Lineage for Protein: automated matches

  1. Root: SCOPe 2.03
  2. 1336837Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (147 folds)
  3. 1336838Fold c.1: TIM beta/alpha-barrel [51350] (33 superfamilies)
    contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678
    the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites
  4. 1344774Superfamily c.1.14: RuBisCo, C-terminal domain [51649] (2 families) (S)
    automatically mapped to Pfam PF00016
  5. 1344775Family c.1.14.1: RuBisCo, large subunit, C-terminal domain [51650] (2 proteins)
    N-terminal domain is alpha+beta
  6. 1345026Protein automated matches [226984] (4 species)
    not a true protein

Species:

  1. 1345027Green alga (Chlamydomonas reinhardtii) [TaxId:3055] [225548] (2 PDB entries)
    1. Domains for 2vdh:
      1. 1345028Domain d2vdha2: 2vdh A:151-475 [198398]
        Other proteins in same PDB: d2vdha1, d2vdhb1, d2vdhc1, d2vdhd1, d2vdhe1, d2vdhf1, d2vdhg1, d2vdhh1, d2vdhi_, d2vdhj_, d2vdhk_, d2vdhl_, d2vdhm_, d2vdhn_, d2vdho_, d2vdhp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
      2. 1345029Domain d2vdhb2: 2vdh B:151-475 [198400]
        Other proteins in same PDB: d2vdha1, d2vdhb1, d2vdhc1, d2vdhd1, d2vdhe1, d2vdhf1, d2vdhg1, d2vdhh1, d2vdhi_, d2vdhj_, d2vdhk_, d2vdhl_, d2vdhm_, d2vdhn_, d2vdho_, d2vdhp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
      3. 1345030Domain d2vdhc2: 2vdh C:151-475 [198402]
        Other proteins in same PDB: d2vdha1, d2vdhb1, d2vdhc1, d2vdhd1, d2vdhe1, d2vdhf1, d2vdhg1, d2vdhh1, d2vdhi_, d2vdhj_, d2vdhk_, d2vdhl_, d2vdhm_, d2vdhn_, d2vdho_, d2vdhp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
      4. 1345031Domain d2vdhd2: 2vdh D:151-475 [198404]
        Other proteins in same PDB: d2vdha1, d2vdhb1, d2vdhc1, d2vdhd1, d2vdhe1, d2vdhf1, d2vdhg1, d2vdhh1, d2vdhi_, d2vdhj_, d2vdhk_, d2vdhl_, d2vdhm_, d2vdhn_, d2vdho_, d2vdhp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
      5. 1345032Domain d2vdhe2: 2vdh E:151-475 [198406]
        Other proteins in same PDB: d2vdha1, d2vdhb1, d2vdhc1, d2vdhd1, d2vdhe1, d2vdhf1, d2vdhg1, d2vdhh1, d2vdhi_, d2vdhj_, d2vdhk_, d2vdhl_, d2vdhm_, d2vdhn_, d2vdho_, d2vdhp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
      6. 1345033Domain d2vdhf2: 2vdh F:151-475 [198408]
        Other proteins in same PDB: d2vdha1, d2vdhb1, d2vdhc1, d2vdhd1, d2vdhe1, d2vdhf1, d2vdhg1, d2vdhh1, d2vdhi_, d2vdhj_, d2vdhk_, d2vdhl_, d2vdhm_, d2vdhn_, d2vdho_, d2vdhp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
      7. 1345034Domain d2vdhg2: 2vdh G:151-475 [198410]
        Other proteins in same PDB: d2vdha1, d2vdhb1, d2vdhc1, d2vdhd1, d2vdhe1, d2vdhf1, d2vdhg1, d2vdhh1, d2vdhi_, d2vdhj_, d2vdhk_, d2vdhl_, d2vdhm_, d2vdhn_, d2vdho_, d2vdhp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
      8. 1345035Domain d2vdhh2: 2vdh H:151-475 [198412]
        Other proteins in same PDB: d2vdha1, d2vdhb1, d2vdhc1, d2vdhd1, d2vdhe1, d2vdhf1, d2vdhg1, d2vdhh1, d2vdhi_, d2vdhj_, d2vdhk_, d2vdhl_, d2vdhm_, d2vdhn_, d2vdho_, d2vdhp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
    2. Domains for 2vdi:
      1. 1345036Domain d2vdia2: 2vdi A:151-475 [198414]
        Other proteins in same PDB: d2vdia1, d2vdib1, d2vdic1, d2vdid1, d2vdie1, d2vdif1, d2vdig1, d2vdih1, d2vdii_, d2vdij_, d2vdik_, d2vdil_, d2vdim_, d2vdin_, d2vdio_, d2vdip_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
      2. 1345037Domain d2vdib2: 2vdi B:151-475 [198416]
        Other proteins in same PDB: d2vdia1, d2vdib1, d2vdic1, d2vdid1, d2vdie1, d2vdif1, d2vdig1, d2vdih1, d2vdii_, d2vdij_, d2vdik_, d2vdil_, d2vdim_, d2vdin_, d2vdio_, d2vdip_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
      3. 1345038Domain d2vdic2: 2vdi C:151-475 [198418]
        Other proteins in same PDB: d2vdia1, d2vdib1, d2vdic1, d2vdid1, d2vdie1, d2vdif1, d2vdig1, d2vdih1, d2vdii_, d2vdij_, d2vdik_, d2vdil_, d2vdim_, d2vdin_, d2vdio_, d2vdip_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
      4. 1345039Domain d2vdid2: 2vdi D:151-475 [198420]
        Other proteins in same PDB: d2vdia1, d2vdib1, d2vdic1, d2vdid1, d2vdie1, d2vdif1, d2vdig1, d2vdih1, d2vdii_, d2vdij_, d2vdik_, d2vdil_, d2vdim_, d2vdin_, d2vdio_, d2vdip_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
      5. 1345040Domain d2vdie2: 2vdi E:151-475 [198422]
        Other proteins in same PDB: d2vdia1, d2vdib1, d2vdic1, d2vdid1, d2vdie1, d2vdif1, d2vdig1, d2vdih1, d2vdii_, d2vdij_, d2vdik_, d2vdil_, d2vdim_, d2vdin_, d2vdio_, d2vdip_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
      6. 1345041Domain d2vdif2: 2vdi F:151-475 [198424]
        Other proteins in same PDB: d2vdia1, d2vdib1, d2vdic1, d2vdid1, d2vdie1, d2vdif1, d2vdig1, d2vdih1, d2vdii_, d2vdij_, d2vdik_, d2vdil_, d2vdim_, d2vdin_, d2vdio_, d2vdip_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
      7. 1345042Domain d2vdig2: 2vdi G:151-475 [198426]
        Other proteins in same PDB: d2vdia1, d2vdib1, d2vdic1, d2vdid1, d2vdie1, d2vdif1, d2vdig1, d2vdih1, d2vdii_, d2vdij_, d2vdik_, d2vdil_, d2vdim_, d2vdin_, d2vdio_, d2vdip_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
      8. 1345043Domain d2vdih2: 2vdi H:151-475 [198428]
        Other proteins in same PDB: d2vdia1, d2vdib1, d2vdic1, d2vdid1, d2vdie1, d2vdif1, d2vdig1, d2vdih1, d2vdii_, d2vdij_, d2vdik_, d2vdil_, d2vdim_, d2vdin_, d2vdio_, d2vdip_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, edo, mg; mutant
  2. 1345044Pea (Pisum sativum) [TaxId:3888] [226514] (2 PDB entries)
    1. Domains for 4hhh:
      1. 1345049Domain d4hhha2: 4hhh A:150-469 [202424]
        Other proteins in same PDB: d4hhha1, d4hhhb1, d4hhhc1, d4hhhd1, d4hhhs_, d4hhht_, d4hhhu_, d4hhhv_
        automated match to d1gk8a1
        complexed with rub
      2. 1345050Domain d4hhhb2: 4hhh B:150-469 [202426]
        Other proteins in same PDB: d4hhha1, d4hhhb1, d4hhhc1, d4hhhd1, d4hhhs_, d4hhht_, d4hhhu_, d4hhhv_
        automated match to d1gk8a1
        complexed with rub
      3. 1345051Domain d4hhhc2: 4hhh C:150-469 [202428]
        Other proteins in same PDB: d4hhha1, d4hhhb1, d4hhhc1, d4hhhd1, d4hhhs_, d4hhht_, d4hhhu_, d4hhhv_
        automated match to d1gk8a1
        complexed with rub
      4. 1345052Domain d4hhhd2: 4hhh D:150-469 [202430]
        Other proteins in same PDB: d4hhha1, d4hhhb1, d4hhhc1, d4hhhd1, d4hhhs_, d4hhht_, d4hhhu_, d4hhhv_
        automated match to d1gk8a1
        complexed with rub
    2. Domains for 4mkv:
      1. 1345045Domain d4mkva2: 4mkv A:148-469 [228405]
        Other proteins in same PDB: d4mkva1, d4mkvb1, d4mkvc1, d4mkvd1, d4mkvs_, d4mkvt_, d4mkvu_, d4mkvv_
        automated match to d4ruba1
        complexed with a8s, po4, rub
      2. 1345046Domain d4mkvb2: 4mkv B:148-469 [235664]
        Other proteins in same PDB: d4mkva1, d4mkvb1, d4mkvc1, d4mkvd1, d4mkvs_, d4mkvt_, d4mkvu_, d4mkvv_
        automated match to d4mkva2
        complexed with a8s, po4, rub
      3. 1345047Domain d4mkvc2: 4mkv C:148-469 [235668]
        Other proteins in same PDB: d4mkva1, d4mkvb1, d4mkvc1, d4mkvd1, d4mkvs_, d4mkvt_, d4mkvu_, d4mkvv_
        automated match to d4mkva2
        complexed with a8s, po4, rub
      4. 1345048Domain d4mkvd2: 4mkv D:148-469 [235666]
        Other proteins in same PDB: d4mkva1, d4mkvb1, d4mkvc1, d4mkvd1, d4mkvs_, d4mkvt_, d4mkvu_, d4mkvv_
        automated match to d4mkva2
        complexed with a8s, po4, rub
  3. 1345053Red algae (Galdieria sulphuraria) [TaxId:130081] [226525] (3 PDB entries)
    1. Domain for 4f0h:
    2. Domain for 4f0k:
    3. Domain for 4f0m:
  4. 1345057Thermosynechococcus elongatus [TaxId:197221] [226344] (2 PDB entries)
    1. Domains for 2ybv:
      1. 1345062Domain d2ybva2: 2ybv A:151-459 [207522]
        Other proteins in same PDB: d2ybva1, d2ybvb_, d2ybvc1, d2ybvd_, d2ybve1, d2ybvf_, d2ybvg1, d2ybvh_, d2ybvi1, d2ybvj_, d2ybvk1, d2ybvl_, d2ybvm1, d2ybvn_, d2ybvo1, d2ybvp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cl
      2. 1345063Domain d2ybvc2: 2ybv C:151-459 [207525]
        Other proteins in same PDB: d2ybva1, d2ybvb_, d2ybvc1, d2ybvd_, d2ybve1, d2ybvf_, d2ybvg1, d2ybvh_, d2ybvi1, d2ybvj_, d2ybvk1, d2ybvl_, d2ybvm1, d2ybvn_, d2ybvo1, d2ybvp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cl
      3. 1345064Domain d2ybve2: 2ybv E:151-459 [207528]
        Other proteins in same PDB: d2ybva1, d2ybvb_, d2ybvc1, d2ybvd_, d2ybve1, d2ybvf_, d2ybvg1, d2ybvh_, d2ybvi1, d2ybvj_, d2ybvk1, d2ybvl_, d2ybvm1, d2ybvn_, d2ybvo1, d2ybvp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cl
      4. 1345065Domain d2ybvg2: 2ybv G:151-459 [207531]
        Other proteins in same PDB: d2ybva1, d2ybvb_, d2ybvc1, d2ybvd_, d2ybve1, d2ybvf_, d2ybvg1, d2ybvh_, d2ybvi1, d2ybvj_, d2ybvk1, d2ybvl_, d2ybvm1, d2ybvn_, d2ybvo1, d2ybvp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cl
      5. 1345066Domain d2ybvi2: 2ybv I:151-459 [207534]
        Other proteins in same PDB: d2ybva1, d2ybvb_, d2ybvc1, d2ybvd_, d2ybve1, d2ybvf_, d2ybvg1, d2ybvh_, d2ybvi1, d2ybvj_, d2ybvk1, d2ybvl_, d2ybvm1, d2ybvn_, d2ybvo1, d2ybvp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cl
      6. 1345067Domain d2ybvk2: 2ybv K:151-459 [207537]
        Other proteins in same PDB: d2ybva1, d2ybvb_, d2ybvc1, d2ybvd_, d2ybve1, d2ybvf_, d2ybvg1, d2ybvh_, d2ybvi1, d2ybvj_, d2ybvk1, d2ybvl_, d2ybvm1, d2ybvn_, d2ybvo1, d2ybvp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cl
      7. 1345068Domain d2ybvm2: 2ybv M:151-459 [207540]
        Other proteins in same PDB: d2ybva1, d2ybvb_, d2ybvc1, d2ybvd_, d2ybve1, d2ybvf_, d2ybvg1, d2ybvh_, d2ybvi1, d2ybvj_, d2ybvk1, d2ybvl_, d2ybvm1, d2ybvn_, d2ybvo1, d2ybvp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cl
      8. 1345069Domain d2ybvo2: 2ybv O:151-459 [207543]
        Other proteins in same PDB: d2ybva1, d2ybvb_, d2ybvc1, d2ybvd_, d2ybve1, d2ybvf_, d2ybvg1, d2ybvh_, d2ybvi1, d2ybvj_, d2ybvk1, d2ybvl_, d2ybvm1, d2ybvn_, d2ybvo1, d2ybvp_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cl
    2. Domains for 3zxw:
      1. 1345058Domain d3zxwa2: 3zxw A:151-475 [201381]
        Other proteins in same PDB: d3zxwa1, d3zxwb_, d3zxwc1, d3zxwd_, d3zxwe1, d3zxwf_, d3zxwg1, d3zxwh_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, gol, mg
      2. 1345059Domain d3zxwc2: 3zxw C:151-475 [201384]
        Other proteins in same PDB: d3zxwa1, d3zxwb_, d3zxwc1, d3zxwd_, d3zxwe1, d3zxwf_, d3zxwg1, d3zxwh_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, gol, mg
      3. 1345060Domain d3zxwe2: 3zxw E:151-475 [201386]
        Other proteins in same PDB: d3zxwa1, d3zxwb_, d3zxwc1, d3zxwd_, d3zxwe1, d3zxwf_, d3zxwg1, d3zxwh_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, gol, mg
      4. 1345061Domain d3zxwg2: 3zxw G:151-475 [201389]
        Other proteins in same PDB: d3zxwa1, d3zxwb_, d3zxwc1, d3zxwd_, d3zxwe1, d3zxwf_, d3zxwg1, d3zxwh_
        automated match to d1wdda1
        complexed with cap, gol, mg

More info for Protein automated matches from c.1.14.1: RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

Timeline for Protein automated matches from c.1.14.1: RuBisCo, large subunit, C-terminal domain:

  • Protein automated matches from c.1.14.1: RuBisCo, large subunit, C-terminal domain is new in SCOPe 2.03-stable
  • Protein automated matches from c.1.14.1: RuBisCo, large subunit, C-terminal domain appears in SCOPe 2.04
  • Protein automated matches from c.1.14.1: RuBisCo, large subunit, C-terminal domain appears in the current release, SCOPe 2.07