PDB entry 5eld

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Description: Cholera toxin classical B-pentamer in complex with A Lewis-y
Class: toxin
Keywords: Cholera toxin B-pentamer, A Lewis-y, complex, blood group oligosaccharide/antigen, toxin
Deposited on 2015-11-04, released 2016-03-30
The last revision prior to the SCOPe 2.06 freeze date was dated 2016-03-30, with a file datestamp of 2016-03-25.
Experiment type: XRAY
Resolution: 1.4 Å
R-factor: N/A
AEROSPACI score: 0.53 (click here for full SPACI score report)

Chains and heterogens:

• Chain 'A':
  Compound: Cholera enterotoxin B subunit
  Species: Vibrio cholerae O1 [TaxId:127906]
  Gene: ctxB, ctxB_1, ctxB_2, EN12_07055, ERS013128_03538, ERS013132_03293, ERS013133_02366, ERS013134_03274, ERS013136_03604, ERS013139_03413, ERS013160_03498, ERS013161_03252, ERS013162_03152, ERS013163_03085, ERS013165_03981, ERS013167_03612, ERS013168_03701, ERS013169_03639, ERS013170_03708, ERS013171_03201, ERS013172_03041, ERS013176_02857, ERS013197_06217, ERS013202_03762, ERS013203_03171, ERS013206_03003, ERS013207_03244, ERS013209_02935, ERS013211_00755, ERS013212_03447, ERS013213_03389, ERS013217_03366, ERS013218_03373, ERS013219_02749, ERS013221_03343, ERS013224_02692, ERS013225_03274, ERS013226_03373, ERS013232_01184, ERS013233_03386, ERS013234_00452, ERS013235_03417, ERS013236_03386, ERS013237_03457, ERS013238_01121, ERS013240_00617, ERS013241_03181, ERS013242_03223, ERS013252_03249, ERS013253_02619, ERS013257_03458, ERS013258_03569, ERS013260_03297, ERS013261_03051, ERS013265_02586, ERS013266_00557, ERS013267_00173, ERS013268_00556, ERS013270_00556, ERS013271_02415, ERS013273_03090, ERS013278_03477, ERS013278_03484, ERS013279_03388, ERS013281_00555
  Database cross-references and differences (RAF-indexed):
  • Uniprot Q57193 (0-102)
  Domains in SCOPe 2.06: d5elda_
• Chain 'B':
  Compound: Cholera enterotoxin B subunit
  Species: Vibrio cholerae O1 [TaxId:127906]
  Gene: ctxB, ctxB_1, ctxB_2, EN12_07055, ERS013128_03538, ERS013132_03293, ERS013133_02366, ERS013134_03274, ERS013136_03604, ERS013139_03413, ERS013160_03498, ERS013161_03252, ERS013162_03152, ERS013163_03085, ERS013165_03981, ERS013167_03612, ERS013168_03701, ERS013169_03639, ERS013170_03708, ERS013171_03201, ERS013172_03041, ERS013176_02857, ERS013197_06217, ERS013202_03762, ERS013203_03171, ERS013206_03003, ERS013207_03244, ERS013209_02935, ERS013211_00755, ERS013212_03447, ERS013213_03389, ERS013217_03366, ERS013218_03373, ERS013219_02749, ERS013221_03343, ERS013224_02692, ERS013225_03274, ERS013226_03373, ERS013232_01184, ERS013233_03386, ERS013234_00452, ERS013235_03417, ERS013236_03386, ERS013237_03457, ERS013238_01121, ERS013240_00617, ERS013241_03181, ERS013242_03223, ERS013252_03249, ERS013253_02619, ERS013257_03458, ERS013258_03569, ERS013260_03297, ERS013261_03051, ERS013265_02586, ERS013266_00557, ERS013267_00173, ERS013268_00556, ERS013270_00556, ERS013271_02415, ERS013273_03090, ERS013278_03477, ERS013278_03484, ERS013279_03388, ERS013281_00555
  Database cross-references and differences (RAF-indexed):
  • Uniprot Q57193 (0-102)
  Domains in SCOPe 2.06: d5eldb_
• Chain 'C':
  Compound: Cholera enterotoxin B subunit
  Species: Vibrio cholerae O1 [TaxId:127906]
  Gene: ctxB, ctxB_1, ctxB_2, EN12_07055, ERS013128_03538, ERS013132_03293, ERS013133_02366, ERS013134_03274, ERS013136_03604, ERS013139_03413, ERS013160_03498, ERS013161_03252, ERS013162_03152, ERS013163_03085, ERS013165_03981, ERS013167_03612, ERS013168_03701, ERS013169_03639, ERS013170_03708, ERS013171_03201, ERS013172_03041, ERS013176_02857, ERS013197_06217, ERS013202_03762, ERS013203_03171, ERS013206_03003, ERS013207_03244, ERS013209_02935, ERS013211_00755, ERS013212_03447, ERS013213_03389, ERS013217_03366, ERS013218_03373, ERS013219_02749, ERS013221_03343, ERS013224_02692, ERS013225_03274, ERS013226_03373, ERS013232_01184, ERS013233_03386, ERS013234_00452, ERS013235_03417, ERS013236_03386, ERS013237_03457, ERS013238_01121, ERS013240_00617, ERS013241_03181, ERS013242_03223, ERS013252_03249, ERS013253_02619, ERS013257_03458, ERS013258_03569, ERS013260_03297, ERS013261_03051, ERS013265_02586, ERS013266_00557, ERS013267_00173, ERS013268_00556, ERS013270_00556, ERS013271_02415, ERS013273_03090, ERS013278_03477, ERS013278_03484, ERS013279_03388, ERS013281_00555
  Database cross-references and differences (RAF-indexed):
  • Uniprot Q57193 (0-102)
  Domains in SCOPe 2.06: d5eldc_
• Chain 'D':
  Compound: Cholera enterotoxin B subunit
  Species: Vibrio cholerae O1 [TaxId:127906]
  Gene: ctxB, ctxB_1, ctxB_2, EN12_07055, ERS013128_03538, ERS013132_03293, ERS013133_02366, ERS013134_03274, ERS013136_03604, ERS013139_03413, ERS013160_03498, ERS013161_03252, ERS013162_03152, ERS013163_03085, ERS013165_03981, ERS013167_03612, ERS013168_03701, ERS013169_03639, ERS013170_03708, ERS013171_03201, ERS013172_03041, ERS013176_02857, ERS013197_06217, ERS013202_03762, ERS013203_03171, ERS013206_03003, ERS013207_03244, ERS013209_02935, ERS013211_00755, ERS013212_03447, ERS013213_03389, ERS013217_03366, ERS013218_03373, ERS013219_02749, ERS013221_03343, ERS013224_02692, ERS013225_03274, ERS013226_03373, ERS013232_01184, ERS013233_03386, ERS013234_00452, ERS013235_03417, ERS013236_03386, ERS013237_03457, ERS013238_01121, ERS013240_00617, ERS013241_03181, ERS013242_03223, ERS013252_03249, ERS013253_02619, ERS013257_03458, ERS013258_03569, ERS013260_03297, ERS013261_03051, ERS013265_02586, ERS013266_00557, ERS013267_00173, ERS013268_00556, ERS013270_00556, ERS013271_02415, ERS013273_03090, ERS013278_03477, ERS013278_03484, ERS013279_03388, ERS013281_00555
  Database cross-references and differences (RAF-indexed):
  • Uniprot Q57193 (0-102)
  Domains in SCOPe 2.06: d5eldd_
• Chain 'E':
  Compound: Cholera enterotoxin B subunit
  Species: Vibrio cholerae O1 [TaxId:127906]
  Gene: ctxB, ctxB_1, ctxB_2, EN12_07055, ERS013128_03538, ERS013132_03293, ERS013133_02366, ERS013134_03274, ERS013136_03604, ERS013139_03413, ERS013160_03498, ERS013161_03252, ERS013162_03152, ERS013163_03085, ERS013165_03981, ERS013167_03612, ERS013168_03701, ERS013169_03639, ERS013170_03708, ERS013171_03201, ERS013172_03041, ERS013176_02857, ERS013197_06217, ERS013202_03762, ERS013203_03171, ERS013206_03003, ERS013207_03244, ERS013209_02935, ERS013211_00755, ERS013212_03447, ERS013213_03389, ERS013217_03366, ERS013218_03373, ERS013219_02749, ERS013221_03343, ERS013224_02692, ERS013225_03274, ERS013226_03373, ERS013232_01184, ERS013233_03386, ERS013234_00452, ERS013235_03417, ERS013236_03386, ERS013237_03457, ERS013238_01121, ERS013240_00617, ERS013241_03181, ERS013242_03223, ERS013252_03249, ERS013253_02619, ERS013257_03458, ERS013258_03569, ERS013260_03297, ERS013261_03051, ERS013265_02586, ERS013266_00557, ERS013267_00173, ERS013268_00556, ERS013270_00556, ERS013271_02415, ERS013273_03090, ERS013278_03477, ERS013278_03484, ERS013279_03388, ERS013281_00555
  Database cross-references and differences (RAF-indexed):
  • Uniprot Q57193 (0-102)
  Domains in SCOPe 2.06: d5elde_
• Heterogens: PEG, GAL, NDG, A2G, FUC, NA, MES, PGE, GLA, HOH

PDB Chain Sequences:

• Chain 'A':
  Sequence; same for both SEQRES and ATOM records: (download)
  

  >5eldA (A:)
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• Chain 'B':
  Sequence; same for both SEQRES and ATOM records: (download)
  

  >5eldB (B:)
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• Chain 'C':
  Sequence; same for both SEQRES and ATOM records: (download)
  

  >5eldC (C:)
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• Chain 'D':
  Sequence; same for both SEQRES and ATOM records: (download)
  

  >5eldD (D:)
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• Chain 'E':
  Sequence; same for both SEQRES and ATOM records: (download)
  

  >5eldE (E:)
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  qkkaiermkdtlriaylteakveklcvwnnktphaiaaisman