SCOPe 2.08: Protein: Carboxyethylarginine synthase

Lineage for Protein: Carboxyethylarginine synthase

Root: SCOPe 2.08
Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (148 folds)
Fold c.36: Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) [52517] (1 superfamily)
3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 213465

Superfamily c.36.1: Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) [52518] (9 families)

(S)

there are two different functional modules of this fold: pyridine-binding (Pyr) and pyrophosphate-binding (PP) modules
two Pyr and two PP modules assemble together in a conserved heterotetrameric core that binds two THDP coenzyme molecules

Family c.36.1.9: Pyruvate oxidase and decarboxylase PP module [88749] (8 proteins)
the N-terminal, Pyr module is separated from the C-terminal, PP module by an alpa/beta domain of Rossmann-like topology

Protein Carboxyethylarginine synthase [102335] (1 species)

Species:

Streptomyces clavuligerus [TaxId:1901] [102336] (6 PDB entries)

Domains for 1upa:
1. Domain d1upaa3: 1upa A:375-572 [99716]
  Other proteins in same PDB: d1upaa1, d1upaa2, d1upab1, d1upab2, d1upac1, d1upac2, d1upad1, d1upad2
  complexed with mg, so4, tpp
2. Domain d1upab3: 1upa B:375-572 [99719]
  Other proteins in same PDB: d1upaa1, d1upaa2, d1upab1, d1upab2, d1upac1, d1upac2, d1upad1, d1upad2
  complexed with mg, so4, tpp
3. Domain d1upac3: 1upa C:375-563 [99722]
  Other proteins in same PDB: d1upaa1, d1upaa2, d1upab1, d1upab2, d1upac1, d1upac2, d1upad1, d1upad2
  complexed with mg, so4, tpp
4. Domain d1upad3: 1upa D:375-572 [99725]
  Other proteins in same PDB: d1upaa1, d1upaa2, d1upab1, d1upab2, d1upac1, d1upac2, d1upad1, d1upad2
  complexed with mg, so4, tpp
Domains for 1upb:
1. Domain d1upba3: 1upb A:375-572 [99728]
  Other proteins in same PDB: d1upba1, d1upba2, d1upbb1, d1upbb2, d1upbc1, d1upbc2, d1upbd1, d1upbd2
  complexed with mg, so4, tpp
2. Domain d1upbb3: 1upb B:375-572 [99731]
  Other proteins in same PDB: d1upba1, d1upba2, d1upbb1, d1upbb2, d1upbc1, d1upbc2, d1upbd1, d1upbd2
  complexed with mg, so4, tpp
3. Domain d1upbc3: 1upb C:375-563 [99734]
  Other proteins in same PDB: d1upba1, d1upba2, d1upbb1, d1upbb2, d1upbc1, d1upbc2, d1upbd1, d1upbd2
  complexed with mg, so4, tpp
4. Domain d1upbd3: 1upb D:375-572 [99737]
  Other proteins in same PDB: d1upba1, d1upba2, d1upbb1, d1upbb2, d1upbc1, d1upbc2, d1upbd1, d1upbd2
  complexed with mg, so4, tpp
Domains for 1upc:
1. Domain d1upca3: 1upc A:375-572 [99740]
  Other proteins in same PDB: d1upca1, d1upca2, d1upcb1, d1upcb2, d1upcc1, d1upcc2, d1upcd1, d1upcd2, d1upce1, d1upce2, d1upcf1, d1upcf2
  complexed with mg, so4, tpp
2. Domain d1upcb3: 1upc B:375-572 [99743]
  Other proteins in same PDB: d1upca1, d1upca2, d1upcb1, d1upcb2, d1upcc1, d1upcc2, d1upcd1, d1upcd2, d1upce1, d1upce2, d1upcf1, d1upcf2
  complexed with mg, so4, tpp
3. Domain d1upcc3: 1upc C:375-572 [99746]
  Other proteins in same PDB: d1upca1, d1upca2, d1upcb1, d1upcb2, d1upcc1, d1upcc2, d1upcd1, d1upcd2, d1upce1, d1upce2, d1upcf1, d1upcf2
  complexed with mg, so4, tpp
4. Domain d1upcd3: 1upc D:375-572 [99749]
  Other proteins in same PDB: d1upca1, d1upca2, d1upcb1, d1upcb2, d1upcc1, d1upcc2, d1upcd1, d1upcd2, d1upce1, d1upce2, d1upcf1, d1upcf2
  complexed with mg, so4, tpp
5. Domain d1upce3: 1upc E:375-572 [99752]
  Other proteins in same PDB: d1upca1, d1upca2, d1upcb1, d1upcb2, d1upcc1, d1upcc2, d1upcd1, d1upcd2, d1upce1, d1upce2, d1upcf1, d1upcf2
  complexed with mg, so4, tpp
6. Domain d1upcf3: 1upc F:375-572 [99755]
  Other proteins in same PDB: d1upca1, d1upca2, d1upcb1, d1upcb2, d1upcc1, d1upcc2, d1upcd1, d1upcd2, d1upce1, d1upce2, d1upcf1, d1upcf2
  complexed with mg, so4, tpp
Domains for 2iht:
1. Domain d2ihta3: 2iht A:375-573 [147687]
  Other proteins in same PDB: d2ihta1, d2ihta2, d2ihtb1, d2ihtb2, d2ihtc1, d2ihtc2, d2ihtd1, d2ihtd2
  automated match to d1upaa3
  complexed with gol, mg, so4, tpp
2. Domain d2ihtb3: 2iht B:375-573 [147690]
  Other proteins in same PDB: d2ihta1, d2ihta2, d2ihtb1, d2ihtb2, d2ihtc1, d2ihtc2, d2ihtd1, d2ihtd2
  automated match to d1upaa3
  complexed with gol, mg, so4, tpp
3. Domain d2ihtc3: 2iht C:375-573 [147693]
  Other proteins in same PDB: d2ihta1, d2ihta2, d2ihtb1, d2ihtb2, d2ihtc1, d2ihtc2, d2ihtd1, d2ihtd2
  automated match to d1upaa3
  complexed with gol, mg, so4, tpp
4. Domain d2ihtd3: 2iht D:375-573 [147696]
  Other proteins in same PDB: d2ihta1, d2ihta2, d2ihtb1, d2ihtb2, d2ihtc1, d2ihtc2, d2ihtd1, d2ihtd2
  automated match to d1upaa3
  complexed with gol, mg, so4, tpp

Domains for 2ihu:

Domain d2ihua3: 2ihu A:375-572 [147699]
Other proteins in same PDB: d2ihua1, d2ihua2, d2ihub1, d2ihub2, d2ihuc1, d2ihuc2, d2ihud1, d2ihud2
automated match to d1upaa3
complexed with gol, k, mg, tar, tp8, tp9

Domain d2ihub3: 2ihu B:375-562 [198067]
Other proteins in same PDB: d2ihua1, d2ihua2, d2ihub1, d2ihub2, d2ihuc1, d2ihuc2, d2ihud1, d2ihud2
automated match to d1upaa3
complexed with gol, k, mg, tar, tp8, tp9

Domain d2ihuc3: 2ihu C:375-561 [198070]
Other proteins in same PDB: d2ihua1, d2ihua2, d2ihub1, d2ihub2, d2ihuc1, d2ihuc2, d2ihud1, d2ihud2
automated match to d1upaa3
complexed with gol, k, mg, tar, tp8, tp9

Domain d2ihud3: 2ihu D:375-561 [198073]
Other proteins in same PDB: d2ihua1, d2ihua2, d2ihub1, d2ihub2, d2ihuc1, d2ihuc2, d2ihud1, d2ihud2
automated match to d1upaa3
complexed with gol, k, mg, tar, tp8, tp9

Domains for 2ihv:
1. Domain d2ihva3: 2ihv A:375-573 [147702]
  Other proteins in same PDB: d2ihva1, d2ihva2, d2ihvb1, d2ihvb2, d2ihvc1, d2ihvc2, d2ihvd1, d2ihvd2
  automated match to d1upaa3
  complexed with gva, k, mg, tpp
2. Domain d2ihvb3: 2ihv B:375-573 [147705]
  Other proteins in same PDB: d2ihva1, d2ihva2, d2ihvb1, d2ihvb2, d2ihvc1, d2ihvc2, d2ihvd1, d2ihvd2
  automated match to d1upaa3
  complexed with gva, k, mg, tpp
3. Domain d2ihvc3: 2ihv C:375-561 [198076]
  Other proteins in same PDB: d2ihva1, d2ihva2, d2ihvb1, d2ihvb2, d2ihvc1, d2ihvc2, d2ihvd1, d2ihvd2
  automated match to d1upaa3
  complexed with gva, k, mg, tpp
4. Domain d2ihvd3: 2ihv D:375-573 [147708]
  Other proteins in same PDB: d2ihva1, d2ihva2, d2ihvb1, d2ihvb2, d2ihvc1, d2ihvc2, d2ihvd1, d2ihvd2
  automated match to d1upaa3
  complexed with gva, k, mg, tpp

More info for Protein Carboxyethylarginine synthase from c.36.1.9: Pyruvate oxidase and decarboxylase PP module

Timeline for Protein Carboxyethylarginine synthase from c.36.1.9: Pyruvate oxidase and decarboxylase PP module:

Protein Carboxyethylarginine synthase from c.36.1.9: Pyruvate oxidase and decarboxylase PP module first appeared in SCOP 1.67
Protein Carboxyethylarginine synthase from c.36.1.9: Pyruvate oxidase and decarboxylase PP module appears in SCOPe 2.07