SCOP 1.67: Protein: T-cell antigen receptor

Lineage for Protein: T-cell antigen receptor

Root: SCOP 1.67
Class b: All beta proteins [48724] (141 folds)
Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (22 superfamilies)
sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
some members of the fold have additional strands
Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families)
Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (24 proteins)
Protein T-cell antigen receptor [48933] (6 species)
sequences may differ within each classified species

Species:

Human (Homo sapiens), alpha-chain [TaxId:9606] [48935] (10 PDB entries)
1. Domain for 1ao7:
  - Domain d1ao7d_: 1ao7 D: [20623]
    Other proteins in same PDB: d1ao7a1, d1ao7a2, d1ao7b_, d1ao7e2
    C-domain not seen in the crystal structure, due to disorder
    complexed with emc; mutant
2. Domain for 1bd2:
  - Domain d1bd2d1: 1bd2 D:1-117 [20622]
    Other proteins in same PDB: d1bd2a1, d1bd2a2, d1bd2b_, d1bd2d2, d1bd2e2
3. Domain for 1fyt:
  - Domain d1fytd1: 1fyt D:1-117 [20621]
    Other proteins in same PDB: d1fyta1, d1fyta2, d1fytb1, d1fytb2, d1fytd2, d1fyte2
    complexed with nag; mutant
4. Domain for 1j8h:
  - Domain d1j8hd1: 1j8h D:1-117 [71606]
    Other proteins in same PDB: d1j8ha1, d1j8ha2, d1j8hb1, d1j8hb2, d1j8hd2, d1j8he2
    complexed with nag; mutant
5. Domain for 1kgc:
  - Domain d1kgcd1: 1kgc D:2-117 [77384]
    Other proteins in same PDB: d1kgcd2, d1kgce2
    LC13 clone
6. Domain for 1mi5:
  - Domain d1mi5d1: 1mi5 D:2-117 [79145]
    Other proteins in same PDB: d1mi5a1, d1mi5a2, d1mi5b_, d1mi5d2, d1mi5e2
    LC13 clone
7. Domain for 1oga:
  - Domain d1ogad1: 1oga D:3-117 [86990]
    Other proteins in same PDB: d1ogaa1, d1ogaa2, d1ogab_, d1ogad2, d1ogae2
8. Domain for 1qrn:
  - Domain d1qrnd1: 1qrn D:1-117 [20624]
    Other proteins in same PDB: d1qrna1, d1qrna2, d1qrnb_, d1qrnd2, d1qrne2
9. Domain for 1qse:
  - Domain d1qsed1: 1qse D:1-117 [20625]
    Other proteins in same PDB: d1qsea1, d1qsea2, d1qseb_, d1qsed2, d1qsee2
10. Domain for 1qsf:
  - Domain d1qsfd1: 1qsf D:1-117 [20626]
    Other proteins in same PDB: d1qsfa1, d1qsfa2, d1qsfb_, d1qsfd2, d1qsfe2
Human (Homo sapiens), beta-chain [TaxId:9606] [48937] (11 PDB entries)
1. Domain for 1ao7:
  - Domain d1ao7e1: 1ao7 E:3-118 [20646]
    Other proteins in same PDB: d1ao7a1, d1ao7a2, d1ao7b_, d1ao7e2
    complexed with emc; mutant
2. Domain for 1bd2:
  - Domain d1bd2e1: 1bd2 E:3-118 [20645]
    Other proteins in same PDB: d1bd2a1, d1bd2a2, d1bd2b_, d1bd2d2, d1bd2e2
3. Domain for 1fyt:
  - Domain d1fyte1: 1fyt E:3-118 [20644]
    Other proteins in same PDB: d1fyta1, d1fyta2, d1fytb1, d1fytb2, d1fytd2, d1fyte2
    complexed with nag; mutant
4. Domain for 1j8h:
  - Domain d1j8he1: 1j8h E:2-118 [71608]
    Other proteins in same PDB: d1j8ha1, d1j8ha2, d1j8hb1, d1j8hb2, d1j8hd2, d1j8he2
    complexed with nag; mutant
5. Domain for 1kgc:
  - Domain d1kgce1: 1kgc E:3-118 [77386]
    Other proteins in same PDB: d1kgcd2, d1kgce2
    LC13 clone
6. Domains for 1ktk:
  1. Domain d1ktke1: 1ktk E:1-118 [72984]
    Other proteins in same PDB: d1ktka1, d1ktka2, d1ktkb1, d1ktkb2, d1ktkc1, d1ktkc2, d1ktkd1, d1ktkd2, d1ktke2, d1ktkf2
  2. Domain d1ktkf1: 1ktk F:4-116 [72986]
    Other proteins in same PDB: d1ktka1, d1ktka2, d1ktkb1, d1ktkb2, d1ktkc1, d1ktkc2, d1ktkd1, d1ktkd2, d1ktke2, d1ktkf2
    vbeta2.1
    mutant
7. Domain for 1mi5:
  - Domain d1mi5e1: 1mi5 E:3-118 [79147]
    Other proteins in same PDB: d1mi5a1, d1mi5a2, d1mi5b_, d1mi5d2, d1mi5e2
    LC13 clone
8. Domain for 1oga:
  - Domain d1ogae1: 1oga E:5-118 [86992]
    Other proteins in same PDB: d1ogaa1, d1ogaa2, d1ogab_, d1ogad2, d1ogae2
9. Domain for 1qrn:
  - Domain d1qrne1: 1qrn E:3-118 [20647]
    Other proteins in same PDB: d1qrna1, d1qrna2, d1qrnb_, d1qrnd2, d1qrne2
10. Domain for 1qse:
  - Domain d1qsee1: 1qse E:3-118 [20648]
    Other proteins in same PDB: d1qsea1, d1qsea2, d1qseb_, d1qsed2, d1qsee2
11. Domain for 1qsf:
  - Domain d1qsfe1: 1qsf E:3-118 [20649]
    Other proteins in same PDB: d1qsfa1, d1qsfa2, d1qsfb_, d1qsfd2, d1qsfe2
Human (Homo sapiens), delta-chain [TaxId:9606] [48938] (2 PDB entries)
1. Domains for 1hxm:
  1. Domain d1hxmb1: 1hxm B:1-123 [61369]
    Other proteins in same PDB: d1hxma2, d1hxmb2, d1hxmc2, d1hxmd2, d1hxme2, d1hxmf2, d1hxmg2, d1hxmh2
  2. Domain d1hxmd1: 1hxm D:1-123 [61373]
    Other proteins in same PDB: d1hxma2, d1hxmb2, d1hxmc2, d1hxmd2, d1hxme2, d1hxmf2, d1hxmg2, d1hxmh2
  3. Domain d1hxmf1: 1hxm F:1-123 [61377]
    Other proteins in same PDB: d1hxma2, d1hxmb2, d1hxmc2, d1hxmd2, d1hxme2, d1hxmf2, d1hxmg2, d1hxmh2
  4. Domain d1hxmh1: 1hxm H:1-123 [61381]
    Other proteins in same PDB: d1hxma2, d1hxmb2, d1hxmc2, d1hxmd2, d1hxme2, d1hxmf2, d1hxmg2, d1hxmh2
    complexed with so4
2. Domains for 1tvd:
  1. Domain d1tvda_: 1tvd A: [20650]
  2. Domain d1tvdb_: 1tvd B: [20651]
Human (Homo sapiens), gamma-chain [TaxId:9606] [63651] (1 PDB entry)
- Domains for 1hxm:
  1. Domain d1hxma1: 1hxm A:1-120 [61367]
    Other proteins in same PDB: d1hxma2, d1hxmb2, d1hxmc2, d1hxmd2, d1hxme2, d1hxmf2, d1hxmg2, d1hxmh2
  2. Domain d1hxmc1: 1hxm C:1-120 [61371]
    Other proteins in same PDB: d1hxma2, d1hxmb2, d1hxmc2, d1hxmd2, d1hxme2, d1hxmf2, d1hxmg2, d1hxmh2
  3. Domain d1hxme1: 1hxm E:1-120 [61375]
    Other proteins in same PDB: d1hxma2, d1hxmb2, d1hxmc2, d1hxmd2, d1hxme2, d1hxmf2, d1hxmg2, d1hxmh2
  4. Domain d1hxmg1: 1hxm G:1-120 [61379]
    Other proteins in same PDB: d1hxma2, d1hxmb2, d1hxmc2, d1hxmd2, d1hxme2, d1hxmf2, d1hxmg2, d1hxmh2
    complexed with so4
Mouse (Mus musculus), alpha-chain [TaxId:10090] [48934] (16 PDB entries)
1. Domains for 1ac6:
  1. Domain d1ac6a_: 1ac6 A: [20606]
  2. Domain d1ac6b_: 1ac6 B: [20607]
    mutant
2. Domains for 1b88:
  1. Domain d1b88a_: 1b88 A: [20608]
  2. Domain d1b88b_: 1b88 B: [20609]
3. Domain for 1bwm:
  - Domain d1bwma1: 1bwm A:301-417 [20620]
    single-chain construct of beta and alpha N-domains connected by a 27-residue linker
    mutant
4. Domains for 1d9k:
  1. Domain d1d9ka_: 1d9k A: [20618]
    Other proteins in same PDB: d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh1, d1d9kh2
  2. Domain d1d9ke_: 1d9k E: [20619]
    Other proteins in same PDB: d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh1, d1d9kh2
5. Domain for 1fo0:
  - Domain d1fo0a_: 1fo0 A: [20610]
    Other proteins in same PDB: d1fo0h1, d1fo0h2, d1fo0l_
6. Domains for 1g6r:
  1. Domain d1g6ra1: 1g6r A:1-117 [20616]
    Other proteins in same PDB: d1g6ra2, d1g6rb2, d1g6rc2, d1g6rd2, d1g6rh1, d1g6rh2, d1g6ri1, d1g6ri2, d1g6rl_, d1g6rm_
  2. Domain d1g6rc1: 1g6r C:1-117 [20617]
    Other proteins in same PDB: d1g6ra2, d1g6rb2, d1g6rc2, d1g6rd2, d1g6rh1, d1g6rh2, d1g6ri1, d1g6ri2, d1g6rl_, d1g6rm_
7. Domains for 1h5b:
  1. Domain d1h5ba_: 1h5b A: [60638]
  2. Domain d1h5bb_: 1h5b B: [60639]
  3. Domain d1h5bc_: 1h5b C: [60640]
  4. Domain d1h5bd_: 1h5b D: [60641]
    AV11S5-AJ17
    complexed with cl, gol
8. Domain for 1i9e:
  - Domain d1i9ea_: 1i9e A: [66099]
    complexed with nag
9. Domain for 1kb5:
  - Domain d1kb5a_: 1kb5 A: [20611]
    Other proteins in same PDB: d1kb5h1, d1kb5h2, d1kb5l1, d1kb5l2
10. Domains for 1kj2:
  1. Domain d1kj2a_: 1kj2 A: [72559]
    Other proteins in same PDB: d1kj2h1, d1kj2h2, d1kj2i1, d1kj2i2, d1kj2l_, d1kj2m_
  2. Domain d1kj2d_: 1kj2 D: [72561]
    Other proteins in same PDB: d1kj2h1, d1kj2h2, d1kj2i1, d1kj2i2, d1kj2l_, d1kj2m_
    complexed with gal, man, nag, sia
11. Domains for 1lp9:
  1. Domain d1lp9e1: 1lp9 E:0-117 [91086]
    Other proteins in same PDB: d1lp9a1, d1lp9a2, d1lp9b_, d1lp9e2, d1lp9f2, d1lp9h1, d1lp9h2, d1lp9i_, d1lp9l2, d1lp9m2
  2. Domain d1lp9l1: 1lp9 L:0-117 [91093]
    Other proteins in same PDB: d1lp9a1, d1lp9a2, d1lp9b_, d1lp9e2, d1lp9f2, d1lp9h1, d1lp9h2, d1lp9i_, d1lp9l2, d1lp9m2
12. Domains for 1mwa:
  1. Domain d1mwaa1: 1mwa A:1-117 [79558]
    Other proteins in same PDB: d1mwaa2, d1mwab2, d1mwac2, d1mwad2, d1mwah1, d1mwah2, d1mwai1, d1mwai2, d1mwal_, d1mwam_
  2. Domain d1mwac1: 1mwa C:1-117 [79562]
    Other proteins in same PDB: d1mwaa2, d1mwab2, d1mwac2, d1mwad2, d1mwah1, d1mwah2, d1mwai1, d1mwai2, d1mwal_, d1mwam_
    complexed with acy, gol, man, nag
13. Domain for 1nam:
  - Domain d1nama_: 1nam A: [85488]
    Other proteins in same PDB: d1namh1, d1namh2, d1naml_
    complexed with nag
14. Domains for 1nfd:
  1. Domain d1nfda1: 1nfd A:1-117 [20612]
    Other proteins in same PDB: d1nfda2, d1nfdb2, d1nfdc2, d1nfdd2, d1nfde1, d1nfde2, d1nfdf1, d1nfdf2, d1nfdg1, d1nfdg2, d1nfdh1, d1nfdh2
  2. Domain d1nfdc1: 1nfd C:1-117 [20613]
    Other proteins in same PDB: d1nfda2, d1nfdb2, d1nfdc2, d1nfdd2, d1nfde1, d1nfde2, d1nfdf1, d1nfdf2, d1nfdg1, d1nfdg2, d1nfdh1, d1nfdh2
    complexed with nag
15. Domain for 1tcr:
  - Domain d1tcra1: 1tcr A:1-117 [20605]
    Other proteins in same PDB: d1tcra2, d1tcrb2
    complexed with fuc, man, nag, so4
16. Domains for 2ckb:
  1. Domain d2ckba1: 2ckb A:1-117 [20614]
    Other proteins in same PDB: d2ckba2, d2ckbb2, d2ckbc2, d2ckbd2, d2ckbh1, d2ckbh2, d2ckbi1, d2ckbi2, d2ckbl_, d2ckbm_
  2. Domain d2ckbc1: 2ckb C:1-117 [20615]
    Other proteins in same PDB: d2ckba2, d2ckbb2, d2ckbc2, d2ckbd2, d2ckbh1, d2ckbh2, d2ckbi1, d2ckbi2, d2ckbl_, d2ckbm_
Mouse (Mus musculus), beta-chain [TaxId:10090] [48936] (17 PDB entries)
1. Domain for 1bec:
  - Domain d1bec_1: 1bec 3-117 [20627]
    Other proteins in same PDB: d1bec_2
    mutant
2. Domain for 1bwm:
  - Domain d1bwma2: 1bwm A:3-116A [20643]
    single-chain construct of beta and alpha N-domains connected by a 27-residue linker
    mutant
3. Domains for 1d9k:
  1. Domain d1d9kb_: 1d9k B: [20641]
    Other proteins in same PDB: d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh1, d1d9kh2
  2. Domain d1d9kf_: 1d9k F: [20642]
    Other proteins in same PDB: d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh1, d1d9kh2
4. Domain for 1fo0:
  - Domain d1fo0b_: 1fo0 B: [20631]
    Other proteins in same PDB: d1fo0h1, d1fo0h2, d1fo0l_
5. Domains for 1g6r:
  1. Domain d1g6rb1: 1g6r B:1-117 [20639]
    Other proteins in same PDB: d1g6ra2, d1g6rb2, d1g6rc2, d1g6rd2, d1g6rh1, d1g6rh2, d1g6ri1, d1g6ri2, d1g6rl_, d1g6rm_
  2. Domain d1g6rd1: 1g6r D:1-117 [20640]
    Other proteins in same PDB: d1g6ra2, d1g6rb2, d1g6rc2, d1g6rd2, d1g6rh1, d1g6rh2, d1g6ri1, d1g6ri2, d1g6rl_, d1g6rm_
6. Domains for 1jck:
  1. Domain d1jcka1: 1jck A:3-117 [20633]
    Other proteins in same PDB: d1jcka2, d1jckb1, d1jckb2, d1jckc2, d1jckd1, d1jckd2
  2. Domain d1jckc1: 1jck C:3-117 [20634]
    Other proteins in same PDB: d1jcka2, d1jckb1, d1jckb2, d1jckc2, d1jckd1, d1jckd2
    mutant
7. Domain for 1kb5:
  - Domain d1kb5b_: 1kb5 B: [20632]
    Other proteins in same PDB: d1kb5h1, d1kb5h2, d1kb5l1, d1kb5l2
8. Domains for 1kj2:
  1. Domain d1kj2b_: 1kj2 B: [72560]
    Other proteins in same PDB: d1kj2h1, d1kj2h2, d1kj2i1, d1kj2i2, d1kj2l_, d1kj2m_
  2. Domain d1kj2e_: 1kj2 E: [72562]
    Other proteins in same PDB: d1kj2h1, d1kj2h2, d1kj2i1, d1kj2i2, d1kj2l_, d1kj2m_
    complexed with gal, man, nag, sia
9. Domains for 1l0x:
  1. Domain d1l0xa1: 1l0x A:3-117 [73432]
    Other proteins in same PDB: d1l0xa2, d1l0xb1, d1l0xb2, d1l0xc2, d1l0xd1, d1l0xd2
  2. Domain d1l0xc1: 1l0x C:3-117 [73436]
    Other proteins in same PDB: d1l0xa2, d1l0xb1, d1l0xb2, d1l0xc2, d1l0xd1, d1l0xd2
    complexed with cry; mutant
10. Domains for 1l0y:
  1. Domain d1l0ya1: 1l0y A:3-117 [73440]
    Other proteins in same PDB: d1l0ya2, d1l0yb1, d1l0yb2, d1l0yc2, d1l0yd1, d1l0yd2
  2. Domain d1l0yc1: 1l0y C:3-117 [73444]
    Other proteins in same PDB: d1l0ya2, d1l0yb1, d1l0yb2, d1l0yc2, d1l0yd1, d1l0yd2
    complexed with cry, zn; mutant
11. Domains for 1lp9:
  1. Domain d1lp9f1: 1lp9 F:1-117 [91088]
    Other proteins in same PDB: d1lp9a1, d1lp9a2, d1lp9b_, d1lp9e2, d1lp9f2, d1lp9h1, d1lp9h2, d1lp9i_, d1lp9l2, d1lp9m2
  2. Domain d1lp9m1: 1lp9 M:1-117 [91095]
    Other proteins in same PDB: d1lp9a1, d1lp9a2, d1lp9b_, d1lp9e2, d1lp9f2, d1lp9h1, d1lp9h2, d1lp9i_, d1lp9l2, d1lp9m2
12. Domains for 1mwa:
  1. Domain d1mwab1: 1mwa B:1-117 [79560]
    Other proteins in same PDB: d1mwaa2, d1mwab2, d1mwac2, d1mwad2, d1mwah1, d1mwah2, d1mwai1, d1mwai2, d1mwal_, d1mwam_
  2. Domain d1mwad1: 1mwa D:1-117 [79564]
    Other proteins in same PDB: d1mwaa2, d1mwab2, d1mwac2, d1mwad2, d1mwah1, d1mwah2, d1mwai1, d1mwai2, d1mwal_, d1mwam_
    complexed with acy, gol, man, nag
13. Domain for 1nam:
  - Domain d1namb_: 1nam B: [85489]
    Other proteins in same PDB: d1namh1, d1namh2, d1naml_
    complexed with nag
14. Domains for 1nfd:
  1. Domain d1nfdb1: 1nfd B:1-117 [20635]
    Other proteins in same PDB: d1nfda2, d1nfdb2, d1nfdc2, d1nfdd2, d1nfde1, d1nfde2, d1nfdf1, d1nfdf2, d1nfdg1, d1nfdg2, d1nfdh1, d1nfdh2
  2. Domain d1nfdd1: 1nfd D:1-117 [20636]
    Other proteins in same PDB: d1nfda2, d1nfdb2, d1nfdc2, d1nfdd2, d1nfde1, d1nfde2, d1nfdf1, d1nfdf2, d1nfdg1, d1nfdg2, d1nfdh1, d1nfdh2
    complexed with nag
15. Domains for 1sbb:
  1. Domain d1sbba1: 1sbb A:3-117 [20628]
    Other proteins in same PDB: d1sbba2, d1sbbb1, d1sbbb2, d1sbbc2, d1sbbd1, d1sbbd2
  2. Domain d1sbbc1: 1sbb C:3-117 [20629]
    Other proteins in same PDB: d1sbba2, d1sbbb1, d1sbbb2, d1sbbc2, d1sbbd1, d1sbbd2
    mutant
16. Domain for 1tcr:
  - Domain d1tcrb1: 1tcr B:1-117 [20630]
    Other proteins in same PDB: d1tcra2, d1tcrb2
    complexed with fuc, man, nag, so4
17. Domains for 2ckb:
  1. Domain d2ckbb1: 2ckb B:1-117 [20637]
    Other proteins in same PDB: d2ckba2, d2ckbb2, d2ckbc2, d2ckbd2, d2ckbh1, d2ckbh2, d2ckbi1, d2ckbi2, d2ckbl_, d2ckbm_
  2. Domain d2ckbd1: 2ckb D:1-117 [20638]
    Other proteins in same PDB: d2ckba2, d2ckbb2, d2ckbc2, d2ckbd2, d2ckbh1, d2ckbh2, d2ckbi1, d2ckbi2, d2ckbl_, d2ckbm_

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Protein T-cell antigen receptor from b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55
Protein T-cell antigen receptor from b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) appears in SCOP 1.65
Protein T-cell antigen receptor from b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) appears in SCOP 1.69
Protein T-cell antigen receptor from b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) appears in the current release, SCOPe 2.08