Lineage for Species: Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae)

  1. Root: SCOP 1.63
  2. 251695Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (224 folds)
  3. 263343Fold d.153: Ntn hydrolase-like [56234] (2 superfamilies)
    4 layers: alpha/beta/beta/alpha; has an unusual sheet-to-sheet packing
  4. 263344Superfamily d.153.1: N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases) [56235] (5 families) (S)
    N-terminal residue provides two catalytic groups, nucleophile and proton donor
  5. 263459Family d.153.1.4: Proteasome subunits [56251] (3 proteins)
  6. 263528Protein Proteasome alpha subunit (non-catalytic) [56255] (3 species)
    contains an extension to the common fold at the N-teminus
  7. 263544Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [56257] (4 PDB entries)
    The structure of yeast proteasome complexed with the proteasome activator pa26 is available from PDB (1fnt). The 1FNT entry designates protein chains by both upper case and lower case letters creating problems with its processing and presentation in SCOP; the proteasome activator pa26 structure is classified elsewhere in SCOP (a.24.8)

PDB entries in Species: Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae):

  1. Domain(s) for 1g0u:
    1. 263559Domain d1g0ua_: 1g0u A: [41946]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    2. 263560Domain d1g0ub_: 1g0u B: [41947]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    3. 263561Domain d1g0uc_: 1g0u C: [41948]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    4. 263562Domain d1g0ud_: 1g0u D: [41949]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    5. 263563Domain d1g0ue_: 1g0u E: [41950]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    6. 263564Domain d1g0uf_: 1g0u F: [41951]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    7. 263565Domain d1g0ug_: 1g0u G: [41952]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    8. 263566Domain d1g0uo_: 1g0u O: [41953]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    9. 263567Domain d1g0up_: 1g0u P: [41954]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    10. 263568Domain d1g0uq_: 1g0u Q: [41955]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    11. 263569Domain d1g0ur_: 1g0u R: [41956]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    12. 263570Domain d1g0us_: 1g0u S: [41957]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    13. 263571Domain d1g0ut_: 1g0u T: [41958]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    14. 263572Domain d1g0uu_: 1g0u U: [41959]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
      different sequences
      complexed with mg
  2. Domain(s) for 1g65:
    1. 263573Domain d1g65a_: 1g65 A: [41960]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    2. 263574Domain d1g65b_: 1g65 B: [41961]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    3. 263575Domain d1g65c_: 1g65 C: [41962]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    4. 263576Domain d1g65d_: 1g65 D: [41963]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    5. 263577Domain d1g65e_: 1g65 E: [41964]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    6. 263578Domain d1g65f_: 1g65 F: [41965]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    7. 263579Domain d1g65g_: 1g65 G: [41966]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    8. 263580Domain d1g65o_: 1g65 O: [41967]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    9. 263581Domain d1g65p_: 1g65 P: [41968]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    10. 263582Domain d1g65q_: 1g65 Q: [41969]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    11. 263583Domain d1g65r_: 1g65 R: [41970]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    12. 263584Domain d1g65s_: 1g65 S: [41971]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    13. 263585Domain d1g65t_: 1g65 T: [41972]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    14. 263586Domain d1g65u_: 1g65 U: [41973]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
      different sequences
      complexed with epx, mg
  3. Domain(s) for 1jd2:
    1. 263587Domain d1jd2a_: 1jd2 A: [66516]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    2. 263588Domain d1jd2b_: 1jd2 B: [66517]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    3. 263589Domain d1jd2c_: 1jd2 C: [66518]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    4. 263590Domain d1jd2d_: 1jd2 D: [66519]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    5. 263591Domain d1jd2e_: 1jd2 E: [66520]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    6. 263592Domain d1jd2f_: 1jd2 F: [66521]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    7. 263593Domain d1jd2g_: 1jd2 G: [66522]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    8. 263594Domain d1jd2o_: 1jd2 O: [66530]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    9. 263595Domain d1jd2p_: 1jd2 P: [66531]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    10. 263596Domain d1jd2q_: 1jd2 Q: [66532]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    11. 263597Domain d1jd2r_: 1jd2 R: [66533]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    12. 263598Domain d1jd2s_: 1jd2 S: [66534]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    13. 263599Domain d1jd2t_: 1jd2 T: [66535]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    14. 263600Domain d1jd2u_: 1jd2 U: [66536]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
      complexed with 95a, mg
  4. Domain(s) for 1ryp:
    1. 263545Domain d1rypa_: 1ryp A: [41932]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    2. 263546Domain d1rypb_: 1ryp B: [41933]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    3. 263547Domain d1rypc_: 1ryp C: [41934]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    4. 263548Domain d1rypd_: 1ryp D: [41935]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    5. 263549Domain d1rype_: 1ryp E: [41936]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    6. 263550Domain d1rypf_: 1ryp F: [41937]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    7. 263551Domain d1rypg_: 1ryp G: [41938]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    8. 263552Domain d1rypo_: 1ryp O: [41939]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    9. 263553Domain d1rypp_: 1ryp P: [41940]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    10. 263554Domain d1rypq_: 1ryp Q: [41941]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    11. 263555Domain d1rypr_: 1ryp R: [41942]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    12. 263556Domain d1ryps_: 1ryp S: [41943]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    13. 263557Domain d1rypt_: 1ryp T: [41944]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    14. 263558Domain d1rypu_: 1ryp U: [41945]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
      different sequences
      complexed with mg; mutant

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