Lineage for Protein: TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

  1. Root: SCOP 1.69
  2. 496776Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (279 folds)
  3. 510905Fold d.129: TBP-like [55944] (8 superfamilies)
    beta-alpha-beta(4)-alpha
  4. 510906Superfamily d.129.1: TATA-box binding protein-like [55945] (2 families) (S)
  5. 510907Family d.129.1.1: TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain [55946] (1 protein)
    duplication: consists of two clear structural repeats
  6. 510908Protein TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain [55947] (5 species)
    structure of the N-terminal domain is not known yet

Species:

  1. 510909Arabidopsis thaliana [TaxId:3702] [55949] (13 PDB entries)
    1. Domains for 1qn3:
      1. 510934Domain d1qn3a1: 1qn3 A:16-115 [41250]
      2. 510935Domain d1qn3a2: 1qn3 A:116-198 [41251]
      3. 510936Domain d1qn3b1: 1qn3 B:12-115 [41252]
      4. 510937Domain d1qn3b2: 1qn3 B:116-198 [41253]
    2. Domains for 1qn4:
      1. 510914Domain d1qn4a1: 1qn4 A:16-115 [41238]
      2. 510915Domain d1qn4a2: 1qn4 A:116-198 [41239]
      3. 510916Domain d1qn4b1: 1qn4 B:12-115 [41240]
      4. 510917Domain d1qn4b2: 1qn4 B:116-198 [41241]
    3. Domains for 1qn5:
      1. 510918Domain d1qn5a1: 1qn5 A:16-115 [41234]
      2. 510919Domain d1qn5a2: 1qn5 A:116-198 [41235]
      3. 510920Domain d1qn5b1: 1qn5 B:12-115 [41236]
      4. 510921Domain d1qn5b2: 1qn5 B:116-197 [41237]
    4. Domains for 1qn6:
      1. 510938Domain d1qn6a1: 1qn6 A:15-115 [41254]
      2. 510939Domain d1qn6a2: 1qn6 A:116-198 [41255]
      3. 510940Domain d1qn6b1: 1qn6 B:12-115 [41256]
      4. 510941Domain d1qn6b2: 1qn6 B:116-198 [41257]
    5. Domains for 1qn7:
      1. 510946Domain d1qn7a1: 1qn7 A:13-115 [41262]
      2. 510947Domain d1qn7a2: 1qn7 A:116-198 [41263]
      3. 510948Domain d1qn7b1: 1qn7 B:12-115 [41264]
      4. 510949Domain d1qn7b2: 1qn7 B:116-197 [41265]
    6. Domains for 1qn8:
      1. 510942Domain d1qn8a1: 1qn8 A:16-115 [41258]
      2. 510943Domain d1qn8a2: 1qn8 A:116-198 [41259]
      3. 510944Domain d1qn8b1: 1qn8 B:12-115 [41260]
      4. 510945Domain d1qn8b2: 1qn8 B:116-198 [41261]
    7. Domains for 1qn9:
      1. 510922Domain d1qn9a1: 1qn9 A:16-115 [41230]
      2. 510923Domain d1qn9a2: 1qn9 A:116-198 [41231]
      3. 510924Domain d1qn9b1: 1qn9 B:12-115 [41232]
      4. 510925Domain d1qn9b2: 1qn9 B:116-197 [41233]
    8. Domains for 1qna:
      1. 510910Domain d1qnaa1: 1qna A:17-115 [41226]
      2. 510911Domain d1qnaa2: 1qna A:116-198 [41227]
      3. 510912Domain d1qnab1: 1qna B:12-115 [41228]
      4. 510913Domain d1qnab2: 1qna B:116-197 [41229]
    9. Domains for 1qnb:
      1. 510950Domain d1qnba1: 1qnb A:16-115 [41266]
      2. 510951Domain d1qnba2: 1qnb A:116-198 [41267]
      3. 510952Domain d1qnbb1: 1qnb B:12-115 [41268]
      4. 510953Domain d1qnbb2: 1qnb B:116-198 [41269]
    10. Domains for 1qnc:
      1. 510954Domain d1qnca1: 1qnc A:16-115 [41270]
      2. 510955Domain d1qnca2: 1qnc A:116-198 [41271]
      3. 510956Domain d1qncb1: 1qnc B:12-115 [41272]
      4. 510957Domain d1qncb2: 1qnc B:116-198 [41273]
    11. Domains for 1qne:
      1. 510926Domain d1qnea1: 1qne A:12-115 [41246]
      2. 510927Domain d1qnea2: 1qne A:116-198 [41247]
      3. 510928Domain d1qneb1: 1qne B:11-115 [41248]
      4. 510929Domain d1qneb2: 1qne B:116-198 [41249]
    12. Domains for 1vok:
      1. 510930Domain d1voka1: 1vok A:7-115 [41242]
      2. 510931Domain d1voka2: 1vok A:116-198 [41243]
      3. 510932Domain d1vokb1: 1vok B:12-115 [41244]
      4. 510933Domain d1vokb2: 1vok B:116-199 [41245]
    13. Domains for 1vol:
      1. 510958Domain d1volb1: 1vol B:12-115 [41274]
        Other proteins in same PDB: d1vola1, d1vola2
      2. 510959Domain d1volb2: 1vol B:116-198 [41275]
        Other proteins in same PDB: d1vola1, d1vola2
  2. 510960Archaeon Pyrococcus woesei [TaxId:2262] [55951] (3 PDB entries)
    1. Domains for 1ais:
      1. 510961Domain d1aisa1: 1ais A:1-92 [41288]
        Other proteins in same PDB: d1aisb1, d1aisb2
      2. 510962Domain d1aisa2: 1ais A:93-181 [41289]
        Other proteins in same PDB: d1aisb1, d1aisb2
    2. Domains for 1d3u:
      1. 510963Domain d1d3ua1: 1d3u A:1-92 [41290]
        Other proteins in same PDB: d1d3ub1, d1d3ub2
      2. 510964Domain d1d3ua2: 1d3u A:93-181 [41291]
        Other proteins in same PDB: d1d3ub1, d1d3ub2
    3. Domains for 1pcz:
      1. 510965Domain d1pcza1: 1pcz A:2-92 [41292]
      2. 510966Domain d1pcza2: 1pcz A:93-184 [41293]
      3. 510967Domain d1pczb1: 1pcz B:2-92 [41294]
      4. 510968Domain d1pczb2: 1pcz B:93-184 [41295]
  3. 510969Archaeon Sulfolobus acidocaldarius [TaxId:2285] [103238] (1 PDB entry)
  4. 510974Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [55950] (6 PDB entries)
    1. Domains for 1ngm:
      1. 510987Domain d1ngma1: 1ngm A:61-155 [85685]
        Other proteins in same PDB: d1ngmb_, d1ngmf_, d1ngmj_, d1ngmn_
      2. 510988Domain d1ngma2: 1ngm A:156-240 [85686]
        Other proteins in same PDB: d1ngmb_, d1ngmf_, d1ngmj_, d1ngmn_
      3. 510989Domain d1ngme1: 1ngm E:61-155 [85688]
        Other proteins in same PDB: d1ngmb_, d1ngmf_, d1ngmj_, d1ngmn_
      4. 510990Domain d1ngme2: 1ngm E:156-240 [85689]
        Other proteins in same PDB: d1ngmb_, d1ngmf_, d1ngmj_, d1ngmn_
      5. 510991Domain d1ngmi1: 1ngm I:61-155 [85691]
        Other proteins in same PDB: d1ngmb_, d1ngmf_, d1ngmj_, d1ngmn_
      6. 510992Domain d1ngmi2: 1ngm I:156-240 [85692]
        Other proteins in same PDB: d1ngmb_, d1ngmf_, d1ngmj_, d1ngmn_
      7. 510993Domain d1ngmm1: 1ngm M:61-155 [85694]
        Other proteins in same PDB: d1ngmb_, d1ngmf_, d1ngmj_, d1ngmn_
      8. 510994Domain d1ngmm2: 1ngm M:156-240 [85695]
        Other proteins in same PDB: d1ngmb_, d1ngmf_, d1ngmj_, d1ngmn_
        a ternary complex with DNA and Brf1 peptide
    2. Domains for 1nh2:
      1. 510975Domain d1nh2a1: 1nh2 A:61-155 [91872]
        Other proteins in same PDB: d1nh2b_, d1nh2c_, d1nh2d1, d1nh2d2
      2. 510976Domain d1nh2a2: 1nh2 A:156-240 [91873]
        Other proteins in same PDB: d1nh2b_, d1nh2c_, d1nh2d1, d1nh2d2
    3. Domains for 1tba:
      1. 510995Domain d1tbab1: 1tba B:61-155 [41286]
        Other proteins in same PDB: d1tbaa_
      2. 510996Domain d1tbab2: 1tba B:156-240 [41287]
        Other proteins in same PDB: d1tbaa_
    4. Domains for 1tbp:
      1. 510983Domain d1tbpa1: 1tbp A:61-155 [41282]
      2. 510984Domain d1tbpa2: 1tbp A:156-240 [41283]
      3. 510985Domain d1tbpb1: 1tbp B:61-155 [41284]
      4. 510986Domain d1tbpb2: 1tbp B:156-240 [41285]
    5. Domains for 1ytb:
      1. 510977Domain d1ytba1: 1ytb A:61-155 [41276]
      2. 510978Domain d1ytba2: 1ytb A:156-240 [41277]
      3. 510979Domain d1ytbb1: 1ytb B:61-155 [41278]
      4. 510980Domain d1ytbb2: 1ytb B:156-240 [41279]
        complexed with DNA containing TATA-box
    6. Domains for 1ytf:
      1. 510981Domain d1ytfa1: 1ytf A:61-155 [41280]
        Other proteins in same PDB: d1ytfb_, d1ytfc_, d1ytfd1, d1ytfd2
      2. 510982Domain d1ytfa2: 1ytf A:156-240 [41281]
        Other proteins in same PDB: d1ytfb_, d1ytfc_, d1ytfd1, d1ytfd2
  5. 510997Human (Homo sapiens) [TaxId:9606] [55948] (5 PDB entries)
    1. Domains for 1c9b:
      1. 511004Domain d1c9bb1: 1c9b B:158-252 [41216]
        Other proteins in same PDB: d1c9ba1, d1c9ba2, d1c9be1, d1c9be2, d1c9bi1, d1c9bi2, d1c9bm1, d1c9bm2, d1c9bq1, d1c9bq2
      2. 511005Domain d1c9bb2: 1c9b B:253-337 [41217]
        Other proteins in same PDB: d1c9ba1, d1c9ba2, d1c9be1, d1c9be2, d1c9bi1, d1c9bi2, d1c9bm1, d1c9bm2, d1c9bq1, d1c9bq2
      3. 511006Domain d1c9bf1: 1c9b F:158-252 [41218]
        Other proteins in same PDB: d1c9ba1, d1c9ba2, d1c9be1, d1c9be2, d1c9bi1, d1c9bi2, d1c9bm1, d1c9bm2, d1c9bq1, d1c9bq2
      4. 511007Domain d1c9bf2: 1c9b F:253-337 [41219]
        Other proteins in same PDB: d1c9ba1, d1c9ba2, d1c9be1, d1c9be2, d1c9bi1, d1c9bi2, d1c9bm1, d1c9bm2, d1c9bq1, d1c9bq2
      5. 511008Domain d1c9bj1: 1c9b J:158-252 [41220]
        Other proteins in same PDB: d1c9ba1, d1c9ba2, d1c9be1, d1c9be2, d1c9bi1, d1c9bi2, d1c9bm1, d1c9bm2, d1c9bq1, d1c9bq2
      6. 511009Domain d1c9bj2: 1c9b J:253-337 [41221]
        Other proteins in same PDB: d1c9ba1, d1c9ba2, d1c9be1, d1c9be2, d1c9bi1, d1c9bi2, d1c9bm1, d1c9bm2, d1c9bq1, d1c9bq2
      7. 511010Domain d1c9bn1: 1c9b N:158-252 [41222]
        Other proteins in same PDB: d1c9ba1, d1c9ba2, d1c9be1, d1c9be2, d1c9bi1, d1c9bi2, d1c9bm1, d1c9bm2, d1c9bq1, d1c9bq2
      8. 511011Domain d1c9bn2: 1c9b N:253-337 [41223]
        Other proteins in same PDB: d1c9ba1, d1c9ba2, d1c9be1, d1c9be2, d1c9bi1, d1c9bi2, d1c9bm1, d1c9bm2, d1c9bq1, d1c9bq2
      9. 511012Domain d1c9br1: 1c9b R:158-252 [41224]
        Other proteins in same PDB: d1c9ba1, d1c9ba2, d1c9be1, d1c9be2, d1c9bi1, d1c9bi2, d1c9bm1, d1c9bm2, d1c9bq1, d1c9bq2
      10. 511013Domain d1c9br2: 1c9b R:253-337 [41225]
        Other proteins in same PDB: d1c9ba1, d1c9ba2, d1c9be1, d1c9be2, d1c9bi1, d1c9bi2, d1c9bm1, d1c9bm2, d1c9bq1, d1c9bq2
    2. Domains for 1cdw:
      1. 510998Domain d1cdwa1: 1cdw A:155-252 [41212]
      2. 510999Domain d1cdwa2: 1cdw A:253-333 [41213]
    3. Domains for 1jfi:
      1. 511002Domain d1jfic1: 1jfi C:356-456 [62938]
        Other proteins in same PDB: d1jfia_, d1jfib_
      2. 511003Domain d1jfic2: 1jfi C:457-538 [62939]
        Other proteins in same PDB: d1jfia_, d1jfib_
    4. Domains for 1nvp:
      1. 511000Domain d1nvpa1: 1nvp A:159-252 [92209]
        Other proteins in same PDB: d1nvpb_, d1nvpc_, d1nvpd1, d1nvpd2
      2. 511001Domain d1nvpa2: 1nvp A:253-338 [92210]
        Other proteins in same PDB: d1nvpb_, d1nvpc_, d1nvpd1, d1nvpd2
    5. Domains for 1tgh:
      1. 511014Domain d1tgha1: 1tgh A:155-252 [41214]
      2. 511015Domain d1tgha2: 1tgh A:253-334 [41215]

More info for Protein TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain from d.129.1.1: TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

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