Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (385 folds) |
Fold d.325: L28p-like [143799] (1 superfamily) unusual fold consisting of three beta-hairpins, that form a paper clip-like structure, and two helices; could have evolved from a glucocorticoid receptor-like zinc finger domain (57715) |
Superfamily d.325.1: L28p-like [143800] (2 families) In early ribosomal structures, L28p has been misinterpreted as L31p. in the Ribosomal protein L28p family, there are sequences containing two CxxC pairs. Threading these sequences into this fold brings the four cysteines in a similar site to the zinc-binding site of glucocorticoid receptor-like zinc fingers. In the Ribosomal protein L31p, there are also members with two CxxC pairs. However, these won't form a putative zinc-binding site in this fold. The L31p family are classified here temporarily, until its true fold is known |
Family d.325.1.1: Ribosomal protein L28 [143801] (1 protein) |
Protein Ribosomal protein L28 (L28p) [143802] (4 species) |
Deinococcus radiodurans [TaxId:1299] [160708] (5 PDB entries) Uniprot Q9RRG8 8-79 |
Domain d2zjpu1: 2zjp U:8-79 [154513] Other proteins in same PDB: d2zjp11, d2zjp21, d2zjp31, d2zjp41, d2zjpa1, d2zjpa2, d2zjpb1, d2zjpc1, d2zjpd1, d2zjpe1, d2zjpe2, d2zjpf1, d2zjpf2, d2zjpg1, d2zjph1, d2zjpi1, d2zjpj1, d2zjpk1, d2zjpl1, d2zjpm1, d2zjpn1, d2zjpo1, d2zjpp1, d2zjpq1, d2zjpr1, d2zjps1, d2zjpt1, d2zjpv1, d2zjpw1, d2zjpy1 automatically matched to 2ZJR U:8-79 protein/RNA complex; complexed with mg, no1, zn |
Domain d2zjqu1: 2zjq U:8-79 [154545] Other proteins in same PDB: d2zjq11, d2zjq21, d2zjq31, d2zjq41, d2zjq51, d2zjqa1, d2zjqa2, d2zjqb1, d2zjqc1, d2zjqd1, d2zjqe1, d2zjqe2, d2zjqf1, d2zjqf2, d2zjqg1, d2zjqh1, d2zjqi1, d2zjqj1, d2zjqk1, d2zjql1, d2zjqm1, d2zjqn1, d2zjqo1, d2zjqp1, d2zjqq1, d2zjqr1, d2zjqs1, d2zjqt1, d2zjqv1, d2zjqw1, d2zjqz1 automatically matched to 2ZJR U:8-79 protein/RNA complex |
Domain d2zjru1: 2zjr U:8-79 [154574] Other proteins in same PDB: d2zjr11, d2zjr21, d2zjr31, d2zjr41, d2zjra1, d2zjra2, d2zjrb1, d2zjrc1, d2zjrd1, d2zjre1, d2zjre2, d2zjrg1, d2zjrh1, d2zjri1, d2zjrj1, d2zjrk1, d2zjrl1, d2zjrm1, d2zjrn1, d2zjro1, d2zjrp1, d2zjrq1, d2zjrr1, d2zjrs1, d2zjrt1, d2zjrv1, d2zjrw1, d2zjrz1 Representative structure complexed with mg |
Domain d3cf5u1: 3cf5 U:8-79 [156561] Other proteins in same PDB: d3cf511, d3cf521, d3cf531, d3cf541, d3cf5a1, d3cf5a2, d3cf5b1, d3cf5c1, d3cf5d1, d3cf5e1, d3cf5e2, d3cf5f1, d3cf5f2, d3cf5g1, d3cf5h1, d3cf5i1, d3cf5j1, d3cf5k1, d3cf5l1, d3cf5m1, d3cf5n1, d3cf5o1, d3cf5p1, d3cf5q1, d3cf5r1, d3cf5s1, d3cf5t1, d3cf5v1, d3cf5w1, d3cf5y1 automatically matched to 2ZJR U:8-79 protein/RNA complex; complexed with mg |
Domain d3dllu1: 3dll U:8-79 [157798] Other proteins in same PDB: d3dll11, d3dll21, d3dll31, d3dll41, d3dllb1, d3dllc1, d3dlld1, d3dlle1, d3dlle2, d3dllg1, d3dllh1, d3dlli1, d3dllj1, d3dllk1, d3dlll1, d3dllm1, d3dlln1, d3dllo1, d3dllp1, d3dllq1, d3dllr1, d3dlls1, d3dllt1, d3dllv1, d3dllw1, d3dlly1 automatically matched to 2ZJR U:8-79 complexed with mg, zld, zn |
Escherichia coli [TaxId:562] [160709] (18 PDB entries) Uniprot P0A7M2 1-77 |
Domain d2i2tx1: 2i2t X:1-77 [145460] Other proteins in same PDB: d2i2t01, d2i2t11, d2i2t21, d2i2t31, d2i2t41, d2i2tc1, d2i2tc2, d2i2td1, d2i2te1, d2i2tf1, d2i2tg1, d2i2tg2, d2i2th1, d2i2th2, d2i2ti1, d2i2ti2, d2i2tj1, d2i2tk1, d2i2tl1, d2i2tm1, d2i2tn1, d2i2to1, d2i2tp1, d2i2tq1, d2i2tr1, d2i2ts1, d2i2tt1, d2i2tu1, d2i2tv1, d2i2tw1, d2i2ty1, d2i2tz1 Representative structure protein/RNA complex; complexed with mg, zn protein/RNA complex; complexed with mg, zn |
Domain d2i2vx1: 2i2v X:1-77 [145502] Other proteins in same PDB: d2i2v01, d2i2v11, d2i2v21, d2i2v31, d2i2v41, d2i2vc1, d2i2vc2, d2i2vd1, d2i2ve1, d2i2vf1, d2i2vg1, d2i2vg2, d2i2vh1, d2i2vh2, d2i2vi1, d2i2vi2, d2i2vj1, d2i2vk1, d2i2vl1, d2i2vm1, d2i2vn1, d2i2vo1, d2i2vp1, d2i2vq1, d2i2vr1, d2i2vs1, d2i2vt1, d2i2vu1, d2i2vv1, d2i2vw1, d2i2vy1, d2i2vz1 protein/RNA complex; complexed with mg, zn protein/RNA complex; complexed with mg, zn |
Domain d2qamz1: 2qam Z:2-78 [150266] Other proteins in same PDB: d2qam01, d2qam11, d2qam21, d2qam31, d2qam41, d2qamc1, d2qamc2, d2qamd1, d2qame1, d2qamf1, d2qamg1, d2qamg2, d2qamh1, d2qamh2, d2qami1, d2qami2, d2qamj1, d2qamk1, d2qaml1, d2qamm1, d2qamn1, d2qamo1, d2qamp1, d2qamq1, d2qamr1, d2qams1, d2qamt1, d2qamu1, d2qamv1, d2qamw1, d2qamx1, d2qamy1 protein/RNA complex; complexed with mg, nmy, zn protein/RNA complex; complexed with mg, nmy, zn |
Domain d2qaoz1: 2qao Z:2-78 [150319] Other proteins in same PDB: d2qao01, d2qao11, d2qao31, d2qao41, d2qaoc1, d2qaoc2, d2qaod1, d2qaoe1, d2qaof1, d2qaog1, d2qaog2, d2qaoh1, d2qaoh2, d2qaoi1, d2qaoi2, d2qaoj1, d2qaok1, d2qaol1, d2qaom1, d2qaon1, d2qaoo1, d2qaop1, d2qaoq1, d2qaor1, d2qaos1, d2qaot1, d2qaou1, d2qaov1, d2qaow1, d2qaox1, d2qaoy1 protein/RNA complex; complexed with mg, nmy, zn protein/RNA complex; complexed with mg, nmy, zn |
Domain d2qbaz1: 2qba Z:2-78 [150379] Other proteins in same PDB: d2qba01, d2qba11, d2qba31, d2qba41, d2qbac1, d2qbac2, d2qbad1, d2qbae1, d2qbaf1, d2qbag1, d2qbag2, d2qbah1, d2qbah2, d2qbai1, d2qbai2, d2qbaj1, d2qbak1, d2qbal1, d2qbam1, d2qban1, d2qbao1, d2qbap1, d2qbaq1, d2qbar1, d2qbas1, d2qbat1, d2qbau1, d2qbav1, d2qbaw1, d2qbax1, d2qbay1 protein/RNA complex; complexed with lll, mg, zn protein/RNA complex; complexed with lll, mg, zn |
Domain d2qbcz1: 2qbc Z:2-78 [150432] Other proteins in same PDB: d2qbc01, d2qbc11, d2qbc31, d2qbc41, d2qbcc1, d2qbcc2, d2qbcd1, d2qbce1, d2qbcf1, d2qbcg1, d2qbcg2, d2qbch1, d2qbch2, d2qbci1, d2qbci2, d2qbcj1, d2qbck1, d2qbcl1, d2qbcm1, d2qbcn1, d2qbco1, d2qbcp1, d2qbcq1, d2qbcr1, d2qbcs1, d2qbct1, d2qbcu1, d2qbcv1, d2qbcw1, d2qbcx1, d2qbcy1 protein/RNA complex; complexed with lll, mg, zn protein/RNA complex; complexed with lll, mg, zn |
Domain d2qbez1: 2qbe Z:2-78 [150486] Other proteins in same PDB: d2qbe01, d2qbe11, d2qbe31, d2qbe41, d2qbe61, d2qbec1, d2qbec2, d2qbed1, d2qbee1, d2qbef1, d2qbeg1, d2qbeg2, d2qbeh1, d2qbeh2, d2qbei1, d2qbei2, d2qbej1, d2qbek1, d2qbel1, d2qbem1, d2qben1, d2qbeo1, d2qbep1, d2qbeq1, d2qber1, d2qbes1, d2qbet1, d2qbeu1, d2qbev1, d2qbew1, d2qbex1, d2qbey1 protein/RNA complex; complexed with mg, zn protein/RNA complex; complexed with mg, zn |
Domain d2qbgz1: 2qbg Z:2-78 [150540] Other proteins in same PDB: d2qbg01, d2qbg11, d2qbg31, d2qbg41, d2qbg61, d2qbgc1, d2qbgc2, d2qbgd1, d2qbge1, d2qbgf1, d2qbgg1, d2qbgg2, d2qbgh1, d2qbgh2, d2qbgi1, d2qbgi2, d2qbgj1, d2qbgk1, d2qbgl1, d2qbgm1, d2qbgn1, d2qbgo1, d2qbgp1, d2qbgq1, d2qbgr1, d2qbgs1, d2qbgt1, d2qbgu1, d2qbgv1, d2qbgw1, d2qbgx1, d2qbgy1 protein/RNA complex; complexed with mg, zn protein/RNA complex; complexed with mg, zn |
Domain d2qbiz1: 2qbi Z:2-78 [150594] Other proteins in same PDB: d2qbi01, d2qbi11, d2qbi31, d2qbi41, d2qbi61, d2qbic1, d2qbic2, d2qbid1, d2qbie1, d2qbif1, d2qbig1, d2qbig2, d2qbih1, d2qbih2, d2qbii1, d2qbii2, d2qbij1, d2qbik1, d2qbil1, d2qbim1, d2qbin1, d2qbio1, d2qbip1, d2qbiq1, d2qbir1, d2qbis1, d2qbit1, d2qbiu1, d2qbiv1, d2qbiw1, d2qbix1, d2qbiy1 protein/RNA complex; complexed with lll, mg, zn protein/RNA complex; complexed with lll, mg, zn |
Domain d2qbkz1: 2qbk Z:2-78 [150648] Other proteins in same PDB: d2qbk01, d2qbk11, d2qbk31, d2qbk41, d2qbk61, d2qbkc1, d2qbkc2, d2qbkd1, d2qbke1, d2qbkf1, d2qbkg1, d2qbkg2, d2qbkh1, d2qbkh2, d2qbki1, d2qbki2, d2qbkj1, d2qbkk1, d2qbkl1, d2qbkm1, d2qbkn1, d2qbko1, d2qbkp1, d2qbkq1, d2qbkr1, d2qbks1, d2qbkt1, d2qbku1, d2qbkv1, d2qbkw1, d2qbkx1, d2qbky1 protein/RNA complex; complexed with lll, mg, zn protein/RNA complex; complexed with lll, mg, zn |
Domain d2qovz1: 2qov Z:2-78 [151036] Other proteins in same PDB: d2qov01, d2qov11, d2qov31, d2qov41, d2qovc1, d2qovc2, d2qovd1, d2qove1, d2qovf1, d2qovg1, d2qovg2, d2qovh1, d2qovh2, d2qovi1, d2qovi2, d2qovj1, d2qovk1, d2qovl1, d2qovm1, d2qovn1, d2qovo1, d2qovp1, d2qovq1, d2qovr1, d2qovs1, d2qovt1, d2qovu1, d2qovv1, d2qovw1, d2qovx1, d2qovy1 protein/RNA complex; complexed with mg, zn protein/RNA complex; complexed with mg, zn |
Domain d2qoxz1: 2qox Z:2-78 [151089] Other proteins in same PDB: d2qox01, d2qox11, d2qox31, d2qox41, d2qoxc1, d2qoxc2, d2qoxd1, d2qoxe1, d2qoxf1, d2qoxg1, d2qoxg2, d2qoxh1, d2qoxh2, d2qoxi1, d2qoxi2, d2qoxj1, d2qoxk1, d2qoxl1, d2qoxm1, d2qoxn1, d2qoxo1, d2qoxp1, d2qoxq1, d2qoxr1, d2qoxs1, d2qoxt1, d2qoxu1, d2qoxv1, d2qoxw1, d2qoxx1, d2qoxy1 protein/RNA complex; complexed with mg, zn protein/RNA complex; complexed with mg, zn |
Domain d2qozz1: 2qoz Z:2-78 [151142] Other proteins in same PDB: d2qoz01, d2qoz11, d2qoz31, d2qoz41, d2qozc1, d2qozc2, d2qozd1, d2qoze1, d2qozf1, d2qozg1, d2qozg2, d2qozh1, d2qozh2, d2qozi1, d2qozi2, d2qozj1, d2qozk1, d2qozl1, d2qozm1, d2qozn1, d2qozo1, d2qozp1, d2qozq1, d2qozr1, d2qozs1, d2qozt1, d2qozu1, d2qozv1, d2qozw1, d2qozx1, d2qozy1 protein/RNA complex; complexed with mg, nmy, zn protein/RNA complex; complexed with mg, nmy, zn |
Domain d2qp1z1: 2qp1 Z:2-78 [151195] Other proteins in same PDB: d2qp101, d2qp111, d2qp131, d2qp141, d2qp1c1, d2qp1c2, d2qp1d1, d2qp1e1, d2qp1f1, d2qp1g1, d2qp1g2, d2qp1h1, d2qp1h2, d2qp1i1, d2qp1i2, d2qp1j1, d2qp1k1, d2qp1l1, d2qp1m1, d2qp1n1, d2qp1o1, d2qp1p1, d2qp1q1, d2qp1r1, d2qp1s1, d2qp1t1, d2qp1u1, d2qp1v1, d2qp1w1, d2qp1x1, d2qp1y1 protein/RNA complex; complexed with mg, nmy, zn protein/RNA complex; complexed with mg, nmy, zn |
Domain d2z4lz1: 2z4l Z:2-78 [154104] Other proteins in same PDB: d2z4l01, d2z4l11, d2z4l31, d2z4l41, d2z4l61, d2z4lc1, d2z4lc2, d2z4ld1, d2z4le1, d2z4lf1, d2z4lg1, d2z4lg2, d2z4lh1, d2z4lh2, d2z4li1, d2z4li2, d2z4lj1, d2z4lk1, d2z4ll1, d2z4lm1, d2z4ln1, d2z4lo1, d2z4lp1, d2z4lq1, d2z4lr1, d2z4ls1, d2z4lt1, d2z4lu1, d2z4lv1, d2z4lw1, d2z4lx1, d2z4ly1 protein/RNA complex; complexed with mg, par, zn protein/RNA complex; complexed with mg, par, zn |
Domain d2z4nz1: 2z4n Z:2-78 [154158] Other proteins in same PDB: d2z4n01, d2z4n11, d2z4n31, d2z4n41, d2z4n61, d2z4nc1, d2z4nc2, d2z4nd1, d2z4ne1, d2z4nf1, d2z4ng1, d2z4ng2, d2z4nh1, d2z4nh2, d2z4ni1, d2z4ni2, d2z4nj1, d2z4nk1, d2z4nl1, d2z4nm1, d2z4nn1, d2z4no1, d2z4np1, d2z4nq1, d2z4nr1, d2z4ns1, d2z4nt1, d2z4nu1, d2z4nv1, d2z4nw1, d2z4nx1, d2z4ny1 protein/RNA complex; complexed with mg, par, zn protein/RNA complex; complexed with mg, par, zn |
Domain d3df2z1: 3df2 Z:2-78 [157655] Other proteins in same PDB: d3df201, d3df211, d3df231, d3df241, d3df2c1, d3df2c2, d3df2d1, d3df2e1, d3df2f1, d3df2g1, d3df2g2, d3df2h1, d3df2h2, d3df2i1, d3df2i2, d3df2j1, d3df2k1, d3df2l1, d3df2m1, d3df2n1, d3df2o1, d3df2p1, d3df2q1, d3df2r1, d3df2s1, d3df2t1, d3df2u1, d3df2v1, d3df2w1, d3df2x1, d3df2y1 protein/RNA complex; complexed with mg, zn protein/RNA complex; complexed with mg, zn |
Domain d3df4z1: 3df4 Z:2-78 [157709] Other proteins in same PDB: d3df401, d3df411, d3df431, d3df441, d3df4c1, d3df4c2, d3df4d1, d3df4e1, d3df4f1, d3df4g1, d3df4g2, d3df4h1, d3df4h2, d3df4i1, d3df4i2, d3df4j1, d3df4k1, d3df4l1, d3df4m1, d3df4n1, d3df4o1, d3df4p1, d3df4q1, d3df4r1, d3df4s1, d3df4t1, d3df4u1, d3df4v1, d3df4w1, d3df4x1, d3df4y1 protein/RNA complex; complexed with mg, zn protein/RNA complex; complexed with mg, zn |
Thermotoga maritima [TaxId:2336] [160710] (1 PDB entry) Uniprot Q9WY96 1-70 |
Domain d2jz6a1: 2jz6 A:6-75 [148245] Other proteins in same PDB: d2jz6a2, d2jz6a3 solution structure with the ordered "GATA-like zinc finger" core |
Thermus thermophilus [TaxId:274] [143803] (2 PDB entries) Uniprot P60494 7-95 |
Domain d2j0111: 2j01 1:8-96 [137859] Other proteins in same PDB: d2j0121, d2j0131, d2j0141, d2j0151, d2j0161, d2j0171, d2j0181, d2j01c1, d2j01d1, d2j01d2, d2j01e1, d2j01f1, d2j01g1, d2j01h1, d2j01h2, d2j01i1, d2j01i2, d2j01n1, d2j01o1, d2j01p1, d2j01q1, d2j01r1, d2j01s1, d2j01t1, d2j01u1, d2j01v1, d2j01w1, d2j01x1, d2j01y1, d2j01z1 protein/RNA complex protein/RNA complex |
Domain d2j0311: 2j03 1:8-96 [145584] Other proteins in same PDB: d2j0321, d2j0331, d2j0341, d2j0351, d2j0361, d2j0371, d2j0381, d2j03c1, d2j03d1, d2j03d2, d2j03e1, d2j03f1, d2j03g1, d2j03h1, d2j03h2, d2j03i1, d2j03i2, d2j03n1, d2j03o1, d2j03p1, d2j03q1, d2j03r1, d2j03s1, d2j03t1, d2j03u1, d2j03v1, d2j03w1, d2j03x1, d2j03y1, d2j03z1 protein/RNA complex protein/RNA complex |
Timeline for Protein Ribosomal protein L28 (L28p) from d.325.1.1: Ribosomal protein L28: