PDB entry 5efo

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Description: X-ray structure uridine phosphorylase from Vibrio cholerae in complex with cytidine and cytosine at 1.63A.
Class: transferase
Keywords: TRANSFERASE, Rossmann Fold
Deposited on 2015-10-24, released 2016-11-09
The last revision prior to the SCOPe 2.06 freeze date was dated 2016-11-09, with a file datestamp of 2016-11-04.
Experiment type: XRAY
Resolution: 1.63 Å
R-factor: N/A
AEROSPACI score: 0.43 (click here for full SPACI score report)

Chains and heterogens:

  • Chain 'A':
    Compound: Uridine phosphorylase
    Species: Vibrio cholerae [TaxId:666]
    Gene: udp, udp_1, udp_2, DN30_1909, EN12_05055, ERS013124_00395, ERS013125_00774, ERS013126_00113, ERS013127_00590, ERS013128_01742, ERS013129_02625, ERS013130_00788, ERS013131_00352, ERS013132_02973, ERS013133_00215, ERS013134_00112, ERS013135_01064, ERS013137_01009, ERS013138_02408, ERS013139_00113, ERS013140_00580, ERS013141_00034, ERS013142_00090, ERS013143_00366, ERS013145_00725, ERS013145_00731, ERS013146_00538, ERS013147_00818, ERS013160_01327, ERS013161_01275, ERS013162_01745, ERS013163_01100, ERS013164_00749, ERS013167_01220, ERS013168_02079, ERS013169_00641, ERS013170_02003, ERS013171_01578, ERS013174_00295, ERS013175_00125, ERS013176_02503, ERS013177_00110, ERS013178_02643, ERS013179_00110, ERS013180_00909, ERS013181_00110, ERS013182_01325, ERS013184_00141, ERS013185_00308, ERS013186_00327, ERS013187_01218, ERS013188_00880, ERS013189_00105, ERS013190_00154, ERS013191_00361, ERS013192_02227, ERS013194_00541, ERS013196_00861, ERS013199_00063, ERS013201_00032, ERS013202_00369, ERS013203_02067, ERS013204_00129, ERS013205_00220, ERS013206_00377, ERS013209_00518, ERS013210_02593, ERS013211_00128, ERS013212_00480, ERS013213_00148, ERS013216_01619, ERS013217_00363, ERS013218_00151, ERS013219_01864, ERS013220_00860, ERS013221_02804, ERS013224_00301, ERS013225_00145, ERS013226_00153, ERS013232_00811, ERS013233_00153, ERS013234_00045, ERS013235_00152, ERS013236_00533, ERS013237_00363, ERS013238_00717, ERS013239_00152, ERS013240_01021, ERS013241_00834, ERS013242_00834, ERS013243_00152, ERS013244_00834, ERS013245_01394, ERS013246_00152, ERS013247_00112, ERS013248_00112, ERS013249_00715, ERS013250_00152, ERS013251_00975, ERS013252_01385, ERS013253_00987, ERS013254_00046, ERS013255_01577, ERS013256_02133, ERS013257_00362, ERS013258_00365, ERS013259_01421, ERS013260_01364, ERS013261_00365, ERS013263_00912, ERS013264_02698, ERS013265_00152, ERS013266_00152, ERS013267_00581, ERS013268_00152, ERS013269_00152, ERS013270_00152, ERS013271_00836, ERS013273_00834, ERS013274_01461, ERS013275_01454, ERS013276_00827, ERS013277_00715, ERS013278_01393, ERS013279_00112, ERS013280_01303, ERS013281_00152, ERS013282_01389, ERS016137_00780
    Database cross-references and differences (RAF-indexed): Domains in SCOPe 2.06: d5efoa_
  • Chain 'B':
    Compound: Uridine phosphorylase
    Species: Vibrio cholerae [TaxId:666]
    Gene: udp, udp_1, udp_2, DN30_1909, EN12_05055, ERS013124_00395, ERS013125_00774, ERS013126_00113, ERS013127_00590, ERS013128_01742, ERS013129_02625, ERS013130_00788, ERS013131_00352, ERS013132_02973, ERS013133_00215, ERS013134_00112, ERS013135_01064, ERS013137_01009, ERS013138_02408, ERS013139_00113, ERS013140_00580, ERS013141_00034, ERS013142_00090, ERS013143_00366, ERS013145_00725, ERS013145_00731, ERS013146_00538, ERS013147_00818, ERS013160_01327, ERS013161_01275, ERS013162_01745, ERS013163_01100, ERS013164_00749, ERS013167_01220, ERS013168_02079, ERS013169_00641, ERS013170_02003, ERS013171_01578, ERS013174_00295, ERS013175_00125, ERS013176_02503, ERS013177_00110, ERS013178_02643, ERS013179_00110, ERS013180_00909, ERS013181_00110, ERS013182_01325, ERS013184_00141, ERS013185_00308, ERS013186_00327, ERS013187_01218, ERS013188_00880, ERS013189_00105, ERS013190_00154, ERS013191_00361, ERS013192_02227, ERS013194_00541, ERS013196_00861, ERS013199_00063, ERS013201_00032, ERS013202_00369, ERS013203_02067, ERS013204_00129, ERS013205_00220, ERS013206_00377, ERS013209_00518, ERS013210_02593, ERS013211_00128, ERS013212_00480, ERS013213_00148, ERS013216_01619, ERS013217_00363, ERS013218_00151, ERS013219_01864, ERS013220_00860, ERS013221_02804, ERS013224_00301, ERS013225_00145, ERS013226_00153, ERS013232_00811, ERS013233_00153, ERS013234_00045, ERS013235_00152, ERS013236_00533, ERS013237_00363, ERS013238_00717, ERS013239_00152, ERS013240_01021, ERS013241_00834, ERS013242_00834, ERS013243_00152, ERS013244_00834, ERS013245_01394, ERS013246_00152, ERS013247_00112, ERS013248_00112, ERS013249_00715, ERS013250_00152, ERS013251_00975, ERS013252_01385, ERS013253_00987, ERS013254_00046, ERS013255_01577, ERS013256_02133, ERS013257_00362, ERS013258_00365, ERS013259_01421, ERS013260_01364, ERS013261_00365, ERS013263_00912, ERS013264_02698, ERS013265_00152, ERS013266_00152, ERS013267_00581, ERS013268_00152, ERS013269_00152, ERS013270_00152, ERS013271_00836, ERS013273_00834, ERS013274_01461, ERS013275_01454, ERS013276_00827, ERS013277_00715, ERS013278_01393, ERS013279_00112, ERS013280_01303, ERS013281_00152, ERS013282_01389, ERS016137_00780
    Database cross-references and differences (RAF-indexed): Domains in SCOPe 2.06: d5efob_
  • Chain 'C':
    Compound: Uridine phosphorylase
    Species: Vibrio cholerae [TaxId:666]
    Gene: udp, udp_1, udp_2, DN30_1909, EN12_05055, ERS013124_00395, ERS013125_00774, ERS013126_00113, ERS013127_00590, ERS013128_01742, ERS013129_02625, ERS013130_00788, ERS013131_00352, ERS013132_02973, ERS013133_00215, ERS013134_00112, ERS013135_01064, ERS013137_01009, ERS013138_02408, ERS013139_00113, ERS013140_00580, ERS013141_00034, ERS013142_00090, ERS013143_00366, ERS013145_00725, ERS013145_00731, ERS013146_00538, ERS013147_00818, ERS013160_01327, ERS013161_01275, ERS013162_01745, ERS013163_01100, ERS013164_00749, ERS013167_01220, ERS013168_02079, ERS013169_00641, ERS013170_02003, ERS013171_01578, ERS013174_00295, ERS013175_00125, ERS013176_02503, ERS013177_00110, ERS013178_02643, ERS013179_00110, ERS013180_00909, ERS013181_00110, ERS013182_01325, ERS013184_00141, ERS013185_00308, ERS013186_00327, ERS013187_01218, ERS013188_00880, ERS013189_00105, ERS013190_00154, ERS013191_00361, ERS013192_02227, ERS013194_00541, ERS013196_00861, ERS013199_00063, ERS013201_00032, ERS013202_00369, ERS013203_02067, ERS013204_00129, ERS013205_00220, ERS013206_00377, ERS013209_00518, ERS013210_02593, ERS013211_00128, ERS013212_00480, ERS013213_00148, ERS013216_01619, ERS013217_00363, ERS013218_00151, ERS013219_01864, ERS013220_00860, ERS013221_02804, ERS013224_00301, ERS013225_00145, ERS013226_00153, ERS013232_00811, ERS013233_00153, ERS013234_00045, ERS013235_00152, ERS013236_00533, ERS013237_00363, ERS013238_00717, ERS013239_00152, ERS013240_01021, ERS013241_00834, ERS013242_00834, ERS013243_00152, ERS013244_00834, ERS013245_01394, ERS013246_00152, ERS013247_00112, ERS013248_00112, ERS013249_00715, ERS013250_00152, ERS013251_00975, ERS013252_01385, ERS013253_00987, ERS013254_00046, ERS013255_01577, ERS013256_02133, ERS013257_00362, ERS013258_00365, ERS013259_01421, ERS013260_01364, ERS013261_00365, ERS013263_00912, ERS013264_02698, ERS013265_00152, ERS013266_00152, ERS013267_00581, ERS013268_00152, ERS013269_00152, ERS013270_00152, ERS013271_00836, ERS013273_00834, ERS013274_01461, ERS013275_01454, ERS013276_00827, ERS013277_00715, ERS013278_01393, ERS013279_00112, ERS013280_01303, ERS013281_00152, ERS013282_01389, ERS016137_00780
    Database cross-references and differences (RAF-indexed): Domains in SCOPe 2.06: d5efoc_
  • Chain 'D':
    Compound: Uridine phosphorylase
    Species: Vibrio cholerae [TaxId:666]
    Gene: udp, udp_1, udp_2, DN30_1909, EN12_05055, ERS013124_00395, ERS013125_00774, ERS013126_00113, ERS013127_00590, ERS013128_01742, ERS013129_02625, ERS013130_00788, ERS013131_00352, ERS013132_02973, ERS013133_00215, ERS013134_00112, ERS013135_01064, ERS013137_01009, ERS013138_02408, ERS013139_00113, ERS013140_00580, ERS013141_00034, ERS013142_00090, ERS013143_00366, ERS013145_00725, ERS013145_00731, ERS013146_00538, ERS013147_00818, ERS013160_01327, ERS013161_01275, ERS013162_01745, ERS013163_01100, ERS013164_00749, ERS013167_01220, ERS013168_02079, ERS013169_00641, ERS013170_02003, ERS013171_01578, ERS013174_00295, ERS013175_00125, ERS013176_02503, ERS013177_00110, ERS013178_02643, ERS013179_00110, ERS013180_00909, ERS013181_00110, ERS013182_01325, ERS013184_00141, ERS013185_00308, ERS013186_00327, ERS013187_01218, ERS013188_00880, ERS013189_00105, ERS013190_00154, ERS013191_00361, ERS013192_02227, ERS013194_00541, ERS013196_00861, ERS013199_00063, ERS013201_00032, ERS013202_00369, ERS013203_02067, ERS013204_00129, ERS013205_00220, ERS013206_00377, ERS013209_00518, ERS013210_02593, ERS013211_00128, ERS013212_00480, ERS013213_00148, ERS013216_01619, ERS013217_00363, ERS013218_00151, ERS013219_01864, ERS013220_00860, ERS013221_02804, ERS013224_00301, ERS013225_00145, ERS013226_00153, ERS013232_00811, ERS013233_00153, ERS013234_00045, ERS013235_00152, ERS013236_00533, ERS013237_00363, ERS013238_00717, ERS013239_00152, ERS013240_01021, ERS013241_00834, ERS013242_00834, ERS013243_00152, ERS013244_00834, ERS013245_01394, ERS013246_00152, ERS013247_00112, ERS013248_00112, ERS013249_00715, ERS013250_00152, ERS013251_00975, ERS013252_01385, ERS013253_00987, ERS013254_00046, ERS013255_01577, ERS013256_02133, ERS013257_00362, ERS013258_00365, ERS013259_01421, ERS013260_01364, ERS013261_00365, ERS013263_00912, ERS013264_02698, ERS013265_00152, ERS013266_00152, ERS013267_00581, ERS013268_00152, ERS013269_00152, ERS013270_00152, ERS013271_00836, ERS013273_00834, ERS013274_01461, ERS013275_01454, ERS013276_00827, ERS013277_00715, ERS013278_01393, ERS013279_00112, ERS013280_01303, ERS013281_00152, ERS013282_01389, ERS016137_00780
    Database cross-references and differences (RAF-indexed): Domains in SCOPe 2.06: d5efod_
  • Chain 'E':
    Compound: Uridine phosphorylase
    Species: Vibrio cholerae [TaxId:666]
    Gene: udp, udp_1, udp_2, DN30_1909, EN12_05055, ERS013124_00395, ERS013125_00774, ERS013126_00113, ERS013127_00590, ERS013128_01742, ERS013129_02625, ERS013130_00788, ERS013131_00352, ERS013132_02973, ERS013133_00215, ERS013134_00112, ERS013135_01064, ERS013137_01009, ERS013138_02408, ERS013139_00113, ERS013140_00580, ERS013141_00034, ERS013142_00090, ERS013143_00366, ERS013145_00725, ERS013145_00731, ERS013146_00538, ERS013147_00818, ERS013160_01327, ERS013161_01275, ERS013162_01745, ERS013163_01100, ERS013164_00749, ERS013167_01220, ERS013168_02079, ERS013169_00641, ERS013170_02003, ERS013171_01578, ERS013174_00295, ERS013175_00125, ERS013176_02503, ERS013177_00110, ERS013178_02643, ERS013179_00110, ERS013180_00909, ERS013181_00110, ERS013182_01325, ERS013184_00141, ERS013185_00308, ERS013186_00327, ERS013187_01218, ERS013188_00880, ERS013189_00105, ERS013190_00154, ERS013191_00361, ERS013192_02227, ERS013194_00541, ERS013196_00861, ERS013199_00063, ERS013201_00032, ERS013202_00369, ERS013203_02067, ERS013204_00129, ERS013205_00220, ERS013206_00377, ERS013209_00518, ERS013210_02593, ERS013211_00128, ERS013212_00480, ERS013213_00148, ERS013216_01619, ERS013217_00363, ERS013218_00151, ERS013219_01864, ERS013220_00860, ERS013221_02804, ERS013224_00301, ERS013225_00145, ERS013226_00153, ERS013232_00811, ERS013233_00153, ERS013234_00045, ERS013235_00152, ERS013236_00533, ERS013237_00363, ERS013238_00717, ERS013239_00152, ERS013240_01021, ERS013241_00834, ERS013242_00834, ERS013243_00152, ERS013244_00834, ERS013245_01394, ERS013246_00152, ERS013247_00112, ERS013248_00112, ERS013249_00715, ERS013250_00152, ERS013251_00975, ERS013252_01385, ERS013253_00987, ERS013254_00046, ERS013255_01577, ERS013256_02133, ERS013257_00362, ERS013258_00365, ERS013259_01421, ERS013260_01364, ERS013261_00365, ERS013263_00912, ERS013264_02698, ERS013265_00152, ERS013266_00152, ERS013267_00581, ERS013268_00152, ERS013269_00152, ERS013270_00152, ERS013271_00836, ERS013273_00834, ERS013274_01461, ERS013275_01454, ERS013276_00827, ERS013277_00715, ERS013278_01393, ERS013279_00112, ERS013280_01303, ERS013281_00152, ERS013282_01389, ERS016137_00780
    Database cross-references and differences (RAF-indexed): Domains in SCOPe 2.06: d5efoe_
  • Chain 'F':
    Compound: Uridine phosphorylase
    Species: Vibrio cholerae [TaxId:666]
    Gene: udp, udp_1, udp_2, DN30_1909, EN12_05055, ERS013124_00395, ERS013125_00774, ERS013126_00113, ERS013127_00590, ERS013128_01742, ERS013129_02625, ERS013130_00788, ERS013131_00352, ERS013132_02973, ERS013133_00215, ERS013134_00112, ERS013135_01064, ERS013137_01009, ERS013138_02408, ERS013139_00113, ERS013140_00580, ERS013141_00034, ERS013142_00090, ERS013143_00366, ERS013145_00725, ERS013145_00731, ERS013146_00538, ERS013147_00818, ERS013160_01327, ERS013161_01275, ERS013162_01745, ERS013163_01100, ERS013164_00749, ERS013167_01220, ERS013168_02079, ERS013169_00641, ERS013170_02003, ERS013171_01578, ERS013174_00295, ERS013175_00125, ERS013176_02503, ERS013177_00110, ERS013178_02643, ERS013179_00110, ERS013180_00909, ERS013181_00110, ERS013182_01325, ERS013184_00141, ERS013185_00308, ERS013186_00327, ERS013187_01218, ERS013188_00880, ERS013189_00105, ERS013190_00154, ERS013191_00361, ERS013192_02227, ERS013194_00541, ERS013196_00861, ERS013199_00063, ERS013201_00032, ERS013202_00369, ERS013203_02067, ERS013204_00129, ERS013205_00220, ERS013206_00377, ERS013209_00518, ERS013210_02593, ERS013211_00128, ERS013212_00480, ERS013213_00148, ERS013216_01619, ERS013217_00363, ERS013218_00151, ERS013219_01864, ERS013220_00860, ERS013221_02804, ERS013224_00301, ERS013225_00145, ERS013226_00153, ERS013232_00811, ERS013233_00153, ERS013234_00045, ERS013235_00152, ERS013236_00533, ERS013237_00363, ERS013238_00717, ERS013239_00152, ERS013240_01021, ERS013241_00834, ERS013242_00834, ERS013243_00152, ERS013244_00834, ERS013245_01394, ERS013246_00152, ERS013247_00112, ERS013248_00112, ERS013249_00715, ERS013250_00152, ERS013251_00975, ERS013252_01385, ERS013253_00987, ERS013254_00046, ERS013255_01577, ERS013256_02133, ERS013257_00362, ERS013258_00365, ERS013259_01421, ERS013260_01364, ERS013261_00365, ERS013263_00912, ERS013264_02698, ERS013265_00152, ERS013266_00152, ERS013267_00581, ERS013268_00152, ERS013269_00152, ERS013270_00152, ERS013271_00836, ERS013273_00834, ERS013274_01461, ERS013275_01454, ERS013276_00827, ERS013277_00715, ERS013278_01393, ERS013279_00112, ERS013280_01303, ERS013281_00152, ERS013282_01389, ERS016137_00780
    Database cross-references and differences (RAF-indexed): Domains in SCOPe 2.06: d5efof_
  • Heterogens: NA, CYT, TRS, GOL, PEG, EDO, CTN, HOH

PDB Chain Sequences:

  • Chain 'A':
    Sequence, based on SEQRES records: (download) 
    >5efoA (A:)
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    Sequence, based on observed residues (ATOM records): (download) 
    >5efoA (A:)
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eaarkmlk

  • Chain 'B':
    Sequence; same for both SEQRES and ATOM records: (download) 
    >5efoB (B:)
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  • Chain 'C':
    Sequence, based on SEQRES records: (download) 
    >5efoC (C:)
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    Sequence, based on observed residues (ATOM records): (download) 
    >5efoC (C:)
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  • Chain 'D':
    Sequence, based on SEQRES records: (download) 
    >5efoD (D:)
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    Sequence, based on observed residues (ATOM records): (download) 
    >5efoD (D:)
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  • Chain 'E':
    Sequence, based on SEQRES records: (download) 
    >5efoE (E:)
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    Sequence, based on observed residues (ATOM records): (download) 
    >5efoE (E:)
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  • Chain 'F':
    Sequence, based on SEQRES records: (download) 
    >5efoF (F:)
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    Sequence, based on observed residues (ATOM records): (download) 
    >5efoF (F:)
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