteins)
  6. 1222782Protein HslV (ClpQ) protease [56258] (4 species)
    dodecameric prokaryotic homologue of proteasome

Species:

  1. 1222783Bacillus subtilis [TaxId:1423] [160845] (2 PDB entries)
    Uniprot P39070 2-181
    1. Domains for 1yyf:
      1. 1222796Domain d1yyfc1: 1yyf C:2-181 [144719]
        Other proteins in same PDB: d1yyfa1, d1yyfb1
        complexed with adp
      2. 1222797Domain d1yyfd1: 1yyf D:2-181 [144720]
        Other proteins in same PDB: d1yyfa1, d1yyfb1
        automatically matched to 1YYF C:2-181
        complexed with adp
    2. Domains for 2z3a:
      1. 1222784Domain d2z3aa1: 2z3a A:1-180 [153959]
        automatically matched to 1YYF C:2-181
      2. 1222785Domain d2z3ab1: 2z3a B:1-180 [153960]
        automatically matched to 1YYF C:2-181
      3. 1222786Domain d2z3ac1: 2z3a C:1-180 [153961]
        automatically matched to 1YYF C:2-181
      4. 1222787Domain d2z3ad1: 2z3a D:1-180 [153962]
        automatically matched to 1YYF C:2-181
      5. 1222788Domain d2z3ae1: 2z3a E:1-180 [153963]
        automatically matched to 1YYF C:2-181
      6. 1222789Domain d2z3af1: 2z3a F:1-180 [153964]
        automatically matched to 1YYF C:2-181
      7. 1222790Domain d2z3ag1: 2z3a G:1-180 [153965]
        automatically matched to 1YYF C:2-181
      8. 1222791Domain d2z3ah1: 2z3a H:1-180 [153966]
        automatically matched to 1YYF C:2-181
      9. 1222792Domain d2z3ai1: 2z3a I:1-180 [153967]
        automatically matched to 1YYF C:2-181
      10. 1222793Domain d2z3aj1: 2z3a J:1-180 [153968]
        automatically matched to 1YYF C:2-181
      11. 1222794Domain d2z3ak1: 2z3a K:1-180 [153969]
        automatically matched to 1YYF C:2-181
      12. 1222795Domain d2z3al1: 2z3a L:1-180 [153970]
        automatically matched to 1YYF C:2-181
  2. 1222798Escherichia coli [TaxId:562] [56259] (8 PDB entries)
    1. Domains for 1e94:
      1. 1222799Domain d1e94a_: 1e94 A: [41977]
        Other proteins in same PDB: d1e94e_, d1e94f_
        complexed with anp
      2. 1222800Domain d1e94b_: 1e94 B: [41978]
        Other proteins in same PDB: d1e94e_, d1e94f_
        complexed with anp
      3. 1222801Domain d1e94c_: 1e94 C: [41979]
        Other proteins in same PDB: d1e94e_, d1e94f_
        complexed with anp
      4. 1222802Domain d1e94d_: 1e94 D: [41980]
        Other proteins in same PDB: d1e94e_, d1e94f_
        complexed with anp
    2. Domains for 1g4a:
      1. 1222825Domain d1g4aa_: 1g4a A: [41981]
        Other proteins in same PDB: d1g4ae_, d1g4af_
        complexed with dat
      2. 1222826Domain d1g4ab_: 1g4a B: [41982]
        Other proteins in same PDB: d1g4ae_, d1g4af_
        complexed with dat
      3. 1222827Domain d1g4ac_: 1g4a C: [41983]
        Other proteins in same PDB: d1g4ae_, d1g4af_
        complexed with dat
      4. 1222828Domain d1g4ad_: 1g4a D: [41984]
        Other proteins in same PDB: d1g4ae_, d1g4af_
        complexed with dat
    3. Domains for 1g4b:
      1. 1222832Domain d1g4bm_: 1g4b M: [41985]
        Other proteins in same PDB: d1g4be_, d1g4bf_, d1g4bk_, d1g4bl_
      2. 1222833Domain d1g4bn_: 1g4b N: [41986]
        Other proteins in same PDB: d1g4be_, d1g4bf_, d1g4bk_, d1g4bl_
      3. 1222834Domain d1g4bo_: 1g4b O: [41987]
        Other proteins in same PDB: d1g4be_, d1g4bf_, d1g4bk_, d1g4bl_
      4. 1222835Domain d1g4bp_: 1g4b P: [41988]
        Other proteins in same PDB: d1g4be_, d1g4bf_, d1g4bk_, d1g4bl_
    4. Domains for 1hqy:
      1. 1222821Domain d1hqya_: 1hqy A: [65909]
        Other proteins in same PDB: d1hqye_, d1hqyf_
        complexed with adp
      2. 1222822Domain d1hqyb_: 1hqy B: [65910]
        Other proteins in same PDB: d1hqye_, d1hqyf_
        complexed with adp
      3. 1222823Domain d1hqyc_: 1hqy C: [65911]
        Other proteins in same PDB: d1hqye_, d1hqyf_
        complexed with adp
      4. 1222824Domain d1hqyd_: 1hqy D: [65912]
        Other proteins in same PDB: d1hqye_, d1hqyf_
        complexed with adp
    5. Domains for 1ht1:
      1. 1222805Domain d1ht1a_: 1ht1 A: [65924]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e_, d1ht1f_, d1ht1g_, d1ht1i_
        complexed with adp
      2. 1222806Domain d1ht1b_: 1ht1 B: [65925]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e_, d1ht1f_, d1ht1g_, d1ht1i_
        complexed with adp
      3. 1222807Domain d1ht1c_: 1ht1 C: [65926]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e_, d1ht1f_, d1ht1g_, d1ht1i_
        complexed with adp
      4. 1222808Domain d1ht1d_: 1ht1 D: [65927]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e_, d1ht1f_, d1ht1g_, d1ht1i_
        complexed with adp
      5. 1222809Domain d1ht1v_: 1ht1 V: [65932]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e_, d1ht1f_, d1ht1g_, d1ht1i_
        complexed with adp
      6. 1222810Domain d1ht1x_: 1ht1 X: [65933]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e_, d1ht1f_, d1ht1g_, d1ht1i_
        complexed with adp
      7. 1222811Domain d1ht1y_: 1ht1 Y: [65934]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e_, d1ht1f_, d1ht1g_, d1ht1i_
        complexed with adp
      8. 1222812Domain d1ht1z_: 1ht1 Z: [65935]
        Other proteins in same PDB: d1ht1e_, d1ht1f_, d1ht1g_, d1ht1i_
        complexed with adp
    6. Domains for 1ht2:
      1. 1222813Domain d1ht2a_: 1ht2 A: [65936]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e_, d1ht2f_, d1ht2g_, d1ht2h_
        complexed with adp
      2. 1222814Domain d1ht2b_: 1ht2 B: [65937]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e_, d1ht2f_, d1ht2g_, d1ht2h_
        complexed with adp
      3. 1222815Domain d1ht2c_: 1ht2 C: [65938]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e_, d1ht2f_, d1ht2g_, d1ht2h_
        complexed with adp
      4. 1222816Domain d1ht2d_: 1ht2 D: [65939]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e_, d1ht2f_, d1ht2g_, d1ht2h_
        complexed with adp
      5. 1222817Domain d1ht2i_: 1ht2 I: [65944]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e_, d1ht2f_, d1ht2g_, d1ht2h_
        complexed with adp
      6. 1222818Domain d1ht2j_: 1ht2 J: [65945]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e_, d1ht2f_, d1ht2g_, d1ht2h_
        complexed with adp
      7. 1222819Domain d1ht2k_: 1ht2 K: [65946]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e_, d1ht2f_, d1ht2g_, d1ht2h_
        complexed with adp
      8. 1222820Domain d1ht2l_: 1ht2 L: [65947]
        Other proteins in same PDB: d1ht2e_, d1ht2f_, d1ht2g_, d1ht2h_
        complexed with adp
    7. Domains for 1ned:
      1. 1222829Domain d1neda_: 1ned A: [41974]
      2. 1222830Domain d1nedb_: 1ned B: [41975]
      3. 1222831Domain d1nedc_: 1ned C: [41976]
    8. Domains for 4g4e:
      1. 1222803Domain d4g4ec_: 4g4e C: [197309]
        automated match to d1e94a_
        mutant
      2. 1222804Domain d4g4ee_: 4g4e E: [197308]
        automated match to d1e94a_
        mutant
  3. 1222836Haemophilus influenzae [TaxId:727] [56260] (6 PDB entries)
    1. Domains for 1g3i:
      1. 1222867Domain d1g3ig_: 1g3i G: [41992]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      2. 1222868Domain d1g3ih_: 1g3i H: [41993]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      3. 1222869Domain d1g3ii_: 1g3i I: [41994]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      4. 1222870Domain d1g3ij_: 1g3i J: [41995]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      5. 1222871Domain d1g3ik_: 1g3i K: [41996]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      6. 1222872Domain d1g3il_: 1g3i L: [41997]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      7. 1222873Domain d1g3im_: 1g3i M: [41998]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      8. 1222874Domain d1g3in_: 1g3i N: [41999]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      9. 1222875Domain d1g3io_: 1g3i O: [42000]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      10. 1222876Domain d1g3ip_: 1g3i P: [42001]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      11. 1222877Domain d1g3iq_: 1g3i Q: [42002]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
      12. 1222878Domain d1g3ir_: 1g3i R: [42003]
        Other proteins in same PDB: d1g3ia_, d1g3ib_, d1g3ic_, d1g3id_, d1g3ie_, d1g3if_, d1g3is_, d1g3it_, d1g3iu_, d1g3iv_, d1g3iw_, d1g3ix_
        complexed with atp
    2. Domains for 1g3k:
      1. 1222837Domain d1g3ka_: 1g3k A: [41989]
        complexed with na
      2. 1222838Domain d1g3kb_: 1g3k B: [41990]
        complexed with na
      3. 1222839Domain d1g3kc_: 1g3k C: [41991]
        complexed with na
    3. Domains for 1jjw:
      1. 1222840Domain d1jjwa_: 1jjw A: [66781]
        complexed with k
      2. 1222841Domain d1jjwb_: 1jjw B: [66782]
        complexed with k
      3. 1222842Domain d1jjwc_: 1jjw C: [66783]
        complexed with k
    4. Domains for 1kyi:
      1. 1222849Domain d1kyig_: 1kyi G: [73229]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      2. 1222850Domain d1kyih_: 1kyi H: [73230]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      3. 1222851Domain d1kyii_: 1kyi I: [73231]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      4. 1222852Domain d1kyij_: 1kyi J: [73232]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      5. 1222853Domain d1kyik_: 1kyi K: [73233]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      6. 1222854Domain d1kyil_: 1kyi L: [73234]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      7. 1222855Domain d1kyim_: 1kyi M: [73235]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      8. 1222856Domain d1kyin_: 1kyi N: [73236]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      9. 1222857Domain d1kyio_: 1kyi O: [73237]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      10. 1222858Domain d1kyip_: 1kyi P: [73238]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      11. 1222859Domain d1kyiq_: 1kyi Q: [73239]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
      12. 1222860Domain d1kyir_: 1kyi R: [73240]
        Other proteins in same PDB: d1kyia_, d1kyib_, d1kyic_, d1kyid_, d1kyie_, d1kyif_, d1kyis_, d1kyit_, d1kyiu_, d1kyiv_, d1kyiw_, d1kyix_
        complexed with atp, lvs
    5. Domains for 1ofh:
      1. 1222843Domain d1ofhg_: 1ofh G: [86951]
        Other proteins in same PDB: d1ofha_, d1ofhb_, d1ofhc_
        complexed with adp, mg, po4
      2. 1222844Domain d1ofhh_: 1ofh H: [86952]
        Other proteins in same PDB: d1ofha_, d1ofhb_, d1ofhc_
        complexed with adp, mg, po4
      3. 1222845Domain d1ofhi_: 1ofh I: [86953]
        Other proteins in same PDB: d1ofha_, d1ofhb_, d1ofhc_
        complexed with adp, mg, po4
      4. 1222846Domain d1ofhl_: 1ofh L: [86954]
        Other proteins in same PDB: d1ofha_, d1ofhb_, d1ofhc_
        complexed with adp, mg, po4
      5. 1222847Domain d1ofhm_: 1ofh M: [86955]
        Other proteins in same PDB: d1ofha_, d1ofhb_, d1ofhc_
        complexed with adp, mg, po4
      6. 1222848Domain d1ofhn_: 1ofh N: [86956]
        Other proteins in same PDB: d1ofha_, d1ofhb_, d1ofhc_
        complexed with adp, mg, po4
    6. Domains for 1ofi:
      1. 1222861Domain d1ofig_: 1ofi G: [86960]
        Other proteins in same PDB: d1ofia_, d1ofib_, d1ofic_
        complexed with adp, lvs, mg, po4
      2. 1222862Domain d1ofih_: 1ofi H: [86961]
        Other proteins in same PDB: d1ofia_, d1ofib_, d1ofic_
        complexed with adp, lvs, mg, po4
      3. 1222863Domain d1ofii_: 1ofi I: [86962]
        Other proteins in same PDB: d1ofia_, d1ofib_, d1ofic_
        complexed with adp, lvs, mg, po4
      4. 1222864Domain d1ofil_: 1ofi L: [86963]
        Other proteins in same PDB: d1ofia_, d1ofib_, d1ofic_
        complexed with adp, lvs, mg, po4
      5. 1222865Domain d1ofim_: 1ofi M: [86964]
        Other proteins in same PDB: d1ofia_, d1ofib_, d1ofic_
        complexed with adp, lvs, mg, po4
      6. 1222866Domain d1ofin_: 1ofi N: [86965]
        Other proteins in same PDB: d1ofia_, d1ofib_, d1ofic_
        complexed with adp, lvs, mg, po4
  4. 1222879Thermotoga maritima [TaxId:2336] [90045] (1 PDB entry)

More info for Protein HslV (ClpQ) protease from d.153.1.4: Proteasome subunits

Timeline for Protein HslV (ClpQ) protease from d.153.1.4: Proteasome subunits: