Lineage for Protein: automated matches

  1. Root: SCOPe 2.04
  2. 1689992Class e: Multi-domain proteins (alpha and beta) [56572] (68 folds)
  3. 1694801Fold e.29: beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase [64483] (1 superfamily)
    Multidomain subunits of complex domain organization
  4. 1694802Superfamily e.29.1: beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase [64484] (2 families) (S)
    The catalytic site is formed by the association of two double-psi beta-barrel domains, one from each subunit
  5. 1694803Family e.29.1.1: RNA-polymerase beta [64485] (3 proteins)
  6. 1694856Protein automated matches [190192] (4 species)
    not a true protein

Species:

  1. 1694857Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [187158] (5 PDB entries)
    1. Domain for 2nvq:
    2. Domain for 3cqz:
    3. Domain for 3m3y:
    4. Domain for 3s1m:
    5. Domain for 3s1n:
  2. 1694863Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:559292] [256075] (1 PDB entry)
  3. 1694865Thermus thermophilus HB8 [TaxId:300852] [187303] (4 PDB entries)
    1. Domains for 2o5i:
      1. 1694866Domain d2o5ic_: 2o5i C: [148600]
        Other proteins in same PDB: d2o5ia1, d2o5ia2, d2o5ib1, d2o5ib2, d2o5id_, d2o5ie_, d2o5ik1, d2o5ik2, d2o5il1, d2o5il2, d2o5in_, d2o5io_
        automated match to d1iw7c_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      2. 1694867Domain d2o5im_: 2o5i M: [148603]
        Other proteins in same PDB: d2o5ia1, d2o5ia2, d2o5ib1, d2o5ib2, d2o5id_, d2o5ie_, d2o5ik1, d2o5ik2, d2o5il1, d2o5il2, d2o5in_, d2o5io_
        automated match to d1iw7c_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
    2. Domains for 2o5j:
      1. 1694868Domain d2o5jc_: 2o5j C: [148605]
        Other proteins in same PDB: d2o5jd_, d2o5je_, d2o5jn_, d2o5jo_
        automated match to d1smyc_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, zn
      2. 1694869Domain d2o5jm_: 2o5j M: [148607]
        Other proteins in same PDB: d2o5jd_, d2o5je_, d2o5jn_, d2o5jo_
        automated match to d1smyc_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, zn
    3. Domains for 2ppb:
      1. 1694870Domain d2ppbc_: 2ppb C: [149753]
        Other proteins in same PDB: d2ppbd_, d2ppbe_, d2ppbn_, d2ppbo_
        automated match to d1smyc_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, std, zn
      2. 1694871Domain d2ppbm_: 2ppb M: [149755]
        Other proteins in same PDB: d2ppbd_, d2ppbe_, d2ppbn_, d2ppbo_
        automated match to d1smyc_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, std, zn
    4. Domains for 3dxj:
      1. 1694872Domain d3dxjc_: 3dxj C: [157927]
        Other proteins in same PDB: d3dxjd_, d3dxje_, d3dxjf1, d3dxjf2, d3dxjf3, d3dxjn_, d3dxjo_, d3dxjp1, d3dxjp2, d3dxjp3
        automated match to d1smyc_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mpd, ne6, po4, zn
      2. 1694873Domain d3dxjm_: 3dxj M: [157930]
        Other proteins in same PDB: d3dxjd_, d3dxje_, d3dxjf1, d3dxjf2, d3dxjf3, d3dxjn_, d3dxjo_, d3dxjp1, d3dxjp2, d3dxjp3
        automated match to d1smyc_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mpd, ne6, po4, zn
  4. 1694874Thermus thermophilus [TaxId:274] [186932] (7 PDB entries)
    1. Domains for 1zyr:
      1. 1694887Domain d1zyrc_: 1zyr C: [125853]
        Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyra2, d1zyrb1, d1zyrb2, d1zyrd_, d1zyre_, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrk2, d1zyrl1, d1zyrl2, d1zyrn_, d1zyro_, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
        automated match to d1smyc_
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
      2. 1694888Domain d1zyrm_: 1zyr M: [125863]
        Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyra2, d1zyrb1, d1zyrb2, d1zyrd_, d1zyre_, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrk2, d1zyrl1, d1zyrl2, d1zyrn_, d1zyro_, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
        automated match to d1smyc_
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
    2. Domains for 2a68:
      1. 1694879Domain d2a68c_: 2a68 C: [126195]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68d_, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68n_, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
        automated match to d1iw7c_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
      2. 1694880Domain d2a68m_: 2a68 M: [126205]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68d_, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68n_, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
        automated match to d1iw7c_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
    3. Domains for 2a69:
      1. 1694881Domain d2a69c_: 2a69 C: [126215]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69d_, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69n_, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
        automated match to d1iw7c_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
      2. 1694882Domain d2a69m_: 2a69 M: [126225]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69d_, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69n_, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
        automated match to d1iw7c_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
    4. Domains for 2a6e:
      1. 1694885Domain d2a6ec_: 2a6e C: [126244]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ed_, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6en_, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
        automated match to d1iw7c_
        complexed with mg, zn
      2. 1694886Domain d2a6em_: 2a6e M: [126254]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ed_, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6en_, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
        automated match to d1iw7c_
        complexed with mg, zn
    5. Domains for 2a6h:
      1. 1694875Domain d2a6hc_: 2a6h C: [126264]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hd_, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hn_, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
        automated match to d1iw7c_
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
      2. 1694876Domain d2a6hm_: 2a6h M: [126274]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hd_, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hn_, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
        automated match to d1iw7c_
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
    6. Domains for 2be5:
      1. 1694877Domain d2be5c_: 2be5 C: [128355]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5d_, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5n_, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
        automated match to d1iw7c_
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
      2. 1694878Domain d2be5m_: 2be5 M: [128365]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5d_, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5n_, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
        automated match to d1iw7c_
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
    7. Domains for 3eql:
      1. 1694883Domain d3eqlc_: 3eql C: [175156]
        Other proteins in same PDB: d3eqla1, d3eqla2, d3eqlb1, d3eqlb2, d3eqld_, d3eqle_, d3eqlf1, d3eqlf2, d3eqlf3, d3eqlk1, d3eqlk2, d3eqll1, d3eqll2, d3eqln_, d3eqlo_, d3eqlp1, d3eqlp2, d3eqlp3
        automated match to d1iw7c_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mxp, zn
      2. 1694884Domain d3eqlm_: 3eql M: [175158]
        Other proteins in same PDB: d3eqla1, d3eqla2, d3eqlb1, d3eqlb2, d3eqld_, d3eqle_, d3eqlf1, d3eqlf2, d3eqlf3, d3eqlk1, d3eqlk2, d3eqll1, d3eqll2, d3eqln_, d3eqlo_, d3eqlp1, d3eqlp2, d3eqlp3
        automated match to d1iw7c_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mxp, zn

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