Lineage for Species: Paracoccus denitrificans [TaxId: 266]

  1. Root: SCOPe 2.06
  2. 2017114Class b: All beta proteins [48724] (177 folds)
  3. 2036241Fold b.6: Cupredoxin-like [49502] (2 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets, greek-key
    variations: some members have additional 1-2 strands
  4. 2036242Superfamily b.6.1: Cupredoxins [49503] (8 families) (S)
    contains copper-binding site
  5. 2036243Family b.6.1.1: Plastocyanin/azurin-like [49504] (10 protein domains)
    mono-domain proteins
  6. 2036244Protein Amicyanin [49505] (2 species)
  7. 2036245Species Paracoccus denitrificans [TaxId:266] [49506] (35 PDB entries)
    Uniprot P22364

PDB entries in Species: Paracoccus denitrificans [TaxId: 266]:

  1. Domain(s) for 1aac:
  2. Domain(s) for 1aaj:
  3. Domain(s) for 1aan:
  4. Domain(s) for 1bxa:
  5. Domain(s) for 1mda:
    1. 2036308Domain d1mdaa_: 1mda A: [22844]
      Other proteins in same PDB: d1mdah_, d1mdaj_, d1mdal_, d1mdam_
      complexed with cu
    2. 2036309Domain d1mdab_: 1mda B: [22845]
      Other proteins in same PDB: d1mdah_, d1mdaj_, d1mdal_, d1mdam_
      complexed with cu
  6. Domain(s) for 1mg2:
    1. 2036289Domain d1mg2c_: 1mg2 C: [79061]
      Other proteins in same PDB: d1mg2a_, d1mg2b_, d1mg2d_, d1mg2e_, d1mg2f_, d1mg2h_, d1mg2i_, d1mg2j_, d1mg2l_, d1mg2m_, d1mg2n_, d1mg2p_
      complexed with cu, hem, na, po4; mutant
    2. 2036290Domain d1mg2g_: 1mg2 G: [79065]
      Other proteins in same PDB: d1mg2a_, d1mg2b_, d1mg2d_, d1mg2e_, d1mg2f_, d1mg2h_, d1mg2i_, d1mg2j_, d1mg2l_, d1mg2m_, d1mg2n_, d1mg2p_
      complexed with cu, hem, na, po4; mutant
    3. 2036291Domain d1mg2k_: 1mg2 K: [79069]
      Other proteins in same PDB: d1mg2a_, d1mg2b_, d1mg2d_, d1mg2e_, d1mg2f_, d1mg2h_, d1mg2i_, d1mg2j_, d1mg2l_, d1mg2m_, d1mg2n_, d1mg2p_
      complexed with cu, hem, na, po4; mutant
    4. 2036292Domain d1mg2o_: 1mg2 O: [79073]
      Other proteins in same PDB: d1mg2a_, d1mg2b_, d1mg2d_, d1mg2e_, d1mg2f_, d1mg2h_, d1mg2i_, d1mg2j_, d1mg2l_, d1mg2m_, d1mg2n_, d1mg2p_
      complexed with cu, hem, na, po4; mutant
  7. Domain(s) for 1mg3:
    1. 2036298Domain d1mg3c_: 1mg3 C: [79077]
      Other proteins in same PDB: d1mg3a_, d1mg3b_, d1mg3d_, d1mg3e_, d1mg3f_, d1mg3h_, d1mg3i_, d1mg3j_, d1mg3l_, d1mg3m_, d1mg3n_, d1mg3p_
      complexed with cu, hem, na, po4; mutant
    2. 2036299Domain d1mg3g_: 1mg3 G: [79081]
      Other proteins in same PDB: d1mg3a_, d1mg3b_, d1mg3d_, d1mg3e_, d1mg3f_, d1mg3h_, d1mg3i_, d1mg3j_, d1mg3l_, d1mg3m_, d1mg3n_, d1mg3p_
      complexed with cu, hem, na, po4; mutant
    3. 2036300Domain d1mg3k_: 1mg3 K: [79085]
      Other proteins in same PDB: d1mg3a_, d1mg3b_, d1mg3d_, d1mg3e_, d1mg3f_, d1mg3h_, d1mg3i_, d1mg3j_, d1mg3l_, d1mg3m_, d1mg3n_, d1mg3p_
      complexed with cu, hem, na, po4; mutant
    4. 2036301Domain d1mg3o_: 1mg3 O: [79089]
      Other proteins in same PDB: d1mg3a_, d1mg3b_, d1mg3d_, d1mg3e_, d1mg3f_, d1mg3h_, d1mg3i_, d1mg3j_, d1mg3l_, d1mg3m_, d1mg3n_, d1mg3p_
      complexed with cu, hem, na, po4; mutant
  8. Domain(s) for 1sf3:
  9. Domain(s) for 1sf5:
  10. Domain(s) for 1sfd:
    1. 2036252Domain d1sfda_: 1sfd A: [105480]
      complexed with cu, so4; mutant
    2. 2036253Domain d1sfdb_: 1sfd B: [105481]
      complexed with cu, so4; mutant
  11. Domain(s) for 1sfh:
    1. 2036257Domain d1sfha_: 1sfh A: [105486]
      complexed with cu1, na; mutant
    2. 2036258Domain d1sfhb_: 1sfh B: [105487]
      complexed with cu1, na; mutant
  12. Domain(s) for 1t5k:
    1. 2036266Domain d1t5ka_: 1t5k A: [106451]
      complexed with co, po4
    2. 2036267Domain d1t5kb_: 1t5k B: [106452]
      complexed with co, po4
    3. 2036268Domain d1t5kc_: 1t5k C: [106453]
      complexed with co, po4
    4. 2036269Domain d1t5kd_: 1t5k D: [106454]
      complexed with co, po4
  13. Domain(s) for 2gb2:
  14. Domain(s) for 2gba:
  15. Domain(s) for 2gc4:
    1. 2036280Domain d2gc4c_: 2gc4 C: [134936]
      Other proteins in same PDB: d2gc4a_, d2gc4b_, d2gc4d_, d2gc4e_, d2gc4f_, d2gc4h_, d2gc4i_, d2gc4j_, d2gc4l_, d2gc4m_, d2gc4n_, d2gc4p_
      automated match to d1aac__
      complexed with cu, hem, na
    2. 2036281Domain d2gc4g_: 2gc4 G: [134940]
      Other proteins in same PDB: d2gc4a_, d2gc4b_, d2gc4d_, d2gc4e_, d2gc4f_, d2gc4h_, d2gc4i_, d2gc4j_, d2gc4l_, d2gc4m_, d2gc4n_, d2gc4p_
      automated match to d1aac__
      complexed with cu, hem, na
    3. 2036282Domain d2gc4k_: 2gc4 K: [134944]
      Other proteins in same PDB: d2gc4a_, d2gc4b_, d2gc4d_, d2gc4e_, d2gc4f_, d2gc4h_, d2gc4i_, d2gc4j_, d2gc4l_, d2gc4m_, d2gc4n_, d2gc4p_
      automated match to d1aac__
      complexed with cu, hem, na
    4. 2036283Domain d2gc4o_: 2gc4 O: [134948]
      Other proteins in same PDB: d2gc4a_, d2gc4b_, d2gc4d_, d2gc4e_, d2gc4f_, d2gc4h_, d2gc4i_, d2gc4j_, d2gc4l_, d2gc4m_, d2gc4n_, d2gc4p_
      automated match to d1aac__
      complexed with cu, hem, na
  16. Domain(s) for 2gc7:
    1. 2036276Domain d2gc7c_: 2gc7 C: [134956]
      Other proteins in same PDB: d2gc7a_, d2gc7b_, d2gc7d_, d2gc7e_, d2gc7f_, d2gc7h_, d2gc7i_, d2gc7j_, d2gc7l_, d2gc7m_, d2gc7n_, d2gc7p_
      automated match to d1aac__
      complexed with hem, na
    2. 2036277Domain d2gc7g_: 2gc7 G: [134960]
      Other proteins in same PDB: d2gc7a_, d2gc7b_, d2gc7d_, d2gc7e_, d2gc7f_, d2gc7h_, d2gc7i_, d2gc7j_, d2gc7l_, d2gc7m_, d2gc7n_, d2gc7p_
      automated match to d1aac__
      complexed with hem, na
    3. 2036278Domain d2gc7k_: 2gc7 K: [134964]
      Other proteins in same PDB: d2gc7a_, d2gc7b_, d2gc7d_, d2gc7e_, d2gc7f_, d2gc7h_, d2gc7i_, d2gc7j_, d2gc7l_, d2gc7m_, d2gc7n_, d2gc7p_
      automated match to d1aac__
      complexed with hem, na
    4. 2036279Domain d2gc7o_: 2gc7 O: [134968]
      Other proteins in same PDB: d2gc7a_, d2gc7b_, d2gc7d_, d2gc7e_, d2gc7f_, d2gc7h_, d2gc7i_, d2gc7j_, d2gc7l_, d2gc7m_, d2gc7n_, d2gc7p_
      automated match to d1aac__
      complexed with hem, na
  17. Domain(s) for 2idq:
  18. Domain(s) for 2ids:
  19. Domain(s) for 2idt:
  20. Domain(s) for 2idu:
  21. Domain(s) for 2j55:
    1. 2036306Domain d2j55a_: 2j55 A: [138013]
      Other proteins in same PDB: d2j55h_, d2j55j_, d2j55l1, d2j55m_
      automated match to d1aac__
      complexed with cu, gol
    2. 2036307Domain d2j55b_: 2j55 B: [138014]
      Other proteins in same PDB: d2j55h_, d2j55j_, d2j55l1, d2j55m_
      automated match to d1aac__
      complexed with cu, gol
  22. Domain(s) for 2j56:
    1. 2036285Domain d2j56a_: 2j56 A: [138017]
      Other proteins in same PDB: d2j56h_, d2j56j_, d2j56l_, d2j56m_
      automated match to d1aac__
      complexed with cu, gol, na
    2. 2036286Domain d2j56b_: 2j56 B: [138018]
      Other proteins in same PDB: d2j56h_, d2j56j_, d2j56l_, d2j56m_
      automated match to d1aac__
      complexed with cu, gol, na
  23. Domain(s) for 2j57:
    1. 2036293Domain d2j57a_: 2j57 A: [138021]
      Other proteins in same PDB: d2j57g_, d2j57h_, d2j57i_, d2j57j_, d2j57k_, d2j57l_, d2j57m_, d2j57n_
      automated match to d1aac__
      complexed with cu
    2. 2036294Domain d2j57b_: 2j57 B: [138022]
      Other proteins in same PDB: d2j57g_, d2j57h_, d2j57i_, d2j57j_, d2j57k_, d2j57l_, d2j57m_, d2j57n_
      automated match to d1aac__
      complexed with cu
    3. 2036295Domain d2j57c_: 2j57 C: [138023]
      Other proteins in same PDB: d2j57g_, d2j57h_, d2j57i_, d2j57j_, d2j57k_, d2j57l_, d2j57m_, d2j57n_
      automated match to d1aac__
      complexed with cu
    4. 2036296Domain d2j57d_: 2j57 D: [138024]
      Other proteins in same PDB: d2j57g_, d2j57h_, d2j57i_, d2j57j_, d2j57k_, d2j57l_, d2j57m_, d2j57n_
      automated match to d1aac__
      complexed with cu
  24. Domain(s) for 2mta:
  25. Domain(s) for 2ov0:
  26. Domain(s) for 2qdv:
  27. Domain(s) for 2qdw:
  28. Domain(s) for 2rac:
  29. Domain(s) for 3ie9:
  30. Domain(s) for 3iea:
  31. Domain(s) for 3l45:
  32. Domain(s) for 3ply:
    1. 2036302Domain d3plya_: 3ply A: [183838]
      automated match to d1aaca_
      complexed with cu, k, na, po4; mutant
    2. 2036303Domain d3plyb_: 3ply B: [183839]
      automated match to d1aaca_
      complexed with cu, k, na, po4; mutant
    3. 2036304Domain d3plyc_: 3ply C: [183840]
      automated match to d1aaca_
      complexed with cu, k, na, po4; mutant
    4. 2036305Domain d3plyd_: 3ply D: [183841]
      automated match to d1aaca_
      complexed with cu, k, na, po4; mutant
  33. Domain(s) for 3rym:
    1. 2036271Domain d3ryma_: 3rym A: [185210]
      automated match to d1aaca_
      complexed with zn; mutant
    2. 2036272Domain d3rymb_: 3rym B: [185211]
      automated match to d1aaca_
      complexed with zn; mutant
    3. 2036273Domain d3rymc_: 3rym C: [185212]
      automated match to d1aaca_
      complexed with zn; mutant
    4. 2036274Domain d3rymd_: 3rym D: [185213]
      automated match to d1aaca_
      complexed with zn; mutant
  34. Domain(s) for 4p5r:
  35. Domain(s) for 4p5s:

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Timeline for Species Paracoccus denitrificans [TaxId:266] from b.6.1.1 Amicyanin: