SCOP 1.73: Protein: RNA polymerase subunit RPB10

Lineage for Protein: RNA polymerase subunit RPB10

Root: SCOP 1.73
Class a: All alpha proteins [46456] (258 folds)
Fold a.4: DNA/RNA-binding 3-helical bundle [46688] (14 superfamilies)
core: 3-helices; bundle, closed or partly opened, right-handed twist; up-and down
Superfamily a.4.11: RNA polymerase subunit RPB10 [46924] (1 family)
Family a.4.11.1: RNA polymerase subunit RPB10 [46925] (1 protein)
Zn-binding site is near the N-terminus
Protein RNA polymerase subunit RPB10 [46926] (2 species)

Species:

Archaeon Methanobacterium thermoautotrophicum [TaxId:145262] [46927] (1 PDB entry)
- Domain for 1ef4:
  - Domain d1ef4a_: 1ef4 A: [16272]
    complexed with zn

Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [63490] (24 PDB entries)

Domain for 1i3q:
- Domain d1i3qj_: 1i3q J: [61617]
  Other proteins in same PDB: d1i3qa_, d1i3qb_, d1i3qc1, d1i3qc2, d1i3qe1, d1i3qe2, d1i3qf_, d1i3qh_, d1i3qi1, d1i3qi2, d1i3qk_, d1i3ql_
  complexed with mg, zn
Domain for 1i50:
- Domain d1i50j_: 1i50 J: [61764]
  Other proteins in same PDB: d1i50a_, d1i50b_, d1i50c1, d1i50c2, d1i50e1, d1i50e2, d1i50f_, d1i50h_, d1i50i1, d1i50i2, d1i50k_, d1i50l_
  complexed with mn, zn
Domain for 1i6h:
- Domain d1i6hj_: 1i6h J: [61841]
  Other proteins in same PDB: d1i6ha_, d1i6hb_, d1i6hc1, d1i6hc2, d1i6he1, d1i6he2, d1i6hf_, d1i6hh_, d1i6hi1, d1i6hi2, d1i6hk_, d1i6hl_
  complexed with mg, zn
Domain for 1k83:
- Domain d1k83j_: 1k83 J: [68285]
  Other proteins in same PDB: d1k83a_, d1k83b_, d1k83c1, d1k83c2, d1k83e1, d1k83e2, d1k83f_, d1k83h_, d1k83i1, d1k83i2, d1k83k_, d1k83l_
  complexed with ilx, mn, trx, zn
Domain for 1twa:
- Domain d1twaj_: 1twa J: [112706]
  Other proteins in same PDB: d1twaa_, d1twab_, d1twac1, d1twac2, d1twae1, d1twae2, d1twaf_, d1twah_, d1twai1, d1twai2, d1twak_, d1twal_
  complexed with atp, mn, zn
Domain for 1twc:
- Domain d1twcj_: 1twc J: [112721]
  Other proteins in same PDB: d1twca_, d1twcb_, d1twcc1, d1twcc2, d1twce1, d1twce2, d1twcf_, d1twch_, d1twci1, d1twci2, d1twck_, d1twcl_
  complexed with gtp, mn, zn
Domain for 1twf:
- Domain d1twfj_: 1twf J: [112735]
  Other proteins in same PDB: d1twfa_, d1twfb_, d1twfc1, d1twfc2, d1twfe1, d1twfe2, d1twff_, d1twfh_, d1twfi1, d1twfi2, d1twfk_, d1twfl_
  complexed with mn, utp, zn
Domain for 1twg:
- Domain d1twgj_: 1twg J: [112748]
  Other proteins in same PDB: d1twga_, d1twgb_, d1twgc1, d1twgc2, d1twge1, d1twge2, d1twgf_, d1twgh_, d1twgi1, d1twgi2, d1twgk_, d1twgl_
  complexed with ctp, mn, zn
Domain for 1twh:
- Domain d1twhj_: 1twh J: [112761]
  Other proteins in same PDB: d1twha_, d1twhb_, d1twhc1, d1twhc2, d1twhe1, d1twhe2, d1twhf_, d1twhh_, d1twhi1, d1twhi2, d1twhk_, d1twhl_
  complexed with atp, mn, zn

Domain for 2b63:

Domain d2b63j1: 2b63 J:1-65 [127929]
Other proteins in same PDB: d2b63a1, d2b63b1, d2b63c1, d2b63c2, d2b63d1, d2b63e1, d2b63e2, d2b63f1, d2b63g1, d2b63h1, d2b63i1, d2b63i2, d2b63k1, d2b63l1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with 5bu, mg, zn

Domain for 2b8k:

Domain d2b8kj1: 2b8k J:1-65 [128089]
Other proteins in same PDB: d2b8ka1, d2b8kb1, d2b8kc1, d2b8kc2, d2b8kd1, d2b8ke1, d2b8ke2, d2b8kf1, d2b8kg1, d2b8kg2, d2b8kh1, d2b8ki1, d2b8ki2, d2b8kk1, d2b8kl1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with zn

Domain for 2e2h:

Domain d2e2hj1: 2e2h J:1-65 [131991]
Other proteins in same PDB: d2e2ha1, d2e2hb1, d2e2hc1, d2e2hc2, d2e2he1, d2e2he2, d2e2hf1, d2e2hh1, d2e2hi1, d2e2hi2, d2e2hk1, d2e2hl1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with gtp, mg, zn

Domain for 2e2i:

Domain d2e2ij1: 2e2i J:1-65 [132004]
Other proteins in same PDB: d2e2ia1, d2e2ib1, d2e2ic1, d2e2ic2, d2e2ie1, d2e2ie2, d2e2if1, d2e2ih1, d2e2ii1, d2e2ii2, d2e2ik1, d2e2il1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with dgt, mg, zn

Domain for 2e2j:

Domain d2e2jj1: 2e2j J:1-65 [132017]
Other proteins in same PDB: d2e2ja1, d2e2jb1, d2e2jc1, d2e2jc2, d2e2je1, d2e2je2, d2e2jf1, d2e2jh1, d2e2ji1, d2e2ji2, d2e2jk1, d2e2jl1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with g2p, mg, zn

Domain for 2ja5:

Domain d2ja5j1: 2ja5 J:1-65 [138171]
Other proteins in same PDB: d2ja5a1, d2ja5b1, d2ja5c1, d2ja5c2, d2ja5d1, d2ja5e1, d2ja5e2, d2ja5f1, d2ja5g1, d2ja5g2, d2ja5h1, d2ja5i1, d2ja5i2, d2ja5k1, d2ja5l1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with bru, mg, zn

Domain for 2ja6:

Domain d2ja6j1: 2ja6 J:1-65 [138187]
Other proteins in same PDB: d2ja6a1, d2ja6b1, d2ja6c1, d2ja6c2, d2ja6d1, d2ja6e1, d2ja6e2, d2ja6f1, d2ja6g1, d2ja6g2, d2ja6h1, d2ja6i1, d2ja6i2, d2ja6k1, d2ja6l1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with bru, mg, tt, zn

Domains for 2ja7:

Domain d2ja7j1: 2ja7 J:1-65 [138203]
Other proteins in same PDB: d2ja7a1, d2ja7b1, d2ja7c1, d2ja7c2, d2ja7d1, d2ja7e1, d2ja7e2, d2ja7f1, d2ja7g1, d2ja7g2, d2ja7h1, d2ja7i1, d2ja7i2, d2ja7k1, d2ja7l1, d2ja7m1, d2ja7n1, d2ja7o1, d2ja7o2, d2ja7p1, d2ja7q1, d2ja7q2, d2ja7r1, d2ja7s1, d2ja7s2, d2ja7t1, d2ja7u1, d2ja7u2, d2ja7w1, d2ja7x1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with bru, mg, tt, zn

Domain d2ja7v1: 2ja7 V:1-65 [138219]
Other proteins in same PDB: d2ja7a1, d2ja7b1, d2ja7c1, d2ja7c2, d2ja7d1, d2ja7e1, d2ja7e2, d2ja7f1, d2ja7g1, d2ja7g2, d2ja7h1, d2ja7i1, d2ja7i2, d2ja7k1, d2ja7l1, d2ja7m1, d2ja7n1, d2ja7o1, d2ja7o2, d2ja7p1, d2ja7q1, d2ja7q2, d2ja7r1, d2ja7s1, d2ja7s2, d2ja7t1, d2ja7u1, d2ja7u2, d2ja7w1, d2ja7x1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with bru, mg, tt, zn

Domain for 2ja8:

Domain d2ja8j1: 2ja8 J:1-65 [138235]
Other proteins in same PDB: d2ja8a1, d2ja8b1, d2ja8c1, d2ja8c2, d2ja8d1, d2ja8e1, d2ja8e2, d2ja8f1, d2ja8g1, d2ja8g2, d2ja8h1, d2ja8i1, d2ja8i2, d2ja8k1, d2ja8l1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with bru, mg, tt, zn

Domain for 2nvq:

Domain d2nvqj1: 2nvq J:1-65 [138644]
Other proteins in same PDB: d2nvqa1, d2nvqb1, d2nvqc1, d2nvqc2, d2nvqe1, d2nvqe2, d2nvqf1, d2nvqh1, d2nvqi1, d2nvqi2, d2nvqk1, d2nvql1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with dut, mg, zn

Domain for 2nvt:

Domain d2nvtj1: 2nvt J:1-65 [138657]
Other proteins in same PDB: d2nvta1, d2nvtb1, d2nvtc1, d2nvtc2, d2nvte1, d2nvte2, d2nvtf1, d2nvth1, d2nvti1, d2nvti2, d2nvtk1, d2nvtl1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with g2p, mg, zn

Domain for 2nvx:

Domain d2nvxj1: 2nvx J:1-65 [138677]
Other proteins in same PDB: d2nvxa1, d2nvxb1, d2nvxc1, d2nvxc2, d2nvxe1, d2nvxe2, d2nvxf1, d2nvxh1, d2nvxi1, d2nvxi2, d2nvxk1, d2nvxl1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with dut, mg, zn

Domain for 2nvy:

Domain d2nvyj1: 2nvy J:1-65 [138690]
Other proteins in same PDB: d2nvya1, d2nvyb1, d2nvyc1, d2nvyc2, d2nvye1, d2nvye2, d2nvyf1, d2nvyh1, d2nvyi1, d2nvyi2, d2nvyk1, d2nvyl1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with mn, zn

Domain for 2nvz:

Domain d2nvzj1: 2nvz J:1-65 [138703]
Other proteins in same PDB: d2nvza1, d2nvzb1, d2nvzc1, d2nvzc2, d2nvze1, d2nvze2, d2nvzf1, d2nvzh1, d2nvzi1, d2nvzi2, d2nvzk1, d2nvzl1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with mg, utp, zn

Domain for 2yu9:

Domain d2yu9j1: 2yu9 J:1-65 [140074]
Other proteins in same PDB: d2yu9a1, d2yu9b1, d2yu9c1, d2yu9c2, d2yu9e1, d2yu9e2, d2yu9f1, d2yu9h1, d2yu9i1, d2yu9i2, d2yu9k1, d2yu9l1
automatically matched to d1i3qj_
complexed with mg, utp, zn

More info for Protein RNA polymerase subunit RPB10 from a.4.11.1: RNA polymerase subunit RPB10

Timeline for Protein RNA polymerase subunit RPB10 from a.4.11.1: RNA polymerase subunit RPB10:

Protein RNA polymerase subunit RPB10 from a.4.11.1: RNA polymerase subunit RPB10 first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55
Protein RNA polymerase subunit RPB10 from a.4.11.1: RNA polymerase subunit RPB10 appears in SCOP 1.71
Protein RNA polymerase subunit RPB10 from a.4.11.1: RNA polymerase subunit RPB10 appears in SCOP 1.75
Protein RNA polymerase subunit RPB10 from a.4.11.1: RNA polymerase subunit RPB10 appears in the current release, SCOPe 2.08