Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (148 folds) |
Fold c.55: Ribonuclease H-like motif [53066] (7 superfamilies) 3 layers: a/b/a; mixed beta-sheet of 5 strands, order 32145; strand 2 is antiparallel to the rest |
Superfamily c.55.3: Ribonuclease H-like [53098] (18 families) consists of one domain of this fold |
Family c.55.3.5: DnaQ-like 3'-5' exonuclease [53118] (17 proteins) contains Pfam PF00929 |
Protein Exonuclease domain of phi29 DNA polymerase [117650] (1 species) |
Species Bacteriophage phi-29 [TaxId:10756] [117651] (8 PDB entries) Uniprot P03680 |
Domain d1xhxa1: 1xhx A:5-187 [115305] Other proteins in same PDB: d1xhxa2, d1xhxb2, d1xhxc2, d1xhxd2 complexed with mg, so4 |
Domain d1xhxb1: 1xhx B:5-187 [197642] Other proteins in same PDB: d1xhxa2, d1xhxb2, d1xhxc2, d1xhxd2 automated match to d1xhxa1 complexed with mg, so4 |
Domain d1xhxc1: 1xhx C:5-187 [197644] Other proteins in same PDB: d1xhxa2, d1xhxb2, d1xhxc2, d1xhxd2 automated match to d1xhxa1 complexed with mg, so4 |
Domain d1xhxd1: 1xhx D:5-187 [197646] Other proteins in same PDB: d1xhxa2, d1xhxb2, d1xhxc2, d1xhxd2 automated match to d1xhxa1 complexed with mg, so4 |
Domain d1xhza1: 1xhz A:5-187 [115307] Other proteins in same PDB: d1xhza2, d1xhzb2, d1xhzc2, d1xhzd2 protein/DNA complex |
Domain d1xhzb1: 1xhz B:5-187 [197648] Other proteins in same PDB: d1xhza2, d1xhzb2, d1xhzc2, d1xhzd2 automated match to d1xhxa1 protein/DNA complex |
Domain d1xhzc1: 1xhz C:5-187 [197650] Other proteins in same PDB: d1xhza2, d1xhzb2, d1xhzc2, d1xhzd2 automated match to d1xhxa1 protein/DNA complex |
Domain d1xhzd1: 1xhz D:5-187 [197652] Other proteins in same PDB: d1xhza2, d1xhzb2, d1xhzc2, d1xhzd2 automated match to d1xhxa1 protein/DNA complex |
Domain d1xi1a1: 1xi1 A:5-187 [115309] Other proteins in same PDB: d1xi1a2, d1xi1b2 protein/DNA complex; complexed with mg |
Domain d1xi1b1: 1xi1 B:5-187 [197654] Other proteins in same PDB: d1xi1a2, d1xi1b2 automated match to d1xhxa1 protein/DNA complex; complexed with mg |
Domain d2ex3a1: 2ex3 A:6-187 [132498] Other proteins in same PDB: d2ex3a2, d2ex3b1, d2ex3c2, d2ex3d1, d2ex3e2, d2ex3f1, d2ex3g2, d2ex3h1, d2ex3i2, d2ex3j1, d2ex3k2, d2ex3l1 protein/DNA complex; complexed with pb |
Domain d2ex3c1: 2ex3 C:6-187 [132501] Other proteins in same PDB: d2ex3a2, d2ex3b1, d2ex3c2, d2ex3d1, d2ex3e2, d2ex3f1, d2ex3g2, d2ex3h1, d2ex3i2, d2ex3j1, d2ex3k2, d2ex3l1 automated match to d2py5a1 protein/DNA complex; complexed with pb |
Domain d2ex3e1: 2ex3 E:6-187 [132504] Other proteins in same PDB: d2ex3a2, d2ex3b1, d2ex3c2, d2ex3d1, d2ex3e2, d2ex3f1, d2ex3g2, d2ex3h1, d2ex3i2, d2ex3j1, d2ex3k2, d2ex3l1 automated match to d2py5a1 protein/DNA complex; complexed with pb |
Domain d2ex3g1: 2ex3 G:6-187 [132507] Other proteins in same PDB: d2ex3a2, d2ex3b1, d2ex3c2, d2ex3d1, d2ex3e2, d2ex3f1, d2ex3g2, d2ex3h1, d2ex3i2, d2ex3j1, d2ex3k2, d2ex3l1 automated match to d2py5a1 protein/DNA complex; complexed with pb |
Domain d2ex3i1: 2ex3 I:6-187 [132510] Other proteins in same PDB: d2ex3a2, d2ex3b1, d2ex3c2, d2ex3d1, d2ex3e2, d2ex3f1, d2ex3g2, d2ex3h1, d2ex3i2, d2ex3j1, d2ex3k2, d2ex3l1 automated match to d2py5a1 protein/DNA complex; complexed with pb |
Domain d2ex3k1: 2ex3 K:6-187 [132513] Other proteins in same PDB: d2ex3a2, d2ex3b1, d2ex3c2, d2ex3d1, d2ex3e2, d2ex3f1, d2ex3g2, d2ex3h1, d2ex3i2, d2ex3j1, d2ex3k2, d2ex3l1 automated match to d2py5a1 protein/DNA complex; complexed with pb |
Domain d2py5a1: 2py5 A:5-187 [149928] Other proteins in same PDB: d2py5a2, d2py5b2 automated match to d1xhxa1 protein/DNA complex; complexed with edo |
Domain d2py5b1: 2py5 B:5-187 [149930] Other proteins in same PDB: d2py5a2, d2py5b2 automated match to d1xhxa1 protein/DNA complex; complexed with edo |
Domain d2pyja1: 2pyj A:5-187 [149943] Other proteins in same PDB: d2pyja2, d2pyjb2 automated match to d1xhxa1 protein/DNA complex; complexed with dgt, edo, mg, mn |
Domain d2pyjb1: 2pyj B:3-187 [149945] Other proteins in same PDB: d2pyja2, d2pyjb2 automated match to d1xhxa1 protein/DNA complex; complexed with dgt, edo, mg, mn |
Domain d2pyla1: 2pyl A:5-187 [149947] Other proteins in same PDB: d2pyla2 automated match to d1xhxa1 protein/DNA complex; complexed with edo, mg, ttp |
Domain d2pzsa1: 2pzs A:5-187 [149965] Other proteins in same PDB: d2pzsa2, d2pzsb2, d2pzsc2, d2pzsd2 automated match to d1xhxa1 protein/DNA complex |
Domain d2pzsb1: 2pzs B:5-187 [149967] Other proteins in same PDB: d2pzsa2, d2pzsb2, d2pzsc2, d2pzsd2 automated match to d1xhxa1 protein/DNA complex |
Domain d2pzsc1: 2pzs C:5-187 [149969] Other proteins in same PDB: d2pzsa2, d2pzsb2, d2pzsc2, d2pzsd2 automated match to d1xhxa1 protein/DNA complex |
Domain d2pzsd1: 2pzs D:5-187 [149971] Other proteins in same PDB: d2pzsa2, d2pzsb2, d2pzsc2, d2pzsd2 automated match to d1xhxa1 protein/DNA complex |
Timeline for Species Bacteriophage phi-29 [TaxId:10756] from c.55.3.5 Exonuclease domain of phi29 DNA polymerase: