SCOP 1.75: Protein: Histone H2B

Lineage for Protein: Histone H2B

Root: SCOP 1.75
Class a: All alpha proteins [46456] (284 folds)
Fold a.22: Histone-fold [47112] (1 superfamily)
core: 3 helices; long middle helix is flanked at each end with shorter ones
Superfamily a.22.1: Histone-fold [47113] (4 families)
Family a.22.1.1: Nucleosome core histones [47114] (5 proteins)
form octamers composed of two copies of each of the four histones
Protein Histone H2B [47119] (6 species)

Species:

African clawed frog (Xenopus laevis) [TaxId:8355] [47121] (26 PDB entries)
1. Domains for 1aoi:
  1. Domain d1aoid_: 1aoi D: [16452]
    Other proteins in same PDB: d1aoia_, d1aoib_, d1aoic_, d1aoie_, d1aoif_, d1aoig_
  2. Domain d1aoih_: 1aoi H: [16453]
    Other proteins in same PDB: d1aoia_, d1aoib_, d1aoic_, d1aoie_, d1aoif_, d1aoig_
    protein/DNA complex; complexed with mn; mutant
2. Domains for 1f66:
  1. Domain d1f66d_: 1f66 D: [16450]
    Other proteins in same PDB: d1f66a_, d1f66b_, d1f66c_, d1f66e_, d1f66f_, d1f66g_
  2. Domain d1f66h_: 1f66 H: [16451]
    Other proteins in same PDB: d1f66a_, d1f66b_, d1f66c_, d1f66e_, d1f66f_, d1f66g_
    protein/DNA complex; complexed with mn
3. Domains for 1kx3:
  1. Domain d1kx3d_: 1kx3 D: [77580]
    Other proteins in same PDB: d1kx3a_, d1kx3b_, d1kx3c_, d1kx3e_, d1kx3f_, d1kx3g_
  2. Domain d1kx3h_: 1kx3 H: [77584]
    Other proteins in same PDB: d1kx3a_, d1kx3b_, d1kx3c_, d1kx3e_, d1kx3f_, d1kx3g_
    complexed with mn
4. Domains for 1kx4:
  1. Domain d1kx4d_: 1kx4 D: [77588]
    Other proteins in same PDB: d1kx4a_, d1kx4b_, d1kx4c_, d1kx4e_, d1kx4f_, d1kx4g_
  2. Domain d1kx4h_: 1kx4 H: [77592]
    Other proteins in same PDB: d1kx4a_, d1kx4b_, d1kx4c_, d1kx4e_, d1kx4f_, d1kx4g_
    complexed with cl, mn
5. Domains for 1kx5:
  1. Domain d1kx5d_: 1kx5 D: [77596]
    Other proteins in same PDB: d1kx5a_, d1kx5b_, d1kx5c_, d1kx5e_, d1kx5f_, d1kx5g_
  2. Domain d1kx5h_: 1kx5 H: [77600]
    Other proteins in same PDB: d1kx5a_, d1kx5b_, d1kx5c_, d1kx5e_, d1kx5f_, d1kx5g_
    complexed with cl, mn
6. Domains for 1m18:
  1. Domain d1m18d_: 1m18 D: [78374]
    Other proteins in same PDB: d1m18a_, d1m18b_, d1m18c_, d1m18e_, d1m18f_, d1m18g_
  2. Domain d1m18h_: 1m18 H: [78378]
    Other proteins in same PDB: d1m18a_, d1m18b_, d1m18c_, d1m18e_, d1m18f_, d1m18g_
    complexed with abu, bal, dib, imt, mn, pyb
7. Domains for 1m19:
  1. Domain d1m19d_: 1m19 D: [78382]
    Other proteins in same PDB: d1m19a_, d1m19b_, d1m19c_, d1m19e_, d1m19f_, d1m19g_
  2. Domain d1m19h_: 1m19 H: [78386]
    Other proteins in same PDB: d1m19a_, d1m19b_, d1m19c_, d1m19e_, d1m19f_, d1m19g_
    complexed with abu, bal, dib, imt, mn, pyb
8. Domains for 1m1a:
  1. Domain d1m1ad_: 1m1a D: [78390]
    Other proteins in same PDB: d1m1aa_, d1m1ab_, d1m1ac_, d1m1ae_, d1m1af_, d1m1ag_
  2. Domain d1m1ah_: 1m1a H: [78394]
    Other proteins in same PDB: d1m1aa_, d1m1ab_, d1m1ac_, d1m1ae_, d1m1af_, d1m1ag_
    complexed with abu, bal, dib, imt, mn, pyb
9. Domains for 1p34:
  1. Domain d1p34d_: 1p34 D: [93973]
    Other proteins in same PDB: d1p34a_, d1p34b_, d1p34c_, d1p34e_, d1p34f_, d1p34g_
  2. Domain d1p34h_: 1p34 H: [93977]
    Other proteins in same PDB: d1p34a_, d1p34b_, d1p34c_, d1p34e_, d1p34f_, d1p34g_
    mutant
10. Domains for 1p3a:
  1. Domain d1p3ad_: 1p3a D: [93983]
    Other proteins in same PDB: d1p3aa_, d1p3ab_, d1p3ac_, d1p3ae_, d1p3af_, d1p3ag_
  2. Domain d1p3ah_: 1p3a H: [93987]
    Other proteins in same PDB: d1p3aa_, d1p3ab_, d1p3ac_, d1p3ae_, d1p3af_, d1p3ag_
    mutant
11. Domains for 1p3b:
  1. Domain d1p3bd_: 1p3b D: [93991]
    Other proteins in same PDB: d1p3ba_, d1p3bb_, d1p3bc_, d1p3be_, d1p3bf_, d1p3bg_
  2. Domain d1p3bh_: 1p3b H: [93995]
    Other proteins in same PDB: d1p3ba_, d1p3bb_, d1p3bc_, d1p3be_, d1p3bf_, d1p3bg_
    mutant
12. Domains for 1p3f:
  1. Domain d1p3fd_: 1p3f D: [94001]
    Other proteins in same PDB: d1p3fa_, d1p3fb_, d1p3fc_, d1p3fe_, d1p3ff_, d1p3fg_
  2. Domain d1p3fh_: 1p3f H: [94005]
    Other proteins in same PDB: d1p3fa_, d1p3fb_, d1p3fc_, d1p3fe_, d1p3ff_, d1p3fg_
    mutant
13. Domains for 1p3g:
  1. Domain d1p3gd_: 1p3g D: [94009]
    Other proteins in same PDB: d1p3ga_, d1p3gb_, d1p3gc_, d1p3ge_, d1p3gf_, d1p3gg_
  2. Domain d1p3gh_: 1p3g H: [94013]
    Other proteins in same PDB: d1p3ga_, d1p3gb_, d1p3gc_, d1p3ge_, d1p3gf_, d1p3gg_
    mutant
14. Domains for 1p3i:
  1. Domain d1p3id_: 1p3i D: [94017]
    Other proteins in same PDB: d1p3ia_, d1p3ib_, d1p3ic_, d1p3ie_, d1p3if_, d1p3ig_
  2. Domain d1p3ih_: 1p3i H: [94021]
    Other proteins in same PDB: d1p3ia_, d1p3ib_, d1p3ic_, d1p3ie_, d1p3if_, d1p3ig_
    mutant
15. Domains for 1p3k:
  1. Domain d1p3kd_: 1p3k D: [94027]
    Other proteins in same PDB: d1p3ka_, d1p3kb_, d1p3kc_, d1p3ke_, d1p3kf_, d1p3kg_
  2. Domain d1p3kh_: 1p3k H: [94031]
    Other proteins in same PDB: d1p3ka_, d1p3kb_, d1p3kc_, d1p3ke_, d1p3kf_, d1p3kg_
    mutant
16. Domains for 1p3l:
  1. Domain d1p3ld_: 1p3l D: [94035]
    Other proteins in same PDB: d1p3la_, d1p3lb_, d1p3lc_, d1p3le_, d1p3lf_, d1p3lg_
  2. Domain d1p3lh_: 1p3l H: [94039]
    Other proteins in same PDB: d1p3la_, d1p3lb_, d1p3lc_, d1p3le_, d1p3lf_, d1p3lg_
    mutant
17. Domains for 1p3m:
  1. Domain d1p3md_: 1p3m D: [94043]
    Other proteins in same PDB: d1p3ma_, d1p3mb_, d1p3mc_, d1p3me_, d1p3mf_, d1p3mg_
  2. Domain d1p3mh_: 1p3m H: [94047]
    Other proteins in same PDB: d1p3ma_, d1p3mb_, d1p3mc_, d1p3me_, d1p3mf_, d1p3mg_
    mutant
18. Domains for 1p3o:
  1. Domain d1p3od_: 1p3o D: [94052]
    Other proteins in same PDB: d1p3oa_, d1p3ob_, d1p3oc_, d1p3oe_, d1p3of_, d1p3og_
  2. Domain d1p3oh_: 1p3o H: [94056]
    Other proteins in same PDB: d1p3oa_, d1p3ob_, d1p3oc_, d1p3oe_, d1p3of_, d1p3og_
    mutant
19. Domains for 1p3p:
  1. Domain d1p3pd_: 1p3p D: [94060]
    Other proteins in same PDB: d1p3pa_, d1p3pb_, d1p3pc_, d1p3pe_, d1p3pf_, d1p3pg_
  2. Domain d1p3ph_: 1p3p H: [94064]
    Other proteins in same PDB: d1p3pa_, d1p3pb_, d1p3pc_, d1p3pe_, d1p3pf_, d1p3pg_
    mutant
20. Domains for 1s32:
  1. Domain d1s32d_: 1s32 D: [98415]
    Other proteins in same PDB: d1s32a_, d1s32b_, d1s32c_, d1s32e_, d1s32f_, d1s32g_
  2. Domain d1s32h_: 1s32 H: [98419]
    Other proteins in same PDB: d1s32a_, d1s32b_, d1s32c_, d1s32e_, d1s32f_, d1s32g_
    complexed with abu, bal, cl, dib, imt, mn, ogg, pyb
21. Domain for 1zbb:
  - Domain d1zbbd1: 1zbb D:8-122 [145987]
    Other proteins in same PDB: d1zbba1, d1zbbb1, d1zbbe1, d1zbbf1
    automatically matched to d1kx5d_
22. Domains for 1zla:
  1. Domain d1zlac1: 1zla C:814-920 [125242]
    Other proteins in same PDB: d1zlaa1, d1zlab1, d1zlae1, d1zlaf1
  2. Domain d1zlad1: 1zla D:1230-1322 [125243]
    Other proteins in same PDB: d1zlaa1, d1zlab1, d1zlae1, d1zlaf1
    automatically matched to d1s32d_
  3. Domain d1zlag1: 1zla G:1014-1119 [125246]
    Other proteins in same PDB: d1zlaa1, d1zlab1, d1zlae1, d1zlaf1
    automatically matched to 1ZLA C:814-920
  4. Domain d1zlah1: 1zla H:1430-1522 [125247]
    Other proteins in same PDB: d1zlaa1, d1zlab1, d1zlae1, d1zlaf1
    automatically matched to d1s32d_
23. Domain for 2f8n:
  - Domain d2f8nh1: 2f8n H:1430-1522 [133139]
    Other proteins in same PDB: d2f8na1, d2f8nb1, d2f8ne1, d2f8nf1, d2f8ng1, d2f8nk1
    automatically matched to d1s32d_
24. Domains for 2fj7:
  1. Domain d2fj7d1: 2fj7 D:30-122 [133550]
    Other proteins in same PDB: d2fj7a1, d2fj7b1, d2fj7e1, d2fj7f1
    automatically matched to d1s32d_
  2. Domain d2fj7h1: 2fj7 H:30-122 [133553]
    Other proteins in same PDB: d2fj7a1, d2fj7b1, d2fj7e1, d2fj7f1
    automatically matched to d1s32d_
25. Domains for 3b6f:
  1. Domain d3b6fd1: 3b6f D:22-122 [154887]
    Other proteins in same PDB: d3b6fa1, d3b6fb1, d3b6fc1, d3b6fe1, d3b6ff1, d3b6fg1
    automatically matched to d1s32d_
    complexed with mn
  2. Domain d3b6fh1: 3b6f H:24-122 [154891]
    Other proteins in same PDB: d3b6fa1, d3b6fb1, d3b6fc1, d3b6fe1, d3b6ff1, d3b6fg1
    automatically matched to d1s32d_
    complexed with mn
26. Domains for 3b6g:
  1. Domain d3b6gd1: 3b6g D:22-122 [154895]
    Other proteins in same PDB: d3b6ga1, d3b6gb1, d3b6gc1, d3b6ge1, d3b6gf1, d3b6gg1
    automatically matched to d1s32d_
    complexed with mn
  2. Domain d3b6gh1: 3b6g H:24-122 [154899]
    Other proteins in same PDB: d3b6ga1, d3b6gb1, d3b6gc1, d3b6ge1, d3b6gf1, d3b6gg1
    automatically matched to d1s32d_
    complexed with mn
Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae), H2B.2 [TaxId:4932] [68985] (2 PDB entries)
1. Domains for 1id3:
  1. Domain d1id3d_: 1id3 D: [66115]
    Other proteins in same PDB: d1id3a_, d1id3b_, d1id3c_, d1id3e_, d1id3f_, d1id3g_
  2. Domain d1id3h_: 1id3 H: [66119]
    Other proteins in same PDB: d1id3a_, d1id3b_, d1id3c_, d1id3e_, d1id3f_, d1id3g_
    complexed with mn
2. Domain for 2jss:
  - Domain d2jssa2: 2jss A:1-95 [148193]
    Other proteins in same PDB: d2jssa1
    automatically matched to d1id3h_
Chicken (Gallus gallus), erythrocytes [TaxId:9031] [47120] (6 PDB entries)
Uniprot P02279
1. Domains for 1eqz:
  1. Domain d1eqzb_: 1eqz B: [16446]
    Other proteins in same PDB: d1eqza_, d1eqzc_, d1eqzd_, d1eqze_, d1eqzg_, d1eqzh_
  2. Domain d1eqzf_: 1eqz F: [16447]
    Other proteins in same PDB: d1eqza_, d1eqzc_, d1eqzd_, d1eqze_, d1eqzg_, d1eqzh_
    protein/DNA complex; complexed with cac, cl, k, mn; mutant
2. Domain for 1hio:
  - Domain d1hiob_: 1hio B: [16449]
    Other proteins in same PDB: d1hioa_, d1hioc_, d1hiod_
3. Domains for 1hq3:
  1. Domain d1hq3b_: 1hq3 B: [16444]
    Other proteins in same PDB: d1hq3a_, d1hq3c_, d1hq3d_, d1hq3e_, d1hq3g_, d1hq3h_
  2. Domain d1hq3f_: 1hq3 F: [16445]
    Other proteins in same PDB: d1hq3a_, d1hq3c_, d1hq3d_, d1hq3e_, d1hq3g_, d1hq3h_
    complexed with cl, po4
4. Domains for 1tzy:
  1. Domain d1tzyb_: 1tzy B: [107531]
    Other proteins in same PDB: d1tzya_, d1tzyc_, d1tzyd_, d1tzye_, d1tzyg_, d1tzyh_
  2. Domain d1tzyf_: 1tzy F: [107535]
    Other proteins in same PDB: d1tzya_, d1tzyc_, d1tzyd_, d1tzye_, d1tzyg_, d1tzyh_
    complexed with cl, po4
5. Domains for 2aro:
  1. Domain d2arob1: 2aro B:33-124 [127210]
    Other proteins in same PDB: d2aroa1, d2aroc1, d2arod1, d2aroe1, d2arog1, d2aroh1
    automatically matched to d1eqzb_
    complexed with cl, po4
  2. Domain d2arof1: 2aro F:33-124 [127214]
    Other proteins in same PDB: d2aroa1, d2aroc1, d2arod1, d2aroe1, d2arog1, d2aroh1
    automatically matched to d1eqzb_
    complexed with cl, po4
6. Domain for 2hio:
  - Domain d2hiob_: 2hio B: [16448]
    Other proteins in same PDB: d2hioa_, d2hioc_, d2hiod_
Human (Homo sapiens), H2B.k [TaxId:9606] [140394] (1 PDB entry)
Uniprot O60814 30-125
- Domains for 2cv5:
  1. Domain d2cv5d1: 2cv5 D:27-122 [130850]
    Other proteins in same PDB: d2cv5a1, d2cv5b1, d2cv5c1, d2cv5e1, d2cv5f1, d2cv5g1
    complexed with cl, mn
  2. Domain d2cv5h1: 2cv5 H:28-121 [130854]
    Other proteins in same PDB: d2cv5a1, d2cv5b1, d2cv5c1, d2cv5e1, d2cv5f1, d2cv5g1
    automatically matched to 2CV5 D:27-122
    complexed with cl, mn
Mouse (Mus musculus), H2Ba [TaxId:10090] [140393] (2 PDB entries)
Uniprot Q9D2U9 34-126
1. Domains for 1u35:
  1. Domain d1u35d1: 1u35 D:1230-1322 [119496]
    Other proteins in same PDB: d1u35a1, d1u35b1, d1u35c1, d1u35e1, d1u35f1, d1u35g1
  2. Domain d1u35h1: 1u35 H:1430-1522 [119500]
    Other proteins in same PDB: d1u35a1, d1u35b1, d1u35c1, d1u35e1, d1u35f1, d1u35g1
    automatically matched to 1U35 D:1230-1322
2. Domain for 2f8n:
  - Domain d2f8nd1: 2f8n D:1230-1322 [133135]
    Other proteins in same PDB: d2f8na1, d2f8nb1, d2f8ne1, d2f8nf1, d2f8ng1, d2f8nk1
    automatically matched to 1U35 D:1230-1322
Xenopus (Silurana) tropicalis [TaxId:8364] [158385] (2 PDB entries)
1. Domains for 3c1b:
  1. Domain d3c1bd1: 3c1b D:1228-1322 [155854]
    Other proteins in same PDB: d3c1ba1, d3c1bb1, d3c1bc1, d3c1be1, d3c1bf1, d3c1bg1
    automatically matched to d1s32d_
    complexed with ml3
  2. Domain d3c1bh1: 3c1b H:1428-1521 [155858]
    Other proteins in same PDB: d3c1ba1, d3c1bb1, d3c1bc1, d3c1be1, d3c1bf1, d3c1bg1
    automatically matched to d1s32d_
    complexed with ml3
2. Domains for 3c1c:
  1. Domain d3c1cd1: 3c1c D:1230-1322 [155861]
    Other proteins in same PDB: d3c1cb1, d3c1cc1, d3c1cf1, d3c1cg1
    automatically matched to d1s32d_
    complexed with m2l
  2. Domain d3c1ch1: 3c1c H:1429-1520 [155864]
    Other proteins in same PDB: d3c1cb1, d3c1cc1, d3c1cf1, d3c1cg1
    automatically matched to d1s32d_
    complexed with m2l

More info for Protein Histone H2B from a.22.1.1: Nucleosome core histones

Timeline for Protein Histone H2B from a.22.1.1: Nucleosome core histones:

Protein Histone H2B from a.22.1.1: Nucleosome core histones first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55
Protein Histone H2B from a.22.1.1: Nucleosome core histones appears in SCOP 1.73
Protein Histone H2B from a.22.1.1: Nucleosome core histones appears in SCOPe 2.01
Protein Histone H2B from a.22.1.1: Nucleosome core histones appears in the current release, SCOPe 2.07