SCOP 1.67: Species: Spinach (Spinacia oleracea)

Lineage for Species: Spinach (Spinacia oleracea)

Root: SCOP 1.67
Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (130 folds)

Fold c.1: TIM beta/alpha-barrel [51350] (28 superfamilies)
contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678
the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites

Superfamily c.1.14: RuBisCo, C-terminal domain [51649] (1 family)
Family c.1.14.1: RuBisCo, large subunit, C-terminal domain [51650] (1 protein)
N-terminal domain is alpha+beta
Protein Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase [51651] (8 species)
Species Spinach (Spinacia oleracea) [TaxId:3562] [51653] (8 PDB entries)

PDB entries in Species: Spinach (Spinacia oleracea):

Domain(s) for 1aa1:
1. Domain d1aa1b1: 1aa1 B:148-463 [29348]
  Other proteins in same PDB: d1aa1b2, d1aa1c_, d1aa1e2, d1aa1f_, d1aa1h2, d1aa1i_, d1aa1l2, d1aa1s_
2. Domain d1aa1e1: 1aa1 E:148-463 [29349]
  Other proteins in same PDB: d1aa1b2, d1aa1c_, d1aa1e2, d1aa1f_, d1aa1h2, d1aa1i_, d1aa1l2, d1aa1s_
3. Domain d1aa1h1: 1aa1 H:148-463 [29350]
  Other proteins in same PDB: d1aa1b2, d1aa1c_, d1aa1e2, d1aa1f_, d1aa1h2, d1aa1i_, d1aa1l2, d1aa1s_
  complexed with 3pg, mg
4. Domain d1aa1l1: 1aa1 L:148-463 [29347]
  Other proteins in same PDB: d1aa1b2, d1aa1c_, d1aa1e2, d1aa1f_, d1aa1h2, d1aa1i_, d1aa1l2, d1aa1s_
Domain(s) for 1aus:
- Domain d1ausl1: 1aus L:148-463 [29355]
  Other proteins in same PDB: d1ausl2, d1auss_
  complexed with cbx, mg
Domain(s) for 1ir1:
1. Domain d1ir1a1: 1ir1 A:148-475 [71282]
  Other proteins in same PDB: d1ir1a2, d1ir1b2, d1ir1c2, d1ir1d2, d1ir1s_, d1ir1t_, d1ir1u_, d1ir1v_
2. Domain d1ir1b1: 1ir1 B:148-475 [71284]
  Other proteins in same PDB: d1ir1a2, d1ir1b2, d1ir1c2, d1ir1d2, d1ir1s_, d1ir1t_, d1ir1u_, d1ir1v_
3. Domain d1ir1c1: 1ir1 C:148-475 [71286]
  Other proteins in same PDB: d1ir1a2, d1ir1b2, d1ir1c2, d1ir1d2, d1ir1s_, d1ir1t_, d1ir1u_, d1ir1v_
4. Domain d1ir1d1: 1ir1 D:148-475 [71288]
  Other proteins in same PDB: d1ir1a2, d1ir1b2, d1ir1c2, d1ir1d2, d1ir1s_, d1ir1t_, d1ir1u_, d1ir1v_
  complexed with cap, kcx, mg, mme
Domain(s) for 1rbo:
1. Domain d1rbob1: 1rbo B:148-475 [29344]
  Other proteins in same PDB: d1rbob2, d1rboc_, d1rboe2, d1rbof_, d1rboh2, d1rboi_, d1rbol2, d1rbos_
2. Domain d1rboe1: 1rbo E:148-475 [29345]
  Other proteins in same PDB: d1rbob2, d1rboc_, d1rboe2, d1rbof_, d1rboh2, d1rboi_, d1rbol2, d1rbos_
3. Domain d1rboh1: 1rbo H:148-475 [29346]
  Other proteins in same PDB: d1rbob2, d1rboc_, d1rboe2, d1rbof_, d1rboh2, d1rboi_, d1rbol2, d1rbos_
  complexed with cap
4. Domain d1rbol1: 1rbo L:148-475 [29343]
  Other proteins in same PDB: d1rbob2, d1rboc_, d1rboe2, d1rbof_, d1rboh2, d1rboi_, d1rbol2, d1rbos_

Domain(s) for 1rco:

Domain d1rcob1: 1rco B:148-475 [29357]
Other proteins in same PDB: d1rcob2, d1rcoc_, d1rcoe2, d1rcof_, d1rcoh2, d1rcoi_, d1rcok2, d1rcol2, d1rcom_, d1rcoo2, d1rcop_, d1rcor2, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov2, d1rcow_

Domain d1rcoe1: 1rco E:148-475 [29358]
Other proteins in same PDB: d1rcob2, d1rcoc_, d1rcoe2, d1rcof_, d1rcoh2, d1rcoi_, d1rcok2, d1rcol2, d1rcom_, d1rcoo2, d1rcop_, d1rcor2, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov2, d1rcow_

Domain d1rcoh1: 1rco H:148-475 [29359]
Other proteins in same PDB: d1rcob2, d1rcoc_, d1rcoe2, d1rcof_, d1rcoh2, d1rcoi_, d1rcok2, d1rcol2, d1rcom_, d1rcoo2, d1rcop_, d1rcor2, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov2, d1rcow_

Domain d1rcok1: 1rco K:148-475 [29360]
Other proteins in same PDB: d1rcob2, d1rcoc_, d1rcoe2, d1rcof_, d1rcoh2, d1rcoi_, d1rcok2, d1rcol2, d1rcom_, d1rcoo2, d1rcop_, d1rcor2, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov2, d1rcow_

Domain d1rcol1: 1rco L:148-475 [29356]
Other proteins in same PDB: d1rcob2, d1rcoc_, d1rcoe2, d1rcof_, d1rcoh2, d1rcoi_, d1rcok2, d1rcol2, d1rcom_, d1rcoo2, d1rcop_, d1rcor2, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov2, d1rcow_

Domain d1rcoo1: 1rco O:148-475 [29361]
Other proteins in same PDB: d1rcob2, d1rcoc_, d1rcoe2, d1rcof_, d1rcoh2, d1rcoi_, d1rcok2, d1rcol2, d1rcom_, d1rcoo2, d1rcop_, d1rcor2, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov2, d1rcow_

Domain d1rcor1: 1rco R:148-475 [29362]
Other proteins in same PDB: d1rcob2, d1rcoc_, d1rcoe2, d1rcof_, d1rcoh2, d1rcoi_, d1rcok2, d1rcol2, d1rcom_, d1rcoo2, d1rcop_, d1rcor2, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov2, d1rcow_

Domain d1rcov1: 1rco V:148-475 [29363]
Other proteins in same PDB: d1rcob2, d1rcoc_, d1rcoe2, d1rcof_, d1rcoh2, d1rcoi_, d1rcok2, d1rcol2, d1rcom_, d1rcoo2, d1rcop_, d1rcor2, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov2, d1rcow_
complexed with xdp

Domain(s) for 1rcx:

Domain d1rcxb1: 1rcx B:148-475 [29365]
Other proteins in same PDB: d1rcxb2, d1rcxc_, d1rcxe2, d1rcxf_, d1rcxh2, d1rcxi_, d1rcxk2, d1rcxl2, d1rcxm_, d1rcxo2, d1rcxp_, d1rcxr2, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv2, d1rcxw_

Domain d1rcxe1: 1rcx E:148-475 [29366]
Other proteins in same PDB: d1rcxb2, d1rcxc_, d1rcxe2, d1rcxf_, d1rcxh2, d1rcxi_, d1rcxk2, d1rcxl2, d1rcxm_, d1rcxo2, d1rcxp_, d1rcxr2, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv2, d1rcxw_

Domain d1rcxh1: 1rcx H:148-475 [29367]
Other proteins in same PDB: d1rcxb2, d1rcxc_, d1rcxe2, d1rcxf_, d1rcxh2, d1rcxi_, d1rcxk2, d1rcxl2, d1rcxm_, d1rcxo2, d1rcxp_, d1rcxr2, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv2, d1rcxw_

Domain d1rcxk1: 1rcx K:148-475 [29368]
Other proteins in same PDB: d1rcxb2, d1rcxc_, d1rcxe2, d1rcxf_, d1rcxh2, d1rcxi_, d1rcxk2, d1rcxl2, d1rcxm_, d1rcxo2, d1rcxp_, d1rcxr2, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv2, d1rcxw_

Domain d1rcxl1: 1rcx L:148-475 [29364]
Other proteins in same PDB: d1rcxb2, d1rcxc_, d1rcxe2, d1rcxf_, d1rcxh2, d1rcxi_, d1rcxk2, d1rcxl2, d1rcxm_, d1rcxo2, d1rcxp_, d1rcxr2, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv2, d1rcxw_

Domain d1rcxo1: 1rcx O:148-475 [29369]
Other proteins in same PDB: d1rcxb2, d1rcxc_, d1rcxe2, d1rcxf_, d1rcxh2, d1rcxi_, d1rcxk2, d1rcxl2, d1rcxm_, d1rcxo2, d1rcxp_, d1rcxr2, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv2, d1rcxw_

Domain d1rcxr1: 1rcx R:148-475 [29370]
Other proteins in same PDB: d1rcxb2, d1rcxc_, d1rcxe2, d1rcxf_, d1rcxh2, d1rcxi_, d1rcxk2, d1rcxl2, d1rcxm_, d1rcxo2, d1rcxp_, d1rcxr2, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv2, d1rcxw_

Domain d1rcxv1: 1rcx V:148-475 [29371]
Other proteins in same PDB: d1rcxb2, d1rcxc_, d1rcxe2, d1rcxf_, d1rcxh2, d1rcxi_, d1rcxk2, d1rcxl2, d1rcxm_, d1rcxo2, d1rcxp_, d1rcxr2, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv2, d1rcxw_
complexed with rub

Domain(s) for 1rxo:
1. Domain d1rxob1: 1rxo B:148-463 [29352]
  Other proteins in same PDB: d1rxob2, d1rxoc_, d1rxoe2, d1rxof_, d1rxoh2, d1rxoi_, d1rxol2, d1rxos_
2. Domain d1rxoe1: 1rxo E:148-463 [29353]
  Other proteins in same PDB: d1rxob2, d1rxoc_, d1rxoe2, d1rxof_, d1rxoh2, d1rxoi_, d1rxol2, d1rxos_
3. Domain d1rxoh1: 1rxo H:148-463 [29354]
  Other proteins in same PDB: d1rxob2, d1rxoc_, d1rxoe2, d1rxof_, d1rxoh2, d1rxoi_, d1rxol2, d1rxos_
  complexed with ca, rub
4. Domain d1rxol1: 1rxo L:148-463 [29351]
  Other proteins in same PDB: d1rxob2, d1rxoc_, d1rxoe2, d1rxof_, d1rxoh2, d1rxoi_, d1rxol2, d1rxos_
Domain(s) for 8ruc:
1. Domain d8ruca1: 8ruc A:148-475 [29339]
  Other proteins in same PDB: d8ruca2, d8rucc2, d8ruce2, d8rucg2, d8ruci_, d8rucj_, d8ruck_, d8rucl_
2. Domain d8rucc1: 8ruc C:148-475 [29340]
  Other proteins in same PDB: d8ruca2, d8rucc2, d8ruce2, d8rucg2, d8ruci_, d8rucj_, d8ruck_, d8rucl_
3. Domain d8ruce1: 8ruc E:148-475 [29341]
  Other proteins in same PDB: d8ruca2, d8rucc2, d8ruce2, d8rucg2, d8ruci_, d8rucj_, d8ruck_, d8rucl_
4. Domain d8rucg1: 8ruc G:148-475 [29342]
  Other proteins in same PDB: d8ruca2, d8rucc2, d8ruce2, d8rucg2, d8ruci_, d8rucj_, d8ruck_, d8rucl_
  complexed with cap, mg

More info for Species Spinach (Spinacia oleracea) [TaxId:3562] from c.1.14.1 Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

Timeline for Species Spinach (Spinacia oleracea) [TaxId:3562] from c.1.14.1 Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase:

Species Spinach (Spinacia oleracea) [TaxId:3562] from c.1.14.1 Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55
Species Spinach (Spinacia oleracea) [TaxId:3562] from c.1.14.1 Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase appears in SCOP 1.65
Species Spinach (Spinacia oleracea) [TaxId:3562] from c.1.14.1 Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase appears in SCOP 1.69
Species Spinach (Spinacia oleracea) [TaxId:3562] from c.1.14.1 Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase appears in the current release, SCOPe 2.08