Lineage for Protein: automated matches

  1. Root: SCOPe 2.07
  2. 2494617Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (388 folds)
  3. 2516578Fold d.58: Ferredoxin-like [54861] (59 superfamilies)
    alpha+beta sandwich with antiparallel beta-sheet; (beta-alpha-beta)x2
  4. 2520427Superfamily d.58.11: EF-G C-terminal domain-like [54980] (4 families) (S)
  5. 2520521Family d.58.11.0: automated matches [254210] (1 protein)
    not a true family
  6. 2520522Protein automated matches [254469] (4 species)
    not a true protein

Species:

  1. 2520523Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [255012] (4 PDB entries)
    1. Domains for 1zm2:
      1. 2520524Domain d1zm2a4: 1zm2 A:482-560 [125283]
        Other proteins in same PDB: d1zm2a1, d1zm2a2, d1zm2a3, d1zm2b_, d1zm2c1, d1zm2c2, d1zm2c3, d1zm2d_, d1zm2e1, d1zm2e2, d1zm2e3, d1zm2f_
        automated match to d1n0ua4
        complexed with apr
      2. 2520525Domain d1zm2a5: 1zm2 A:726-842 [125284]
        Other proteins in same PDB: d1zm2a1, d1zm2a2, d1zm2a3, d1zm2b_, d1zm2c1, d1zm2c2, d1zm2c3, d1zm2d_, d1zm2e1, d1zm2e2, d1zm2e3, d1zm2f_
        automated match to d1n0ua5
        complexed with apr
      3. 2520526Domain d1zm2c4: 1zm2 C:482-560 [125289]
        Other proteins in same PDB: d1zm2a1, d1zm2a2, d1zm2a3, d1zm2b_, d1zm2c1, d1zm2c2, d1zm2c3, d1zm2d_, d1zm2e1, d1zm2e2, d1zm2e3, d1zm2f_
        automated match to d1n0ua4
        complexed with apr
      4. 2520527Domain d1zm2c5: 1zm2 C:726-842 [125290]
        Other proteins in same PDB: d1zm2a1, d1zm2a2, d1zm2a3, d1zm2b_, d1zm2c1, d1zm2c2, d1zm2c3, d1zm2d_, d1zm2e1, d1zm2e2, d1zm2e3, d1zm2f_
        automated match to d1n0ua5
        complexed with apr
      5. 2520528Domain d1zm2e4: 1zm2 E:482-560 [125295]
        Other proteins in same PDB: d1zm2a1, d1zm2a2, d1zm2a3, d1zm2b_, d1zm2c1, d1zm2c2, d1zm2c3, d1zm2d_, d1zm2e1, d1zm2e2, d1zm2e3, d1zm2f_
        automated match to d1n0ua4
        complexed with apr
      6. 2520529Domain d1zm2e5: 1zm2 E:726-842 [125296]
        Other proteins in same PDB: d1zm2a1, d1zm2a2, d1zm2a3, d1zm2b_, d1zm2c1, d1zm2c2, d1zm2c3, d1zm2d_, d1zm2e1, d1zm2e2, d1zm2e3, d1zm2f_
        automated match to d1n0ua5
        complexed with apr
    2. Domains for 1zm3:
      1. 2520530Domain d1zm3a4: 1zm3 A:482-560 [125301]
        Other proteins in same PDB: d1zm3a1, d1zm3a2, d1zm3a3, d1zm3b_, d1zm3c1, d1zm3c2, d1zm3c3, d1zm3d_, d1zm3e1, d1zm3e2, d1zm3e3, d1zm3f_
        automated match to d1n0ua4
      2. 2520531Domain d1zm3a5: 1zm3 A:726-842 [125302]
        Other proteins in same PDB: d1zm3a1, d1zm3a2, d1zm3a3, d1zm3b_, d1zm3c1, d1zm3c2, d1zm3c3, d1zm3d_, d1zm3e1, d1zm3e2, d1zm3e3, d1zm3f_
        automated match to d1n0ua5
      3. 2520532Domain d1zm3c4: 1zm3 C:482-560 [125307]
        Other proteins in same PDB: d1zm3a1, d1zm3a2, d1zm3a3, d1zm3b_, d1zm3c1, d1zm3c2, d1zm3c3, d1zm3d_, d1zm3e1, d1zm3e2, d1zm3e3, d1zm3f_
        automated match to d1n0ua4
      4. 2520533Domain d1zm3c5: 1zm3 C:726-842 [125308]
        Other proteins in same PDB: d1zm3a1, d1zm3a2, d1zm3a3, d1zm3b_, d1zm3c1, d1zm3c2, d1zm3c3, d1zm3d_, d1zm3e1, d1zm3e2, d1zm3e3, d1zm3f_
        automated match to d1n0ua5
      5. 2520534Domain d1zm3e4: 1zm3 E:482-560 [125313]
        Other proteins in same PDB: d1zm3a1, d1zm3a2, d1zm3a3, d1zm3b_, d1zm3c1, d1zm3c2, d1zm3c3, d1zm3d_, d1zm3e1, d1zm3e2, d1zm3e3, d1zm3f_
        automated match to d1n0ua4
      6. 2520535Domain d1zm3e5: 1zm3 E:726-842 [125314]
        Other proteins in same PDB: d1zm3a1, d1zm3a2, d1zm3a3, d1zm3b_, d1zm3c1, d1zm3c2, d1zm3c3, d1zm3d_, d1zm3e1, d1zm3e2, d1zm3e3, d1zm3f_
        automated match to d1n0ua5
    3. Domains for 2e1r:
      1. 2520542Domain d2e1ra4: 2e1r A:482-560 [131969]
        Other proteins in same PDB: d2e1ra1, d2e1ra2, d2e1ra3
        automated match to d1n0ua4
        complexed with gdp, sod
      2. 2520543Domain d2e1ra5: 2e1r A:726-842 [131970]
        Other proteins in same PDB: d2e1ra1, d2e1ra2, d2e1ra3
        automated match to d1n0ua5
        complexed with gdp, sod
    4. Domains for 2zit:
      1. 2520536Domain d2zita3: 2zit A:482-560 [239066]
        Other proteins in same PDB: d2zita1, d2zita2, d2zita4, d2zitb2, d2zitb3, d2zitc1, d2zitc2, d2zitc4, d2zitd2, d2zitd3, d2zite1, d2zite2, d2zite4, d2zitf2, d2zitf3
        automated match to d1n0ua4
        protein/RNA complex; complexed with nad
      2. 2520537Domain d2zita5: 2zit A:726-842 [239068]
        Other proteins in same PDB: d2zita1, d2zita2, d2zita4, d2zitb2, d2zitb3, d2zitc1, d2zitc2, d2zitc4, d2zitd2, d2zitd3, d2zite1, d2zite2, d2zite4, d2zitf2, d2zitf3
        automated match to d1n0ua5
        protein/RNA complex; complexed with nad
      3. 2520538Domain d2zitc3: 2zit C:482-560 [239071]
        Other proteins in same PDB: d2zita1, d2zita2, d2zita4, d2zitb2, d2zitb3, d2zitc1, d2zitc2, d2zitc4, d2zitd2, d2zitd3, d2zite1, d2zite2, d2zite4, d2zitf2, d2zitf3
        automated match to d1n0ua4
        protein/RNA complex; complexed with nad
      4. 2520539Domain d2zitc5: 2zit C:726-842 [239073]
        Other proteins in same PDB: d2zita1, d2zita2, d2zita4, d2zitb2, d2zitb3, d2zitc1, d2zitc2, d2zitc4, d2zitd2, d2zitd3, d2zite1, d2zite2, d2zite4, d2zitf2, d2zitf3
        automated match to d1n0ua5
        protein/RNA complex; complexed with nad
      5. 2520540Domain d2zite3: 2zit E:482-560 [239076]
        Other proteins in same PDB: d2zita1, d2zita2, d2zita4, d2zitb2, d2zitb3, d2zitc1, d2zitc2, d2zitc4, d2zitd2, d2zitd3, d2zite1, d2zite2, d2zite4, d2zitf2, d2zitf3
        automated match to d1n0ua4
        protein/RNA complex; complexed with nad
      6. 2520541Domain d2zite5: 2zit E:726-842 [239078]
        Other proteins in same PDB: d2zita1, d2zita2, d2zita4, d2zitb2, d2zitb3, d2zitc1, d2zitc2, d2zitc4, d2zitd2, d2zitd3, d2zite1, d2zite2, d2zite4, d2zitf2, d2zitf3
        automated match to d1n0ua5
        protein/RNA complex; complexed with nad
  2. 2520544Methanothermobacter thermautotrophicus [TaxId:187420] [255646] (1 PDB entry)
  3. 3050631Archaeoglobus fulgidus [TaxId:2234] [350693] (1 PDB entry)
  4. 3065840Homo sapiens [TaxId:9606] [365902] (3 PDB entries)
    1. Domains for 6icz:
      1. 3065887Domain d6iczc3: 6icz C:582-659 [365949]
        Other proteins in same PDB: d6icza_, d6iczb_, d6iczc1, d6iczc2, d6iczc4, d6iczd_, d6icze_, d6iczf_, d6iczg_, d6iczh_, d6iczi_, d6iczj_, d6iczk_, d6iczl_, d6iczm_, d6iczn_, d6iczo_, d6iczp_, d6iczq1, d6iczq2, d6iczr1, d6iczr2, d6iczs_, d6iczt_, d6iczu1, d6iczu2, d6iczv_, d6iczy_
        automated match to d3jb9b3
        complexed with atp, gtp, i6p, mg, zn
      2. 3065889Domain d6iczc5: 6icz C:829-949 [365951]
        Other proteins in same PDB: d6icza_, d6iczb_, d6iczc1, d6iczc2, d6iczc4, d6iczd_, d6icze_, d6iczf_, d6iczg_, d6iczh_, d6iczi_, d6iczj_, d6iczk_, d6iczl_, d6iczm_, d6iczn_, d6iczo_, d6iczp_, d6iczq1, d6iczq2, d6iczr1, d6iczr2, d6iczs_, d6iczt_, d6iczu1, d6iczu2, d6iczv_, d6iczy_
        automated match to d3jb9b4
    2. Domains for 6id0:
      1. 3065841Domain d6id0c3: 6id0 C:582-659 [365903]
        Other proteins in same PDB: d6id0a_, d6id0b_, d6id0c1, d6id0c2, d6id0c4, d6id0d_, d6id0e_, d6id0f_, d6id0g_, d6id0h_, d6id0i_, d6id0j_, d6id0k_, d6id0l_, d6id0m_, d6id0n_, d6id0o_, d6id0p_, d6id0q1, d6id0q2, d6id0r1, d6id0r2, d6id0s_, d6id0t_, d6id0y_
        automated match to d3jb9b3
        complexed with gtp, i6p, mg, zn
      2. 3065843Domain d6id0c5: 6id0 C:829-943 [365905]
        Other proteins in same PDB: d6id0a_, d6id0b_, d6id0c1, d6id0c2, d6id0c4, d6id0d_, d6id0e_, d6id0f_, d6id0g_, d6id0h_, d6id0i_, d6id0j_, d6id0k_, d6id0l_, d6id0m_, d6id0n_, d6id0o_, d6id0p_, d6id0q1, d6id0q2, d6id0r1, d6id0r2, d6id0s_, d6id0t_, d6id0y_
        automated match to d3jb9b4
    3. Domains for 6id1:
      1. 3065866Domain d6id1c3: 6id1 C:582-659 [365928]
        Other proteins in same PDB: d6id1a_, d6id1b_, d6id1c1, d6id1c2, d6id1c4, d6id1d_, d6id1e_, d6id1f_, d6id1g_, d6id1h_, d6id1i_, d6id1j_, d6id1k_, d6id1l_, d6id1m_, d6id1n_, d6id1o_, d6id1p_, d6id1q1, d6id1q2, d6id1r1, d6id1r2, d6id1s_, d6id1t_, d6id1y_
        automated match to d3jb9b3
        complexed with gtp, i6p, mg, zn
      2. 3065868Domain d6id1c5: 6id1 C:829-943 [365930]
        Other proteins in same PDB: d6id1a_, d6id1b_, d6id1c1, d6id1c2, d6id1c4, d6id1d_, d6id1e_, d6id1f_, d6id1g_, d6id1h_, d6id1i_, d6id1j_, d6id1k_, d6id1l_, d6id1m_, d6id1n_, d6id1o_, d6id1p_, d6id1q1, d6id1q2, d6id1r1, d6id1r2, d6id1s_, d6id1t_, d6id1y_
        automated match to d3jb9b4

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