Lineage for Species: Streptomyces clavuligerus

  1. Root: SCOP 1.67
  2. 383641Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (130 folds)
  3. 393047Fold c.36: Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) [52517] (1 superfamily)
    3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 213465
  4. 393048Superfamily c.36.1: Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) [52518] (8 families) (S)
    there are two different functional modules of this fold: pyridine-binding (Pyr) and pyrophosphate-binding (PP) modules
    two Pyr and two PP modules assemble together in a conserved heterotetrameric core that binds two THDP coenzyme molecules
  5. 393191Family c.36.1.9: Pyruvate oxidase and decarboxylase PP module [88749] (7 proteins)
    the N-terminal, Pyr module is separated from the C-terminal, PP module by an alpa/beta domain of Rossmann-like topology
  6. 393217Protein Carboxyethylarginine synthase [102335] (1 species)
  7. 393218Species Streptomyces clavuligerus [TaxId:1901] [102336] (3 PDB entries)

PDB entries in Species: Streptomyces clavuligerus:

  1. Domain(s) for 1upa:
    1. 393219Domain d1upaa3: 1upa A:375-572 [99716]
      Other proteins in same PDB: d1upaa1, d1upaa2, d1upab1, d1upab2, d1upac1, d1upac2, d1upad1, d1upad2
    2. 393220Domain d1upab3: 1upa B:375-572 [99719]
      Other proteins in same PDB: d1upaa1, d1upaa2, d1upab1, d1upab2, d1upac1, d1upac2, d1upad1, d1upad2
    3. 393221Domain d1upac3: 1upa C:375-563 [99722]
      Other proteins in same PDB: d1upaa1, d1upaa2, d1upab1, d1upab2, d1upac1, d1upac2, d1upad1, d1upad2
    4. 393222Domain d1upad3: 1upa D:375-572 [99725]
      Other proteins in same PDB: d1upaa1, d1upaa2, d1upab1, d1upab2, d1upac1, d1upac2, d1upad1, d1upad2
      complexed with mg, so4, tpp
  2. Domain(s) for 1upb:
    1. 393223Domain d1upba3: 1upb A:375-572 [99728]
      Other proteins in same PDB: d1upba1, d1upba2, d1upbb1, d1upbb2, d1upbc1, d1upbc2, d1upbd1, d1upbd2
    2. 393224Domain d1upbb3: 1upb B:375-572 [99731]
      Other proteins in same PDB: d1upba1, d1upba2, d1upbb1, d1upbb2, d1upbc1, d1upbc2, d1upbd1, d1upbd2
    3. 393225Domain d1upbc3: 1upb C:375-563 [99734]
      Other proteins in same PDB: d1upba1, d1upba2, d1upbb1, d1upbb2, d1upbc1, d1upbc2, d1upbd1, d1upbd2
    4. 393226Domain d1upbd3: 1upb D:375-572 [99737]
      Other proteins in same PDB: d1upba1, d1upba2, d1upbb1, d1upbb2, d1upbc1, d1upbc2, d1upbd1, d1upbd2
      complexed with mg, so4, tpp
  3. Domain(s) for 1upc:
    1. 393227Domain d1upca3: 1upc A:375-572 [99740]
      Other proteins in same PDB: d1upca1, d1upca2, d1upcb1, d1upcb2, d1upcc1, d1upcc2, d1upcd1, d1upcd2, d1upce1, d1upce2, d1upcf1, d1upcf2
    2. 393228Domain d1upcb3: 1upc B:375-572 [99743]
      Other proteins in same PDB: d1upca1, d1upca2, d1upcb1, d1upcb2, d1upcc1, d1upcc2, d1upcd1, d1upcd2, d1upce1, d1upce2, d1upcf1, d1upcf2
    3. 393229Domain d1upcc3: 1upc C:375-572 [99746]
      Other proteins in same PDB: d1upca1, d1upca2, d1upcb1, d1upcb2, d1upcc1, d1upcc2, d1upcd1, d1upcd2, d1upce1, d1upce2, d1upcf1, d1upcf2
    4. 393230Domain d1upcd3: 1upc D:375-572 [99749]
      Other proteins in same PDB: d1upca1, d1upca2, d1upcb1, d1upcb2, d1upcc1, d1upcc2, d1upcd1, d1upcd2, d1upce1, d1upce2, d1upcf1, d1upcf2
    5. 393231Domain d1upce3: 1upc E:375-572 [99752]
      Other proteins in same PDB: d1upca1, d1upca2, d1upcb1, d1upcb2, d1upcc1, d1upcc2, d1upcd1, d1upcd2, d1upce1, d1upce2, d1upcf1, d1upcf2
    6. 393232Domain d1upcf3: 1upc F:375-572 [99755]
      Other proteins in same PDB: d1upca1, d1upca2, d1upcb1, d1upcb2, d1upcc1, d1upcc2, d1upcd1, d1upcd2, d1upce1, d1upce2, d1upcf1, d1upcf2
      complexed with mg, so4, tpp

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