SCOP 1.73: Species: African clawed frog (Xenopus laevis) [TaxId: 8355]

Lineage for Species: African clawed frog (Xenopus laevis) [TaxId: 8355]

Root: SCOP 1.73
Class a: All alpha proteins [46456] (258 folds)
Fold a.22: Histone-fold [47112] (1 superfamily)
core: 3 helices; long middle helix is flanked at each end with shorter ones
Superfamily a.22.1: Histone-fold [47113] (4 families)
Family a.22.1.1: Nucleosome core histones [47114] (5 proteins)
form octamers composed of two copies of each of the four histones
Protein Histone H2B [47119] (5 species)
Species African clawed frog (Xenopus laevis) [TaxId:8355] [47121] (23 PDB entries)

PDB entries in Species: African clawed frog (Xenopus laevis) [TaxId: 8355]:

Domain(s) for 1aoi:
1. Domain d1aoid_: 1aoi D: [16452]
  Other proteins in same PDB: d1aoia_, d1aoib_, d1aoic_, d1aoie_, d1aoif_, d1aoig_
2. Domain d1aoih_: 1aoi H: [16453]
  Other proteins in same PDB: d1aoia_, d1aoib_, d1aoic_, d1aoie_, d1aoif_, d1aoig_
  protein/DNA complex; complexed with mn; mutant
Domain(s) for 1f66:
1. Domain d1f66d_: 1f66 D: [16450]
  Other proteins in same PDB: d1f66a_, d1f66b_, d1f66c_, d1f66e_, d1f66f_, d1f66g_
2. Domain d1f66h_: 1f66 H: [16451]
  Other proteins in same PDB: d1f66a_, d1f66b_, d1f66c_, d1f66e_, d1f66f_, d1f66g_
  protein/DNA complex; complexed with mn
Domain(s) for 1kx3:
1. Domain d1kx3d_: 1kx3 D: [77580]
  Other proteins in same PDB: d1kx3a_, d1kx3b_, d1kx3c_, d1kx3e_, d1kx3f_, d1kx3g_
2. Domain d1kx3h_: 1kx3 H: [77584]
  Other proteins in same PDB: d1kx3a_, d1kx3b_, d1kx3c_, d1kx3e_, d1kx3f_, d1kx3g_
  complexed with mn
Domain(s) for 1kx4:
1. Domain d1kx4d_: 1kx4 D: [77588]
  Other proteins in same PDB: d1kx4a_, d1kx4b_, d1kx4c_, d1kx4e_, d1kx4f_, d1kx4g_
2. Domain d1kx4h_: 1kx4 H: [77592]
  Other proteins in same PDB: d1kx4a_, d1kx4b_, d1kx4c_, d1kx4e_, d1kx4f_, d1kx4g_
  complexed with cl, mn
Domain(s) for 1kx5:
1. Domain d1kx5d_: 1kx5 D: [77596]
  Other proteins in same PDB: d1kx5a_, d1kx5b_, d1kx5c_, d1kx5e_, d1kx5f_, d1kx5g_
2. Domain d1kx5h_: 1kx5 H: [77600]
  Other proteins in same PDB: d1kx5a_, d1kx5b_, d1kx5c_, d1kx5e_, d1kx5f_, d1kx5g_
  complexed with cl, mn
Domain(s) for 1m18:
1. Domain d1m18d_: 1m18 D: [78374]
  Other proteins in same PDB: d1m18a_, d1m18b_, d1m18c_, d1m18e_, d1m18f_, d1m18g_
2. Domain d1m18h_: 1m18 H: [78378]
  Other proteins in same PDB: d1m18a_, d1m18b_, d1m18c_, d1m18e_, d1m18f_, d1m18g_
  complexed with abu, bal, dib, imt, mn, pyb
Domain(s) for 1m19:
1. Domain d1m19d_: 1m19 D: [78382]
  Other proteins in same PDB: d1m19a_, d1m19b_, d1m19c_, d1m19e_, d1m19f_, d1m19g_
2. Domain d1m19h_: 1m19 H: [78386]
  Other proteins in same PDB: d1m19a_, d1m19b_, d1m19c_, d1m19e_, d1m19f_, d1m19g_
  complexed with abu, bal, dib, imt, mn, pyb
Domain(s) for 1m1a:
1. Domain d1m1ad_: 1m1a D: [78390]
  Other proteins in same PDB: d1m1aa_, d1m1ab_, d1m1ac_, d1m1ae_, d1m1af_, d1m1ag_
2. Domain d1m1ah_: 1m1a H: [78394]
  Other proteins in same PDB: d1m1aa_, d1m1ab_, d1m1ac_, d1m1ae_, d1m1af_, d1m1ag_
  complexed with abu, bal, dib, imt, mn, pyb
Domain(s) for 1p34:
1. Domain d1p34d_: 1p34 D: [93973]
  Other proteins in same PDB: d1p34a_, d1p34b_, d1p34c_, d1p34e_, d1p34f_, d1p34g_
2. Domain d1p34h_: 1p34 H: [93977]
  Other proteins in same PDB: d1p34a_, d1p34b_, d1p34c_, d1p34e_, d1p34f_, d1p34g_
  mutant
Domain(s) for 1p3a:
1. Domain d1p3ad_: 1p3a D: [93983]
  Other proteins in same PDB: d1p3aa_, d1p3ab_, d1p3ac_, d1p3ae_, d1p3af_, d1p3ag_
2. Domain d1p3ah_: 1p3a H: [93987]
  Other proteins in same PDB: d1p3aa_, d1p3ab_, d1p3ac_, d1p3ae_, d1p3af_, d1p3ag_
  mutant
Domain(s) for 1p3b:
1. Domain d1p3bd_: 1p3b D: [93991]
  Other proteins in same PDB: d1p3ba_, d1p3bb_, d1p3bc_, d1p3be_, d1p3bf_, d1p3bg_
2. Domain d1p3bh_: 1p3b H: [93995]
  Other proteins in same PDB: d1p3ba_, d1p3bb_, d1p3bc_, d1p3be_, d1p3bf_, d1p3bg_
  mutant
Domain(s) for 1p3f:
1. Domain d1p3fd_: 1p3f D: [94001]
  Other proteins in same PDB: d1p3fa_, d1p3fb_, d1p3fc_, d1p3fe_, d1p3ff_, d1p3fg_
2. Domain d1p3fh_: 1p3f H: [94005]
  Other proteins in same PDB: d1p3fa_, d1p3fb_, d1p3fc_, d1p3fe_, d1p3ff_, d1p3fg_
  mutant
Domain(s) for 1p3g:
1. Domain d1p3gd_: 1p3g D: [94009]
  Other proteins in same PDB: d1p3ga_, d1p3gb_, d1p3gc_, d1p3ge_, d1p3gf_, d1p3gg_
2. Domain d1p3gh_: 1p3g H: [94013]
  Other proteins in same PDB: d1p3ga_, d1p3gb_, d1p3gc_, d1p3ge_, d1p3gf_, d1p3gg_
  mutant
Domain(s) for 1p3i:
1. Domain d1p3id_: 1p3i D: [94017]
  Other proteins in same PDB: d1p3ia_, d1p3ib_, d1p3ic_, d1p3ie_, d1p3if_, d1p3ig_
2. Domain d1p3ih_: 1p3i H: [94021]
  Other proteins in same PDB: d1p3ia_, d1p3ib_, d1p3ic_, d1p3ie_, d1p3if_, d1p3ig_
  mutant
Domain(s) for 1p3k:
1. Domain d1p3kd_: 1p3k D: [94027]
  Other proteins in same PDB: d1p3ka_, d1p3kb_, d1p3kc_, d1p3ke_, d1p3kf_, d1p3kg_
2. Domain d1p3kh_: 1p3k H: [94031]
  Other proteins in same PDB: d1p3ka_, d1p3kb_, d1p3kc_, d1p3ke_, d1p3kf_, d1p3kg_
  mutant
Domain(s) for 1p3l:
1. Domain d1p3ld_: 1p3l D: [94035]
  Other proteins in same PDB: d1p3la_, d1p3lb_, d1p3lc_, d1p3le_, d1p3lf_, d1p3lg_
2. Domain d1p3lh_: 1p3l H: [94039]
  Other proteins in same PDB: d1p3la_, d1p3lb_, d1p3lc_, d1p3le_, d1p3lf_, d1p3lg_
  mutant
Domain(s) for 1p3m:
1. Domain d1p3md_: 1p3m D: [94043]
  Other proteins in same PDB: d1p3ma_, d1p3mb_, d1p3mc_, d1p3me_, d1p3mf_, d1p3mg_
2. Domain d1p3mh_: 1p3m H: [94047]
  Other proteins in same PDB: d1p3ma_, d1p3mb_, d1p3mc_, d1p3me_, d1p3mf_, d1p3mg_
  mutant
Domain(s) for 1p3o:
1. Domain d1p3od_: 1p3o D: [94052]
  Other proteins in same PDB: d1p3oa_, d1p3ob_, d1p3oc_, d1p3oe_, d1p3of_, d1p3og_
2. Domain d1p3oh_: 1p3o H: [94056]
  Other proteins in same PDB: d1p3oa_, d1p3ob_, d1p3oc_, d1p3oe_, d1p3of_, d1p3og_
  mutant
Domain(s) for 1p3p:
1. Domain d1p3pd_: 1p3p D: [94060]
  Other proteins in same PDB: d1p3pa_, d1p3pb_, d1p3pc_, d1p3pe_, d1p3pf_, d1p3pg_
2. Domain d1p3ph_: 1p3p H: [94064]
  Other proteins in same PDB: d1p3pa_, d1p3pb_, d1p3pc_, d1p3pe_, d1p3pf_, d1p3pg_
  mutant
Domain(s) for 1s32:
1. Domain d1s32d_: 1s32 D: [98415]
  Other proteins in same PDB: d1s32a_, d1s32b_, d1s32c_, d1s32e_, d1s32f_, d1s32g_
2. Domain d1s32h_: 1s32 H: [98419]
  Other proteins in same PDB: d1s32a_, d1s32b_, d1s32c_, d1s32e_, d1s32f_, d1s32g_
  complexed with abu, bal, cl, dib, imt, mn, ogg, pyb
Domain(s) for 1zla:
1. Domain d1zlac1: 1zla C:814-920 [125242]
  Other proteins in same PDB: d1zlaa1, d1zlab1, d1zlae1, d1zlaf1
2. Domain d1zlad1: 1zla D:1230-1322 [125243]
  Other proteins in same PDB: d1zlaa1, d1zlab1, d1zlae1, d1zlaf1
  automatically matched to d1s32d_
3. Domain d1zlag1: 1zla G:1014-1119 [125246]
  Other proteins in same PDB: d1zlaa1, d1zlab1, d1zlae1, d1zlaf1
  automatically matched to 1ZLA C:814-920
4. Domain d1zlah1: 1zla H:1430-1522 [125247]
  Other proteins in same PDB: d1zlaa1, d1zlab1, d1zlae1, d1zlaf1
  automatically matched to d1s32d_
Domain(s) for 2f8n:
- Domain d2f8nh1: 2f8n H:1430-1522 [133139]
  Other proteins in same PDB: d2f8na1, d2f8nb1, d2f8ne1, d2f8nf1, d2f8ng1
  automatically matched to d1s32d_
Domain(s) for 2fj7:
1. Domain d2fj7d1: 2fj7 D:30-122 [133550]
  Other proteins in same PDB: d2fj7a1, d2fj7b1, d2fj7e1, d2fj7f1
  automatically matched to d1s32d_
2. Domain d2fj7h1: 2fj7 H:30-122 [133553]
  Other proteins in same PDB: d2fj7a1, d2fj7b1, d2fj7e1, d2fj7f1
  automatically matched to d1s32d_

More info for Species African clawed frog (Xenopus laevis) [TaxId:8355] from a.22.1.1 Histone H2B

Timeline for Species African clawed frog (Xenopus laevis) [TaxId:8355] from a.22.1.1 Histone H2B:

Species African clawed frog (Xenopus laevis) [TaxId:8355] from a.22.1.1 Histone H2B first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55
Species African clawed frog (Xenopus laevis) [TaxId:8355] from a.22.1.1 Histone H2B appears in SCOP 1.71
Species African clawed frog (Xenopus laevis) [TaxId:8355] from a.22.1.1 Histone H2B appears in SCOP 1.75
Species African clawed frog (Xenopus laevis) [TaxId:8355] from a.22.1.1 Histone H2B appears in the current release, SCOPe 2.08