SCOPe 2.06: Protein: Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme

Lineage for Protein: Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme

Root: SCOPe 2.06
Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (148 folds)
Fold c.58: Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain [53222] (1 superfamily)
core: 3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 4 strands; 2134
Superfamily c.58.1: Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain [53223] (6 families)
Family c.58.1.3: Malic enzyme N-domain [53240] (2 proteins)
Pfam PF00390; decorated with additional structures; includes N-terminal additional subdomains and extra N-terminal strand
Protein Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme [53241] (3 species)

Species:

Domestic pigeon (Columba livia) [TaxId:8932] [75253] (1 PDB entry)

Domains for 1gq2:

Domain d1gq2a2: 1gq2 A:23-279 [70309]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2b2: 1gq2 B:23-279 [70311]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2c2: 1gq2 C:23-279 [70313]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2d2: 1gq2 D:23-279 [70315]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2e2: 1gq2 E:23-279 [70317]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2f2: 1gq2 F:23-279 [70319]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2g2: 1gq2 G:23-279 [70321]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2h2: 1gq2 H:23-279 [70323]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2i2: 1gq2 I:23-279 [70325]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2j2: 1gq2 J:23-279 [70327]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2k2: 1gq2 K:23-279 [70329]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2l2: 1gq2 L:23-279 [70331]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2m2: 1gq2 M:23-279 [70333]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2n2: 1gq2 N:23-279 [70335]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2o2: 1gq2 O:23-279 [70337]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2p2: 1gq2 P:23-279 [70339]
Other proteins in same PDB: d1gq2a1, d1gq2b1, d1gq2c1, d1gq2d1, d1gq2e1, d1gq2f1, d1gq2g1, d1gq2h1, d1gq2i1, d1gq2j1, d1gq2k1, d1gq2l1, d1gq2m1, d1gq2n1, d1gq2o1, d1gq2p1
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Human (Homo sapiens) [TaxId:9606] [53242] (10 PDB entries)
1. Domains for 1do8:
  1. Domain d1do8a2: 1do8 A:21-279 [33937]
    Other proteins in same PDB: d1do8a1, d1do8b3, d1do8c3, d1do8d3
    complexed with mn, nad, oxl
  2. Domain d1do8b4: 1do8 B:1021-1279 [197454]
    Other proteins in same PDB: d1do8a1, d1do8b3, d1do8c3, d1do8d3
    complexed with mn, nad, oxl
  3. Domain d1do8c4: 1do8 C:2021-2279 [197456]
    Other proteins in same PDB: d1do8a1, d1do8b3, d1do8c3, d1do8d3
    complexed with mn, nad, oxl
  4. Domain d1do8d4: 1do8 D:3021-3279 [197458]
    Other proteins in same PDB: d1do8a1, d1do8b3, d1do8c3, d1do8d3
    complexed with mn, nad, oxl
2. Domains for 1efk:
  1. Domain d1efka2: 1efk A:21-279 [33947]
    Other proteins in same PDB: d1efka1, d1efkb1, d1efkc1, d1efkd1
    complexed with mak, mg, nad
  2. Domain d1efkb2: 1efk B:21-279 [33948]
    Other proteins in same PDB: d1efka1, d1efkb1, d1efkc1, d1efkd1
    complexed with mak, mg, nad
  3. Domain d1efkc2: 1efk C:21-279 [33949]
    Other proteins in same PDB: d1efka1, d1efkb1, d1efkc1, d1efkd1
    complexed with mak, mg, nad
  4. Domain d1efkd2: 1efk D:21-279 [33950]
    Other proteins in same PDB: d1efka1, d1efkb1, d1efkc1, d1efkd1
    complexed with mak, mg, nad
3. Domains for 1efl:
  1. Domain d1efla2: 1efl A:21-279 [33943]
    Other proteins in same PDB: d1efla1, d1eflb1, d1eflc1, d1efld1
    complexed with mg, nad, ttn
  2. Domain d1eflb2: 1efl B:21-279 [33944]
    Other proteins in same PDB: d1efla1, d1eflb1, d1eflc1, d1efld1
    complexed with mg, nad, ttn
  3. Domain d1eflc2: 1efl C:21-279 [33945]
    Other proteins in same PDB: d1efla1, d1eflb1, d1eflc1, d1efld1
    complexed with mg, nad, ttn
  4. Domain d1efld2: 1efl D:21-279 [33946]
    Other proteins in same PDB: d1efla1, d1eflb1, d1eflc1, d1efld1
    complexed with mg, nad, ttn
4. Domains for 1gz3:
  1. Domain d1gz3a2: 1gz3 A:20-279 [83394]
    Other proteins in same PDB: d1gz3a1, d1gz3b1, d1gz3c1, d1gz3d1
    complexed with atp, fum, mn, oxl
  2. Domain d1gz3b2: 1gz3 B:20-279 [83396]
    Other proteins in same PDB: d1gz3a1, d1gz3b1, d1gz3c1, d1gz3d1
    complexed with atp, fum, mn, oxl
  3. Domain d1gz3c2: 1gz3 C:20-279 [83398]
    Other proteins in same PDB: d1gz3a1, d1gz3b1, d1gz3c1, d1gz3d1
    complexed with atp, fum, mn, oxl
  4. Domain d1gz3d2: 1gz3 D:20-279 [83400]
    Other proteins in same PDB: d1gz3a1, d1gz3b1, d1gz3c1, d1gz3d1
    complexed with atp, fum, mn, oxl
5. Domains for 1gz4:
  1. Domain d1gz4a2: 1gz4 A:23-279 [70795]
    Other proteins in same PDB: d1gz4a1, d1gz4b1, d1gz4c1, d1gz4d1
    complexed with atp, fum, mn, ttn
  2. Domain d1gz4b2: 1gz4 B:23-279 [70797]
    Other proteins in same PDB: d1gz4a1, d1gz4b1, d1gz4c1, d1gz4d1
    complexed with atp, fum, mn, ttn
  3. Domain d1gz4c2: 1gz4 C:23-279 [70799]
    Other proteins in same PDB: d1gz4a1, d1gz4b1, d1gz4c1, d1gz4d1
    complexed with atp, fum, mn, ttn
  4. Domain d1gz4d2: 1gz4 D:23-279 [70801]
    Other proteins in same PDB: d1gz4a1, d1gz4b1, d1gz4c1, d1gz4d1
    complexed with atp, fum, mn, ttn
6. Domains for 1pj2:
  1. Domain d1pj2a2: 1pj2 A:21-279 [94719]
    Other proteins in same PDB: d1pj2a1, d1pj2b1, d1pj2c1, d1pj2d1
    complexed with fum, mlt, mn, nai
  2. Domain d1pj2b2: 1pj2 B:1021-1279 [94721]
    Other proteins in same PDB: d1pj2a1, d1pj2b1, d1pj2c1, d1pj2d1
    complexed with fum, mlt, mn, nai
  3. Domain d1pj2c2: 1pj2 C:2021-2279 [94723]
    Other proteins in same PDB: d1pj2a1, d1pj2b1, d1pj2c1, d1pj2d1
    complexed with fum, mlt, mn, nai
  4. Domain d1pj2d2: 1pj2 D:3021-3279 [94725]
    Other proteins in same PDB: d1pj2a1, d1pj2b1, d1pj2c1, d1pj2d1
    complexed with fum, mlt, mn, nai
7. Domains for 1pj3:
  1. Domain d1pj3a2: 1pj3 A:21-279 [94727]
    Other proteins in same PDB: d1pj3a1, d1pj3b1, d1pj3c1, d1pj3d1
    complexed with fum, mn, nad, pyr
  2. Domain d1pj3b2: 1pj3 B:1021-1279 [94729]
    Other proteins in same PDB: d1pj3a1, d1pj3b1, d1pj3c1, d1pj3d1
    complexed with fum, mn, nad, pyr
  3. Domain d1pj3c2: 1pj3 C:2021-2279 [94731]
    Other proteins in same PDB: d1pj3a1, d1pj3b1, d1pj3c1, d1pj3d1
    complexed with fum, mn, nad, pyr
  4. Domain d1pj3d2: 1pj3 D:3021-3279 [94733]
    Other proteins in same PDB: d1pj3a1, d1pj3b1, d1pj3c1, d1pj3d1
    complexed with fum, mn, nad, pyr
8. Domains for 1pj4:
  1. Domain d1pj4a2: 1pj4 A:22-279 [94735]
    Other proteins in same PDB: d1pj4a1, d1pj4b1, d1pj4c1, d1pj4d1
    complexed with atp, fum, mlt, mn
  2. Domain d1pj4b2: 1pj4 B:1022-1279 [94737]
    Other proteins in same PDB: d1pj4a1, d1pj4b1, d1pj4c1, d1pj4d1
    complexed with atp, fum, mlt, mn
  3. Domain d1pj4c2: 1pj4 C:2022-2279 [94739]
    Other proteins in same PDB: d1pj4a1, d1pj4b1, d1pj4c1, d1pj4d1
    complexed with atp, fum, mlt, mn
  4. Domain d1pj4d2: 1pj4 D:3022-3279 [94741]
    Other proteins in same PDB: d1pj4a1, d1pj4b1, d1pj4c1, d1pj4d1
    complexed with atp, fum, mlt, mn
9. Domains for 1pjl:
  1. Domain d1pjla2: 1pjl A:23-279 [88124]
    Other proteins in same PDB: d1pjla1, d1pjlb1, d1pjlc1, d1pjld1, d1pjle1, d1pjlf1, d1pjlg1, d1pjlh1
    complexed with lu, nad
  2. Domain d1pjlb2: 1pjl B:1023-1279 [88126]
    Other proteins in same PDB: d1pjla1, d1pjlb1, d1pjlc1, d1pjld1, d1pjle1, d1pjlf1, d1pjlg1, d1pjlh1
    complexed with lu, nad
  3. Domain d1pjlc2: 1pjl C:2023-2279 [88128]
    Other proteins in same PDB: d1pjla1, d1pjlb1, d1pjlc1, d1pjld1, d1pjle1, d1pjlf1, d1pjlg1, d1pjlh1
    complexed with lu, nad
  4. Domain d1pjld2: 1pjl D:3023-3279 [88130]
    Other proteins in same PDB: d1pjla1, d1pjlb1, d1pjlc1, d1pjld1, d1pjle1, d1pjlf1, d1pjlg1, d1pjlh1
    complexed with lu, nad
  5. Domain d1pjle2: 1pjl E:4023-4279 [88132]
    Other proteins in same PDB: d1pjla1, d1pjlb1, d1pjlc1, d1pjld1, d1pjle1, d1pjlf1, d1pjlg1, d1pjlh1
    complexed with lu, nad
  6. Domain d1pjlf2: 1pjl F:5023-5279 [88134]
    Other proteins in same PDB: d1pjla1, d1pjlb1, d1pjlc1, d1pjld1, d1pjle1, d1pjlf1, d1pjlg1, d1pjlh1
    complexed with lu, nad
  7. Domain d1pjlg2: 1pjl G:6023-6279 [88136]
    Other proteins in same PDB: d1pjla1, d1pjlb1, d1pjlc1, d1pjld1, d1pjle1, d1pjlf1, d1pjlg1, d1pjlh1
    complexed with lu, nad
  8. Domain d1pjlh2: 1pjl H:7023-7279 [88138]
    Other proteins in same PDB: d1pjla1, d1pjlb1, d1pjlc1, d1pjld1, d1pjle1, d1pjlf1, d1pjlg1, d1pjlh1
    complexed with lu, nad
10. Domains for 1qr6:
  1. Domain d1qr6a2: 1qr6 A:23-279 [33941]
    Other proteins in same PDB: d1qr6a1, d1qr6b1
    complexed with nad
  2. Domain d1qr6b2: 1qr6 B:1023-1279 [33942]
    Other proteins in same PDB: d1qr6a1, d1qr6b1
    complexed with nad
Pig roundworm (Ascaris suum) [TaxId:6253] [75254] (2 PDB entries)
1. Domains for 1llq:
  1. Domain d1llqa2: 1llq A:2-295 [74009]
    Other proteins in same PDB: d1llqa1, d1llqb1
    complexed with nad
  2. Domain d1llqb2: 1llq B:2-295 [74011]
    Other proteins in same PDB: d1llqa1, d1llqb1
    complexed with nad
2. Domains for 1o0s:
  1. Domain d1o0sa2: 1o0s A:2-295 [86541]
    Other proteins in same PDB: d1o0sa1, d1o0sb1
    complexed with nai, ttn
  2. Domain d1o0sb2: 1o0s B:2-295 [86543]
    Other proteins in same PDB: d1o0sa1, d1o0sb1
    complexed with nai, ttn

More info for Protein Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme from c.58.1.3: Malic enzyme N-domain

Timeline for Protein Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme from c.58.1.3: Malic enzyme N-domain:

Protein Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme from c.58.1.3: Malic enzyme N-domain first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55, called Protein Mitochondrial NAD(P)-dependenent malic enzyme from c.58.1.3: Mitochondrial NAD(P)-dependenent malic enzyme
Protein Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme from c.58.1.3: Malic enzyme N-domain appears in SCOPe 2.05
Protein Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme from c.58.1.3: Malic enzyme N-domain appears in SCOPe 2.07
Protein Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme from c.58.1.3: Malic enzyme N-domain appears in the current release, SCOPe 2.08