SCOPe 2.08: Protein: Dimeric tRNA splicing endonuclease, domains 2 and 4

Lineage for Protein: Dimeric tRNA splicing endonuclease, domains 2 and 4

Root: SCOPe 2.08
Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (148 folds)
Fold c.52: Restriction endonuclease-like [52979] (4 superfamilies)
core: 3 layers, a/b/a; mixed beta-sheet of 5 strands, order 12345; strands 2 &, in some families, 5 are antiparallel to the rest
Superfamily c.52.2: tRNA-intron endonuclease catalytic domain-like [53032] (1 family)
Family c.52.2.1: tRNA-intron endonuclease catalytic domain-like [53033] (3 proteins)
Protein Dimeric tRNA splicing endonuclease, domains 2 and 4 [102477] (1 species)
duplication: one subunit consists of two tetrameric tRNA splicing endonuclease subunit-like repeats

Species:

Archaeoglobus fulgidus [TaxId:2234] [102478] (4 PDB entries)

Domains for 1r0v:
1. Domain d1r0va1: 1r0v A:62-139 [96742]
  Other proteins in same PDB: d1r0va3, d1r0vb3, d1r0vc3, d1r0vd3
2. Domain d1r0va2: 1r0v A:215-305 [96743]
  Other proteins in same PDB: d1r0va3, d1r0vb3, d1r0vc3, d1r0vd3
3. Domain d1r0vb1: 1r0v B:62-139 [96745]
  Other proteins in same PDB: d1r0va3, d1r0vb3, d1r0vc3, d1r0vd3
4. Domain d1r0vb2: 1r0v B:215-305 [96746]
  Other proteins in same PDB: d1r0va3, d1r0vb3, d1r0vc3, d1r0vd3
5. Domain d1r0vc1: 1r0v C:62-139 [96748]
  Other proteins in same PDB: d1r0va3, d1r0vb3, d1r0vc3, d1r0vd3
6. Domain d1r0vc2: 1r0v C:215-305 [96749]
  Other proteins in same PDB: d1r0va3, d1r0vb3, d1r0vc3, d1r0vd3
7. Domain d1r0vd1: 1r0v D:63-139 [96751]
  Other proteins in same PDB: d1r0va3, d1r0vb3, d1r0vc3, d1r0vd3
8. Domain d1r0vd2: 1r0v D:215-305 [96752]
  Other proteins in same PDB: d1r0va3, d1r0vb3, d1r0vc3, d1r0vd3
Domains for 1r11:
1. Domain d1r11a1: 1r11 A:61-139 [96772]
  Other proteins in same PDB: d1r11a3, d1r11a4, d1r11b3, d1r11b4
2. Domain d1r11a2: 1r11 A:215-305 [96773]
  Other proteins in same PDB: d1r11a3, d1r11a4, d1r11b3, d1r11b4
3. Domain d1r11b1: 1r11 B:61-139 [96776]
  Other proteins in same PDB: d1r11a3, d1r11a4, d1r11b3, d1r11b4
4. Domain d1r11b2: 1r11 B:215-305 [96777]
  Other proteins in same PDB: d1r11a3, d1r11a4, d1r11b3, d1r11b4
Domains for 1rlv:
1. Domain d1rlva1: 1rlv A:61-139 [97652]
  Other proteins in same PDB: d1rlva3, d1rlva4, d1rlvb3, d1rlvb4
2. Domain d1rlva2: 1rlv A:215-305 [97653]
  Other proteins in same PDB: d1rlva3, d1rlva4, d1rlvb3, d1rlvb4
3. Domain d1rlvb1: 1rlv B:61-139 [97656]
  Other proteins in same PDB: d1rlva3, d1rlva4, d1rlvb3, d1rlvb4
4. Domain d1rlvb2: 1rlv B:215-305 [97657]
  Other proteins in same PDB: d1rlva3, d1rlva4, d1rlvb3, d1rlvb4

Domains for 2gjw:

Domain d2gjwa1: 2gjw A:64-142 [135295]
Other proteins in same PDB: d2gjwa3, d2gjwa4, d2gjwa5, d2gjwb3, d2gjwb4, d2gjwb5, d2gjwc3, d2gjwc4, d2gjwc5, d2gjwd3, d2gjwd4
automatically matched to d1r11a1
protein/RNA complex

Domain d2gjwa2: 2gjw A:218-308 [135296]
Other proteins in same PDB: d2gjwa3, d2gjwa4, d2gjwa5, d2gjwb3, d2gjwb4, d2gjwb5, d2gjwc3, d2gjwc4, d2gjwc5, d2gjwd3, d2gjwd4
automatically matched to d1r0va2
protein/RNA complex

Domain d2gjwb1: 2gjw B:63-141 [135299]
Other proteins in same PDB: d2gjwa3, d2gjwa4, d2gjwa5, d2gjwb3, d2gjwb4, d2gjwb5, d2gjwc3, d2gjwc4, d2gjwc5, d2gjwd3, d2gjwd4
automatically matched to d1r11a1
protein/RNA complex

Domain d2gjwb2: 2gjw B:217-307 [135300]
Other proteins in same PDB: d2gjwa3, d2gjwa4, d2gjwa5, d2gjwb3, d2gjwb4, d2gjwb5, d2gjwc3, d2gjwc4, d2gjwc5, d2gjwd3, d2gjwd4
automatically matched to d1r0va2
protein/RNA complex

Domain d2gjwc1: 2gjw C:63-141 [135303]
Other proteins in same PDB: d2gjwa3, d2gjwa4, d2gjwa5, d2gjwb3, d2gjwb4, d2gjwb5, d2gjwc3, d2gjwc4, d2gjwc5, d2gjwd3, d2gjwd4
automatically matched to d1r11a1
protein/RNA complex

Domain d2gjwc2: 2gjw C:217-307 [135304]
Other proteins in same PDB: d2gjwa3, d2gjwa4, d2gjwa5, d2gjwb3, d2gjwb4, d2gjwb5, d2gjwc3, d2gjwc4, d2gjwc5, d2gjwd3, d2gjwd4
automatically matched to d1r0va2
protein/RNA complex

Domain d2gjwd1: 2gjw D:64-142 [135307]
Other proteins in same PDB: d2gjwa3, d2gjwa4, d2gjwa5, d2gjwb3, d2gjwb4, d2gjwb5, d2gjwc3, d2gjwc4, d2gjwc5, d2gjwd3, d2gjwd4
automatically matched to d1r11a1
protein/RNA complex

Domain d2gjwd2: 2gjw D:218-308 [135308]
Other proteins in same PDB: d2gjwa3, d2gjwa4, d2gjwa5, d2gjwb3, d2gjwb4, d2gjwb5, d2gjwc3, d2gjwc4, d2gjwc5, d2gjwd3, d2gjwd4
automatically matched to d1r0va2
protein/RNA complex

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Timeline for Protein Dimeric tRNA splicing endonuclease, domains 2 and 4 from c.52.2.1: tRNA-intron endonuclease catalytic domain-like:

Protein Dimeric tRNA splicing endonuclease, domains 2 and 4 from c.52.2.1: tRNA-intron endonuclease catalytic domain-like first appeared in SCOP 1.67
Protein Dimeric tRNA splicing endonuclease, domains 2 and 4 from c.52.2.1: tRNA-intron endonuclease catalytic domain-like appears in SCOPe 2.07