SCOPe 2.06: Protein: automated matches

Lineage for Protein: automated matches

Root: SCOPe 2.06
Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (148 folds)

Fold c.1: TIM beta/alpha-barrel [51350] (33 superfamilies)
contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678
the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites

Superfamily c.1.2: Ribulose-phoshate binding barrel [51366] (7 families)
Family c.1.2.6: PdxS-like [141755] (2 proteins)
Pfam PF01680; SOR/SNZ
Protein automated matches [193117] (4 species)
not a true protein

Species:

Bacillus subtilis [TaxId:1423] [230975] (2 PDB entries)

Domains for 2nv1:
1. Domain d2nv1a_: 2nv1 A: [243239]
  automated match to d2nv2i_
  complexed with cl, edo, mg
2. Domain d2nv1b_: 2nv1 B: [243240]
  automated match to d2nv2i_
  complexed with cl, edo, mg
3. Domain d2nv1c_: 2nv1 C: [243241]
  automated match to d2nv2i_
  complexed with cl, edo, mg
4. Domain d2nv1d_: 2nv1 D: [243242]
  automated match to d2nv2i_
  complexed with cl, edo, mg
5. Domain d2nv1e_: 2nv1 E: [243243]
  automated match to d2nv2i_
  complexed with cl, edo, mg
6. Domain d2nv1f_: 2nv1 F: [243244]
  automated match to d2nv2i_
  complexed with cl, edo, mg

Domains for 2nv2:

Domain d2nv2a_: 2nv2 A: [230976]
Other proteins in same PDB: d2nv2b_, d2nv2d_, d2nv2f_, d2nv2h_, d2nv2j_, d2nv2l_, d2nv2n_, d2nv2p_, d2nv2r_, d2nv2t_, d2nv2v_, d2nv2x_
automated match to d4jdyc_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2c_: 2nv2 C: [230977]
Other proteins in same PDB: d2nv2b_, d2nv2d_, d2nv2f_, d2nv2h_, d2nv2j_, d2nv2l_, d2nv2n_, d2nv2p_, d2nv2r_, d2nv2t_, d2nv2v_, d2nv2x_
automated match to d4jdyc_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2e_: 2nv2 E: [230978]
Other proteins in same PDB: d2nv2b_, d2nv2d_, d2nv2f_, d2nv2h_, d2nv2j_, d2nv2l_, d2nv2n_, d2nv2p_, d2nv2r_, d2nv2t_, d2nv2v_, d2nv2x_
automated match to d4jdyc_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2g_: 2nv2 G: [230979]
Other proteins in same PDB: d2nv2b_, d2nv2d_, d2nv2f_, d2nv2h_, d2nv2j_, d2nv2l_, d2nv2n_, d2nv2p_, d2nv2r_, d2nv2t_, d2nv2v_, d2nv2x_
automated match to d4jdyc_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2i_: 2nv2 I: [230980]
Other proteins in same PDB: d2nv2b_, d2nv2d_, d2nv2f_, d2nv2h_, d2nv2j_, d2nv2l_, d2nv2n_, d2nv2p_, d2nv2r_, d2nv2t_, d2nv2v_, d2nv2x_
automated match to d4jdyc_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2k_: 2nv2 K: [230981]
Other proteins in same PDB: d2nv2b_, d2nv2d_, d2nv2f_, d2nv2h_, d2nv2j_, d2nv2l_, d2nv2n_, d2nv2p_, d2nv2r_, d2nv2t_, d2nv2v_, d2nv2x_
automated match to d4jdyc_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2m_: 2nv2 M: [230982]
Other proteins in same PDB: d2nv2b_, d2nv2d_, d2nv2f_, d2nv2h_, d2nv2j_, d2nv2l_, d2nv2n_, d2nv2p_, d2nv2r_, d2nv2t_, d2nv2v_, d2nv2x_
automated match to d4jdyc_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2o_: 2nv2 O: [230983]
Other proteins in same PDB: d2nv2b_, d2nv2d_, d2nv2f_, d2nv2h_, d2nv2j_, d2nv2l_, d2nv2n_, d2nv2p_, d2nv2r_, d2nv2t_, d2nv2v_, d2nv2x_
automated match to d4jdyc_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2q_: 2nv2 Q: [238766]
Other proteins in same PDB: d2nv2b_, d2nv2d_, d2nv2f_, d2nv2h_, d2nv2j_, d2nv2l_, d2nv2n_, d2nv2p_, d2nv2r_, d2nv2t_, d2nv2v_, d2nv2x_
automated match to d2nv2i_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2s_: 2nv2 S: [238767]
Other proteins in same PDB: d2nv2b_, d2nv2d_, d2nv2f_, d2nv2h_, d2nv2j_, d2nv2l_, d2nv2n_, d2nv2p_, d2nv2r_, d2nv2t_, d2nv2v_, d2nv2x_
automated match to d2nv2i_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2u_: 2nv2 U: [238768]
Other proteins in same PDB: d2nv2b_, d2nv2d_, d2nv2f_, d2nv2h_, d2nv2j_, d2nv2l_, d2nv2n_, d2nv2p_, d2nv2r_, d2nv2t_, d2nv2v_, d2nv2x_
automated match to d2nv2i_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2w_: 2nv2 W: [238769]
Other proteins in same PDB: d2nv2b_, d2nv2d_, d2nv2f_, d2nv2h_, d2nv2j_, d2nv2l_, d2nv2n_, d2nv2p_, d2nv2r_, d2nv2t_, d2nv2v_, d2nv2x_
automated match to d2nv2i_
complexed with cl, edo, gln

Mycobacterium tuberculosis [TaxId:1773] [193118] (1 PDB entry)
- Domains for 4jdy:
  1. Domain d4jdya_: 4jdy A: [202738]
    automated match to d4jdyc_
    complexed with gol
  2. Domain d4jdyb_: 4jdy B: [202739]
    automated match to d4jdyc_
    complexed with gol
  3. Domain d4jdyc_: 4jdy C: [193119]
    automated match to d1znna1
    complexed with gol
Thermotoga maritima [TaxId:2336] [255244] (1 PDB entry)
- Domains for 2iss:
  1. Domain d2issa1: 2iss A:1-280 [238685]
    Other proteins in same PDB: d2issa2, d2issb2, d2issd1, d2issd2, d2isse_, d2issf_
    automated match to d2nv2i_
    complexed with 5rp, po4
  2. Domain d2issb1: 2iss B:1-280 [238686]
    Other proteins in same PDB: d2issa2, d2issb2, d2issd1, d2issd2, d2isse_, d2issf_
    automated match to d2nv2i_
    complexed with 5rp, po4
  3. Domain d2issc_: 2iss C: [238687]
    Other proteins in same PDB: d2issa2, d2issb2, d2issd1, d2issd2, d2isse_, d2issf_
    automated match to d2nv2i_
    complexed with 5rp, po4
Thermus thermophilus HB8 [TaxId:300852] [255723] (1 PDB entry)
- Domains for 2zbt:
  1. Domain d2zbta_: 2zbt A: [244902]
    automated match to d2nv2i_
    complexed with mpd
  2. Domain d2zbtb_: 2zbt B: [244903]
    automated match to d2nv2i_
    complexed with mpd
  3. Domain d2zbtc_: 2zbt C: [244904]
    automated match to d2nv2i_
    complexed with mpd
  4. Domain d2zbtd_: 2zbt D: [244905]
    automated match to d2nv2i_
    complexed with mpd

More info for Protein automated matches from c.1.2.6: PdxS-like

Timeline for Protein automated matches from c.1.2.6: PdxS-like:

Protein automated matches from c.1.2.6: PdxS-like first appeared in SCOPe 2.02
Protein automated matches from c.1.2.6: PdxS-like appears in SCOPe 2.05
Protein automated matches from c.1.2.6: PdxS-like appears in SCOPe 2.07
Protein automated matches from c.1.2.6: PdxS-like appears in the current release, SCOPe 2.08