SCOPe 2.08: Protein: Eukaryotic RPB5 N-terminal domain

Lineage for Protein: Eukaryotic RPB5 N-terminal domain

Root: SCOPe 2.08
Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (148 folds)
Fold c.52: Restriction endonuclease-like [52979] (4 superfamilies)
core: 3 layers, a/b/a; mixed beta-sheet of 5 strands, order 12345; strands 2 &, in some families, 5 are antiparallel to the rest
Superfamily c.52.3: Eukaryotic RPB5 N-terminal domain [53036] (1 family)
Family c.52.3.1: Eukaryotic RPB5 N-terminal domain [53037] (2 proteins)
Protein Eukaryotic RPB5 N-terminal domain [53038] (2 species)

Species:

Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [53039] (27 PDB entries)
Uniprot P20434; part of multichain biological unit

Domain for 1dzf:
- Domain d1dzfa1: 1dzf A:5-143 [33344]
  Other proteins in same PDB: d1dzfa2

Domain for 1i3q:

Domain d1i3qe1: 1i3q E:1-143 [61611]
Other proteins in same PDB: d1i3qa_, d1i3qb_, d1i3qc1, d1i3qc2, d1i3qe2, d1i3qf_, d1i3qh_, d1i3qi1, d1i3qi2, d1i3qj_, d1i3qk_, d1i3ql_
protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 1i50:

Domain d1i50e1: 1i50 E:1-143 [61758]
Other proteins in same PDB: d1i50a_, d1i50b_, d1i50c1, d1i50c2, d1i50e2, d1i50f_, d1i50h_, d1i50i1, d1i50i2, d1i50j_, d1i50k_, d1i50l_
protein/RNA complex; complexed with mn, zn

Domain for 1i6h:

Domain d1i6he1: 1i6h E:2-143 [61835]
Other proteins in same PDB: d1i6ha_, d1i6hb_, d1i6hc1, d1i6hc2, d1i6he2, d1i6hf_, d1i6hh_, d1i6hi1, d1i6hi2, d1i6hj_, d1i6hk_, d1i6hl_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 1k83:

Domain d1k83e1: 1k83 E:3-143 [68279]
Other proteins in same PDB: d1k83a_, d1k83b_, d1k83c1, d1k83c2, d1k83e2, d1k83f_, d1k83h_, d1k83i1, d1k83i2, d1k83j_, d1k83k_, d1k83l_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mn, zn

Domain for 1twa:

Domain d1twae1: 1twa E:1-143 [112700]
Other proteins in same PDB: d1twaa_, d1twab_, d1twac1, d1twac2, d1twae2, d1twaf_, d1twah_, d1twai1, d1twai2, d1twaj_, d1twak_, d1twal_
protein/RNA complex; complexed with atp, mn, zn

Domain for 1twc:

Domain d1twce1: 1twc E:1-143 [112715]
Other proteins in same PDB: d1twca_, d1twcb_, d1twcc1, d1twcc2, d1twce2, d1twcf_, d1twch_, d1twci1, d1twci2, d1twcj_, d1twck_, d1twcl_
protein/RNA complex; complexed with gtp, mn, zn

Domain for 1twf:

Domain d1twfe1: 1twf E:1-143 [112729]
Other proteins in same PDB: d1twfa_, d1twfb_, d1twfc1, d1twfc2, d1twfe2, d1twff_, d1twfh_, d1twfi1, d1twfi2, d1twfj_, d1twfk_, d1twfl_
protein/RNA complex; complexed with mn, utp, zn

Domain for 1twg:

Domain d1twge1: 1twg E:1-143 [112742]
Other proteins in same PDB: d1twga_, d1twgb_, d1twgc1, d1twgc2, d1twge2, d1twgf_, d1twgh_, d1twgi1, d1twgi2, d1twgj_, d1twgk_, d1twgl_
protein/RNA complex; complexed with ctp, mn, zn

Domain for 1twh:

Domain d1twhe1: 1twh E:1-143 [112755]
Other proteins in same PDB: d1twha_, d1twhb_, d1twhc1, d1twhc2, d1twhe2, d1twhf_, d1twhh_, d1twhi1, d1twhi2, d1twhj_, d1twhk_, d1twhl_
protein/RNA complex; complexed with atp, mn, zn

Domain for 2b63:

Domain d2b63e1: 2b63 E:2-143 [127922]
Other proteins in same PDB: d2b63a1, d2b63b1, d2b63c1, d2b63c2, d2b63d1, d2b63e2, d2b63f1, d2b63g1, d2b63h1, d2b63i1, d2b63i2, d2b63j1, d2b63k1, d2b63l1
automatically matched to d1i3qe1
protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 2b8k:

Domain d2b8ke1: 2b8k E:2-143 [128081]
Other proteins in same PDB: d2b8ka1, d2b8kb1, d2b8kc1, d2b8kc2, d2b8kd1, d2b8ke2, d2b8kf1, d2b8kg1, d2b8kg2, d2b8kh1, d2b8ki1, d2b8ki2, d2b8kj1, d2b8kk1, d2b8kl1
automatically matched to d1i3qe1
complexed with zn

Domain for 2e2h:

Domain d2e2he1: 2e2h E:3-143 [131985]
Other proteins in same PDB: d2e2ha1, d2e2hb1, d2e2hc1, d2e2hc2, d2e2he2, d2e2hf1, d2e2hh1, d2e2hi1, d2e2hi2, d2e2hj1, d2e2hk1, d2e2hl1
automatically matched to d1i3qe1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with gtp, mg, zn

Domain for 2e2i:

Domain d2e2ie1: 2e2i E:3-143 [131998]
Other proteins in same PDB: d2e2ia1, d2e2ib1, d2e2ic1, d2e2ic2, d2e2ie2, d2e2if1, d2e2ih1, d2e2ii1, d2e2ii2, d2e2ij1, d2e2ik1, d2e2il1
automatically matched to d1i3qe1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with dgt, mg, zn

Domain for 2e2j:

Domain d2e2je1: 2e2j E:2-143 [132011]
Other proteins in same PDB: d2e2ja1, d2e2jb1, d2e2jc1, d2e2jc2, d2e2je2, d2e2jf1, d2e2jh1, d2e2ji1, d2e2ji2, d2e2jj1, d2e2jk1, d2e2jl1
automatically matched to d1i3qe1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with g2p, mg, zn

Domain for 2ja5:

Domain d2ja5e1: 2ja5 E:2-143 [138163]
Other proteins in same PDB: d2ja5a1, d2ja5b1, d2ja5c1, d2ja5c2, d2ja5d1, d2ja5e2, d2ja5f1, d2ja5g1, d2ja5g2, d2ja5h1, d2ja5i1, d2ja5i2, d2ja5j1, d2ja5k1, d2ja5l1
automatically matched to d1i3qe1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 2ja6:

Domain d2ja6e1: 2ja6 E:2-143 [138179]
Other proteins in same PDB: d2ja6a1, d2ja6b1, d2ja6c1, d2ja6c2, d2ja6d1, d2ja6e2, d2ja6f1, d2ja6g1, d2ja6g2, d2ja6h1, d2ja6i1, d2ja6i2, d2ja6j1, d2ja6k1, d2ja6l1
automatically matched to d1i3qe1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domains for 2ja7:

Domain d2ja7e1: 2ja7 E:2-143 [138195]
Other proteins in same PDB: d2ja7a1, d2ja7b1, d2ja7c1, d2ja7c2, d2ja7d1, d2ja7e2, d2ja7f1, d2ja7g1, d2ja7g2, d2ja7h1, d2ja7i1, d2ja7i2, d2ja7j1, d2ja7k1, d2ja7l1, d2ja7m1, d2ja7n1, d2ja7o1, d2ja7o2, d2ja7p1, d2ja7q2, d2ja7r1, d2ja7s1, d2ja7s2, d2ja7t1, d2ja7u1, d2ja7u2, d2ja7v1, d2ja7w1, d2ja7x1
automatically matched to d1i3qe1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain d2ja7q1: 2ja7 Q:2-143 [138211]
Other proteins in same PDB: d2ja7a1, d2ja7b1, d2ja7c1, d2ja7c2, d2ja7d1, d2ja7e2, d2ja7f1, d2ja7g1, d2ja7g2, d2ja7h1, d2ja7i1, d2ja7i2, d2ja7j1, d2ja7k1, d2ja7l1, d2ja7m1, d2ja7n1, d2ja7o1, d2ja7o2, d2ja7p1, d2ja7q2, d2ja7r1, d2ja7s1, d2ja7s2, d2ja7t1, d2ja7u1, d2ja7u2, d2ja7v1, d2ja7w1, d2ja7x1
automatically matched to d1i3qe1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 2ja8:

Domain d2ja8e1: 2ja8 E:2-143 [138227]
Other proteins in same PDB: d2ja8a1, d2ja8b1, d2ja8c1, d2ja8c2, d2ja8d1, d2ja8e2, d2ja8f1, d2ja8g1, d2ja8g2, d2ja8h1, d2ja8i1, d2ja8i2, d2ja8j1, d2ja8k1, d2ja8l1
automatically matched to d1i3qe1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 2nvq:

Domain d2nvqe1: 2nvq E:2-143 [138638]
Other proteins in same PDB: d2nvqa_, d2nvqb_, d2nvqc1, d2nvqc2, d2nvqe2, d2nvqf_, d2nvqh_, d2nvqi1, d2nvqi2, d2nvqj_, d2nvqk_, d2nvql_
automated match to d1twfe1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with dut, mg, zn

Domain for 2nvt:

Domain d2nvte1: 2nvt E:2-143 [138651]
Other proteins in same PDB: d2nvta1, d2nvtb1, d2nvtc1, d2nvtc2, d2nvte2, d2nvtf1, d2nvth1, d2nvti1, d2nvti2, d2nvtj1, d2nvtk1, d2nvtl1
automatically matched to d1i3qe1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with g2p, mg, zn

Domain for 2nvx:

Domain d2nvxe1: 2nvx E:2-143 [138671]
Other proteins in same PDB: d2nvxa1, d2nvxb1, d2nvxc1, d2nvxc2, d2nvxe2, d2nvxf1, d2nvxh1, d2nvxi1, d2nvxi2, d2nvxj1, d2nvxk1, d2nvxl1
automatically matched to d1i3qe1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with dut, mg, zn

Domain for 2nvy:

Domain d2nvye1: 2nvy E:2-143 [138684]
Other proteins in same PDB: d2nvya1, d2nvyb1, d2nvyc1, d2nvyc2, d2nvye2, d2nvyf1, d2nvyh1, d2nvyi1, d2nvyi2, d2nvyj1, d2nvyk1, d2nvyl1
automatically matched to d1i3qe1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mn, zn

Domain for 2nvz:

Domain d2nvze1: 2nvz E:3-143 [138697]
Other proteins in same PDB: d2nvza1, d2nvzb1, d2nvzc1, d2nvzc2, d2nvze2, d2nvzf1, d2nvzh1, d2nvzi1, d2nvzi2, d2nvzj1, d2nvzk1, d2nvzl1
automatically matched to d1i3qe1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, utp, zn

Domain for 2yu9:

Domain d2yu9e1: 2yu9 E:2-143 [140068]
Other proteins in same PDB: d2yu9a1, d2yu9b1, d2yu9c1, d2yu9c2, d2yu9e2, d2yu9f1, d2yu9h1, d2yu9i1, d2yu9i2, d2yu9j1, d2yu9k1, d2yu9l1
automatically matched to d1i3qe1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, utp, zn

Domains for 4c2m:

Domain d4c2me1: 4c2m E:4-143 [228423]
Other proteins in same PDB: d4c2m1_, d4c2m2_, d4c2m3_, d4c2ma_, d4c2mb_, d4c2mc1, d4c2mc2, d4c2me2, d4c2mf_, d4c2mg1, d4c2mh_, d4c2mi1, d4c2mi2, d4c2mj_, d4c2mk_, d4c2ml_, d4c2mm_, d4c2mn_, d4c2mp_, d4c2mq_, d4c2mr1, d4c2mr2, d4c2mt2, d4c2mu_, d4c2mv1, d4c2mw_, d4c2mx1, d4c2mx2, d4c2my_, d4c2mz_
automated match to d1twfe1
complexed with so4, zn

Domain d4c2mt1: 4c2m T:4-143 [228430]
Other proteins in same PDB: d4c2m1_, d4c2m2_, d4c2m3_, d4c2ma_, d4c2mb_, d4c2mc1, d4c2mc2, d4c2me2, d4c2mf_, d4c2mg1, d4c2mh_, d4c2mi1, d4c2mi2, d4c2mj_, d4c2mk_, d4c2ml_, d4c2mm_, d4c2mn_, d4c2mp_, d4c2mq_, d4c2mr1, d4c2mr2, d4c2mt2, d4c2mu_, d4c2mv1, d4c2mw_, d4c2mx1, d4c2mx2, d4c2my_, d4c2mz_
automated match to d1twfe1
complexed with so4, zn

Domain for 4c3h:

Domain d4c3he1: 4c3h E:1-143 [345091]
Other proteins in same PDB: d4c3ha_, d4c3hb_, d4c3hc1, d4c3hc2, d4c3hd_, d4c3he2, d4c3hf_, d4c3hg1, d4c3hg2, d4c3hh_, d4c3hi1, d4c3hi2, d4c3hj_, d4c3hk_, d4c3hl_, d4c3hm_, d4c3hn_
complexed with zn

Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:559292] [224894] (1 PDB entry)

Domain for 3s14:

Domain d3s14e1: 3s14 E:2-143 [216146]
Other proteins in same PDB: d3s14a_, d3s14b_, d3s14c1, d3s14c2, d3s14e2, d3s14f_, d3s14h_, d3s14i1, d3s14i2, d3s14j_, d3s14k_, d3s14l_
automated match to d1twfe1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

More info for Protein Eukaryotic RPB5 N-terminal domain from c.52.3.1: Eukaryotic RPB5 N-terminal domain

Timeline for Protein Eukaryotic RPB5 N-terminal domain from c.52.3.1: Eukaryotic RPB5 N-terminal domain:

Protein Eukaryotic RPB5 N-terminal domain from c.52.3.1: Eukaryotic RPB5 N-terminal domain first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55
Protein Eukaryotic RPB5 N-terminal domain from c.52.3.1: Eukaryotic RPB5 N-terminal domain appears in SCOPe 2.07