Lineage for Protein: automated matches

  1. Root: SCOPe 2.08
  2. Class b: All beta proteins [48724] (180 folds)
  3. Fold b.21: Virus attachment protein globular domain [49834] (1 superfamily)
    sandwich, 10 strands in 2 sheets; greek-key
  4. Superfamily b.21.1: Virus attachment protein globular domain [49835] (4 families) (S)
  5. Family b.21.1.1: Adenovirus fiber protein 'knob' domain [49836] (2 proteins)
    automatically mapped to Pfam PF00541
  6. Protein automated matches [190333] (6 species)
    not a true protein

Species:

  1. Canine adenovirus 2 [TaxId:10514] [187888] (3 PDB entries)
    1. Domains for 2j1k:
      1. Domain d2j1kd_: 2j1k D: [145611]
        Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
        automated match to d2j1kc1
      2. Domain d2j1ke_: 2j1k E: [145612]
        Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
        automated match to d2j1kc1
      3. Domain d2j1kf_: 2j1k F: [145613]
        Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
        automated match to d2j1kc1
      4. Domain d2j1kh_: 2j1k H: [145614]
        Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
        automated match to d2j1kc1
      5. Domain d2j1ki_: 2j1k I: [145615]
        Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
        automated match to d2j1kc1
      6. Domain d2j1kl_: 2j1k L: [145616]
        Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
        automated match to d2j1kc1
      7. Domain d2j1km_: 2j1k M: [145617]
        Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
        automated match to d2j1kc1
      8. Domain d2j1kn_: 2j1k N: [145618]
        Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
        automated match to d2j1kc1
      9. Domain d2j1kq_: 2j1k Q: [145619]
        Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
        automated match to d2j1kc1
      10. Domain d2j1kr_: 2j1k R: [145620]
        Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
        automated match to d2j1kc1
      11. Domain d2j1ks_: 2j1k S: [145621]
        Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
        automated match to d2j1kc1
    2. Domains for 2w9l:
      1. Domain d2w9lc_: 2w9l C: [169122]
        Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
        automated match to d2j1kc1
      2. Domain d2w9ld_: 2w9l D: [169123]
        Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
        automated match to d2j1kc1
      3. Domain d2w9le_: 2w9l E: [169124]
        Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
        automated match to d2j1kc1
      4. Domain d2w9lf_: 2w9l F: [169125]
        Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
        automated match to d2j1kc1
      5. Domain d2w9lh_: 2w9l H: [169127]
        Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
        automated match to d2j1kc1
      6. Domain d2w9li_: 2w9l I: [169128]
        Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
        automated match to d2j1kc1
      7. Domain d2w9ll_: 2w9l L: [169131]
        Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
        automated match to d2j1kc1
      8. Domain d2w9lm_: 2w9l M: [169132]
        Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
        automated match to d2j1kc1
      9. Domain d2w9ln_: 2w9l N: [169133]
        Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
        automated match to d2j1kc1
      10. Domain d2w9lq_: 2w9l Q: [169136]
        Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
        automated match to d2j1kc1
      11. Domain d2w9lr_: 2w9l R: [169137]
        Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
        automated match to d2j1kc1
      12. Domain d2w9ls_: 2w9l S: [169138]
        Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
        automated match to d2j1kc1
    3. Domains for 2wbv:
      1. Domain d2wbva_: 2wbv A: [169189]
        automated match to d2j1kc1
        complexed with gol, sia
      2. Domain d2wbvb_: 2wbv B: [169190]
        automated match to d2j1kc1
        complexed with gol, sia
      3. Domain d2wbvc_: 2wbv C: [169191]
        automated match to d2j1kc1
        complexed with gol, sia
      4. Domain d2wbvd_: 2wbv D: [169192]
        automated match to d2j1kc1
        complexed with gol, sia
      5. Domain d2wbve_: 2wbv E: [169193]
        automated match to d2j1kc1
        complexed with gol, sia
      6. Domain d2wbvf_: 2wbv F: [169194]
        automated match to d2j1kc1
        complexed with gol, sia
  2. Chimpanzee adenovirus y25 [TaxId:1123958] [406124] (1 PDB entry)
  3. Human adenovirus 11 [TaxId:10541] [225988] (1 PDB entry)
  4. Human adenovirus 14 [TaxId:10521] [188677] (1 PDB entry)
  5. Human adenovirus 37 [TaxId:52275] [188823] (4 PDB entries)
    1. Domain for 2j12:
    2. Domain for 2wbw:
    3. Domains for 2wgt:
      1. Domain d2wgta_: 2wgt A: [169329]
        automated match to d1uxaa_
        complexed with 18d, zn
      2. Domain d2wgtb_: 2wgt B: [169330]
        automated match to d1uxaa_
        complexed with 18d, zn
      3. Domain d2wgtc_: 2wgt C: [169331]
        automated match to d1uxaa_
        complexed with 18d, zn
    4. Domains for 2wgu:
      1. Domain d2wgua_: 2wgu A: [169332]
        automated match to d1uxaa_
        complexed with 42d, zn
      2. Domain d2wgub_: 2wgu B: [169333]
        automated match to d1uxaa_
        complexed with 42d, zn
      3. Domain d2wguc_: 2wgu C: [169334]
        automated match to d1uxaa_
        complexed with 42d, zn
  6. Human adenovirus 48 [TaxId:39641] [364468] (1 PDB entry)

More info for Protein automated matches from b.21.1.1: Adenovirus fiber protein 'knob' domain

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