SCOPe 2.08: Protein: automated matches

Lineage for Protein: automated matches

Root: SCOPe 2.08
Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (148 folds)
Fold c.23: Flavodoxin-like [52171] (15 superfamilies)
3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 5 strand, order 21345

Superfamily c.23.16: Class I glutamine amidotransferase-like [52317] (10 families)

(S)

conserved positions of the oxyanion hole and catalytic nucleophile; different constituent families contain different additional structures

Family c.23.16.1: Class I glutamine amidotransferases (GAT) [52318] (12 proteins)
contains a catalytic Cys-His-Glu triad
Protein automated matches [190743] (4 species)
not a true protein

Species:

Bacillus subtilis [TaxId:1423] [187927] (1 PDB entry)

Domains for 2nv2:

Domain d2nv2b_: 2nv2 B: [166368]
Other proteins in same PDB: d2nv2a_, d2nv2c_, d2nv2e_, d2nv2g_, d2nv2i_, d2nv2k_, d2nv2m_, d2nv2o_, d2nv2q_, d2nv2s_, d2nv2u_, d2nv2w_
automated match to d1r9ga_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2d_: 2nv2 D: [166369]
Other proteins in same PDB: d2nv2a_, d2nv2c_, d2nv2e_, d2nv2g_, d2nv2i_, d2nv2k_, d2nv2m_, d2nv2o_, d2nv2q_, d2nv2s_, d2nv2u_, d2nv2w_
automated match to d1r9ga_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2f_: 2nv2 F: [166370]
Other proteins in same PDB: d2nv2a_, d2nv2c_, d2nv2e_, d2nv2g_, d2nv2i_, d2nv2k_, d2nv2m_, d2nv2o_, d2nv2q_, d2nv2s_, d2nv2u_, d2nv2w_
automated match to d1r9ga_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2h_: 2nv2 H: [166371]
Other proteins in same PDB: d2nv2a_, d2nv2c_, d2nv2e_, d2nv2g_, d2nv2i_, d2nv2k_, d2nv2m_, d2nv2o_, d2nv2q_, d2nv2s_, d2nv2u_, d2nv2w_
automated match to d1r9ga_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2j_: 2nv2 J: [166372]
Other proteins in same PDB: d2nv2a_, d2nv2c_, d2nv2e_, d2nv2g_, d2nv2i_, d2nv2k_, d2nv2m_, d2nv2o_, d2nv2q_, d2nv2s_, d2nv2u_, d2nv2w_
automated match to d1r9ga_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2l_: 2nv2 L: [166373]
Other proteins in same PDB: d2nv2a_, d2nv2c_, d2nv2e_, d2nv2g_, d2nv2i_, d2nv2k_, d2nv2m_, d2nv2o_, d2nv2q_, d2nv2s_, d2nv2u_, d2nv2w_
automated match to d1r9ga_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2n_: 2nv2 N: [166374]
Other proteins in same PDB: d2nv2a_, d2nv2c_, d2nv2e_, d2nv2g_, d2nv2i_, d2nv2k_, d2nv2m_, d2nv2o_, d2nv2q_, d2nv2s_, d2nv2u_, d2nv2w_
automated match to d1r9ga_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2p_: 2nv2 P: [166375]
Other proteins in same PDB: d2nv2a_, d2nv2c_, d2nv2e_, d2nv2g_, d2nv2i_, d2nv2k_, d2nv2m_, d2nv2o_, d2nv2q_, d2nv2s_, d2nv2u_, d2nv2w_
automated match to d1r9ga_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2r_: 2nv2 R: [166376]
Other proteins in same PDB: d2nv2a_, d2nv2c_, d2nv2e_, d2nv2g_, d2nv2i_, d2nv2k_, d2nv2m_, d2nv2o_, d2nv2q_, d2nv2s_, d2nv2u_, d2nv2w_
automated match to d1r9ga_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2t_: 2nv2 T: [166377]
Other proteins in same PDB: d2nv2a_, d2nv2c_, d2nv2e_, d2nv2g_, d2nv2i_, d2nv2k_, d2nv2m_, d2nv2o_, d2nv2q_, d2nv2s_, d2nv2u_, d2nv2w_
automated match to d1r9ga_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2v_: 2nv2 V: [166378]
Other proteins in same PDB: d2nv2a_, d2nv2c_, d2nv2e_, d2nv2g_, d2nv2i_, d2nv2k_, d2nv2m_, d2nv2o_, d2nv2q_, d2nv2s_, d2nv2u_, d2nv2w_
automated match to d1r9ga_
complexed with cl, edo, gln

Domain d2nv2x_: 2nv2 X: [166379]
Other proteins in same PDB: d2nv2a_, d2nv2c_, d2nv2e_, d2nv2g_, d2nv2i_, d2nv2k_, d2nv2m_, d2nv2o_, d2nv2q_, d2nv2s_, d2nv2u_, d2nv2w_
automated match to d1r9ga_
complexed with cl, edo, gln

Geobacillus kaustophilus [TaxId:235909] [269093] (1 PDB entry)
- Domains for 4wxy:
  1. Domain d4wxyb_: 4wxy B: [269104]
    Other proteins in same PDB: d4wxya_, d4wxyc_, d4wxye_, d4wxyg_, d4wxyi_, d4wxyk_
    automated match to d1q7ra_
    mutant
  2. Domain d4wxyd_: 4wxy D: [269100]
    Other proteins in same PDB: d4wxya_, d4wxyc_, d4wxye_, d4wxyg_, d4wxyi_, d4wxyk_
    automated match to d1q7ra_
    mutant
  3. Domain d4wxyf_: 4wxy F: [269094]
    Other proteins in same PDB: d4wxya_, d4wxyc_, d4wxye_, d4wxyg_, d4wxyi_, d4wxyk_
    automated match to d1q7ra_
    mutant
  4. Domain d4wxyh_: 4wxy H: [269095]
    Other proteins in same PDB: d4wxya_, d4wxyc_, d4wxye_, d4wxyg_, d4wxyi_, d4wxyk_
    automated match to d1q7ra_
    mutant
  5. Domain d4wxyj_: 4wxy J: [269099]
    Other proteins in same PDB: d4wxya_, d4wxyc_, d4wxye_, d4wxyg_, d4wxyi_, d4wxyk_
    automated match to d1q7ra_
    mutant
  6. Domain d4wxyl_: 4wxy L: [269110]
    Other proteins in same PDB: d4wxya_, d4wxyc_, d4wxye_, d4wxyg_, d4wxyi_, d4wxyk_
    automated match to d1q7ra_
    mutant
Methanocaldococcus jannaschii [TaxId:243232] [255467] (5 PDB entries)
1. Domain for 2lxn:
  - Domain d2lxna_: 2lxn A: [243026]
    automated match to d1wl8a1
2. Domains for 7d40:
  1. Domain d7d40a_: 7d40 A: [420938]
    automated match to d2lxna_
    complexed with snn
  2. Domain d7d40b_: 7d40 B: [420952]
    automated match to d2lxna_
    complexed with snn
3. Domains for 7d95:
  1. Domain d7d95b_: 7d95 B: [420998]
    automated match to d2lxna_
    complexed with snn
  2. Domain d7d95a_: 7d95 A: [421001]
    automated match to d2lxna_
    complexed with snn
4. Domain for 7d96:
  - Domain d7d96a_: 7d96 A: [421028]
    automated match to d2lxna_
    mutant
5. Domains for 7d97:
  1. Domain d7d97a_: 7d97 A: [420990]
    automated match to d2lxna_
    mutant
  2. Domain d7d97d_: 7d97 D: [420995]
    automated match to d2lxna_
    mutant
  3. Domain d7d97c_: 7d97 C: [421002]
    automated match to d2lxna_
    mutant
  4. Domain d7d97b_: 7d97 B: [421014]
    automated match to d2lxna_
    mutant
Pyrococcus horikoshii OT3 [TaxId:70601] [225180] (1 PDB entry)
- Domain for 2d7j:
  - Domain d2d7ja_: 2d7j A: [203940]
    automated match to d1wl8a1

More info for Protein automated matches from c.23.16.1: Class I glutamine amidotransferases (GAT)

Timeline for Protein automated matches from c.23.16.1: Class I glutamine amidotransferases (GAT):

Protein automated matches from c.23.16.1: Class I glutamine amidotransferases (GAT) first appeared in SCOPe 2.01
Protein automated matches from c.23.16.1: Class I glutamine amidotransferases (GAT) appears in SCOPe 2.07