SCOPe 2.06: Protein: automated matches

Lineage for Protein: automated matches

Root: SCOPe 2.06
Class e: Multi-domain proteins (alpha and beta) [56572] (69 folds)
Fold e.29: beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase [64483] (1 superfamily)
Multidomain subunits of complex domain organization

Superfamily e.29.1: beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase [64484] (2 families)

(S)

The catalytic site is formed by the association of two double-psi beta-barrel domains, one from each subunit

Family e.29.1.1: RNA-polymerase beta [64485] (3 proteins)
Protein automated matches [190192] (4 species)
not a true protein

Species:

Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [187158] (5 PDB entries)

Domain for 2nvq:

Domain d2nvqb_: 2nvq B: [138635]
Other proteins in same PDB: d2nvqa_, d2nvqc1, d2nvqc2, d2nvqe1, d2nvqe2, d2nvqf_, d2nvqh_, d2nvqi1, d2nvqi2, d2nvqj_, d2nvqk_, d2nvql_
automated match to d1i50b_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with dut, mg, zn

Domain for 3cqz:
- Domain d3cqzb_: 3cqz B: [156930]
  Other proteins in same PDB: d3cqza1, d3cqzf1, d3cqzh_, d3cqzj_, d3cqzk_, d3cqzl1
  automated match to d1i50b_
  protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with zn

Domain for 3m3y:

Domain d3m3yb_: 3m3y B: [247589]
Other proteins in same PDB: d3m3ya_, d3m3ye1, d3m3ye2, d3m3yf_, d3m3yh_, d3m3yi1, d3m3yi2, d3m3yj_, d3m3yk_, d3m3yl_
automated match to d1i3qb_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with c7p, mg, zn

Domain for 3s1m:

Domain d3s1mb_: 3s1m B: [249264]
Other proteins in same PDB: d3s1ma_, d3s1me1, d3s1me2, d3s1mf_, d3s1mh_, d3s1mi1, d3s1mi2, d3s1mj_, d3s1mk_, d3s1ml_
automated match to d1i3qb_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 3s1n:

Domain d3s1nb_: 3s1n B: [249275]
Other proteins in same PDB: d3s1na_, d3s1ne1, d3s1ne2, d3s1nf_, d3s1nh_, d3s1ni1, d3s1ni2, d3s1nj_, d3s1nk_, d3s1nl_
automated match to d1i3qb_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:559292] [256075] (1 PDB entry)

Domain for 3rzo:

Domain d3rzob_: 3rzo B: [249245]
Other proteins in same PDB: d3rzoa_, d3rzoe1, d3rzoe2, d3rzof_, d3rzoh_, d3rzoi1, d3rzoi2, d3rzoj_, d3rzok_, d3rzol_
automated match to d1i3qb_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with zn

Thermus thermophilus HB8 [TaxId:300852] [187303] (4 PDB entries)

Domains for 2o5i:

Domain d2o5ic_: 2o5i C: [148600]
Other proteins in same PDB: d2o5ia1, d2o5ia2, d2o5ib1, d2o5ib2, d2o5id_, d2o5ie_, d2o5ik1, d2o5ik2, d2o5il1, d2o5il2, d2o5in_, d2o5io_
automated match to d1iw7c_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain d2o5im_: 2o5i M: [148603]
Other proteins in same PDB: d2o5ia1, d2o5ia2, d2o5ib1, d2o5ib2, d2o5id_, d2o5ie_, d2o5ik1, d2o5ik2, d2o5il1, d2o5il2, d2o5in_, d2o5io_
automated match to d1iw7c_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domains for 2o5j:
1. Domain d2o5jc_: 2o5j C: [148605]
  Other proteins in same PDB: d2o5jd_, d2o5je_, d2o5jn_, d2o5jo_
  automated match to d1smyc_
  protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, zn
2. Domain d2o5jm_: 2o5j M: [148607]
  Other proteins in same PDB: d2o5jd_, d2o5je_, d2o5jn_, d2o5jo_
  automated match to d1smyc_
  protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, zn
Domains for 2ppb:
1. Domain d2ppbc_: 2ppb C: [149753]
  Other proteins in same PDB: d2ppbd_, d2ppbe_, d2ppbn_, d2ppbo_
  automated match to d1smyc_
  protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, std, zn
2. Domain d2ppbm_: 2ppb M: [149755]
  Other proteins in same PDB: d2ppbd_, d2ppbe_, d2ppbn_, d2ppbo_
  automated match to d1smyc_
  protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, std, zn

Domains for 3dxj:

Domain d3dxjc_: 3dxj C: [157927]
Other proteins in same PDB: d3dxjd_, d3dxje_, d3dxjf1, d3dxjf2, d3dxjf3, d3dxjn_, d3dxjo_, d3dxjp1, d3dxjp2, d3dxjp3
automated match to d1smyc_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mpd, ne6, po4, zn

Domain d3dxjm_: 3dxj M: [157930]
Other proteins in same PDB: d3dxjd_, d3dxje_, d3dxjf1, d3dxjf2, d3dxjf3, d3dxjn_, d3dxjo_, d3dxjp1, d3dxjp2, d3dxjp3
automated match to d1smyc_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mpd, ne6, po4, zn

Thermus thermophilus [TaxId:274] [186932] (8 PDB entries)

Domains for 1zyr:

Domain d1zyrc_: 1zyr C: [125853]
Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyra2, d1zyrb1, d1zyrb2, d1zyrd_, d1zyre_, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrk2, d1zyrl1, d1zyrl2, d1zyrn_, d1zyro_, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
automated match to d1smyc_
protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn

Domain d1zyrm_: 1zyr M: [125863]
Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyra2, d1zyrb1, d1zyrb2, d1zyrd_, d1zyre_, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrk2, d1zyrl1, d1zyrl2, d1zyrn_, d1zyro_, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
automated match to d1smyc_
protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn

Domains for 2a68:

Domain d2a68c_: 2a68 C: [126195]
Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68d_, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68n_, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
automated match to d1iw7c_
protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn

Domain d2a68m_: 2a68 M: [126205]
Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68d_, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68n_, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
automated match to d1iw7c_
protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn

Domains for 2a69:

Domain d2a69c_: 2a69 C: [126215]
Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69d_, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69n_, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
automated match to d1iw7c_
protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn

Domain d2a69m_: 2a69 M: [126225]
Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69d_, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69n_, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
automated match to d1iw7c_
protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn

Domains for 2a6e:

Domain d2a6ec_: 2a6e C: [126244]
Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ed_, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6en_, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
automated match to d1iw7c_
complexed with mg, zn

Domain d2a6em_: 2a6e M: [126254]
Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ed_, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6en_, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
automated match to d1iw7c_
complexed with mg, zn

Domains for 2a6h:

Domain d2a6hc_: 2a6h C: [126264]
Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hd_, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hn_, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
automated match to d1iw7c_
protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn

Domain d2a6hm_: 2a6h M: [126274]
Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hd_, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hn_, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
automated match to d1iw7c_
protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn

Domains for 2be5:

Domain d2be5c_: 2be5 C: [128355]
Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5d_, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5n_, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
automated match to d1iw7c_
protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn

Domain d2be5m_: 2be5 M: [128365]
Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5d_, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5n_, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
automated match to d1iw7c_
protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn

Domains for 3eql:

Domain d3eqlc_: 3eql C: [175156]
Other proteins in same PDB: d3eqla1, d3eqla2, d3eqlb1, d3eqlb2, d3eqld_, d3eqle_, d3eqlf1, d3eqlf2, d3eqlf3, d3eqlk1, d3eqlk2, d3eqll1, d3eqll2, d3eqln_, d3eqlo_, d3eqlp1, d3eqlp2, d3eqlp3
automated match to d1iw7c_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mxp, zn

Domain d3eqlm_: 3eql M: [175158]
Other proteins in same PDB: d3eqla1, d3eqla2, d3eqlb1, d3eqlb2, d3eqld_, d3eqle_, d3eqlf1, d3eqlf2, d3eqlf3, d3eqlk1, d3eqlk2, d3eqll1, d3eqll2, d3eqln_, d3eqlo_, d3eqlp1, d3eqlp2, d3eqlp3
automated match to d1iw7c_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mxp, zn

Domain for 5tmf:
- Domain d5tmfc_: 5tmf C: [326546]
  Other proteins in same PDB: d5tmfd_, d5tmfe_, d5tmff1, d5tmff2, d5tmff3
  automated match to d4g7hc_
  complexed with mg, ne6, po4, zn

More info for Protein automated matches from e.29.1.1: RNA-polymerase beta

Timeline for Protein automated matches from e.29.1.1: RNA-polymerase beta:

Protein automated matches from e.29.1.1: RNA-polymerase beta first appeared in SCOPe 2.01
Protein automated matches from e.29.1.1: RNA-polymerase beta appears in SCOPe 2.05
Protein automated matches from e.29.1.1: RNA-polymerase beta appears in SCOPe 2.07
Protein automated matches from e.29.1.1: RNA-polymerase beta appears in the current release, SCOPe 2.08